vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-08-19T11:27:27+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3965Utiliser la Notifications API du navigateur web ?2019-08-19T11:27:27+02:00Mathieu GiraudUtiliser la Notifications API du navigateur web ?Serait-ce pertinent d'utiliser en plus de notre système la Notifications API (voire la Push API) ?
https://developer.mozilla.org/en-US/docs/Web/API/Notifications_API/Using_the_Notifications_API
https://caniuse.com/#feat=notificationsSerait-ce pertinent d'utiliser en plus de notre système la Notifications API (voire la Push API) ?
https://developer.mozilla.org/en-US/docs/Web/API/Notifications_API/Using_the_Notifications_API
https://caniuse.com/#feat=notificationshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3959clones virtuels: gestion des couleurs2019-12-10T10:58:34+01:00Thonier Florianclones virtuels: gestion des couleursPour le moment, nous avons une gestion simple de la couleur: nous demandons la valeur du clone pour l'axe XXX, et nous retournons la valeur correspondante à cette entrée. Si elle n'existe pas, nous retournons une couleur lambda (probable...Pour le moment, nous avons une gestion simple de la couleur: nous demandons la valeur du clone pour l'axe XXX, et nous retournons la valeur correspondante à cette entrée. Si elle n'existe pas, nous retournons une couleur lambda (probablement grise il me semble).
Nous pourrions imaginer pour les clones virtuels une couleur lambda différente, voir carrément une couleur différente pour tous les axes.
Une version simple serait de donner un paramètre alpha sur la couleur différent suivant le statu du clone. Ainsi, un clone non défini aura un gris classique, tandis que le clone virtuel aurait un gris pâle.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3946Show normalized_reads field into getHTMLinfo2020-03-23T13:17:44+01:00Thonier FlorianShow normalized_reads field into getHTMLinfoLink to #3943: For the moment, we didn't show this info inti HTMLinfo. We could set it, into `representative sequence`. We also should show thatr a sample have not been computed for normalization. A text field ? "not computed" ?
@magir...Link to #3943: For the moment, we didn't show this info inti HTMLinfo. We could set it, into `representative sequence`. We also should show thatr a sample have not been computed for normalization. A text field ? "not computed" ?
@magiraud @mikael-s @meidanishttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3945Meilleur gestion des clones virtuels2019-10-29T14:40:18+01:00Thonier FlorianMeilleur gestion des clones virtuels#990, #3902, #3930
La question se pose de la méthode pour générer/afficher les clones virtuels. On a maintenant plusieurs types de clones, normaux ou virtuels, et il est peut-être temps de revoir le fonctionnement général.
* clone nor...#990, #3902, #3930
La question se pose de la méthode pour générer/afficher les clones virtuels. On a maintenant plusieurs types de clones, normaux ou virtuels, et il est peut-être temps de revoir le fonctionnement général.
* clone normal
* clone normal, mais normalisé
* clone other
* clone ajouté manuellement
* clone de distribution (et potentiellement doublé par les graphiques)
Pour le moment, on a un champ `virtual` au sein des clones, auquel j'ai ajouté un champ `distrib` pour les distinguer des clones de distribution.
Ces derniers sont générés à la volée suivant l'axe demandé sur le dernier graphique manipulé. Pour le moment, il ne sont pas affichés car probablement filtrés à cause de leur appartenance à la catégories des clones virtuels.avant-les-congés-2019https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3941Docker : configuration Nginx non modifiable sans reconstruire l'image2019-07-05T15:37:15+02:00Mikaël SalsonDocker : configuration Nginx non modifiable sans reconstruire l'imagePour configurer le serveur Nginx on a des fichiers de config dans `docker/vidjil-client/conf` mais ces fichiers sont pris en compte à la construction de l'image (ils sont copiés pour les mettre au bon endroit). Ce qui signifie qu'une foi...Pour configurer le serveur Nginx on a des fichiers de config dans `docker/vidjil-client/conf` mais ces fichiers sont pris en compte à la construction de l'image (ils sont copiés pour les mettre au bon endroit). Ce qui signifie qu'une fois l'image construite toute modification de ces fichiers à l'extérieur de l'image (dans le dépôt git, donc) n'a aucun effet sur l'image.
À l'inverse, au lieu de copier les fichiers au bon endroit, on pourrait faire un lien symbolique. C'est d'ailleurs ce qui est fait pour configurer le client Vidjil.
Qu'en pensez-vous ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3934Avoir à la fois le nom du fichier et du patient depuis un run2020-01-24T10:15:21+01:00Thonier FlorianAvoir à la fois le nom du fichier et du patient depuis un run~"REN-Rennes" me fait la demande d'un moyen de voir apparaître pour un sample donné, ouvert depuis un run, le nom du patient ET le nom du fichier en même temps.
J'avais d'abord envisagé #3868 et #2728. Mais cela n'apporterai pas entièr...~"REN-Rennes" me fait la demande d'un moyen de voir apparaître pour un sample donné, ouvert depuis un run, le nom du patient ET le nom du fichier en même temps.
J'avais d'abord envisagé #3868 et #2728. Mais cela n'apporterai pas entière satisfaction. J'ai recroisé Marie-Laure hier qui m'a confirmé que les deux informations devrait à son sens être visualisable directement sans manipulation pour permettre une meilleur l'identito-vigilance (~"#-certification" ).
Tel que l'on en parlait hier avec elle plusieurs solutions sont envisageables.
* Le plus simple serait d'avoir l'information qui remonterait dans la partie `démographique`.
* Une autre solution serait d'avoir en titre dans la timeline la combo patient/fichier.
* Enfin, la dernière serait d'avoir un mix avec #2728. On pourrait avoir une ligne de plus, sous le champ de texte, avec des boutons permettant d'ouvrir un patient/run/set, et la liste des patient/... qui comportent ce sample. Ainsi, on les voit et l'on peut sauter de l'un à l'autre. Si il n'y à qu'une entré, on n'affiche rien. La variante serait de les afficher dans le menu, à la suite du open/save.
cc @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3930Genescan gris : visualisation client2019-10-23T11:21:24+02:00Mathieu GiraudGenescan gris : visualisation client#3902
Discuté : pour le modèle, c'est des clones, "virtuels", crées au chargement... mais visible uniquement au bon moment (et de taille calculée). A réfléchir, regarder `model.js` et `scatterplot.js`...
cc @flothoni#3902
Discuté : pour le modèle, c'est des clones, "virtuels", crées au chargement... mais visible uniquement au bon moment (et de taille calculée). A réfléchir, regarder `model.js` et `scatterplot.js`...
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3923Documenter / déployer la nouvelle normalisation2021-01-19T10:53:05+01:00Mathieu GiraudDocumenter / déployer la nouvelle normalisationAu VW, il y avait une grosse attente de labos quand ils ont vu la présentation de Joao.
Suite à #3838, propose-t-on quelque chose à l'ensemble de nos utilisateurs, au moins pour une normalisation simple/codée en dur ? Des ~"server-confi...Au VW, il y avait une grosse attente de labos quand ils ont vu la présentation de Joao.
Suite à #3838, propose-t-on quelque chose à l'ensemble de nos utilisateurs, au moins pour une normalisation simple/codée en dur ? Des ~"server-config" #3901 ?
Au moins de la ~doc ?
cc @flothoniThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3904Clustériser sur la représentative et non pas sur la fenêtre2020-12-16T15:49:35+01:00Mathieu GiraudClustériser sur la représentative et non pas sur la fenêtreÉvoqué avec @mikael\-s ce midi.Évoqué avec @mikael\-s ce midi.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3902Genescan gris, sur les smaller clones, et partiellement coloré, dans le clien...2020-04-23T19:04:14+02:00Mathieu GiraudGenescan gris, sur les smaller clones, et partiellement coloré, dans le client : fuse.py / distributionsCas particulier de #1048, mais j'ouvre ici car la ~"user\-request" est très claire et explicite : visualiser un genescan, y compris sur les smaller clones. Cas d'usage : top clone fait 1%, et le gris fait > 80%.
Évidemment ~"app\-stats...Cas particulier de #1048, mais j'ouvre ici car la ~"user\-request" est très claire et explicite : visualiser un genescan, y compris sur les smaller clones. Cas d'usage : top clone fait 1%, et le gris fait > 80%.
Évidemment ~"app\-stats" pourrait répondre à cela (et à beaucoup plus), mais ici on se concentre sur voir cela dans le ~client actuel. Se limiter au Genescan répondrait à la demande utilisateur et permet de bien baliser ce qu'on aurait à faire.
Traiter cela permettrait de contourner, dans certains cas, les serpents de mer #2236 #2506. Ces smaller clones seraient bien sur tous les clones restant.
Si on s'y met (mais il faut déjà discuter pour savoir si on y va):
- on respecterait strictement le format stats#199 pour compatibilité future avec ~"app\-stats".
- qui produirait les distributions ? ~cpp ou ~"server\-fuse" ?
- affichage ~"client\-bar" : un peu de travail à faire, mais jouable
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3895Comparer dans le client beaucoup de samples d'un coup2019-12-13T12:26:11+01:00Mathieu GiraudComparer dans le client beaucoup de samples d'un coup@Anne, dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3889#note_187960 :
> la visualisation par run est aussi un peu longue à ouvrir et pas très facile à manier (65 samples dans mon dernier run)
Oui ! C'est dommage. Nous avons des c...@Anne, dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3889#note_187960 :
> la visualisation par run est aussi un peu longue à ouvrir et pas très facile à manier (65 samples dans mon dernier run)
Oui ! C'est dommage. Nous avons des choses en cours de développement pour avoir une vue d'ensemble sur un run via une page du ~server (~"server\-qc\-stats"), mais on pourrait se demander ce qu'on pourrait voir depuis le ~client.
L'axe `number of samples sharing each clone` peut être utile. Voir par exemple http://app.vidjil.org/?set=30982&config=2&plot=v,nbSamples,grid&clone=7,25,166 , ici au moins trois clones se trouvent dans au moins 10 samples.
Y aurait-il un moyen de mieux voir cela ?
- limiter le ~"client\-graph" ? À un moment, on n'affichait qu'au plus 20 samples (mais c'était ~"server\-fuse"). Cela pourrait être une limitation soft, ou les données sont présentes et on se contente de cacher (dans l'épingle à droite) des choses (serait-ce plus rapide ?)
- enlever complètement le ~"client\-graph" ? (mais comment indiquer clairement qu'on visualise alors un sample ? mettre en valeur le nom du sample en haut à gauche ?)
- avoir par défaut une vue ~"client\-grid" avec l'axe `nbSamples` ? (~"!\-easy") Si on enlève le ~"client\-graph", on pourrait avoir cette vue en plus de la ~"client\-grid" habituelle.
- avoir une autre vue faite pour cela, qui remplace le ~client-graph et qui donne un "résumé" lisible (type #1887) ? (~"!\-hard")
cc @flothoni @mikael\-s
~"client\-axis"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3885Intro.js ou autres2021-11-19T11:06:57+01:00Mathieu GiraudIntro.js ou autresVu par @flothoni : https://introjs.com/
Existe-t-il d'autres solutions ?
Question @mikael\-s : peut-on interagir avec l'application pendant ce temps ?
Sinon, pas très différent d'une vidéo/screencast #2715. La question du contenu est o...Vu par @flothoni : https://introjs.com/
Existe-t-il d'autres solutions ?
Question @mikael\-s : peut-on interagir avec l'application pendant ce temps ?
Sinon, pas très différent d'une vidéo/screencast #2715. La question du contenu est orthogonale.
Plutôt ~"wont\-fix" pour l'instant.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3876Ajouter une colonne pourcentage par locus dans la liste des clones2019-03-28T13:38:28+01:00Thonier FlorianAjouter une colonne pourcentage par locus dans la liste des clonesIl semble que cela rentre dans les règles de définition de la clonalité. On pourrait imaginer affichier l'information aisément en rajoutant une colonne avec cette information. Cependant, je ne sais pas si cela ne surchargera pas trop cet...Il semble que cela rentre dans les règles de définition de la clonalité. On pourrait imaginer affichier l'information aisément en rajoutant une colonne avec cette information. Cependant, je ne sais pas si cela ne surchargera pas trop cette liste.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3873pouvoir restreindre les logs par patient/run2021-11-19T11:06:57+01:00Thonier Florianpouvoir restreindre les logs par patient/runJe sais que l'on log tout, mais il me semble que l'on affiche sans filtre les logs d'un groupe. On pourrait imaginer un process pour restreindre aux logs qui concerne directement le patient concerné.Je sais que l'on log tout, mais il me semble que l'on affiche sans filtre les logs d'un groupe. On pourrait imaginer un process pour restreindre aux logs qui concerne directement le patient concerné.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3872Enlerver d'un coup tous les autres samples d'une analyse2021-11-22T12:32:45+01:00Thonier FlorianEnlerver d'un coup tous les autres samples d'une analyseLa demande est quelque part similaire à #2726. Après avoir ouvert un run, on voudrait pouvoir recentrer sur un seul fichier, voir sur ce patient, voir sur ce sample.
Dans ce cas, il faut reouvrir le sample différemment. Mais on pourrai...La demande est quelque part similaire à #2726. Après avoir ouvert un run, on voudrait pouvoir recentrer sur un seul fichier, voir sur ce patient, voir sur ce sample.
Dans ce cas, il faut reouvrir le sample différemment. Mais on pourrait déjà envisager une alternative en cachant d'un coup l'ensemble des autres samples du reads. Dans ce cas, on pourrait aussi cacher les clones d'autres samples (peut-être difficile).
On pourrait aussi imaginer un shortcut pour cacher d'un coup tous ces samples, un peu comme pour les locus.
Enfin, dernière possibilité, ouvrir dans un nouvel onglet le sample en solo. Mais dans ce cas comment gérer les sauvegardes ... pas simple de mon point de vue.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3871Ajouter une etiquette "dimers" dans les tags de clones2019-03-25T13:14:26+01:00Thonier FlorianAjouter une etiquette "dimers" dans les tags de clonesJe pense que l'on pourrait rajouter ce tag. Pour le moment ~"REN\-Rennes" utilise hide. Cette information n'est pas sauvegardée. J'ai suggéré de mettre un tag sur ces clones pour y remerdié. CEpdnant, nous n'avons pas un tag dédié.
On p...Je pense que l'on pourrait rajouter ce tag. Pour le moment ~"REN\-Rennes" utilise hide. Cette information n'est pas sauvegardée. J'ai suggéré de mettre un tag sur ces clones pour y remerdié. CEpdnant, nous n'avons pas un tag dédié.
On pourrait mettre custom, mais les dimers mériterais peut-être un tag spécifique.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3860Tailles des clones uniquement sur les clones focus ?2019-03-21T17:08:30+01:00Mathieu GiraudTailles des clones uniquement sur les clones focus ?Quand on cache/affiche les locus, les tailles se mettent à jour.
Quand on focus/hide les clones, les tailles ne se mettent pas à jour. C'est normal si on veut "zoomer" sur des choses (background en dessous de clone majoritaire), mais pe...Quand on cache/affiche les locus, les tailles se mettent à jour.
Quand on focus/hide les clones, les tailles ne se mettent pas à jour. C'est normal si on veut "zoomer" sur des choses (background en dessous de clone majoritaire), mais peut-être pas dans d'autres applications.
Un paramètre pour dire par rapport à quoi la taille devrait être calculée ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3857Comparaison / overlap de répertoires via le client vidjil2020-07-29T18:36:20+02:00Mathieu GiraudComparaison / overlap de répertoires via le client vidjil(séparé depuis #3855)
@mikael-s : "savoir les clones qu'on retrouve, mais aussi les gènes V".
Très clairement certaines des réponses pourraient être via app-stats, dès qu'on est plus sur des distributions. stats#242.
Ici on parle des ...(séparé depuis #3855)
@mikael-s : "savoir les clones qu'on retrouve, mais aussi les gènes V".
Très clairement certaines des réponses pourraient être via app-stats, dès qu'on est plus sur des distributions. stats#242.
Ici on parle des possibilités du client, donc des comparaisons basées sur un nombre raisonnable de clones (mais attention à #2506 : discussion dans #3855). Nos solutions actuelles sont l'observation du ~client-graph et le préset ~client-log-log #998.
- Créer des samples virtuels ? `A\B` et `B\A`, `A or B`, `A and B`, voire `A xor B` ? Permet ensuite d'étudier pleinement ce sample virtuel selon des axes au choix.
- Modifier des samples existants ? (hum)
- Avoir un filtre pour, sans toucher aux samples, n'afficher que les clones avec une certaine relation avec un sample particulier ? ~"client-filter"
- autres idées ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3855Comparaison / overlap de répertoires : combien de clones ?2019-04-08T14:13:20+02:00Mathieu GiraudComparaison / overlap de répertoires : combien de clones ?@mikael\-s : "savoir les clones qu'on retrouve, mais aussi les gènes V".
Très clairement certaines des réponses pourraient être via ~"app\-stats", dès qu'on est plus sur des distributions stats#242. Discussion sur l'aspect client dans #...@mikael\-s : "savoir les clones qu'on retrouve, mais aussi les gènes V".
Très clairement certaines des réponses pourraient être via ~"app\-stats", dès qu'on est plus sur des distributions stats#242. Discussion sur l'aspect client dans #3857, ici discussion sur le nombre de clones : combien en faut-il pour étudier `A\B` et `B\A`, `A or B`, `A and B`, voire `A xor B` ?
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3853Comment calculer les informations à stocker pour des données pairées ou singl...2019-03-20T18:10:54+01:00Mikaël SalsonComment calculer les informations à stocker pour des données pairées ou single-cell ?Dans #2344 on parle de la manière de stocker les données. Mais qui produit ce fichier ? et comment ?
Pour un fuse sur ce type de données que veut dire un `-t 100` ? Si on a des chaines pairées on n'a pas envie de ne se retrouver qu'avec...Dans #2344 on parle de la manière de stocker les données. Mais qui produit ce fichier ? et comment ?
Pour un fuse sur ce type de données que veut dire un `-t 100` ? Si on a des chaines pairées on n'a pas envie de ne se retrouver qu'avec un seul clone de la paire (parce que le second ne serait pas dans le top 100). En gros on voudrait les 100 meilleures paires.
Mais avec du single cell, c'est différent. On ne veut pas les clones des 100 "meilleures" cellules. Que veut-on ? Le top X de toutes les cellules ?
Et qui produit le fichier ? Si on a 1000 cellules, c'est 1000 lancement de Vidjil-algo. Et donc c'est le fuse qui se charge de produire un fichier .vidjil final à partir des 1000 .vidjil ? (je ne parle volontairement pas des données pairées ici car je ne sais même pas sous quelle forme sont les données)