vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-06-10T22:16:52+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2351Comment désactiver un compte ? Le retirer d'un groupe ?2020-06-10T22:16:52+02:00Mikaël SalsonComment désactiver un compte ? Le retirer d'un groupe ?Discussion avec @flothoni à propos d'un compte utilisateur à désactiver :
> pour le compte […] qui doit être
> désactivé, on peux se contenter de lui retirer les droits d'accès à tous
> les groupes sans pour autant lui effacé son c...Discussion avec @flothoni à propos d'un compte utilisateur à désactiver :
> pour le compte […] qui doit être
> désactivé, on peux se contenter de lui retirer les droits d'accès à tous
> les groupes sans pour autant lui effacé son compte non ? Cela assure un
> backup si pour une raison ou une autre elle revient à avoir besoin d'un
> accès à son compte ?
>
> En fait, ça me pose une seconde question. Si elle est dans plusieurs
> groupes, le sien et celui de [son hôpital], comment sont réattribué ses
> fichiers si on l’efface ou la supprime du compte de [son hôpital]?
Quel processus pour désactiver un compte ? Le supprimer du groupe de son hôpital ne permettrait plus à son hôpital d'accéder aux fichiers uploadés par l'utilisatrice. On ne peut pas retirer tout droit à l'utilisatrice car les droits pertinents ici sont ceux du groupe.
Faut-il supprimer son mot de passe pour empêcher toute connection ?
@RyanHerb, expert des groupes ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2327Export csv : autres infos2022-06-20T17:03:49+02:00Mathieu GiraudExport csv : autres infosOn n'a pas touché à l'export csv depuis plus de deux ans (e8d2913, a8b354b4, f6de8a5b6e, de79ac2a).
Profiter de #2326 pour éventuellement rajouter d'autres choses.
Productivité ? Nom original ? D'autres idées ?
cc @RyanHerb @mikael-sOn n'a pas touché à l'export csv depuis plus de deux ans (e8d2913, a8b354b4, f6de8a5b6e, de79ac2a).
Profiter de #2326 pour éventuellement rajouter d'autres choses.
Productivité ? Nom original ? D'autres idées ?
cc @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2259Lancer tous les tests should-vdj avec une seule instance de Vidjil ?2022-02-16T16:22:00+01:00Mikaël SalsonLancer tous les tests should-vdj avec une seule instance de Vidjil ?J'anticipe que les tests avec Aho seront plus longs car :
1. la construction de l'automate est plus longue que de mettre des k-mers dans une table ;
2. la destruction de l'automate est assez longue (il faut parcourir l'automate en profo...J'anticipe que les tests avec Aho seront plus longs car :
1. la construction de l'automate est plus longue que de mettre des k-mers dans une table ;
2. la destruction de l'automate est assez longue (il faut parcourir l'automate en profondeur pour le détruire).
Ce n'est pas un problème en pratique car c'est bien l'étape d'analyse des données qui dominera largement le temps. Mais c'est un problème pour les tests car Vidjil est lancé très souvent avec un rechargement à chaque fois des germlines, surtout pour les should-vdj. Pourrait-on faire un gros fichier .fa concaténant tous les should-vdj et lancer Vidjil une seule fois dessus ?
cc @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2247Inventaire des warnings dans le fichier .vidjil et ailleurs2021-02-03T09:08:25+01:00Mathieu GiraudInventaire des warnings dans le fichier .vidjil et ailleursPour l'instant, on a quelques warnings par clone qui sont affichés, côté ~client, dans `builder.js`. On pourrait avoir un mécanisme plus général, pour afficher dans le ~client des warnings. Nous avons ajouté un champ `warn`) dans le `.v...Pour l'instant, on a quelques warnings par clone qui sont affichés, côté ~client, dans `builder.js`. On pourrait avoir un mécanisme plus général, pour afficher dans le ~client des warnings. Nous avons ajouté un champ `warn`) dans le `.vidjil, que ce soit par clone ou en global #2916. Mais cela ne suffit pas pour les ~"server-pre-process"...
Inventaire des warnings possibles, à compléter / discuter / implémenter -> https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/blob/dev/doc/warnings.md
cc @mikael-s @RyanHerb @flothoniThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2244Deux scatterplots, en particulier lorsqu'il y a qu'un seul sample2017-11-18T12:24:04+01:00Mathieu GiraudDeux scatterplots, en particulier lorsqu'il y a qu'un seul sampleDiscuté avec @aurelBZH, @RyanHerb et @mikael-s il y a quelques jours, mais aussi il y a fort longtemps avec @Zeud.
On pourrait mettre deux scatterplots, typiquement pour avoir une vue "Genescan" en même temps qu'une vue grille "V/J". ...Discuté avec @aurelBZH, @RyanHerb et @mikael-s il y a quelques jours, mais aussi il y a fort longtemps avec @Zeud.
On pourrait mettre deux scatterplots, typiquement pour avoir une vue "Genescan" en même temps qu'une vue grille "V/J". Ce serait particulièrement pertinent pour l'affichage par défaut d'un seul sample (où, pour l'instant, le graphe est minimisé)... et donnerait plus d'informations à nos usagers d'un premier coup d'oeil pour les échantillons type diagnostic.
- Cela ferait en fait trois zones à droites (un graphe, deux scatterplots). N'oublions pas que le graphe est présent mais minimisé quand il n'y a qu'un point. Comment gérer cela ? Aller jusqu'à quelque chose de générique (`n` vues stackées, penser en particulier au responsive #1740 ?)
- Pour ~"client-api", quelque chose comme `plot2=x,y`
cc @flothoniWeb 2017.11https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2175Liste et segmenteur : affichage flexible d'axes2017-05-11T13:27:32+02:00Mathieu GiraudListe et segmenteur : affichage flexible d'axesOn en a déjà parlé plusieurs fois, mais on vient de se rendre compte avec @RyanHerb que cela pourrait être vraiment très général.
On souhaiterait pouvoir afficher n'importe quel axe dans la liste ou le segmenteur. Pour l'instant, à côté...On en a déjà parlé plusieurs fois, mais on vient de se rendre compte avec @RyanHerb que cela pourrait être vraiment très général.
On souhaiterait pouvoir afficher n'importe quel axe dans la liste ou le segmenteur. Pour l'instant, à côté du nom du clone, on affiche la taille, le tag, et éventuellement d'autres choses dans le segmenteur (notamment la productivité). On pourrait avoir des listes pour choisir les axes à afficher (et certians axes ont des affichages / contrôles particuliers, comme les étoiles de tag.
En lien avec #1763 et #2174.
cc @mikael-s @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2172Tags: modèle, recherches2017-10-06T13:41:46+02:00Mathieu GiraudTags: modèle, recherchesVoir la discussion initiée par @flothoni dans #2170, et la vieille tâche #1745.
Les tags (en général, hors cas particuliers comme #1555) seraient des simples mots présents dans les infos d'un sample set et/ou d'un sample. On souhaite ic...Voir la discussion initiée par @flothoni dans #2170, et la vieille tâche #1745.
Les tags (en général, hors cas particuliers comme #1555) seraient des simples mots présents dans les infos d'un sample set et/ou d'un sample. On souhaite ici mieux gérer ces tags tels que `#bla` (ou `#mrd`, en attendant #1555).
Idées en vrac, à discuter / compléter :
- (affichage d'une fiche) afficher les tags d'une certaine manière (en inline, comme ~"bio-metadata" dans gitlab ?)
- (affichage d'une liste de sample sets / samples) afficher certains tags dans la liste
- (recherche/édition) proposer une liste de tags à côté des champs de recherche
- (recherche/édition) faire de l'autocomplétion lorsqu'on saisit `#` dans ces champs
- ...
cc @mikael-s @RyanHerbWeb 2017.09Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2170Pouvoir ajouter des catégories pour des patients/samples2017-10-06T13:41:46+02:00Thonier FlorianPouvoir ajouter des catégories pour des patients/samplesDemande de Rennes qui demande refléxion.
>Est-il envisageable qu'un utilisateur ait des categories (mrd, diag, recherche, mutéXXX, ...) pour ouvoir classer ses patients, et ensuite cliquer pour filtrer sur ce champs ?
L'idée ici serait...Demande de Rennes qui demande refléxion.
>Est-il envisageable qu'un utilisateur ait des categories (mrd, diag, recherche, mutéXXX, ...) pour ouvoir classer ses patients, et ensuite cliquer pour filtrer sur ce champs ?
L'idée ici serait de filtrer les données de recherche, et restreindre l'affichage uniquement aux patients correspondant à l'une ou l'autre de ces deux categories seulement.
Seconde possibilité, une union entre ces differents filtres ?
D'un point de vue technique, il faut rajouter un champs dans la base qui servira de filtre., et adapter la requete avec cette information.
Il faut aussi prévoir une page de création/modifications des categories, et un champs supplémentaire lors de la creation/modification d'un patient
L'autre point, c'est que ça peut rallonger le délai de traitement sur le BDD.
Il s'agit d'une piste de réflexion, je ne sais pas si au vue des contraintes c'est envisageable.
@magiraud @mikael-s @RyanHerbWeb 2017.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2131Des workers meurent silencieusement2022-06-20T15:04:27+02:00Mikaël SalsonDes workers meurent silencieusementSur vda nous n'avons que deux workers en ce moment au lieu des 4 paramétrés. Qu'est-ce qui explique ces pertes ? Les workers ne sont pas supposés se relancer à leur décès ?
cc @magiraud @RyanHerbSur vda nous n'avons que deux workers en ce moment au lieu des 4 paramétrés. Qu'est-ce qui explique ces pertes ? Les workers ne sont pas supposés se relancer à leur décès ?
cc @magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2100Docker: fournir un bon moyen de changer certains mots de passe2017-10-25T04:12:33+02:00Ryan HerbertDocker: fournir un bon moyen de changer certains mots de passeLorsqu'on installe la vidjil il y a un certain nombre de mots de passe ou fichiers d'authentification/certificats qui sont créés, auxquels l'utilisateur doit fournir une entrée. Notamment le certificat ssl par défaut, et le mot de passe ...Lorsqu'on installe la vidjil il y a un certain nombre de mots de passe ou fichiers d'authentification/certificats qui sont créés, auxquels l'utilisateur doit fournir une entrée. Notamment le certificat ssl par défaut, et le mot de passe web2py.
Lors de la phase de build de l'image docker des valeurs par défaut ont dû être fournies car on n'a pas la main pour demander des entrées auprès de l'utilisateur.
Mais il n'y a pas encore de moyen facile pour les changer. Pour les certificats ssl il s'agirait d'ajouter un volume à la configuration docker-compose. Pour le mot de passe web2py il s'agirait de traiter le fichier parameters_443.py comme les autres fichiers de conf, comme conf.js et defs.py et fournir un script pour changer le mot de passe.
@mikael-s @magiraudRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2063Export/import d'un patient/run/sample_set ou d'un ensemble de samples2017-10-27T12:44:24+02:00Thonier FlorianExport/import d'un patient/run/sample_set ou d'un ensemble de samplesEvoqué à Rennes :
Possibilité d'envoyer/partager un patient entre deux hopitaux.
Cas pratique :
Mr Durand est aujourd'hui traité à Lille.
Demain, il prévoit de déménager à Paris.
Les cliniciens de Paris pourront-il recupere...Evoqué à Rennes :
Possibilité d'envoyer/partager un patient entre deux hopitaux.
Cas pratique :
Mr Durand est aujourd'hui traité à Lille.
Demain, il prévoit de déménager à Paris.
Les cliniciens de Paris pourront-il recuperer les données généré à Lille pour poursuivre son analyse ? (hormis de possible questions de droits)
Concretement :
Faut-il leur dire de s'échanger les données fastq et de recréér un "patient" dasn la nouvelle structure ?
Faire un export de l'objet "patient" et de tous ce qui lui est associé, avec un protocole d'import de l'autre coté ? On peux ainsi conserver les notes et rapports déjà édités.
Comment le faire aujourd'hui avec l'approche centralisé ? Un changement de droits dans la base de données suffit ?
@magiraud @mikael-s @RyanHerbprod-server-lilRyan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2062Authentification par LDAP2021-10-22T11:07:25+02:00Thonier FlorianAuthentification par LDAPEvoqué au CHU de Rennes :
Possibilité de passer par un system d'authentification par LDAP.
Celui-ci permettrait de révoquer ou autoriser les accès plus simplement sans avoir à gérer la création de compte pour l'admin local.
D'après ...Evoqué au CHU de Rennes :
Possibilité de passer par un system d'authentification par LDAP.
Celui-ci permettrait de révoquer ou autoriser les accès plus simplement sans avoir à gérer la création de compte pour l'admin local.
D'après eux, relativement répandu comme système de gestion des accès. Cela dit, pas obligatoire du tout.
Pour l'application à Vidjil, il faudrait quand meme que l'ensemble des comptes pointent vers un meme groupe d'utilisateurs pour partager les données et résultats de patients.
@magiraud @mikael-s @RyanHerbmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2011Ne pas lancer fuse quand le nombre de samples est trop important ?2017-05-22T17:09:00+02:00Vidjil TeamNe pas lancer fuse quand le nombre de samples est trop important ?Discussion cet après-midi, suite aux problèmes de place sur /mnt/result : Mathieu propose de ne pas lancer fuse lorsque le nombre de samples est supérieur à un nombre (p. ex. 20). Cela permet d'économiser de la place (et du temps CPU : u...Discussion cet après-midi, suite aux problèmes de place sur /mnt/result : Mathieu propose de ne pas lancer fuse lorsque le nombre de samples est supérieur à un nombre (p. ex. 20). Cela permet d'économiser de la place (et du temps CPU : un fuse sur 100 fichiers prend du temps).
De plus le fuse est lancé autant de fois qu'il appartient à de sample sets (donc au moins 2, non ?).
***
753e78c : On ne garde que les 16 premiers. C'est peut-être un peu brutal de faire cela au niveau de fuse.py, mais bon, cela renvoie tout de même un .vidjil pour une visualisation sur les premiers échantillons.
***
Ça me paraît un peu rapide. On n'a pas vraiment de solution pour « degrade gracefully ».
Garde les 16 premiers : est-ce que ça veut dire qu'on va fusionner toujours les mêmes sur le serveur s'il y a plus de 16 fichiers ? Comment on fait pour avoir les autres ? Le custom fuse ne permet pas de sauvegarder les analyses.
Côté serveur il faudrait avertir les utilisateurs qu'ils ne verront que 16 fichiers.
Il y a des utilisateurs avec plus de 16 fichiers, et ça peut faire sens : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=790&config=25
Le problème est surtout avec les runs ou avec Kiel qui met plein d'échantillons différents dans un même patient. Les clones n'ont rien à voir d'un échantillon à l'autre et donc on se retrouve avec des dizaines de milliers de clones dans le fichier. Une autre solution peut être de réduire le top lorsque le nombre de fichier augmente.
***
D'autant plus que l'utilisateur qui nous pause problème à ce sujet n'utilise pas le fuse automatique mais plutôt le custom_fuse, non ? Ne pourrait-ton pas simplement avoir des configs qui fusent et d'autres non ?
***
Oui, effectivement ça serait une solution simple de proposer à Kiel une config sans fuse (on sait faire ça ?).
***
Je pense qu'il y a un bout de code à changer pour que le run accepte de ne pas fuse, mais oui je pense que c'est possible.
***
Oui, le coup de la config en plus, pourquoi pas !
Ou même... la config par défaut pourrit faire 16 fichiers au plus, et on a une config spéciale si quelques gens veulent avoir beaucoup de points.
> « degrade gracefully ».
> Garde les 16 premiers : est-ce que ça veut dire qu'on va fusionner toujours les mêmes sur le serveur s'il y a plus de 16 fichiers
C'est une bonne question. Mais que cela soit oui ou non, c'est un "degrade gracefully" si on montre 16 points... et si on dit qu'on a une autre config si vraiment on veut avoir d'autre chose.
Enfin, quitte à avoir une autre config, on pourrait aussi régler plus finement les paramètres du fuse (top et autres).
***
Ça me semble plus simple de demander à Kiel d'utiliser une config sans fuse, plutôt que de mettre en place le nécessaire pour avertir les utilisateurs que quand il y a plus de X fichiers ils ne verront pas tous les résultats et qu'ils doivent lancer avec une autre config (en espérant qu'il y ait une config correspondante avec un fuse infini).
Autre exemple, si j'uploade 20 fichiers dans mon run (ce qui n'est pas délirant), j'ai envie de savoir si j'ai de la conta entre mes 20 fichiers pas entre 16 fichiers plus ou moins choisis aléatoirement (dont l'ordre dépendra de l'upload).
En fait plus j'y réfléchis, plus j'ai l'impression qu'un top qui diminue progressivement avec le nombre de fichiers fournit une solution plus satisfaisante (et même pas besoin de demander à Kiel d'utiliser une autre config, on peut mais ça n'est pas indispensable).
***
> plutôt que de mettre en place le nécessaire pour avertir les utilisateurs
Je ne suis pas d'accord sur ce point, c'est très simple avec les notifications. Cela permet d'avoir, par défaut, un comportement correct pour la majorité des utilisateurs, et de les inciter à utiliser correctement les patients. (Et s'ils leur manquent quelque chose, c'est facile de rajouter une config pour un user, pour des bonnes raisons). Je préfère être sûr, dès maintenant, que tous les utilisateurs font ce qu'il faut (et traiter au cas par cas quelques cas comme Kiel) plutôt que de retomber dans quelques mois sur un autre utilisateur qui fera pareil.
> Autre exemple, si j'uploade 20 fichiers dans mon run (ce qui n'est pas délirant)
Oui, tout à fait ! 16 est un exemple, cela peut être 32 ou 42 :-) Dans tous les cas, au-delà de 8-10 simples, on devrait cacher sur le graphe (cf une autre tâche). Et encore plus si on fait des SampleSets : peut-être que quelqu'un aura un SampleSet de 100/200 patients correspondant à un truc particulier... (Mais lance-t-on les mêmes configs dans tous les SampleSet ? Ce n'est pas obligé.)
> En fait plus j'y réfléchis, plus j'ai l'impression qu'un top qui diminue progressivement avec le nombre de fichiers fournit une solution plus satisfaisante
Oui, c'est aussi possible, par exemple (1000 / #samples)... mais on a déjà du mal à expliquer ce qu'est notre top, alors là cela va être encore plus dur. Ou alors, 1000 tant que #samples < 8, puis ensuite cela descend.
***
Par défaut, met-on le -f dans fuse.py à 0 et on fait une config pour Kiel où le -f est à 1 (ou X) ?
***
Kiel vient d'ajouter une centaine de fichiers → –10 Go
***
@magiraud @RyanHerb @mikael-sWeb 2017.05Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1955Les identifiants de clones ne sont pas uniques pour MiXCR2016-11-29T14:42:33+01:00Vidjil TeamLes identifiants de clones ne sont pas uniques pour MiXCRPour l'instant on a CDR3, gène V, gène J. Si je me souviens bien ce que nous avait dit Shugay, il manque les hypermutations. Est-ce que cela suffira ? Ou alors faut-il fusionner les ID identiques dans fuse.py (et non pas en prendre aléat...Pour l'instant on a CDR3, gène V, gène J. Si je me souviens bien ce que nous avait dit Shugay, il manque les hypermutations. Est-ce que cela suffira ? Ou alors faut-il fusionner les ID identiques dans fuse.py (et non pas en prendre aléatoirement un) ?
***
J'ai enlevé MiXCR des configs publiques puisqu'en l'état les résultats risquent d'être incorrects : ce qui est le cas pour notre fichier de démo où MiXCR ne voyait pas la rechute… en fait il semblerait plutôt que ce soit de notre faute.
***
ping : normalement tout est bon ?
***
Ces clones sont maintenant fusionnés par la sortie au format Vidjil.
***
merci
***
@magiraud @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1950Trouver une autre méthode de scheduling, indépendante de web2py2022-06-20T11:59:42+02:00Vidjil TeamTrouver une autre méthode de scheduling, indépendante de web2py(Discuté lors de la Rando 2016)
Un scheduler idéal devrait pouvoir avoir :
1) des priorités fines (petits jobs passent devant gros jobs) (et aussi users Platinium :-)
2) une suspension de tâches
3) une assignation fine de certains (gr...(Discuté lors de la Rando 2016)
Un scheduler idéal devrait pouvoir avoir :
1) des priorités fines (petits jobs passent devant gros jobs) (et aussi users Platinium :-)
2) une suspension de tâches
3) une assignation fine de certains (groupes de) workers à certaines tâches
2) ou 3) permettrait de lancer des choses annexes et rapides (type FineSegmenter ou compare patients ou ...) même si des gros Vidjil (ou autres) tournent
Enfin, penser tout cela dans le cadre d'un "noeud de calcul", possiblement indépendant du serveur web. Le serveur de calcul ne reçoit que des lignes de commande à exécuter et à accès aux fichiers nécessaires par un montage.
Rien d'urgent, à réfléchir posément dans les prochains mois.
***
Task spooler: http://vicerveza.homeunix.net/~viric/soft/ts/ présente les fonctionnalités majeures que nous cherchons (tâches interdépendantes, changement d'ordre dans la file, etc), mais n'a pas d'API pour s'en servir en réseau.
***
@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1949Quand on a le choix entre plusieurs points, choisit-on vraiment la représenta...2019-08-20T10:39:36+02:00Vidjil TeamQuand on a le choix entre plusieurs points, choisit-on vraiment la représentative la plus pertinente ?Sur ce patient : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=2206&config=26
La représentative affichée pour le 2è clone au diagnostic est une séquence de 112bp. Il s'agit de la séquence trouvée au premier point de suivi (et non au d...Sur ce patient : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=2206&config=26
La représentative affichée pour le 2è clone au diagnostic est une séquence de 112bp. Il s'agit de la séquence trouvée au premier point de suivi (et non au diag). Pourquoi est-elle prise ? Car ce clone est le top 1 au fu1, alors qu'il est top 2 au diag. Mais le fu1 est très peu segmenté et donc ce top 1 représente 91 reads au fu1 contre plus de 20 000 au diag.
Devrait-on prendre la représentative du point avec le plus de reads ? avec la représentative la plus longue ?
***
0d40d04 point avec le plus de reads
***
Tâche rouverte, le commit a été réverté (8d6525b)
***
@Duez @RyanHerb @mikael-s @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1752Expliciter le N dans le nom de la séquence, noms courts/longs2016-11-29T14:40:13+01:00Vidjil TeamExpliciter le N dans le nom de la séquence, noms courts/longsÀ l'export FASTA (dans le browser) ou dans la sortie Vidjil on n'a pas directement le nom du N mais le nombre de nucléotides ajoutés. C'est une information pourtant pertinente qu'il peut être intéressant d'afficher (pas forcément tout le...À l'export FASTA (dans le browser) ou dans la sortie Vidjil on n'a pas directement le nom du N mais le nombre de nucléotides ajoutés. C'est une information pourtant pertinente qu'il peut être intéressant d'afficher (pas forcément tout le temps).
***
C++:
- La sortie standard explicite déjà le ?
- Idem pour les fichiers out/seq/clone.fa-*
Par contre, le "name" dans le .vidjil, affiché dans le browser, est plus court (mais on a bien sûr toutes les infos dans le "seg")
Mais on a déjà des limites sur ce name (affiché dans la liste de clones, où cela déborde déjà trop. Un nom comme IGHV3-23*01 -6/1/-4 IGHD1-1*01 -5/12/-4 IGHJ5*02 est déjà illisible sur écran de portable...
La désignation complète serait IGHV3-23*01 -6/T/-4 IGHD1-1*01 -5/CCCACGTGGGGG/-4 IGHJ5*02
Que faire ? Définir un nom court (pour la plupart du temps dans le browser) et un nom long (export fasta, rapport, ...) ? Voire faire cela en *responsive* ? Et/ou le nom long quand :hover ?
D'ailleurs, si on fait un nom court, cela me titille depuis longtemps d'avoir un nom vraiment plus court, comme
IGHV3-23*01 6/1/4 D1-1*01 5/12/4 J5*02
voire, sans les allèles
IGHV3-23 6/1/4 D1-1 5/12/4 J5
(le gène est bien IGHD1-1)
***
Dans le browser les noms dépassent du cadre même sur un 22 pouces, et même dans le segmenter. Il faudrait réfléchir à mettre une barre déroulante horizontale à la limite.
Le nom long en hoover ne changera pas le fait qu'il débordera malheureusement.
En revanche, pour les export, cela ne coûte rien d'insérer des noms long. Autrement, laisser le choix à la discrétion de l'utilisateur via une option.
Sinon, j'étais tombé sur ça il y a déjà quelques temps. Pour un humain, c'est complètement illisible, et ça demande des transformations. Ça a déjà 6 ou 7 ans, et j'ai l'impression que personne ne l'utilise non ? Des fois que ça vous donne des idées. (PMC2706371)
***
> Le nom long en hoover ne changera pas le fait qu'il débordera malheureusement.
En :hover, ce n'est pas grave si cela déborde (cela peut être plus un "tooltip", s'affiche au bout de une seconde, et écrit plus petit aussi). Et le nom long peut aussi être dans la barre centrale, en bas (qui a besoin d'être redesignée pour avoir un peu plus de place).
> En revanche, pour les export, cela ne coûte rien d'insérer des noms long.
Oui
> PMC2706371
Rigolo, merci ! Effectivement, cela n'a pas l'air d'être utilisé, mais on devrait le regarder de plus près.
***
285d3bd : C++, on n'exporte plus que le nom long (qui était déjà calculé). Cela simplifie et nettoie le code.
3a04570..a07b463 et suivants: browser, .getShortName() fait les transformations nécessaires
***
@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1745Run / SampleSet / Tags ?2017-02-08T13:45:15+01:00Vidjil TeamRun / SampleSet / Tags ?Évoqué vendredi dernier au CHR, puis en audio avec Marc, puis rediscuté.
Pour voir des contaminations et rentrer plus facilement les fichiers.
Quelques possibilités :
- créer un objet Run
- créer un SampleSet, un Run comme un Pati...Évoqué vendredi dernier au CHR, puis en audio avec Marc, puis rediscuté.
Pour voir des contaminations et rentrer plus facilement les fichiers.
Quelques possibilités :
- créer un objet Run
- créer un SampleSet, un Run comme un Patient a un SampleSet
- juste créer des Tags associés à chaque Sample
Dans tous les cas, un Sample pourrait être affecté à zéro (!) ou un Run et zéro ou un Patient. (Voire à plusieurs, approche Tags...)
***
Et le browser peut limiter utilement les délires d'informaticiens qu'on pourrait avoir (comme transformer un Run en Patient :-)
***
On en discute vendredi 4, idées bienvenues.
***
ping
***
Table inheritance ? http://thadeusb.com/weblog/2010/1/4/table_inheritance_with_web2py_dal
***
Consiste en une copie brute ? Peut-être pas super propre…
***
Le sample set est déployé sur http://dev.vidjil.org et http://test.vidjil.org.
***
@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1735KmerSegmenter++ juste avant le FineSegmenter2018-02-23T09:35:28+01:00Vidjil TeamKmerSegmenter++ juste avant le FineSegmenterIdée de Marc lors de l'audio du 13 novembre, faisant écho à des trucs dont on avait parlé il y a un certain temps.
Faire un KmerSegmenter++ (ou MidSegmenter, ou ...) dont le but est d'identifier le V ou J (ou au moins de restreindre le ...Idée de Marc lors de l'audio du 13 novembre, faisant écho à des trucs dont on avait parlé il y a un certain temps.
Faire un KmerSegmenter++ (ou MidSegmenter, ou ...) dont le but est d'identifier le V ou J (ou au moins de restreindre le choix à quelques V/J, ou au moins les V), pour alléger le FineSegmenter.
Ce Segmenter serait lancé juste avant le FineSegmenter sur les représentatives (On n'a pas à alourdir le KmerSegmenter par défaut).
Voir aussi les commentaires de "accélérer le FineSegmenter"
***
Ah si seulement le AffectAnalyser était templaté pour pouvoir gérer ça simplement.
Oh wait…
***
Au passage, il est confirmé que -c germlines lance un Kmer avant un Fine, pour ne pas avoir à tester toutes les germlines (vidjil.cpp:1518).
Par contre, pas de Kmer relancé pour l'instant avant le Fine sur les représentatives, mais je pense que le faire serait négligeable en temps.
***
@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1731Distribuer (ou packager) Vidjil / Docker2019-11-22T13:44:17+01:00Vidjil TeamDistribuer (ou packager) Vidjil / DockerDe toute façon : avoir un README décrivant les dépendances. Un(e) admin peut toujours vouloir installer les paquets à la main.
Distribuer une VM
- inconvénient : on ne peut pas séparer les aspects serveurs, calculs et visualisation. To...De toute façon : avoir un README décrivant les dépendances. Un(e) admin peut toujours vouloir installer les paquets à la main.
Distribuer une VM
- inconvénient : on ne peut pas séparer les aspects serveurs, calculs et visualisation. Tout est fait sur la même machine, ce qui en terme de répartition de charge, ou d'organisation d'un cluster de calcul peut être compliqué
Package deb/rpm
- avantage : relativement facile à installer
- inconvénients : sous distrib/OS exotiques ? il faut être root
Docker
- inconvénient : Docker n'est pas installé partout. Pour une plateforme bioinfo cela peut poser problème. Cela va surtout dépendre de la popularité de Docker.
***
VM : de toute façon on doit le faire pour le CHR
Mais autant documenter le plus possible (README, voire deb/rpm)
***
Mentionné par Rayan pour Mirkwood : https://github.com/lh3/proot-wrapper
« C'est un moyen pour diffuser des environnements complets, à la virtual machine, mais sans avoir besoin d'être root ou d'avoir par ex. VMWare ou Virtualbox installé.
Trop beau pour être vrai? Pourtant Heng Li n'a pas réputation d'endosser n'importe quelle technologie (il n'a pas adopté docker par exemple).
A jeter un oeil.. cela pourrait être une solution idéale pour mirkwood si j'en crois la description. »
***
Avis de Heng Li (auteur de plusieurs logiciels de Bioinfo) : https://lh3.github.io/2015/04/25/a-few-hours-with-docker/
« I am particularly against dockerizing easy-to-compile tools such as velvet and bwa or well packaged tools such as spades. Another large fraction of tools in C/C++ can be compiled to statically linked binaries or shipped with necessary dynamic libraries (see salifish). While not ideal, these are still better solutions than docker. Docker will be needed for some tools with complex dependencies, but I predict most of such tools will be abandoned by users unless they are substantially better than other competitors, which rarely happens in practice. »
***
On en reparle en juin, pour éventuellement un travail en septembre/octobre.
***
(Live from JOBIM) J-F Gibrat (directeur de l'IFB) dit que Docker est une solution en train de s'imposer. Il y a un dépot à Genouest (Rennes), c'est ce qu'évoquait Guillaume ?
***
Guillaume O. ne doit pas connaître ce qui se fait chez Genouest, mais plutôt généralement à Inria, donc ici à Inria Rennes. Après, peut-être que Genouest utilise le Docker d'Inria Rennes...
***
Guillaume O. :
> Il faut solliciter Charly Maupetit (charly.maupetit@inria.fr).
Ryan, tu pourras le contacter quand tu auras déjà un Docker un peu avancé qui tourne.
***
GenOuest : https://docker-ui.genouest.org/app/#/
***
@RyanHerb