vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2023-06-29T15:12:23+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3971Définition des axes dans fuse.py2023-06-29T15:12:23+02:00Mathieu GiraudDéfinition des axes dans fuse.pyDans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/503/diffs#9bd873768c2aee285edc7e9c0ba05f8c2125ca47_126_156, voir dans `fuse.py`, la fonction `get_value()` et la suivante :
```
if axe == "seg3":
retu...Dans https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/merge_requests/503/diffs#9bd873768c2aee285edc7e9c0ba05f8c2125ca47_126_156, voir dans `fuse.py`, la fonction `get_value()` et la suivante :
```
if axe == "seg3":
return self.d["seg"]["3"]["name"]
if axe == "lenSeq":
return len(self.d["sequence"])
if axe == "evalue":
return self.d["evalue"]["val"]
if axe == "seg5_delRight":
return self.d["seg"]["5"]["delRight"]
...
```
Beaucoup de choses donc codées en dur, @flothoni, on avait évoqué un jour ces choses. Il y a une partie de ~bikeshedding, mais pas que... si j'ai bien compris, c'est le pendant de `js/axes.js` et on a besoin de cela pour construire les distributions. Est-ce indispensable ? Comme c'est très gros, mettre déjà cela dans un fichier séparé `axes.py` ? (Mais c'est une méthode de `Clone`...)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3945Meilleur gestion des clones virtuels2019-10-29T14:40:18+01:00Thonier FlorianMeilleur gestion des clones virtuels#990, #3902, #3930
La question se pose de la méthode pour générer/afficher les clones virtuels. On a maintenant plusieurs types de clones, normaux ou virtuels, et il est peut-être temps de revoir le fonctionnement général.
* clone nor...#990, #3902, #3930
La question se pose de la méthode pour générer/afficher les clones virtuels. On a maintenant plusieurs types de clones, normaux ou virtuels, et il est peut-être temps de revoir le fonctionnement général.
* clone normal
* clone normal, mais normalisé
* clone other
* clone ajouté manuellement
* clone de distribution (et potentiellement doublé par les graphiques)
Pour le moment, on a un champ `virtual` au sein des clones, auquel j'ai ajouté un champ `distrib` pour les distinguer des clones de distribution.
Ces derniers sont générés à la volée suivant l'axe demandé sur le dernier graphique manipulé. Pour le moment, il ne sont pas affichés car probablement filtrés à cause de leur appartenance à la catégories des clones virtuels.avant-les-congés-2019https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3941Docker : configuration Nginx non modifiable sans reconstruire l'image2019-07-05T15:37:15+02:00Mikaël SalsonDocker : configuration Nginx non modifiable sans reconstruire l'imagePour configurer le serveur Nginx on a des fichiers de config dans `docker/vidjil-client/conf` mais ces fichiers sont pris en compte à la construction de l'image (ils sont copiés pour les mettre au bon endroit). Ce qui signifie qu'une foi...Pour configurer le serveur Nginx on a des fichiers de config dans `docker/vidjil-client/conf` mais ces fichiers sont pris en compte à la construction de l'image (ils sont copiés pour les mettre au bon endroit). Ce qui signifie qu'une fois l'image construite toute modification de ces fichiers à l'extérieur de l'image (dans le dépôt git, donc) n'a aucun effet sur l'image.
À l'inverse, au lieu de copier les fichiers au bon endroit, on pourrait faire un lien symbolique. C'est d'ailleurs ce qui est fait pour configurer le client Vidjil.
Qu'en pensez-vous ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3930Genescan gris : visualisation client2019-10-23T11:21:24+02:00Mathieu GiraudGenescan gris : visualisation client#3902
Discuté : pour le modèle, c'est des clones, "virtuels", crées au chargement... mais visible uniquement au bon moment (et de taille calculée). A réfléchir, regarder `model.js` et `scatterplot.js`...
cc @flothoni#3902
Discuté : pour le modèle, c'est des clones, "virtuels", crées au chargement... mais visible uniquement au bon moment (et de taille calculée). A réfléchir, regarder `model.js` et `scatterplot.js`...
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3904Clustériser sur la représentative et non pas sur la fenêtre2020-12-16T15:49:35+01:00Mathieu GiraudClustériser sur la représentative et non pas sur la fenêtreÉvoqué avec @mikael\-s ce midi.Évoqué avec @mikael\-s ce midi.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3902Genescan gris, sur les smaller clones, et partiellement coloré, dans le clien...2020-04-23T19:04:14+02:00Mathieu GiraudGenescan gris, sur les smaller clones, et partiellement coloré, dans le client : fuse.py / distributionsCas particulier de #1048, mais j'ouvre ici car la ~"user\-request" est très claire et explicite : visualiser un genescan, y compris sur les smaller clones. Cas d'usage : top clone fait 1%, et le gris fait > 80%.
Évidemment ~"app\-stats...Cas particulier de #1048, mais j'ouvre ici car la ~"user\-request" est très claire et explicite : visualiser un genescan, y compris sur les smaller clones. Cas d'usage : top clone fait 1%, et le gris fait > 80%.
Évidemment ~"app\-stats" pourrait répondre à cela (et à beaucoup plus), mais ici on se concentre sur voir cela dans le ~client actuel. Se limiter au Genescan répondrait à la demande utilisateur et permet de bien baliser ce qu'on aurait à faire.
Traiter cela permettrait de contourner, dans certains cas, les serpents de mer #2236 #2506. Ces smaller clones seraient bien sur tous les clones restant.
Si on s'y met (mais il faut déjà discuter pour savoir si on y va):
- on respecterait strictement le format stats#199 pour compatibilité future avec ~"app\-stats".
- qui produirait les distributions ? ~cpp ou ~"server\-fuse" ?
- affichage ~"client\-bar" : un peu de travail à faire, mais jouable
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3872Enlerver d'un coup tous les autres samples d'une analyse2021-11-22T12:32:45+01:00Thonier FlorianEnlerver d'un coup tous les autres samples d'une analyseLa demande est quelque part similaire à #2726. Après avoir ouvert un run, on voudrait pouvoir recentrer sur un seul fichier, voir sur ce patient, voir sur ce sample.
Dans ce cas, il faut reouvrir le sample différemment. Mais on pourrai...La demande est quelque part similaire à #2726. Après avoir ouvert un run, on voudrait pouvoir recentrer sur un seul fichier, voir sur ce patient, voir sur ce sample.
Dans ce cas, il faut reouvrir le sample différemment. Mais on pourrait déjà envisager une alternative en cachant d'un coup l'ensemble des autres samples du reads. Dans ce cas, on pourrait aussi cacher les clones d'autres samples (peut-être difficile).
On pourrait aussi imaginer un shortcut pour cacher d'un coup tous ces samples, un peu comme pour les locus.
Enfin, dernière possibilité, ouvrir dans un nouvel onglet le sample en solo. Mais dans ce cas comment gérer les sauvegardes ... pas simple de mon point de vue.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3871Ajouter une etiquette "dimers" dans les tags de clones2019-03-25T13:14:26+01:00Thonier FlorianAjouter une etiquette "dimers" dans les tags de clonesJe pense que l'on pourrait rajouter ce tag. Pour le moment ~"REN\-Rennes" utilise hide. Cette information n'est pas sauvegardée. J'ai suggéré de mettre un tag sur ces clones pour y remerdié. CEpdnant, nous n'avons pas un tag dédié.
On p...Je pense que l'on pourrait rajouter ce tag. Pour le moment ~"REN\-Rennes" utilise hide. Cette information n'est pas sauvegardée. J'ai suggéré de mettre un tag sur ces clones pour y remerdié. CEpdnant, nous n'avons pas un tag dédié.
On pourrait mettre custom, mais les dimers mériterais peut-être un tag spécifique.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3810filtrer pour ne conserver que les clones taggés2019-03-19T09:20:45+01:00Thonier Florianfiltrer pour ne conserver que les clones taggésOn pourrait imaginer ce système de filtration pour faire resortir une relapseOn pourrait imaginer ce système de filtration pour faire resortir une relapsehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3765Tester d'anciens navigateurs sur un slave à part ?2019-10-04T18:24:40+02:00Mathieu GiraudTester d'anciens navigateurs sur un slave à part ?@mikael\-s, depuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3695#note_178691 :
> Pour éviter #3694 on aimerait tester d'anciennes versions de Chrome. Cependant l'installation ne semble pas aisée. Peut-être sur un slave (ancien) à pa...@mikael\-s, depuis https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/issues/3695#note_178691 :
> Pour éviter #3694 on aimerait tester d'anciennes versions de Chrome. Cependant l'installation ne semble pas aisée. Peut-être sur un slave (ancien) à part ?
Pourquoi pas, mais cela me semble délicat à faire un ~"dev\-ci" global. Ou bien un stage `old_browser` séparé ?
(et ping #1077)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3764SampleReads : échantillon aléatoire des reads.2020-07-28T19:39:52+02:00Mikaël SalsonSampleReads : échantillon aléatoire des reads.@Anne m'a parlé de problèmes de séquences consensus qui ne représentent pas vraiment l'ensemble des reads du clone.
C'est dû à notre manière de conserver les reads : quand il y en a trop on n'en conserve qu'un échantillon composé des re...@Anne m'a parlé de problèmes de séquences consensus qui ne représentent pas vraiment l'ensemble des reads du clone.
C'est dû à notre manière de conserver les reads : quand il y en a trop on n'en conserve qu'un échantillon composé des reads les plus longs et de meilleure qualité. Dans certains cas cela peut entraîner un biais, comme favoriser les séquences qui possèdent des insertions.
On pourrait essayer de ne conserver qu'un échantillon aléatoire des reads qui, selon la statistique, devrait être représentatif de l'ensemble des reads. Si les reads ainsi conservés sont de mauvaise qualité ou trop courts… hé bien on n'aurait pas fait mieux avec l'échantillon complet.
@Anne n'hésite pas à nous pointer vers un ou deux exemples pour qu'on puisse tester si cela changerait effectivement quelque chose.Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3752Utiliser une version fixe de Web2py2019-02-27T23:01:10+01:00Mikaël SalsonUtiliser une version fixe de Web2pyNous utilisons, à la fois pour nos tests et pour nos serveurs de prod, les dernières versions des **sources** de Web2py disponibles (pas les dernières releases). Rien ne garantit donc le bon fonctionnement de ces packages comme l'illustr...Nous utilisons, à la fois pour nos tests et pour nos serveurs de prod, les dernières versions des **sources** de Web2py disponibles (pas les dernières releases). Rien ne garantit donc le bon fonctionnement de ces packages comme l'illustre #3751.
Ne devrait-on pas plutôt fixer la version de Web2py utilisée ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3708Less dynamique ?2019-02-05T19:18:52+01:00Mathieu GiraudLess dynamique ?Il y a quelques années, je n'étais pas pour faire une compilation css dynamique côté client (côté serveur : exclus si on veut pouvoir fonctionner en offline). Je me disais maintenant "tiens, pourquoi pas"... mais http://lesscss.org/usage...Il y a quelques années, je n'étais pas pour faire une compilation css dynamique côté client (côté serveur : exclus si on veut pouvoir fonctionner en offline). Je me disais maintenant "tiens, pourquoi pas"... mais http://lesscss.org/usage/#using-less-in-the-browser nous dit :
> Using `Less.js` in the browser is the easiest way to get started and convenient for developing with Less, but in production, when performance and reliability is important, we recommend pre-compiling using `Node.js` or one of the many third party tools available.
bref, la solution actuelle, même si elle est sous-optimale par rapport à git, semble correctehttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3691Se passer de web2py : py4web, autres ?2023-02-08T12:21:02+01:00Mathieu GiraudSe passer de web2py : py4web, autres ?Discuté ce matin. Je pensais qu'il y avait déjà une issue sur ce sujet.
Faut-il à terme abandonner web2py (mise à jour #3751, python3 #1345) pour autre chose ? flask ou autre ? node.js ?
Mais quels avantages y aurait-il à changer ?
P...Discuté ce matin. Je pensais qu'il y avait déjà une issue sur ce sujet.
Faut-il à terme abandonner web2py (mise à jour #3751, python3 #1345) pour autre chose ? flask ou autre ? node.js ?
Mais quels avantages y aurait-il à changer ?
Probalblement ~"wont\-fix" pour l'instant... et pas avant 2020 en tout cas !
cc @flothoni @mikael\-smarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3659Utilisation d'un web-recorder: puppeteer-recorder2021-04-29T18:23:28+02:00Thonier FlorianUtilisation d'un web-recorder: puppeteer-recorderEn cherchant une solution pour automatiser les tests cypress (#3655) et les construire rapidement, j'ai trouvé une solution permettant d'enregistrer les actions faites par un utilisateur pour les rejouer ensuite.
Cela passe par [puppete...En cherchant une solution pour automatiser les tests cypress (#3655) et les construire rapidement, j'ai trouvé une solution permettant d'enregistrer les actions faites par un utilisateur pour les rejouer ensuite.
Cela passe par [puppeteer-recorder](https://github.com/checkly/puppeteer-recorder). On lance l'enregistrement, et il génère à la fin une somme d'actions dans un fichier `puppeteer`. C'est-à-dire qu'il affiche les id sélectionnés, les clics fait, les informations rentrées par le clavier.
Le format n'est pas directement compatible cypress, mais je pense qu'il est possible d'avoir un convertisseur rapide, et au moins on a d'un seul coup d'oeil toutes les actions faites.
PS: je pense que la logique peut être la même quel que soit le pipeline de test (nightmare, ...).
@magiraud @mikael\-s @RyanHerbTests-Dev-2021-05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3655Évaluer Cypress2021-04-29T18:23:17+02:00Mathieu GiraudÉvaluer CypressMentionné par @flothoni vdj#769
https://www.cypress.io
La vidéo est impressionnante.
- Est-ce que la partie open-source est suffisament développée ?
- Est-ce que cela s'installe facilement ?
- Quelle intégration avec ~"dev\-ci" ~"d...Mentionné par @flothoni vdj#769
https://www.cypress.io
La vidéo est impressionnante.
- Est-ce que la partie open-source est suffisament développée ?
- Est-ce que cela s'installe facilement ?
- Quelle intégration avec ~"dev\-ci" ~"dev\-gitlab" ?
En a-t-on besoin ? Est-ce que cela permettrait d'écrire plus simplement les tests, et donc d'en avoir plus ?
Voir aussi
- https://automationrhapsody.com/cypress-vs-selenium-end-era/
- https://crossbrowsertesting.com/blog/test-automation/selenium-vs-cypress/Tests-Dev-2021-05https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3624Garder les fichiers bruts tels qu'uploadés ?2021-03-17T09:35:49+01:00Mikaël SalsonGarder les fichiers bruts tels qu'uploadés ?Beaucoup de tâches FAILED ces derniers temps : une hypothèse serait des problèmes avec Pear. Le problème c'est qu'après le pre-process on n'a plus accès aux fichiers d'origine pour reproduire un éventuel problème.
Faudrait-il conserver ...Beaucoup de tâches FAILED ces derniers temps : une hypothèse serait des problèmes avec Pear. Le problème c'est qu'après le pre-process on n'a plus accès aux fichiers d'origine pour reproduire un éventuel problème.
Faudrait-il conserver les fichiers tels qu'ils ont été uploadés ? Au moins quelques jours pour éviter de saturer l'espace disque ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3554bouton dans l'interface pour relancer le swheduler web2py2021-03-05T15:51:00+01:00Thonier Florianbouton dans l'interface pour relancer le swheduler web2pyUne petite question dont je ne suis pas certain de la pertinence: serait-il envisageable de rajouter un bouton pour relancer automatiquement la commande qui relance le scheduler ?
Techniquement, je présume que ce n'est pas si compliqué...Une petite question dont je ne suis pas certain de la pertinence: serait-il envisageable de rajouter un bouton pour relancer automatiquement la commande qui relance le scheduler ?
Techniquement, je présume que ce n'est pas si compliqué que ça. Cependant, ça risque de pérenniser un problème dont on ne connaît toujours pas l'origine (il me semble).
@magiraud @mikael\-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3542Clusteriser sur la CDR3 en acides aminées2020-09-25T10:03:31+02:00Thonier FlorianClusteriser sur la CDR3 en acides aminéesUne remarque faite par @Anne aujourd'hui. Arrest permet de faire un afichage des clones par leurs acides aminées, et donc quand il le fait, il clusterise implicitement toutes les séquences qui vont présenter la même seqeunce d'acides ami...Une remarque faite par @Anne aujourd'hui. Arrest permet de faire un afichage des clones par leurs acides aminées, et donc quand il le fait, il clusterise implicitement toutes les séquences qui vont présenter la même seqeunce d'acides aminés.
Je ne sais pas si c'est souhaitable, mais je présume qu'il y a des cas ou ce serait pratique pour l'utilisateur (plus côté recherche je pense).Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3441Avoir un raccourci pour ouvrir un seul sample à la fois2021-11-22T17:30:45+01:00Thonier FlorianAvoir un raccourci pour ouvrir un seul sample à la foisSuite à #2726; une des solutions envisageable serait de rajouter une icône de raccourci sur la liste des samples et qui permettrai de n'ouvrir qu'un seul sample.
Cette solution serait plus rapide que d'avoir à ouvrir le menu compare sa...Suite à #2726; une des solutions envisageable serait de rajouter une icône de raccourci sur la liste des samples et qui permettrai de n'ouvrir qu'un seul sample.
Cette solution serait plus rapide que d'avoir à ouvrir le menu compare sample. De plus, maintenant que l'on permet de voir deux graphiques en même temps lorsqu'un seul sample est ouvert, il s'agirait là d'une solution pour avoir accès à cette vue simplement.
Risque: Avoir une icône qui sera très peu utilisée (la demande n'est pas forcement très forte).
De plus, il faudrait trouver une icône correcte.