vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-03-19T11:10:38+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3826Événements pour un patient : vue dans le client2019-03-19T11:10:38+01:00Mathieu GiraudÉvénements pour un patient : vue dans le clientVoir #1361.
À supposer qu'on aie de telles données, comment les représenter ?
#1361 :
> des marqueurs sur le graphe (et sur les rapports .html / .pdf)
@flothoni, #3823:
> Soit faire un fond coloré entre deux dates, soit avoir un graph...Voir #1361.
À supposer qu'on aie de telles données, comment les représenter ?
#1361 :
> des marqueurs sur le graphe (et sur les rapports .html / .pdf)
@flothoni, #3823:
> Soit faire un fond coloré entre deux dates, soit avoir un graph secondaire avec une ligne pour chaque traitement qui suivrait les dates.
Cela me fait penser aussi à ~"bio\-external\-data", #1367...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3810filtrer pour ne conserver que les clones taggés2019-03-19T09:20:45+01:00Thonier Florianfiltrer pour ne conserver que les clones taggésOn pourrait imaginer ce système de filtration pour faire resortir une relapseOn pourrait imaginer ce système de filtration pour faire resortir une relapsehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3803Passer en HTML52019-03-15T17:04:14+01:00Thonier FlorianPasser en HTML5En recherchant comment renommer le nom du fichier obtenu par get_reads, je me suis creusé la tête, avant de comprendre que nous n'étions pas en html5 (d'après le doctype).
Or, l'attribut pour changer le nom du fichier n'est compatible q...En recherchant comment renommer le nom du fichier obtenu par get_reads, je me suis creusé la tête, avant de comprendre que nous n'étions pas en html5 (d'après le doctype).
Or, l'attribut pour changer le nom du fichier n'est compatible qu'avec le html5.
Je souhaiterais donc en faire l'usage, mais je ne sais aps encore si cela change beaucoup de chose.
A évaluer, pas forcement nécessaire pour une première itération de get_reads.
cc @magiraud @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3799Que se passe-t-il si on supprime une config ?2019-03-14T14:45:17+01:00Mikaël SalsonQue se passe-t-il si on supprime une config ?J'ai souvenir que ce n'est pas à faire mais sans en retrouver trace.
Perd-t-on l'accès à tous les résultats avec cette config ?
À clarifier et à documenter.J'ai souvenir que ce n'est pas à faire mais sans en retrouver trace.
Perd-t-on l'accès à tous les résultats avec cette config ?
À clarifier et à documenter.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3786Combos ?2019-03-11T04:45:55+01:00Mathieu GiraudCombos ?Est-ce que d'autres combos type #1582 seraient utiles ?
Par exemple des choses toute prêtes pour préfiltrage d'autre outils #xxx ?Est-ce que d'autres combos type #1582 seraient utiles ?
Par exemple des choses toute prêtes pour préfiltrage d'autre outils #xxx ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3765Tester d'anciens navigateurs sur un slave à part ?2019-10-04T18:24:40+02:00Mathieu GiraudTester d'anciens navigateurs sur un slave à part ?@mikael\-s, depuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3695#note_178691 :
> Pour éviter #3694 on aimerait tester d'anciennes versions de Chrome. Cependant l'installation ne semble pas aisée. Peut-être sur un slave (ancien) à pa...@mikael\-s, depuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3695#note_178691 :
> Pour éviter #3694 on aimerait tester d'anciennes versions de Chrome. Cependant l'installation ne semble pas aisée. Peut-être sur un slave (ancien) à part ?
Pourquoi pas, mais cela me semble délicat à faire un ~"dev\-ci" global. Ou bien un stage `old_browser` séparé ?
(et ping #1077)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3764SampleReads : échantillon aléatoire des reads.2020-07-28T19:39:52+02:00Mikaël SalsonSampleReads : échantillon aléatoire des reads.@Anne m'a parlé de problèmes de séquences consensus qui ne représentent pas vraiment l'ensemble des reads du clone.
C'est dû à notre manière de conserver les reads : quand il y en a trop on n'en conserve qu'un échantillon composé des re...@Anne m'a parlé de problèmes de séquences consensus qui ne représentent pas vraiment l'ensemble des reads du clone.
C'est dû à notre manière de conserver les reads : quand il y en a trop on n'en conserve qu'un échantillon composé des reads les plus longs et de meilleure qualité. Dans certains cas cela peut entraîner un biais, comme favoriser les séquences qui possèdent des insertions.
On pourrait essayer de ne conserver qu'un échantillon aléatoire des reads qui, selon la statistique, devrait être représentatif de l'ensemble des reads. Si les reads ainsi conservés sont de mauvaise qualité ou trop courts… hé bien on n'aurait pas fait mieux avec l'échantillon complet.
@Anne n'hésite pas à nous pointer vers un ou deux exemples pour qu'on puisse tester si cela changerait effectivement quelque chose.Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3752Utiliser une version fixe de Web2py2019-02-27T23:01:10+01:00Mikaël SalsonUtiliser une version fixe de Web2pyNous utilisons, à la fois pour nos tests et pour nos serveurs de prod, les dernières versions des **sources** de Web2py disponibles (pas les dernières releases). Rien ne garantit donc le bon fonctionnement de ces packages comme l'illustr...Nous utilisons, à la fois pour nos tests et pour nos serveurs de prod, les dernières versions des **sources** de Web2py disponibles (pas les dernières releases). Rien ne garantit donc le bon fonctionnement de ces packages comme l'illustre #3751.
Ne devrait-on pas plutôt fixer la version de Web2py utilisée ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3745Gestion des erreurs client (et serveur ?)2021-09-09T18:42:05+02:00Mathieu GiraudGestion des erreurs client (et serveur ?)Gitlab s'interface désormais à Sentry : https://sentry.io/welcome/
On peut avoir une vue tel que : https://docs.gitlab.com/ce/user/project/operations/error_tracking.html#error-tracking-list...
Est-ce que cela vaurait le coup d'utiliser...Gitlab s'interface désormais à Sentry : https://sentry.io/welcome/
On peut avoir une vue tel que : https://docs.gitlab.com/ce/user/project/operations/error_tracking.html#error-tracking-list...
Est-ce que cela vaurait le coup d'utiliser quelque chose de ce type ?
Pour mémoire, on ramène bien les erreurs client par des appels à `database.js`, mais... on ne fait pas grand chose de cela.
cc @flothoni
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3737Afficher dans la grid des clones en carrés ou autre2019-02-14T20:14:03+01:00Mathieu GiraudAfficher dans la grid des clones en carrés ou autreExtrait de #3735 et #2603. Pas de discussion bio ici, uniquement graphique.
Saurait-on afficher des clones différemment dans le ~"client\-grid" ? En gardant la couleur mais en changeant la forme ?
Par exemple :
- carré pivoté à 45°
- c...Extrait de #3735 et #2603. Pas de discussion bio ici, uniquement graphique.
Saurait-on afficher des clones différemment dans le ~"client\-grid" ? En gardant la couleur mais en changeant la forme ?
Par exemple :
- carré pivoté à 45°
- carré
- rond évidé
- triangle
- hexagone
- étoile avec beaucoup de branches
Pas sûr qu'on voie toutes ces choses quand les clones sont petits...
Et que pourrait-on imaginer de similaire lorsqu'on est en ~"client\-bar", voire sur le ~"client\-graph" ?
Utilisation des pointillés dans un trait ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3736FineSegmenter et séquences revcomp ?2020-05-28T12:09:12+02:00Mathieu GiraudFineSegmenter et séquences revcomp ?Le `FineSegmenter` est bien capable de recevoir des séquences dans un sens ou dans l'autre (et cela doit être testé, #2259). Mais le traitement "`reversed` ou pas" me semble finalement assez externe au `FineSegmenter` (notamment avec `se...Le `FineSegmenter` est bien capable de recevoir des séquences dans un sens ou dans l'autre (et cela doit être testé, #2259). Mais le traitement "`reversed` ou pas" me semble finalement assez externe au `FineSegmenter` (notamment avec `sequence_or_rc = revcomp(sequence, reversed);`)...
Peut-être qu'un ~"dev\-refactor" permettrait de séparer cela avec
- un `FineSegmenter` qui ne traite que des séquences dans le bon sens
- un wrapper qui fonctionne pour les deux senshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3734Réflexion sur chart.js2019-02-13T13:11:46+01:00Mathieu GiraudRéflexion sur chart.jsÉvoqué à l'occasion de stats#233/stats#235 : utilisera-t-on un jour chart.js à la place de d3.js dans vidjil ?
Pas du tout à l'ordre du jour pour l'instant, à discuter dans 6-12 mois en fonction de l'expérience qui aura été acquise sur ...Évoqué à l'occasion de stats#233/stats#235 : utilisera-t-on un jour chart.js à la place de d3.js dans vidjil ?
Pas du tout à l'ordre du jour pour l'instant, à discuter dans 6-12 mois en fonction de l'expérience qui aura été acquise sur ~"app\-stats".
cc @flothoni 2020-02-13https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3732Output files depuis client ?2019-02-13T10:49:20+01:00Mathieu GiraudOutput files depuis client ?De @flothoni : ajouter sous le menu "download output files", en pensant notamment à #1469.
On n'est pas sûr de l'utilité, à voir.De @flothoni : ajouter sous le menu "download output files", en pensant notamment à #1469.
On n'est pas sûr de l'utilité, à voir.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3724Supprimer KMER_INDEX ?2019-02-12T22:26:33+01:00Mathieu GiraudSupprimer KMER_INDEX ?Faudra-t-il un jour supprimer `KMER_INDEX` ?
Attendre déjà de voir !78 et les conséquences. Proposition : même si on décide de supprimer, attendre minimum 6 mois, si ce n'est 12, après la release incluant !78.Faudra-t-il un jour supprimer `KMER_INDEX` ?
Attendre déjà de voir !78 et les conséquences. Proposition : même si on décide de supprimer, attendre minimum 6 mois, si ce n'est 12, après la release incluant !78.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3721Mécanisme plus souple d'affichage dans getHtmlInfo de clone.js2020-12-04T14:13:40+01:00Mikaël SalsonMécanisme plus souple d'affichage dans getHtmlInfo de clone.jsDans #3717 on a un problème pour afficher les résultats de CloneDB dans l'ordre qu'on souhaiterait (et même, plus généralement, les afficher de manière peut-être plus souple).
Le code qui gère cela dans `getHtmlInfo` est :
```javascript...Dans #3717 on a un problème pour afficher les résultats de CloneDB dans l'ordre qu'on souhaiterait (et même, plus généralement, les afficher de manière peut-être plus souple).
Le code qui gère cela dans `getHtmlInfo` est :
```javascript
html += header("Results of "+other_infos[external_tool])
for (var item in this.seg[external_tool]) {
if (! (this.seg[external_tool][item] instanceof Object) &&
! (this.seg[external_tool][item] instanceof Array)) {
html += row_1(item, this.seg[external_tool][item])
}
}
```
On itère sur les propriétés de l'objet `this.seg[external_tool]`, et il n'y a pas de garantie sur l'ordre de l'itération.
Avant de faire le `for` on pourrait tester si l'objet possède une méthode `toHTML()` et le cas échéant y faire appel.
Dans ce cas pour les résultats de CloneDB on pourrait faire une méthode `toHTML` qui s'occupe de trier les résultats en fonction de leur sample sets.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3708Less dynamique ?2019-02-05T19:18:52+01:00Mathieu GiraudLess dynamique ?Il y a quelques années, je n'étais pas pour faire une compilation css dynamique côté client (côté serveur : exclus si on veut pouvoir fonctionner en offline). Je me disais maintenant "tiens, pourquoi pas"... mais http://lesscss.org/usage...Il y a quelques années, je n'étais pas pour faire une compilation css dynamique côté client (côté serveur : exclus si on veut pouvoir fonctionner en offline). Je me disais maintenant "tiens, pourquoi pas"... mais http://lesscss.org/usage/#using-less-in-the-browser nous dit :
> Using `Less.js` in the browser is the easiest way to get started and convenient for developing with Less, but in production, when performance and reliability is important, we recommend pre-compiling using `Node.js` or one of the many third party tools available.
bref, la solution actuelle, même si elle est sous-optimale par rapport à git, semble correctehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3691Se passer de web2py : py4web, autres ?2023-02-08T12:21:02+01:00Mathieu GiraudSe passer de web2py : py4web, autres ?Discuté ce matin. Je pensais qu'il y avait déjà une issue sur ce sujet.
Faut-il à terme abandonner web2py (mise à jour #3751, python3 #1345) pour autre chose ? flask ou autre ? node.js ?
Mais quels avantages y aurait-il à changer ?
P...Discuté ce matin. Je pensais qu'il y avait déjà une issue sur ce sujet.
Faut-il à terme abandonner web2py (mise à jour #3751, python3 #1345) pour autre chose ? flask ou autre ? node.js ?
Mais quels avantages y aurait-il à changer ?
Probalblement ~"wont\-fix" pour l'instant... et pas avant 2020 en tout cas !
cc @flothoni @mikael\-smarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3686Bouton droit sur le client2019-01-17T15:54:50+01:00Mathieu GiraudBouton droit sur le clientQuelles possibilités aimerait-on avoir au bouton droit sur le ~client ?
Un menu contextuel avec des choses liées à la sélection d'un clone (ou de plusieurs clones) ?
cc @flothoniQuelles possibilités aimerait-on avoir au bouton droit sur le ~client ?
Un menu contextuel avec des choses liées à la sélection d'un clone (ou de plusieurs clones) ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3683Avoir des champs search dans certaines dropdown2022-02-18T11:12:24+01:00Thonier FlorianAvoir des champs search dans certaines dropdownQuand je souhaite faire un `impersonnate`, il est toujours embêtant de devoir d'abords aller chercher dans la listes des users afin de récupérer l'id de celui-ci pour ensuite dérouler toute la liste.
On pourrait assez aisément trouver u...Quand je souhaite faire un `impersonnate`, il est toujours embêtant de devoir d'abords aller chercher dans la listes des users afin de récupérer l'id de celui-ci pour ensuite dérouler toute la liste.
On pourrait assez aisément trouver un système pour avoir un champs de `search` qui filtrerai dynamiquement les données de la liste. Je sais qu'il y a `bootstrap-select` qui fait ça très bien et très facilement. Mais je ne sais pas si ça fonctionne sans avoir la lib bootstrap. Il existe peut-être d'autres options du même genre.
cc @magiraud et @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3659Utilisation d'un web-recorder: puppeteer-recorder2021-04-29T18:23:28+02:00Thonier FlorianUtilisation d'un web-recorder: puppeteer-recorderEn cherchant une solution pour automatiser les tests cypress (#3655) et les construire rapidement, j'ai trouvé une solution permettant d'enregistrer les actions faites par un utilisateur pour les rejouer ensuite.
Cela passe par [puppete...En cherchant une solution pour automatiser les tests cypress (#3655) et les construire rapidement, j'ai trouvé une solution permettant d'enregistrer les actions faites par un utilisateur pour les rejouer ensuite.
Cela passe par [puppeteer-recorder](https://github.com/checkly/puppeteer-recorder). On lance l'enregistrement, et il génère à la fin une somme d'actions dans un fichier `puppeteer`. C'est-à-dire qu'il affiche les id sélectionnés, les clics fait, les informations rentrées par le clavier.
Le format n'est pas directement compatible cypress, mais je pense qu'il est possible d'avoir un convertisseur rapide, et au moins on a d'un seul coup d'oeil toutes les actions faites.
PS: je pense que la logique peut être la même quel que soit le pipeline de test (nightmare, ...).
@magiraud @mikael\-s @RyanHerbTests-Dev-2021-05