vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2019-12-10T10:58:34+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3959clones virtuels: gestion des couleurs2019-12-10T10:58:34+01:00Thonier Florianclones virtuels: gestion des couleursPour le moment, nous avons une gestion simple de la couleur: nous demandons la valeur du clone pour l'axe XXX, et nous retournons la valeur correspondante à cette entrée. Si elle n'existe pas, nous retournons une couleur lambda (probable...Pour le moment, nous avons une gestion simple de la couleur: nous demandons la valeur du clone pour l'axe XXX, et nous retournons la valeur correspondante à cette entrée. Si elle n'existe pas, nous retournons une couleur lambda (probablement grise il me semble).
Nous pourrions imaginer pour les clones virtuels une couleur lambda différente, voir carrément une couleur différente pour tous les axes.
Une version simple serait de donner un paramètre alpha sur la couleur différent suivant le statu du clone. Ainsi, un clone non défini aura un gris classique, tandis que le clone virtuel aurait un gris pâle.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3946Show normalized_reads field into getHTMLinfo2020-03-23T13:17:44+01:00Thonier FlorianShow normalized_reads field into getHTMLinfoLink to #3943: For the moment, we didn't show this info inti HTMLinfo. We could set it, into `representative sequence`. We also should show thatr a sample have not been computed for normalization. A text field ? "not computed" ?
@magir...Link to #3943: For the moment, we didn't show this info inti HTMLinfo. We could set it, into `representative sequence`. We also should show thatr a sample have not been computed for normalization. A text field ? "not computed" ?
@magiraud @mikael-s @meidanishttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3934Avoir à la fois le nom du fichier et du patient depuis un run2020-01-24T10:15:21+01:00Thonier FlorianAvoir à la fois le nom du fichier et du patient depuis un run~"REN-Rennes" me fait la demande d'un moyen de voir apparaître pour un sample donné, ouvert depuis un run, le nom du patient ET le nom du fichier en même temps.
J'avais d'abord envisagé #3868 et #2728. Mais cela n'apporterai pas entièr...~"REN-Rennes" me fait la demande d'un moyen de voir apparaître pour un sample donné, ouvert depuis un run, le nom du patient ET le nom du fichier en même temps.
J'avais d'abord envisagé #3868 et #2728. Mais cela n'apporterai pas entière satisfaction. J'ai recroisé Marie-Laure hier qui m'a confirmé que les deux informations devrait à son sens être visualisable directement sans manipulation pour permettre une meilleur l'identito-vigilance (~"#-certification" ).
Tel que l'on en parlait hier avec elle plusieurs solutions sont envisageables.
* Le plus simple serait d'avoir l'information qui remonterait dans la partie `démographique`.
* Une autre solution serait d'avoir en titre dans la timeline la combo patient/fichier.
* Enfin, la dernière serait d'avoir un mix avec #2728. On pourrait avoir une ligne de plus, sous le champ de texte, avec des boutons permettant d'ouvrir un patient/run/set, et la liste des patient/... qui comportent ce sample. Ainsi, on les voit et l'on peut sauter de l'un à l'autre. Si il n'y à qu'une entré, on n'affiche rien. La variante serait de les afficher dans le menu, à la suite du open/save.
cc @magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3923Documenter / déployer la nouvelle normalisation2021-01-19T10:53:05+01:00Mathieu GiraudDocumenter / déployer la nouvelle normalisationAu VW, il y avait une grosse attente de labos quand ils ont vu la présentation de Joao.
Suite à #3838, propose-t-on quelque chose à l'ensemble de nos utilisateurs, au moins pour une normalisation simple/codée en dur ? Des ~"server-confi...Au VW, il y avait une grosse attente de labos quand ils ont vu la présentation de Joao.
Suite à #3838, propose-t-on quelque chose à l'ensemble de nos utilisateurs, au moins pour une normalisation simple/codée en dur ? Des ~"server-config" #3901 ?
Au moins de la ~doc ?
cc @flothoniThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3895Comparer dans le client beaucoup de samples d'un coup2019-12-13T12:26:11+01:00Mathieu GiraudComparer dans le client beaucoup de samples d'un coup@Anne, dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3889#note_187960 :
> la visualisation par run est aussi un peu longue à ouvrir et pas très facile à manier (65 samples dans mon dernier run)
Oui ! C'est dommage. Nous avons des c...@Anne, dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3889#note_187960 :
> la visualisation par run est aussi un peu longue à ouvrir et pas très facile à manier (65 samples dans mon dernier run)
Oui ! C'est dommage. Nous avons des choses en cours de développement pour avoir une vue d'ensemble sur un run via une page du ~server (~"server\-qc\-stats"), mais on pourrait se demander ce qu'on pourrait voir depuis le ~client.
L'axe `number of samples sharing each clone` peut être utile. Voir par exemple http://app.vidjil.org/?set=30982&config=2&plot=v,nbSamples,grid&clone=7,25,166 , ici au moins trois clones se trouvent dans au moins 10 samples.
Y aurait-il un moyen de mieux voir cela ?
- limiter le ~"client\-graph" ? À un moment, on n'affichait qu'au plus 20 samples (mais c'était ~"server\-fuse"). Cela pourrait être une limitation soft, ou les données sont présentes et on se contente de cacher (dans l'épingle à droite) des choses (serait-ce plus rapide ?)
- enlever complètement le ~"client\-graph" ? (mais comment indiquer clairement qu'on visualise alors un sample ? mettre en valeur le nom du sample en haut à gauche ?)
- avoir par défaut une vue ~"client\-grid" avec l'axe `nbSamples` ? (~"!\-easy") Si on enlève le ~"client\-graph", on pourrait avoir cette vue en plus de la ~"client\-grid" habituelle.
- avoir une autre vue faite pour cela, qui remplace le ~client-graph et qui donne un "résumé" lisible (type #1887) ? (~"!\-hard")
cc @flothoni @mikael\-s
~"client\-axis"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3885Intro.js ou autres2021-11-19T11:06:57+01:00Mathieu GiraudIntro.js ou autresVu par @flothoni : https://introjs.com/
Existe-t-il d'autres solutions ?
Question @mikael\-s : peut-on interagir avec l'application pendant ce temps ?
Sinon, pas très différent d'une vidéo/screencast #2715. La question du contenu est o...Vu par @flothoni : https://introjs.com/
Existe-t-il d'autres solutions ?
Question @mikael\-s : peut-on interagir avec l'application pendant ce temps ?
Sinon, pas très différent d'une vidéo/screencast #2715. La question du contenu est orthogonale.
Plutôt ~"wont\-fix" pour l'instant.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3876Ajouter une colonne pourcentage par locus dans la liste des clones2019-03-28T13:38:28+01:00Thonier FlorianAjouter une colonne pourcentage par locus dans la liste des clonesIl semble que cela rentre dans les règles de définition de la clonalité. On pourrait imaginer affichier l'information aisément en rajoutant une colonne avec cette information. Cependant, je ne sais pas si cela ne surchargera pas trop cet...Il semble que cela rentre dans les règles de définition de la clonalité. On pourrait imaginer affichier l'information aisément en rajoutant une colonne avec cette information. Cependant, je ne sais pas si cela ne surchargera pas trop cette liste.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3873pouvoir restreindre les logs par patient/run2021-11-19T11:06:57+01:00Thonier Florianpouvoir restreindre les logs par patient/runJe sais que l'on log tout, mais il me semble que l'on affiche sans filtre les logs d'un groupe. On pourrait imaginer un process pour restreindre aux logs qui concerne directement le patient concerné.Je sais que l'on log tout, mais il me semble que l'on affiche sans filtre les logs d'un groupe. On pourrait imaginer un process pour restreindre aux logs qui concerne directement le patient concerné.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3860Tailles des clones uniquement sur les clones focus ?2019-03-21T17:08:30+01:00Mathieu GiraudTailles des clones uniquement sur les clones focus ?Quand on cache/affiche les locus, les tailles se mettent à jour.
Quand on focus/hide les clones, les tailles ne se mettent pas à jour. C'est normal si on veut "zoomer" sur des choses (background en dessous de clone majoritaire), mais pe...Quand on cache/affiche les locus, les tailles se mettent à jour.
Quand on focus/hide les clones, les tailles ne se mettent pas à jour. C'est normal si on veut "zoomer" sur des choses (background en dessous de clone majoritaire), mais peut-être pas dans d'autres applications.
Un paramètre pour dire par rapport à quoi la taille devrait être calculée ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3857Comparaison / overlap de répertoires via le client vidjil2020-07-29T18:36:20+02:00Mathieu GiraudComparaison / overlap de répertoires via le client vidjil(séparé depuis #3855)
@mikael-s : "savoir les clones qu'on retrouve, mais aussi les gènes V".
Très clairement certaines des réponses pourraient être via app-stats, dès qu'on est plus sur des distributions. stats#242.
Ici on parle des ...(séparé depuis #3855)
@mikael-s : "savoir les clones qu'on retrouve, mais aussi les gènes V".
Très clairement certaines des réponses pourraient être via app-stats, dès qu'on est plus sur des distributions. stats#242.
Ici on parle des possibilités du client, donc des comparaisons basées sur un nombre raisonnable de clones (mais attention à #2506 : discussion dans #3855). Nos solutions actuelles sont l'observation du ~client-graph et le préset ~client-log-log #998.
- Créer des samples virtuels ? `A\B` et `B\A`, `A or B`, `A and B`, voire `A xor B` ? Permet ensuite d'étudier pleinement ce sample virtuel selon des axes au choix.
- Modifier des samples existants ? (hum)
- Avoir un filtre pour, sans toucher aux samples, n'afficher que les clones avec une certaine relation avec un sample particulier ? ~"client-filter"
- autres idées ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3855Comparaison / overlap de répertoires : combien de clones ?2019-04-08T14:13:20+02:00Mathieu GiraudComparaison / overlap de répertoires : combien de clones ?@mikael\-s : "savoir les clones qu'on retrouve, mais aussi les gènes V".
Très clairement certaines des réponses pourraient être via ~"app\-stats", dès qu'on est plus sur des distributions stats#242. Discussion sur l'aspect client dans #...@mikael\-s : "savoir les clones qu'on retrouve, mais aussi les gènes V".
Très clairement certaines des réponses pourraient être via ~"app\-stats", dès qu'on est plus sur des distributions stats#242. Discussion sur l'aspect client dans #3857, ici discussion sur le nombre de clones : combien en faut-il pour étudier `A\B` et `B\A`, `A or B`, `A and B`, voire `A xor B` ?
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3853Comment calculer les informations à stocker pour des données pairées ou singl...2019-03-20T18:10:54+01:00Mikaël SalsonComment calculer les informations à stocker pour des données pairées ou single-cell ?Dans #2344 on parle de la manière de stocker les données. Mais qui produit ce fichier ? et comment ?
Pour un fuse sur ce type de données que veut dire un `-t 100` ? Si on a des chaines pairées on n'a pas envie de ne se retrouver qu'avec...Dans #2344 on parle de la manière de stocker les données. Mais qui produit ce fichier ? et comment ?
Pour un fuse sur ce type de données que veut dire un `-t 100` ? Si on a des chaines pairées on n'a pas envie de ne se retrouver qu'avec un seul clone de la paire (parce que le second ne serait pas dans le top 100). En gros on voudrait les 100 meilleures paires.
Mais avec du single cell, c'est différent. On ne veut pas les clones des 100 "meilleures" cellules. Que veut-on ? Le top X de toutes les cellules ?
Et qui produit le fichier ? Si on a 1000 cellules, c'est 1000 lancement de Vidjil-algo. Et donc c'est le fuse qui se charge de produire un fichier .vidjil final à partir des 1000 .vidjil ? (je ne parle volontairement pas des données pairées ici car je ne sais même pas sous quelle forme sont les données)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3846User interface for entering spikes2023-06-28T17:35:35+02:00Mathieu GiraudUser interface for entering spikes~"priority\-1\-low", we want to do #3838 first and to configure it by the ~"server\-admin".~"priority\-1\-low", we want to do #3838 first and to configure it by the ~"server\-admin".https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3836pouvoir composer les preprocess à la carte2020-07-28T11:54:45+02:00Thonier Florianpouvoir composer les preprocess à la carteUne idée venu en parlant avec Joao, mais peut-être compliqué et pas si intéréssante.
On pourrait imaginer que l'on puisse ajouter des preprocess d'après une liste de divers pre/post-process.
Dasn ce cas, on ajoute une ligne ou l'on peux...Une idée venu en parlant avec Joao, mais peut-être compliqué et pas si intéréssante.
On pourrait imaginer que l'on puisse ajouter des preprocess d'après une liste de divers pre/post-process.
Dasn ce cas, on ajoute une ligne ou l'on peux parametre ce preprocess (par exemple choisir le R1 ou R2, le fichier de spike-in, la longueur minimum pour un filtre, ...).
On ne saurait pas comment ensuite conserver ou affichier le résultat de ces différentes étapes.
Encore beaucoup de réfléxion nécessaire pour ce faire.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3832Upload puis lancement multiple via .csv2021-12-21T11:17:34+01:00Mathieu GiraudUpload puis lancement multiple via .csvSuggestion de Naïs ~"TOU\-Toulouse" qui va au-delà de #2891 : pouvoir même lancer, via un `.csv`, toutes les analyses, éventuellement avec une colonne spécifiant la ~"server\-config" voulue.
Faire déjà #2891.Suggestion de Naïs ~"TOU\-Toulouse" qui va au-delà de #2891 : pouvoir même lancer, via un `.csv`, toutes les analyses, éventuellement avec une colonne spécifiant la ~"server\-config" voulue.
Faire déjà #2891.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3826Événements pour un patient : vue dans le client2019-03-19T11:10:38+01:00Mathieu GiraudÉvénements pour un patient : vue dans le clientVoir #1361.
À supposer qu'on aie de telles données, comment les représenter ?
#1361 :
> des marqueurs sur le graphe (et sur les rapports .html / .pdf)
@flothoni, #3823:
> Soit faire un fond coloré entre deux dates, soit avoir un graph...Voir #1361.
À supposer qu'on aie de telles données, comment les représenter ?
#1361 :
> des marqueurs sur le graphe (et sur les rapports .html / .pdf)
@flothoni, #3823:
> Soit faire un fond coloré entre deux dates, soit avoir un graph secondaire avec une ligne pour chaque traitement qui suivrait les dates.
Cela me fait penser aussi à ~"bio\-external\-data", #1367...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3803Passer en HTML52019-03-15T17:04:14+01:00Thonier FlorianPasser en HTML5En recherchant comment renommer le nom du fichier obtenu par get_reads, je me suis creusé la tête, avant de comprendre que nous n'étions pas en html5 (d'après le doctype).
Or, l'attribut pour changer le nom du fichier n'est compatible q...En recherchant comment renommer le nom du fichier obtenu par get_reads, je me suis creusé la tête, avant de comprendre que nous n'étions pas en html5 (d'après le doctype).
Or, l'attribut pour changer le nom du fichier n'est compatible qu'avec le html5.
Je souhaiterais donc en faire l'usage, mais je ne sais aps encore si cela change beaucoup de chose.
A évaluer, pas forcement nécessaire pour une première itération de get_reads.
cc @magiraud @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3799Que se passe-t-il si on supprime une config ?2019-03-14T14:45:17+01:00Mikaël SalsonQue se passe-t-il si on supprime une config ?J'ai souvenir que ce n'est pas à faire mais sans en retrouver trace.
Perd-t-on l'accès à tous les résultats avec cette config ?
À clarifier et à documenter.J'ai souvenir que ce n'est pas à faire mais sans en retrouver trace.
Perd-t-on l'accès à tous les résultats avec cette config ?
À clarifier et à documenter.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3786Combos ?2019-03-11T04:45:55+01:00Mathieu GiraudCombos ?Est-ce que d'autres combos type #1582 seraient utiles ?
Par exemple des choses toute prêtes pour préfiltrage d'autre outils #xxx ?Est-ce que d'autres combos type #1582 seraient utiles ?
Par exemple des choses toute prêtes pour préfiltrage d'autre outils #xxx ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3745Gestion des erreurs client (et serveur ?)2021-09-09T18:42:05+02:00Mathieu GiraudGestion des erreurs client (et serveur ?)Gitlab s'interface désormais à Sentry : https://sentry.io/welcome/
On peut avoir une vue tel que : https://docs.gitlab.com/ce/user/project/operations/error_tracking.html#error-tracking-list...
Est-ce que cela vaurait le coup d'utiliser...Gitlab s'interface désormais à Sentry : https://sentry.io/welcome/
On peut avoir une vue tel que : https://docs.gitlab.com/ce/user/project/operations/error_tracking.html#error-tracking-list...
Est-ce que cela vaurait le coup d'utiliser quelque chose de ce type ?
Pour mémoire, on ramène bien les erreurs client par des appels à `database.js`, mais... on ne fait pas grand chose de cela.
cc @flothoni