vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2016-11-29T14:37:35+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1535Sélection par colonne/ligne et clones invisibles2016-11-29T14:37:35+01:00Vidjil TeamSélection par colonne/ligne et clones invisiblesActuellement, la sélection par colonne/ligne sélectionne aussi les clones pas visibles (par exemple parce que le top est trop bas, mais peut-être aussi filter ?).
Discuter ensemble avant de changer, voir si ce qui est souhaitable ou non...Actuellement, la sélection par colonne/ligne sélectionne aussi les clones pas visibles (par exemple parce que le top est trop bas, mais peut-être aussi filter ?).
Discuter ensemble avant de changer, voir si ce qui est souhaitable ou non.
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commit a6f43b
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@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1585Plot : avoir une légendre pour certains axes ?2016-11-29T14:38:14+01:00Vidjil TeamPlot : avoir une légendre pour certains axes ?Qu'on soit en grid ou en bar plot, on n'a pas de légende pour les axes
Ce n'est effectivement pas la peine pour un gène/allèle V/D/J ou pour un locus, on voit bien ce que c'est. Mais on a maintenant plein d'autres variables... on oublie...Qu'on soit en grid ou en bar plot, on n'a pas de légende pour les axes
Ce n'est effectivement pas la peine pour un gène/allèle V/D/J ou pour un locus, on voit bien ce que c'est. Mais on a maintenant plein d'autres variables... on oublie vite ce qu'on a sélectionné.
Bref, faudrait-il mettre des légendes ? Ce serait alors redondant avec le mini-menu plot, qui est très élégant.
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Excellent !
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1635Renommer le clone "other"2016-11-29T14:38:50+01:00Vidjil TeamRenommer le clone "other"other ne veut pas dire grand chose et est parfois mal compris : est-ce que c'est autre chose que du VDJ ? d'autres locus ? du bruit ?
On pourrait mettre :
1. clones 101...xxx
2. clones < xxx %
3. lower/lowest clones
Dans les cas 1 et 2 l...other ne veut pas dire grand chose et est parfois mal compris : est-ce que c'est autre chose que du VDJ ? d'autres locus ? du bruit ?
On pourrait mettre :
1. clones 101...xxx
2. clones < xxx %
3. lower/lowest clones
Dans les cas 1 et 2 les nombres doivent être mis à jour automatiquement quand on modifie le nombre de clones affichés.
Il y a aussi une tâche pour séparer le clone other, mais déjà on peut renommer le clone actuel, ce n'est pas très compliqué :)
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Oui, bonne idée !
> 1. clones 101...xxx
> 2. clones < xxx %
"clones below 0.02%" serait vraiment classe. Mais le soucis est que le % dépend des locus affichés... (ou même "TRG clones below 0.02%", tâche "other par locus")
2bis. clones < 4 reads ?
> 3. lower/lowest clones
ou bien "other clones" :-)
(un jour, on fera un top par système, mais c'est quasi orthogonal)
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mmm... tout est fait dans le browser, avec plusieurs tests .id = "other", cela va être l'occasion de rendre cela plus propre :-)
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Cela a été rendu plus propre... mais c'est orthogonal.
Pour afficher ce que l'on veut, il suffit de jouer sur le "name".
Pb: c'est en fait les clones qui ne sont pas affichés.
Si on fait un "search", un "filter by tag", le other récupère tous les autres.
La description "clones below ...." n'est pas suffisante.
Dans ce cas, il faudrait vraiment séparer, "clones below..." d'un côté et "hidden/filtered clones" de l'autre.
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cd03a46. Renommé. Un jour, on pourra séparer mieux.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1683annotations: clic sur nom du patient2016-11-29T14:39:26+01:00Vidjil Teamannotations: clic sur nom du patientDemande de Yann. On devrait pouvoir facilement (à partir de la fenêtre principale), mettre des commentaires soit sur l'analyse, soit sur un timepoint. Ces commentaires devraient ensuite être dans le rapport.
(Actuellement, à cause de ce...Demande de Yann. On devrait pouvoir facilement (à partir de la fenêtre principale), mettre des commentaires soit sur l'analyse, soit sur un timepoint. Ces commentaires devraient ensuite être dans le rapport.
(Actuellement, à cause de ce point, YF fait d'autres rapports à côté)
- on a bien des champs "infos" pour le patient comme pour le point, mais ils sont peu accessible (et correspondent plus à des infos sur le patient / des infos sur le point)
-> rajouter des champs dans la db ? Accès facile depuis le browser ?
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Voici une proposition d'arrangement de la vu qui permet de gagner de la place pour afficher les commentaires.
Les éléments de menu manquants pouvant alors être dépliés en cliquant sur l'icone en haut à droite.
Qu'en pensez-vous ?
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un prototype proche de la version finale au moins en termes de fonctionnalité est poussé sur la branche analysis-annotations. Il reste à faire l'application des commentaires lors du chargement (import) d'un fichier .analysis.
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Yeah. Bon week-end !
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Petits détails :
- Un clic sur le nom du patient pourrait ouvrir la db sur la page du patient
(et "patients > open patients" pourrait ouvrir la db sur la liste des patients au lieu de la dernière page de la db ?)
- Affichage :hover : Il ne faut pas que le fond , cela va vite
- réserver la place pour deux lignes.
S'il y en a plus, un ascenseur, ou peut-être un :hover mais qui ne fait pas bouger le reste.
- Il faudrait gérer tous les débordements possibles...
... en particulier le nom du point qui peut être quelque chose comme FR2-LES15064-Z4013322_S19_L001_R2_001. ellipsis avec :hover ?
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Il reste aussi le clic sur le nom du patient à faire (arriver sur la liste des samples du patient). merci :-)
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Ah... et on dirait que les "server error" viennent quand on clique sur le nom du patient :-)
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On dirait que le serveur est a jour sur ce point (fonctionne sur app.vidjil.org/beta). Je marque comme résolu
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oui, génial !
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1752Expliciter le N dans le nom de la séquence, noms courts/longs2016-11-29T14:40:13+01:00Vidjil TeamExpliciter le N dans le nom de la séquence, noms courts/longsÀ l'export FASTA (dans le browser) ou dans la sortie Vidjil on n'a pas directement le nom du N mais le nombre de nucléotides ajoutés. C'est une information pourtant pertinente qu'il peut être intéressant d'afficher (pas forcément tout le...À l'export FASTA (dans le browser) ou dans la sortie Vidjil on n'a pas directement le nom du N mais le nombre de nucléotides ajoutés. C'est une information pourtant pertinente qu'il peut être intéressant d'afficher (pas forcément tout le temps).
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C++:
- La sortie standard explicite déjà le ?
- Idem pour les fichiers out/seq/clone.fa-*
Par contre, le "name" dans le .vidjil, affiché dans le browser, est plus court (mais on a bien sûr toutes les infos dans le "seg")
Mais on a déjà des limites sur ce name (affiché dans la liste de clones, où cela déborde déjà trop. Un nom comme IGHV3-23*01 -6/1/-4 IGHD1-1*01 -5/12/-4 IGHJ5*02 est déjà illisible sur écran de portable...
La désignation complète serait IGHV3-23*01 -6/T/-4 IGHD1-1*01 -5/CCCACGTGGGGG/-4 IGHJ5*02
Que faire ? Définir un nom court (pour la plupart du temps dans le browser) et un nom long (export fasta, rapport, ...) ? Voire faire cela en *responsive* ? Et/ou le nom long quand :hover ?
D'ailleurs, si on fait un nom court, cela me titille depuis longtemps d'avoir un nom vraiment plus court, comme
IGHV3-23*01 6/1/4 D1-1*01 5/12/4 J5*02
voire, sans les allèles
IGHV3-23 6/1/4 D1-1 5/12/4 J5
(le gène est bien IGHD1-1)
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Dans le browser les noms dépassent du cadre même sur un 22 pouces, et même dans le segmenter. Il faudrait réfléchir à mettre une barre déroulante horizontale à la limite.
Le nom long en hoover ne changera pas le fait qu'il débordera malheureusement.
En revanche, pour les export, cela ne coûte rien d'insérer des noms long. Autrement, laisser le choix à la discrétion de l'utilisateur via une option.
Sinon, j'étais tombé sur ça il y a déjà quelques temps. Pour un humain, c'est complètement illisible, et ça demande des transformations. Ça a déjà 6 ou 7 ans, et j'ai l'impression que personne ne l'utilise non ? Des fois que ça vous donne des idées. (PMC2706371)
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> Le nom long en hoover ne changera pas le fait qu'il débordera malheureusement.
En :hover, ce n'est pas grave si cela déborde (cela peut être plus un "tooltip", s'affiche au bout de une seconde, et écrit plus petit aussi). Et le nom long peut aussi être dans la barre centrale, en bas (qui a besoin d'être redesignée pour avoir un peu plus de place).
> En revanche, pour les export, cela ne coûte rien d'insérer des noms long.
Oui
> PMC2706371
Rigolo, merci ! Effectivement, cela n'a pas l'air d'être utilisé, mais on devrait le regarder de plus près.
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285d3bd : C++, on n'exporte plus que le nom long (qui était déjà calculé). Cela simplifie et nettoie le code.
3a04570..a07b463 et suivants: browser, .getShortName() fait les transformations nécessaires
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1955Les identifiants de clones ne sont pas uniques pour MiXCR2016-11-29T14:42:33+01:00Vidjil TeamLes identifiants de clones ne sont pas uniques pour MiXCRPour l'instant on a CDR3, gène V, gène J. Si je me souviens bien ce que nous avait dit Shugay, il manque les hypermutations. Est-ce que cela suffira ? Ou alors faut-il fusionner les ID identiques dans fuse.py (et non pas en prendre aléat...Pour l'instant on a CDR3, gène V, gène J. Si je me souviens bien ce que nous avait dit Shugay, il manque les hypermutations. Est-ce que cela suffira ? Ou alors faut-il fusionner les ID identiques dans fuse.py (et non pas en prendre aléatoirement un) ?
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J'ai enlevé MiXCR des configs publiques puisqu'en l'état les résultats risquent d'être incorrects : ce qui est le cas pour notre fichier de démo où MiXCR ne voyait pas la rechute… en fait il semblerait plutôt que ce soit de notre faute.
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ping : normalement tout est bon ?
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Ces clones sont maintenant fusionnés par la sortie au format Vidjil.
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merci
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@magiraud @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1264Réuploader un fichier garde le nom d'origine2017-01-05T10:06:49+01:00Vidjil TeamRéuploader un fichier garde le nom d'origineLorsqu'on réuploade un fichier pour remplacer un mauvais fichier par le bon, le nom n'est pas modifié. Ça se discute, mais est-ce réellement souhaitable : j'uploade un fichier toto.fastq mais je conserve le nom tata.fastq, qui était le n...Lorsqu'on réuploade un fichier pour remplacer un mauvais fichier par le bon, le nom n'est pas modifié. Ça se discute, mais est-ce réellement souhaitable : j'uploade un fichier toto.fastq mais je conserve le nom tata.fastq, qui était le nom du fichier uploadé à l'origine. Cela peut être déroutant.
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1324mise au point2017-02-01T19:20:19+01:00Vidjil Teammise au point
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#1322
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#1322https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1745Run / SampleSet / Tags ?2017-02-08T13:45:15+01:00Vidjil TeamRun / SampleSet / Tags ?Évoqué vendredi dernier au CHR, puis en audio avec Marc, puis rediscuté.
Pour voir des contaminations et rentrer plus facilement les fichiers.
Quelques possibilités :
- créer un objet Run
- créer un SampleSet, un Run comme un Pati...Évoqué vendredi dernier au CHR, puis en audio avec Marc, puis rediscuté.
Pour voir des contaminations et rentrer plus facilement les fichiers.
Quelques possibilités :
- créer un objet Run
- créer un SampleSet, un Run comme un Patient a un SampleSet
- juste créer des Tags associés à chaque Sample
Dans tous les cas, un Sample pourrait être affecté à zéro (!) ou un Run et zéro ou un Patient. (Voire à plusieurs, approche Tags...)
***
Et le browser peut limiter utilement les délires d'informaticiens qu'on pourrait avoir (comme transformer un Run en Patient :-)
***
On en discute vendredi 4, idées bienvenues.
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ping
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Table inheritance ? http://thadeusb.com/weblog/2010/1/4/table_inheritance_with_web2py_dal
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Consiste en une copie brute ? Peut-être pas super propre…
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Le sample set est déployé sur http://dev.vidjil.org et http://test.vidjil.org.
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1185Distribution/histogramme des longueurs des séquences segmentées (ou non)2017-03-11T07:08:35+01:00Vidjil TeamDistribution/histogramme des longueurs des séquences segmentées (ou non)On pourrait un jour étendre core/stats.cpp pour stocker la distribution des reads (attention à ce que ne cela ralentisse pas l'algo), puis afficher cette distribution dans le browser
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déjà fait
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@magiraud @DuezOn pourrait un jour étendre core/stats.cpp pour stocker la distribution des reads (attention à ce que ne cela ralentisse pas l'algo), puis afficher cette distribution dans le browser
***
déjà fait
***
@magiraud @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1424Release / version du browser, js/version.js2017-03-14T11:41:54+01:00Vidjil TeamRelease / version du browser, js/version.jsPour ceux qui nous redistribuent (Galaxy, Nikos ?) ou qui tout simplement utilisent depuis le github, il faut un moyen de connaître leur version du browser.
On pourrait avoir un js/version.js similaire au algo/src/version.h :
- versio...Pour ceux qui nous redistribuent (Galaxy, Nikos ?) ou qui tout simplement utilisent depuis le github, il faut un moyen de connaître leur version du browser.
On pourrait avoir un js/version.js similaire au algo/src/version.h :
- versionné, avec tag "dev" (*)
- et quand release, tous les mois avec l'algo (hors git), taggué par le Makefile général en 2015.xx
(*) Pour récupérer le tag git, c'est plus chaud. On pourrait certes avoir un "make" qui le met (de toute façon maintenant on a besoin de faire un "make" pour avoir au moins germline.js), mais ce ne serait pas à jour par un git pull.
***
Peut-être que 2015.02 sera une release combinée de l'algo et du browser ?
Ce sera aussi l'occasion de tenir à jour un CHANGELOG pour le browser.
***
cc199e: make release_browser RELEASE_TAG=...
01e5b7b : les tests unitaires sont nécessaires pour que cela fonctionne
(pas les tests fonctionnels, il faut doc, on verra plus tard...)
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2175Liste et segmenteur : affichage flexible d'axes2017-05-11T13:27:32+02:00Mathieu GiraudListe et segmenteur : affichage flexible d'axesOn en a déjà parlé plusieurs fois, mais on vient de se rendre compte avec @RyanHerb que cela pourrait être vraiment très général.
On souhaiterait pouvoir afficher n'importe quel axe dans la liste ou le segmenteur. Pour l'instant, à côté...On en a déjà parlé plusieurs fois, mais on vient de se rendre compte avec @RyanHerb que cela pourrait être vraiment très général.
On souhaiterait pouvoir afficher n'importe quel axe dans la liste ou le segmenteur. Pour l'instant, à côté du nom du clone, on affiche la taille, le tag, et éventuellement d'autres choses dans le segmenteur (notamment la productivité). On pourrait avoir des listes pour choisir les axes à afficher (et certians axes ont des affichages / contrôles particuliers, comme les étoiles de tag.
En lien avec #1763 et #2174.
cc @mikael-s @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2357segmenteur, gènes VDJ : quels objets créer ?2017-05-15T17:27:02+02:00Mathieu Giraudsegmenteur, gènes VDJ : quels objets créer ?Réflexion technique pour #1925/#2137. Comment rajouter les gènes VDJ dans le segmenteur ?
- **Créer des clones.** Ces clones seraient créés (et supprimés) à la volée.
Non quantifiables (type #1921), mais aussi non affichées dans liste/...Réflexion technique pour #1925/#2137. Comment rajouter les gènes VDJ dans le segmenteur ?
- **Créer des clones.** Ces clones seraient créés (et supprimés) à la volée.
Non quantifiables (type #1921), mais aussi non affichées dans liste/plot/graphe. Peut-être même non sélectionnables et non sélectionnés (mais le segmenteur les affiche). En tout cas cela permet une vue uniforme clones/gènes, les séquences s'affichent naturellement dans le segmenteur, modulo #2354/#2355. C'est l’occasion (pas facile) d’aller au bout de #1921 et de faire que les "clones" sont des objets génériques affichés ou pas dans certaines vues. Voir aussi ce qui s'affiche "à gauche" de la séquence (#1763/#2175).
- **Étendre highlight.**
Ce qui concerne ci-dessus les vues autre que le segmenteur ne se retrouve pas (mais on perd la possibilité d’utiliser les gènes VDJ dans d'autres vues.). Pour l'instant les highlights sont attachés à un clone : #2354/#2355 demandent alors une refonte complète (pas facile) de l'affichage des highlights (ce qui peut être une bonne chose), mais on risque de perdre la signification d'un highlight. Nécessite #1982 (quoique, si ce sont des séquenes de même taille), mais pas de soucis pour #1763/#2175.
- **Créer un nouvel objet à la fois pour les clones et les gènes VDJ.**
Cet objet "sequence" pourrait ressembler à un highlight étendu (mais les highlights resteraient par clone/gène VDJ, plus cohérent). Uniformise l'affichage des séquences comme dans la première solution mais ne nécessite pas de gérer les autres vues à la #1921. Demande tout de même de réfléchir à #1763/#2175.
Dans tous les cas, implique une certaine dose de ~"dev-refactor".https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2011Ne pas lancer fuse quand le nombre de samples est trop important ?2017-05-22T17:09:00+02:00Vidjil TeamNe pas lancer fuse quand le nombre de samples est trop important ?Discussion cet après-midi, suite aux problèmes de place sur /mnt/result : Mathieu propose de ne pas lancer fuse lorsque le nombre de samples est supérieur à un nombre (p. ex. 20). Cela permet d'économiser de la place (et du temps CPU : u...Discussion cet après-midi, suite aux problèmes de place sur /mnt/result : Mathieu propose de ne pas lancer fuse lorsque le nombre de samples est supérieur à un nombre (p. ex. 20). Cela permet d'économiser de la place (et du temps CPU : un fuse sur 100 fichiers prend du temps).
De plus le fuse est lancé autant de fois qu'il appartient à de sample sets (donc au moins 2, non ?).
***
753e78c : On ne garde que les 16 premiers. C'est peut-être un peu brutal de faire cela au niveau de fuse.py, mais bon, cela renvoie tout de même un .vidjil pour une visualisation sur les premiers échantillons.
***
Ça me paraît un peu rapide. On n'a pas vraiment de solution pour « degrade gracefully ».
Garde les 16 premiers : est-ce que ça veut dire qu'on va fusionner toujours les mêmes sur le serveur s'il y a plus de 16 fichiers ? Comment on fait pour avoir les autres ? Le custom fuse ne permet pas de sauvegarder les analyses.
Côté serveur il faudrait avertir les utilisateurs qu'ils ne verront que 16 fichiers.
Il y a des utilisateurs avec plus de 16 fichiers, et ça peut faire sens : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=790&config=25
Le problème est surtout avec les runs ou avec Kiel qui met plein d'échantillons différents dans un même patient. Les clones n'ont rien à voir d'un échantillon à l'autre et donc on se retrouve avec des dizaines de milliers de clones dans le fichier. Une autre solution peut être de réduire le top lorsque le nombre de fichier augmente.
***
D'autant plus que l'utilisateur qui nous pause problème à ce sujet n'utilise pas le fuse automatique mais plutôt le custom_fuse, non ? Ne pourrait-ton pas simplement avoir des configs qui fusent et d'autres non ?
***
Oui, effectivement ça serait une solution simple de proposer à Kiel une config sans fuse (on sait faire ça ?).
***
Je pense qu'il y a un bout de code à changer pour que le run accepte de ne pas fuse, mais oui je pense que c'est possible.
***
Oui, le coup de la config en plus, pourquoi pas !
Ou même... la config par défaut pourrit faire 16 fichiers au plus, et on a une config spéciale si quelques gens veulent avoir beaucoup de points.
> « degrade gracefully ».
> Garde les 16 premiers : est-ce que ça veut dire qu'on va fusionner toujours les mêmes sur le serveur s'il y a plus de 16 fichiers
C'est une bonne question. Mais que cela soit oui ou non, c'est un "degrade gracefully" si on montre 16 points... et si on dit qu'on a une autre config si vraiment on veut avoir d'autre chose.
Enfin, quitte à avoir une autre config, on pourrait aussi régler plus finement les paramètres du fuse (top et autres).
***
Ça me semble plus simple de demander à Kiel d'utiliser une config sans fuse, plutôt que de mettre en place le nécessaire pour avertir les utilisateurs que quand il y a plus de X fichiers ils ne verront pas tous les résultats et qu'ils doivent lancer avec une autre config (en espérant qu'il y ait une config correspondante avec un fuse infini).
Autre exemple, si j'uploade 20 fichiers dans mon run (ce qui n'est pas délirant), j'ai envie de savoir si j'ai de la conta entre mes 20 fichiers pas entre 16 fichiers plus ou moins choisis aléatoirement (dont l'ordre dépendra de l'upload).
En fait plus j'y réfléchis, plus j'ai l'impression qu'un top qui diminue progressivement avec le nombre de fichiers fournit une solution plus satisfaisante (et même pas besoin de demander à Kiel d'utiliser une autre config, on peut mais ça n'est pas indispensable).
***
> plutôt que de mettre en place le nécessaire pour avertir les utilisateurs
Je ne suis pas d'accord sur ce point, c'est très simple avec les notifications. Cela permet d'avoir, par défaut, un comportement correct pour la majorité des utilisateurs, et de les inciter à utiliser correctement les patients. (Et s'ils leur manquent quelque chose, c'est facile de rajouter une config pour un user, pour des bonnes raisons). Je préfère être sûr, dès maintenant, que tous les utilisateurs font ce qu'il faut (et traiter au cas par cas quelques cas comme Kiel) plutôt que de retomber dans quelques mois sur un autre utilisateur qui fera pareil.
> Autre exemple, si j'uploade 20 fichiers dans mon run (ce qui n'est pas délirant)
Oui, tout à fait ! 16 est un exemple, cela peut être 32 ou 42 :-) Dans tous les cas, au-delà de 8-10 simples, on devrait cacher sur le graphe (cf une autre tâche). Et encore plus si on fait des SampleSets : peut-être que quelqu'un aura un SampleSet de 100/200 patients correspondant à un truc particulier... (Mais lance-t-on les mêmes configs dans tous les SampleSet ? Ce n'est pas obligé.)
> En fait plus j'y réfléchis, plus j'ai l'impression qu'un top qui diminue progressivement avec le nombre de fichiers fournit une solution plus satisfaisante
Oui, c'est aussi possible, par exemple (1000 / #samples)... mais on a déjà du mal à expliquer ce qu'est notre top, alors là cela va être encore plus dur. Ou alors, 1000 tant que #samples < 8, puis ensuite cela descend.
***
Par défaut, met-on le -f dans fuse.py à 0 et on fait une config pour Kiel où le -f est à 1 (ou X) ?
***
Kiel vient d'ajouter une centaine de fichiers → –10 Go
***
@magiraud @RyanHerb @mikael-sWeb 2017.05Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2446Extraire une vue Info de builder.js2017-06-07T14:25:30+02:00Mathieu GiraudExtraire une vue Info de builder.jsQue fait vraiment `builder.js` ? `Builder` est une vue, qui crée entre autres l’élément `#info`, mais pas que :
* il y a au moins la gestion `#visu-separator`/`#vertical-separator` (qui serait différente dans un ~"client-responsive")...Que fait vraiment `builder.js` ? `Builder` est une vue, qui crée entre autres l’élément `#info`, mais pas que :
* il y a au moins la gestion `#visu-separator`/`#vertical-separator` (qui serait différente dans un ~"client-responsive").
* et il y a aussi des choses pour le menu `#top-container`
Afin d’y voir plus clair, une possibilité serait déjà d’extraire une nouvelle vue appelée `Info` qui ne s'occuperait que de `#info`.
@heto, comme tu as mentionné il y a pas longtemps les `separator` et les vues, est-ce que c’est quelque chose qui te tenterait ? Avant de coder, ce serait bien d'en rediscuter déjà ici.
@RyanHerb, comme tu as pas mal touché de chose dans ce fichier, tu as peut-être d'autres idées ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2536Faut-il maintenir un groupe vide2017-06-15T14:58:37+02:00Thonier FlorianFaut-il maintenir un groupe videVoilà le situation actuelle :
Un hôpital à 2 groupes, ingénieurs (avec l'ensemble des droits) et techniciens (sans le droits de sauvegarder les analyses)
Le premier comporte plusieurs membres, le second un seul.
On me demande de donne...Voilà le situation actuelle :
Un hôpital à 2 groupes, ingénieurs (avec l'ensemble des droits) et techniciens (sans le droits de sauvegarder les analyses)
Le premier comporte plusieurs membres, le second un seul.
On me demande de donner tous les droits à ce dernier membre. La question est donc de savoir si il vaut mieux que je déplace ce membre dans le groupe ingé qui ont tous les droits, et laisser un groupe vide derrière moi, ou bien de donner le droit manquant à ce second groupe, mais poser des soucis si un nouveau membre s'y rajoute.
Perso, je penche pour la première option. Vous êtes d'accord ?
@mikael-s @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1678Tests .should-vdj: format ?2017-07-10T17:01:50+02:00Vidjil TeamTests .should-vdj: format ?On a pour l'instant ces deux formats :
TRBV6-1 7/0/12 TRBD2 1/8/2 TRBJ2-7 TRDV2*02_14/TCCCGGCCT/0_TRDD3*01_3/CCACGGC/4_TRAJ29*01__TRA+D
ou bien :
TRDD2*01_18//4_TRAJ29*01__TRA+D commentaire seq15
Il faut trouver un bon format qui convie...On a pour l'instant ces deux formats :
TRBV6-1 7/0/12 TRBD2 1/8/2 TRBJ2-7 TRDV2*02_14/TCCCGGCCT/0_TRDD3*01_3/CCACGGC/4_TRAJ29*01__TRA+D
ou bien :
TRDD2*01_18//4_TRAJ29*01__TRA+D commentaire seq15
Il faut trouver un bon format qui conviennent à tous.
- espace ou _ ?
espace plus naturel, mais comment savoir où l'on s'arrête ? (surtout si commentaire derrière)
'#' pour commentaires ?
- On avait des tests uniquement sur le locus. Pour l'instant "__" + locus. Comment faire ? [TRG] ?
- Accepter à la fois 4/ACT/0 et 4/3/0 ?
- Accepter à la fois TRDD2 et TRDD2*01 ? Le '*' dit qu'il y a un allèle ensuite ?
Problème si pas l'allèle: à quoi fait référence la délétion ?
-> *01 par convention (YF/AC ne savent pas vraiment, mais il faut bien qu'on décide quelque chose)
TRGV4 1/3/4 TRGJ2 -> TRGV4{soit rien, soit *..} 1/{soit 3, soit [ACGT]^3}/4 TRGJ2{soit rien, soit *..}
- Accepte-t-on à la fois TRGV4 et TRGV04 ?
Cela devient lourd, proposition: se limiter à la nomenclature IMGT
***
Le moins que l'on puisse dire, c'est que ce n'est pas clair.
Le format que j'ai donnée, c'est ce qur j'ai impossé comme transformation car popur rappel, toutes les annotations sanger sont faites a la main, avec du copié/collé des séquence et recherche sur IMGT.
A terme, maintenant que des outils efficaces axistent, les annotatons vont peu à peu se conformer à l'outil utilisé (vidijl ou IMGT, si il y a un standard ...).
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Mon avis, c'est qu'il peux être interressant de pouvoir switcher entre 4/AGG/3 et 4/3/3. c'est parfois plus parlant.
-Les alleles sont interessantes a conservé. Nous ne les avions pas car apperment les technicienne du lab ne les notait pas ici.
-Pour les alleles toujours, si encore certains étaient sureprésenté (genre 90% du temps) on pourrait se permettre de ne pas forcer son indication, mais je ne pense pas que ce soit le cas ... Donc il a son intérêt.
- Pour le 4 ou le 04, il faudrait voir comment c'est noté dans imgt pour faciliter l'utilisation par l'user des différents outils.
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ok.
Allèles : il s'agit bien de donner la possibilité de soit les avoir, soit ne pas les avoir, en fonction de qui fait le fichier .should-vdj.fa et des pratiques des uns ou des autres.
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9c7a029
On accepte ainsi 4/AGG/3 et 4/3/3, tout comme TRDD2 et TRDD2*01.
make shouldvdj -> déjà 3 séquences sur les 15 de Florian passent, on est sur la bonne voie :-)
Florian, d'où viennent les nomenclatures telles que TRGJ1-1 et TRBD2-2 que tu utilises ?
Dans IMGT, c'est TRGJ1*01 TRBD2*02 (ici c'est bien un allèle),
à la différence de IGHV3-11 qui est bien un gène (si on veut l'allèle, c'est IGHV3-11*01)
Peut-être vaudrait-il mieux se conforter à l'usage IMGT ?
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Je viens de verifier les séquences et d'en corriger certaines (pour lesquelles vidjil avait effectivement raison) et d'autre dont la nomenclature pechaient.
Il ne reste que trois erreurs, 2 dd2-DD3 non vu tel quel, et un cas difficile a arbitrer (enfin je prefererais avoir votre avis, cf fichier joint).
Il y a dans le cas de vidjil à la fois des insertions/déletions et mutations. Mais en même temps ,il y a un fragment de 6 nt qui colle après ça ...
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e54b4f7 : on peut mettre "TODO" sur un .should-vdj (on sait qu'il loupe, mais les tests passent)
4c1bd7b : mis sur les trois tests en question de Florian
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@magiraud @mikael-s @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2172Tags: modèle, recherches2017-10-06T13:41:46+02:00Mathieu GiraudTags: modèle, recherchesVoir la discussion initiée par @flothoni dans #2170, et la vieille tâche #1745.
Les tags (en général, hors cas particuliers comme #1555) seraient des simples mots présents dans les infos d'un sample set et/ou d'un sample. On souhaite ic...Voir la discussion initiée par @flothoni dans #2170, et la vieille tâche #1745.
Les tags (en général, hors cas particuliers comme #1555) seraient des simples mots présents dans les infos d'un sample set et/ou d'un sample. On souhaite ici mieux gérer ces tags tels que `#bla` (ou `#mrd`, en attendant #1555).
Idées en vrac, à discuter / compléter :
- (affichage d'une fiche) afficher les tags d'une certaine manière (en inline, comme ~"bio-metadata" dans gitlab ?)
- (affichage d'une liste de sample sets / samples) afficher certains tags dans la liste
- (recherche/édition) proposer une liste de tags à côté des champs de recherche
- (recherche/édition) faire de l'autocomplétion lorsqu'on saisit `#` dans ces champs
- ...
cc @mikael-s @RyanHerbWeb 2017.09Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2170Pouvoir ajouter des catégories pour des patients/samples2017-10-06T13:41:46+02:00Thonier FlorianPouvoir ajouter des catégories pour des patients/samplesDemande de Rennes qui demande refléxion.
>Est-il envisageable qu'un utilisateur ait des categories (mrd, diag, recherche, mutéXXX, ...) pour ouvoir classer ses patients, et ensuite cliquer pour filtrer sur ce champs ?
L'idée ici serait...Demande de Rennes qui demande refléxion.
>Est-il envisageable qu'un utilisateur ait des categories (mrd, diag, recherche, mutéXXX, ...) pour ouvoir classer ses patients, et ensuite cliquer pour filtrer sur ce champs ?
L'idée ici serait de filtrer les données de recherche, et restreindre l'affichage uniquement aux patients correspondant à l'une ou l'autre de ces deux categories seulement.
Seconde possibilité, une union entre ces differents filtres ?
D'un point de vue technique, il faut rajouter un champs dans la base qui servira de filtre., et adapter la requete avec cette information.
Il faut aussi prévoir une page de création/modifications des categories, et un champs supplémentaire lors de la creation/modification d'un patient
L'autre point, c'est que ça peut rallonger le délai de traitement sur le BDD.
Il s'agit d'une piste de réflexion, je ne sais pas si au vue des contraintes c'est envisageable.
@magiraud @mikael-s @RyanHerbWeb 2017.09https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2624Tags: tags publics ?2017-10-19T11:26:52+02:00Mathieu GiraudTags: tags publics ?Pas urgent, on peut déjà faire tester les tags à des utilisateurs sans cela.Pas urgent, on peut déjà faire tester les tags à des utilisateurs sans cela.Web 2017.09Ryan HerbertRyan Herbert