vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-02-12T16:48:49+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4179Rupture de l'axe des Y / broken Y-axis2020-02-12T16:48:49+01:00Mathieu GiraudRupture de l'axe des Y / broken Y-axisDiscuté avec @mikael-s et @duez : devrait-on couper l'axe des Y pour voir un fond polyclonal sous un clone majoritaire (au lieu de la technique habituelle avec ~"client-filter") ?
Le soucis est qu'on veut toujours voir "l'écrasement". P...Discuté avec @mikael-s et @duez : devrait-on couper l'axe des Y pour voir un fond polyclonal sous un clone majoritaire (au lieu de la technique habituelle avec ~"client-filter") ?
Le soucis est qu'on veut toujours voir "l'écrasement". Par exemple, si le clone 1 est > 3-4 fois le clone 2, couper l'axe pour qu'il soit toujours au moins 2x plus gros que le clone 2. Ces cas peuvent cependant être très fréquents pour des échantillons de diag.
(Au passage, pas exactement sur le même sujet, https://www.data-to-viz.com/caveat/cut_y_axis.html)
@duez : "si on fait un truc automatique, il faudra avoir une préférence pour l'enlever"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4162Analysis valable pour tous les accès au sample2020-02-05T16:13:14+01:00Thonier FlorianAnalysis valable pour tous les accès au sampleJe pense qu'il y a une issue la dessus, mais je n'en retrouve pas de trace.
Maintenant que nous avons des utilisateurs qui regardent par run, nous nous retrouvons avec des annotations qui finissent dans le `.analysis` du run. Le souci e...Je pense qu'il y a une issue la dessus, mais je n'en retrouve pas de trace.
Maintenant que nous avons des utilisateurs qui regardent par run, nous nous retrouvons avec des annotations qui finissent dans le `.analysis` du run. Le souci est que ces informations ne sont pas disponible lorsque nous ouvrons les données par patient.
Les utilisateurs sont alors tentés de continuer à ouvrir le sample par l'accès au run.
Une solution naîve serait d'avoir un `.analysis` propre à chaque sample, accessible aussi bien lorsque l'on adccède au run qu'au patient. Mais nous avons alors un souci si un clone XXX du sample A est renommé xxx dans le sample B d'un run et yyy dans le sample C d'un patient. Ce n'est là qu'un exemple des nombreux effet de bords.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4159maj de la liste des patients/runs necessite un refresh de la page2020-01-24T09:24:37+01:00Thonier Florianmaj de la liste des patients/runs necessite un refresh de la pageAprès avoir créé un/des patient(s), run(s), il est parfois nécessaire de rafraîchir la page pour permettre de les voir apparaître dans la liste.
Il me semble que nous ne rafraîchissons pas toujours car cela est coûteux en terme d'accès ...Après avoir créé un/des patient(s), run(s), il est parfois nécessaire de rafraîchir la page pour permettre de les voir apparaître dans la liste.
Il me semble que nous ne rafraîchissons pas toujours car cela est coûteux en terme d'accès à la base (mais pas si long je crois). C'est ça ? De même, est-il possible de le lancer au moment ou l'on arrive sur la page d'ajout/édition d'un sample pour ne pas avoir à attendre dans ce cas ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4156Zone de commentaire par clone sur le rapport et/ou le panel info d'un clone2021-11-19T11:06:57+01:00Thonier FlorianZone de commentaire par clone sur le rapport et/ou le panel info d'un clone~"REN-Rennes" n'utilise pour le moment pas la génération de rapport depuis l'interface. ils copient/collent les exports fasta, font leur design d'amorce dans un fichier texte.
Une solution serait d'avoir la possibilité d'ouvrir une zone...~"REN-Rennes" n'utilise pour le moment pas la génération de rapport depuis l'interface. ils copient/collent les exports fasta, font leur design d'amorce dans un fichier texte.
Une solution serait d'avoir la possibilité d'ouvrir une zone de texte associée à chaque clone présent dans le rapport. Pour ne pas encombrer inutilement le rapport, nous pourrions imaginer un bouton"`+` ou autre à la fin de la ligne clone qui permettrai d'ajouter une zone de texte en dessous de chaque clone pour que les utilisateurs puissent y coller ce genre d'informations supplémentaires.
Point bonus; ces informations doivent-elles être sauvegardées dans le `.analysis` ? Dans ce cas quelle serait le meilleur endroit pour les rentrer ? Depuis le panel info d'un clone via une zone texte ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4152only/except pour remplacer feature-a ?2020-02-20T16:36:27+01:00Mathieu Giraudonly/except pour remplacer feature-a ?Cas particulier de #3588, viendra une fois qu'on aura du recul déjà sur #4148.
De quoi `feature-a` doit dépendre ? Je vois déjà:
```yaml
only:
changes:
- algo/**/*
- doc/vidjil-algo.md # les tangles
- germline/g...Cas particulier de #3588, viendra une fois qu'on aura du recul déjà sur #4148.
De quoi `feature-a` doit dépendre ? Je vois déjà:
```yaml
only:
changes:
- algo/**/*
- doc/vidjil-algo.md # les tangles
- germline/germline_id
- germline/*.g
- tools/**/* # on pourrait être plus précis
```
Les `**/*` ailleurs que dans `algo/` peuvent être problématiques, le soucis est qu'on risque de lancer souvent pour rien #3397 (mais c'est très bien si on détecte ainsi des problèmes).
À l'inverse, même si on ne couvre pas 100% (et c'est déjà le cas actuellement, ou on "oublie" de nommer correctement une branche à certains moments), normalement on a un pipeline hebdomadaire sur `dev` qui teste tout, il faudra veiller à ce qu'il soit bien conservé.
Bref, a priori quelques fichiers `germline/`, plutôt que `germline/**/*` (le but est bien de pouvoir travailler sur une `feature-g` indépendamment de l'algo)
Quelque part cela fait réfléchir à nos dépendances (et à #1491 :).2020-04-02https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4146Surveiller par CI des mesures de temps2020-01-21T16:39:22+01:00Mathieu GiraudSurveiller par CI des mesures de tempsExtrait de #2196 (mais pourrait aussi s'appliquer à ~"cpp-speed" et ~"server-speed"):
> Idéalement, un jour on aimerait (...) surveiller cela par ~"dev-ci".
> Un test sur un slave fixe, et trouver comment indiquer cela (un temps en dur...Extrait de #2196 (mais pourrait aussi s'appliquer à ~"cpp-speed" et ~"server-speed"):
> Idéalement, un jour on aimerait (...) surveiller cela par ~"dev-ci".
> Un test sur un slave fixe, et trouver comment indiquer cela (un temps en dur dans un fichier, et le test plante si +/- 10%) ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4139Nouvelle vue dédiée à l'affichage de beaucoup de samples2020-12-04T13:51:17+01:00Mathieu GiraudNouvelle vue dédiée à l'affichage de beaucoup de samplesDepuis #4105 :
> À terme, il faudra une autre ~"client-views" dédiée à cela.
On fait pour l'instant des choses pour améliorer le ~"client-graph" actuel, mais se poser les questions de ce que l'on veut si on a 50, 100, 500+ échantillons...Depuis #4105 :
> À terme, il faudra une autre ~"client-views" dédiée à cela.
On fait pour l'instant des choses pour améliorer le ~"client-graph" actuel, mais se poser les questions de ce que l'on veut si on a 50, 100, 500+ échantillons, ce qui pourrait arriver avec single cell #3233 ou autres. Ne pas recréer ~"app-stats" non plus :)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4135N'avoir qu'un sample ouvert par shift+clic sur la nouvelle graph-list2020-06-08T11:23:22+02:00Thonier FlorianN'avoir qu'un sample ouvert par shift+clic sur la nouvelle graph-listCertain utilisateurs aimerait n'afficher qu'un sample à la fois. On peux maintenant le faire avec le travaille sur #4105.
Une fonction intéressante à rajouter est de pouvoir restreindre l'affichage à un seul sample.
Pour le moment, il ...Certain utilisateurs aimerait n'afficher qu'un sample à la fois. On peux maintenant le faire avec le travaille sur #4105.
Une fonction intéressante à rajouter est de pouvoir restreindre l'affichage à un seul sample.
Pour le moment, il faudrait faire hide all, puis ajouté le sample d'intérêt, puis cahcer le sample qui a du rester actif lors du hide all (long et fastidieux).
Je pense que l'une des solutions est de détecter lors du clic/dblclick l'appui sur la touche `shift` pour conserver le même comportement que sur les locus.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4129réflexion sur les intéractions sur la liste, renommage des clones2020-06-23T09:35:04+02:00Thonier Florianréflexion sur les intéractions sur la liste, renommage des clonesA l'usage, je me demande si nous pourrions pas modifier des interactions avec la liste des clones.
Par exemple, un double clic actuellement passe en mode édition le nom du clone. Je me demande si cette action de devrait pas être réalis...A l'usage, je me demande si nous pourrions pas modifier des interactions avec la liste des clones.
Par exemple, un double clic actuellement passe en mode édition le nom du clone. Je me demande si cette action de devrait pas être réalisée depuis la fenêtre info. Via un bouton édition par exemple, que ce soit directement dans la liste ou bien dans le panneau info.
Dans ce cas en plus, on libère le double clic qui permettrait de switcher ce panneau show/hide. Je pense que les utilisateurs utilise bien plus souvent cette action que le renommage et que ça simplifierait son appel.
De plus, le mode édition ne se ferme que si l'on click sur le bouton save. Nous pourrions aussi détecter l'appui sur la touche echap ou bien un clic en dehors de cette zone pour fermer celle-ciÉhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4126Panneau clone info, afficher les size 0 avec un fond gris ?2020-01-17T17:12:07+01:00Thonier FlorianPanneau clone info, afficher les size 0 avec un fond gris ?Je repense à l'utilisation lorsque l'on ouvre un clone et que nous avons beaucoup de samples. Quand on cherche à lire la contamination, il y aurait un moyen d'améliorer la lecture de sa présence. Pour ce faire, il faudrait mettre une cou...Je repense à l'utilisation lorsque l'on ouvre un clone et que nous avons beaucoup de samples. Quand on cherche à lire la contamination, il y aurait un moyen d'améliorer la lecture de sa présence. Pour ce faire, il faudrait mettre une couleur dans la case associée à sa taille si il a une valeur nulle (ou inversement suivant ce qui est la plus lisible, mais je préfère la première pour une utilisation plus courante).
De même, on pourrait imaginer avoir un bouton qui cache les colonnes des samples dans lesquels il n'est pas présent pour plus de lisibilité. Version hard: avoir même un seuil modulable par l'utilisateur pour cacher ces samples.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4118Comment visualiser qu'un utilisateur est "désactivé" ?2023-11-06T17:48:57+01:00Thonier FlorianComment visualiser qu'un utilisateur est "désactivé" ?En faisant une extraction de la base pour voir les utilisateurs liés à un groupe, je m'aperçois que je n'ai pas de moyen de savoir si un utilisateur a été désactivé.
Il me semble en avoir déjà désactivé un de la liste. En plus, je vois ...En faisant une extraction de la base pour voir les utilisateurs liés à un groupe, je m'aperçois que je n'ai pas de moyen de savoir si un utilisateur a été désactivé.
Il me semble en avoir déjà désactivé un de la liste. En plus, je vois que cet utilisateur ne s'est pas connecté depuis 2018, donc ça semble correspondre à mon souvenir. Cependant, je ne retrouve pas de trace dans mes mails.
Une solution serait de voir si le mot de passe à été désactivé, depuis web2py, mais ce n'est pas non plus le plus simple.
La solution optimale serait d'avoir un attribut propre à l'utilisateur dans la base. On pourrait aussi limiter les accès directement depuis la valeur de cet attribut.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4110Afficher le changelog à la première connexion après update interface/algo2020-01-17T10:22:09+01:00Thonier FlorianAfficher le changelog à la première connexion après update interface/algoOn pourrait imaginer un panneau qui s'affiche si un utilisateur accède au service après une release algo ou client (un attribut connectedSinceLastRelease en bdd ?).
De même, on pourrait avoir un accès direct à une liste des changelogs ...On pourrait imaginer un panneau qui s'affiche si un utilisateur accède au service après une release algo ou client (un attribut connectedSinceLastRelease en bdd ?).
De même, on pourrait avoir un accès direct à une liste des changelogs via un bouton help, qui retracerait les changelogs pour remonter dans le temps et voir quand une modification est possiblement apparue, avec un indicateur algo/client (texte+code couleur ?), la date et la liste des modifs.
Cela va de pair avec la qualité pour le COFRAC qui indique qu'il doit y avoir un moyen efficace de connaître les modifications de nature à modifier les résultats ou la technique d'analyse (les manipulations dans l'interface par exemple). On a déjà les notifications, mais je ne suis pas certai que ce soit aussi efficace qu'un bon modal intrusif.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4108À quoi sert la relance du KmerMultiSegmenter avec -c clones ?2019-12-16T07:18:35+01:00Mathieu GiraudÀ quoi sert la relance du KmerMultiSegmenter avec -c clones ?Back to 2015.
- "Re-launch KmerMultiSegmenter for debug purposes", au milieu de choses pour l'export json 2315f3055
- puis e-value 4a87b4eb4
- multiplieur 000a7728d
Aujourd'hui, le `kseg` venant de cette relance est bien utilisé (sur...Back to 2015.
- "Re-launch KmerMultiSegmenter for debug purposes", au milieu de choses pour l'export json 2315f3055
- puis e-value 4a87b4eb4
- multiplieur 000a7728d
Aujourd'hui, le `kseg` venant de cette relance est bien utilisé (sur les 100 clones) pour remplir le json (donc ce n'est pas du ~"dev-dead-code")... et je crois me souvenir que c'est parce que on ne stocke pas tous les `KmerSegmenter` lors de la première passe (~"cpp-mem").
... mais j'ai l'impression que cette relance n'est pas utilisé pour le Fine suivant (qui se base sur `segmented_germline = windowsStorage->getGermline();` venant du premier lancement). Bref, le `kseg` relancé sert-il uniquement à remplir le json (quoi exactement), et est-il indispensable ? (Ah si, affects ?)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4096Modulariser le conf.js (vues ou autres)2019-12-10T13:51:47+01:00Mathieu GiraudModulariser le conf.js (vues ou autres)
Proposition de @duez: par défaut un seul fichier de conf, fichiers séparés possibles et/ou
plus hiérarchisé.
Voir aussi lien avec add-ons persos.
Proposition de @duez: par défaut un seul fichier de conf, fichiers séparés possibles et/ou
plus hiérarchisé.
Voir aussi lien avec add-ons persos.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4085Améliorer l'efficacité de l'aligneur2021-04-08T08:31:50+02:00Mikaël SalsonAméliorer l'efficacité de l'aligneurLorsqu'on sélectionne beaucoup de clones, le segmenteur rame pour les ajouter.
@duez a des idées pour améliorer cela. L'idée serait de précharger toutes les séquences dans le segmenteur (le volume de données et la quantité de tags me fa...Lorsqu'on sélectionne beaucoup de clones, le segmenteur rame pour les ajouter.
@duez a des idées pour améliorer cela. L'idée serait de précharger toutes les séquences dans le segmenteur (le volume de données et la quantité de tags me fait un peu peur, mais Marc a l'air serein !) pour éviter d'avoir à ajouter (et supprimer) plein de choses à la volée.
Des tests à mener, déjà pour voir si une machine modeste tient bien le choc en insérant tout d'un coup.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4071Coloration en fonction de la fluctuation d'un clone2021-11-19T11:06:56+01:00Thonier FlorianColoration en fonction de la fluctuation d'un cloneAjouter une coloration en fonction de la fluctuation d'un clone à travers les samples ? Si il augmente (et qu'il a déjà atteint un seuil de X% pour restreindre possiblement aux clones d'intérêts), il a une couleur dédiée. Celle-ci serait...Ajouter une coloration en fonction de la fluctuation d'un clone à travers les samples ? Si il augmente (et qu'il a déjà atteint un seuil de X% pour restreindre possiblement aux clones d'intérêts), il a une couleur dédiée. Celle-ci serait plus ou moins marquée suivant sa valeur courante et/ou s'il augmente de manière régulière sur les 3 derniers points ou si il explose sur le dernier. Idem si il diminue.
Possiblement compliqué sur les critères, cela permettrait de voir facilement un sous clone qui apparaît.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4068Mécanisme pour afficher/comparer des valeurs sur tous les samples2023-06-28T17:12:15+02:00Mathieu GiraudMécanisme pour afficher/comparer des valeurs sur tous les samplesGénéralise #4038.
@flothoni :
> Il faudrait donc avoir accès à un tableau qui indique les valeurs pour tout les samples.
Et/ou une manière d'afficher cela dans le ~"client-graph".
Les valeurs peuvent être aussi ~"bio-external-data" (o...Généralise #4038.
@flothoni :
> Il faudrait donc avoir accès à un tableau qui indique les valeurs pour tout les samples.
Et/ou une manière d'afficher cela dans le ~"client-graph".
Les valeurs peuvent être aussi ~"bio-external-data" (où en est-on, cela fonctionne-t-il toujours ?) #1367
> Il faudrait un bouton dédié ou une entrée dans un menu ?
> Au passage, on pourrait souhaiter la même démarche pour l'ensemble du log des samples, pouvoir comparer en une fois les longueurs moyennes des reads du locus XXX, les nombres de reads d'origines, ... De plus, il faudrait probablement être capable de transformer le log en variables.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4067meilleur gestion des séquences germline dans le segmenteur2019-11-26T12:46:16+01:00Thonier Florianmeilleur gestion des séquences germline dans le segmenteurCas pratique: On sélectionne un clone, puis on ajoute les séquences germline.
Que doivent devenir les séquences germline dans le cas ou l'on change de clone. Faut-il les supprimer ? Les remplacer par celles du nouveau clone ? Si sélecti...Cas pratique: On sélectionne un clone, puis on ajoute les séquences germline.
Que doivent devenir les séquences germline dans le cas ou l'on change de clone. Faut-il les supprimer ? Les remplacer par celles du nouveau clone ? Si sélection multiple conserver les anciennes et ajouter les nouvelles automatiquement ?
Si on supprime un clone de la liste du segmenteur, faut-il aussi supprimer ses germlines qui ne sont plus présentes chez aucun autres clones ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4055Copier (coller) un clone dans le presse-papier2020-05-06T16:44:30+02:00Mathieu GiraudCopier (coller) un clone dans le presse-papierJ'écris un mail (ou une issue; ou autre chose) concernant un sample. J'aimerais pouvoir facilemet copier un clone. Actuellement, on peut sélectionner, faire un export fasta, ou bien un getInfoHtml, puis faire du sélection/copier dedans.
...J'écris un mail (ou une issue; ou autre chose) concernant un sample. J'aimerais pouvoir facilemet copier un clone. Actuellement, on peut sélectionner, faire un export fasta, ou bien un getInfoHtml, puis faire du sélection/copier dedans.
On pourrait peut-être remplir le presse-papiers, soit tout seul, soit avec raccourci clavier Ctrl+C ?
Et/ou faire que le texte dans ~"client-cloneList" et ~"client-segmenter" soit sélectionnable (peut-être mauvaise idée, entre en conflit avec d'autres choses ~"client-ergonomy") ?
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4052Comment empêcher un clash de clés entre le modèle et le .json lu ?2019-11-15T19:13:38+01:00Mikaël SalsonComment empêcher un clash de clés entre le modèle et le .json lu ?Dans le modèle, à la lecture du fichier JSON envoyé par le serveur, nous faisons :
```python
//copy .vidjil file in model
for (var key in data){
if (key != "clusters") self[key] = jQuery.parseJSON(JSON.string...Dans le modèle, à la lecture du fichier JSON envoyé par le serveur, nous faisons :
```python
//copy .vidjil file in model
for (var key in data){
if (key != "clusters") self[key] = jQuery.parseJSON(JSON.stringify(data[key]))
}
```
Potentiellement cela écrase donc des propriété existantes (voire des fonctions). On descend tout d'un niveau ? Tout ce qui est lu serait mis dans une propriété `json` par exemple ?
Ce n'est pas juste une question théorique, le problème se pose concrètement ici : #4046. Le champ `config` du fichier produit par Vidjil écrase le `m.config` pré-existant, ce qui conduit à l'URL qui change.
/cc @duez