vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-07-05T09:15:56+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1400Heuristique i.0 : être capable d'inférer des germlines "inconnus"2017-07-05T09:15:56+02:00Vidjil TeamHeuristique i.0 : être capable d'inférer des germlines "inconnus"Suite à la discussion en janvier à Necker.
On voudrait segmenter des séquences... à la découverte de ce qu'on ne connaît pas. But : 100% des reads ont une explication, TOO_SHORT, ou sinon on dit ce qu'il y a dedans.
1) Cas relativement ...Suite à la discussion en janvier à Necker.
On voudrait segmenter des séquences... à la découverte de ce qu'on ne connaît pas. But : 100% des reads ont une explication, TOO_SHORT, ou sinon on dit ce qu'il y a dedans.
1) Cas relativement simple :
+V+V+V+V+V+V+V__________________________
À distinguer du cas TOO_FEW_J / trop court. Ici, c'est probablement autre chose, et on pourrait extraire une fenêtre centrée sur la fin du V
2) Et cas plus dur : idem... sans les +V. Bref, être capable de deviner le point de jonction... on se souvient de ce qui avait été fait avec David. On pourrait tout à fait rentrer cela dans le Vidjil actuel : avoir un CountSegmenter qui prédit un point de cassure... (Question subsidiaire : que donne CRAC si on lui donne un jeu de reads V(D)J ?)
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Séquences de Prague, sur rbx, collegues/pragues/IGH-UNSEG.affects
Il y a des trop petits... mais il y a aussi d'autres choses...
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Si on infère des choses bizarres, il faudra mettre des checks sur la representative et/ou de gros warnings partout (on est pas sûr que la fenêtre est pertinente, qu'autour c'est pareil...)
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b9994d1 et 196acbc
Sur Pee (217, Rennes)
- -g -i : 48% (110s)
- après max12: 85%
- après sortLeftRight : 99.1% (42s, car pas de -i)
Attention, est-on sûr de ce qu'on trouve ? Les longueurs des représentatives ont l'air plutôt bonnes, mais il faudrait quelque chose pour en être plus sûr et vérifier qu'on ne clustérise pas des bouts de V.
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http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=1442&custom=1443&custom=1568&custom=1569&
À gauche, multi+inc, à droite, multi+xxx.
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Changements légers ce matin, marche avec -i, pas segmenté si < 5 kmers (DETECT_THRESHOLD)
http://rbx.vidjil.org/browser/?custom=1442&custom=1585&custom=1443&custom=1586&
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ok pour "xxx"... mais il faudrait pouvoir avoir des choses plus méchantes, en devinant des germlines (à la David ?)
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12bcb3c: MAX1U, -4. Modèle de proba à discuter ensemble, pour l'instant c'est trop méchant.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1446Priorités sur le serveur et 'Could not connect to database'2017-11-23T00:07:40+01:00Vidjil TeamPriorités sur le serveur et 'Could not connect to database'Comment faire pour que le côté database / browser fonctionne toujours bien, même quand c'est chargé ?
Faudrait-il mettre des priorités aux différentes tâches ?
Sans aller jusqu'à -20, mettre quelque chose
- pour les workers (avec le ser...Comment faire pour que le côté database / browser fonctionne toujours bien, même quand c'est chargé ?
Faudrait-il mettre des priorités aux différentes tâches ?
Sans aller jusqu'à -20, mettre quelque chose
- pour les workers (avec le serveur de dev, il peut y en avoir plus que 3 qui tournent au total)
- pour d'autre choses ?
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1507Mise en cache des requêtes, séparation requêtes affichage / droits2019-12-06T15:30:39+01:00Vidjil TeamMise en cache des requêtes, séparation requêtes affichage / droitsOptimiser les requêtes c'est bien, mais plus simplement est-ce que les mettre en cache ne suffirait pas à obtenir un gros gain de performance ?
cf. http://web2py.com/books/default/chapter/29/06/the-database-abstraction-layer#Caching-sele...Optimiser les requêtes c'est bien, mais plus simplement est-ce que les mettre en cache ne suffirait pas à obtenir un gros gain de performance ?
cf. http://web2py.com/books/default/chapter/29/06/the-database-abstraction-layer#Caching-selects
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Intéressant. à voir comment on combine cela avec des modifs de la DB : un flag provenant du .js qui dit si l'utilisateur a modifié des choses ?
et peut-on utiliser `cacheable=True` indépendamment de cache, et est-ce que cela va plus vite ? Sur la liste des patients, on ne se sert des Row que comme affichage, pas comme modif.
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ping
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@Duez @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1526Coding practise: Releases régulières, freeze du code, déploiement2020-06-10T08:32:41+02:00Vidjil TeamCoding practise: Releases régulières, freeze du code, déploiementEst-ce que cela vaut le coup de définir un peu mieux notre politique de release, sans tomber dans une usine à gaz ?
Plusieurs projets open-source ont pour politique de faire les grosses modifs *juste après chaque release* … De notre cô...Est-ce que cela vaut le coup de définir un peu mieux notre politique de release, sans tomber dans une usine à gaz ?
Plusieurs projets open-source ont pour politique de faire les grosses modifs *juste après chaque release* … De notre côté, si on fait des releases en début de mois, on pourrait décider d'arriver vers le 15/20 du mois à quelque chose de « stable » au niveau des fonctionnalités d'analyse, et ne pas publier de release avant d’avoir 1-2 semaines d’habitude sur cette version plus ou moins freezée.
Et d’ailleurs, est-ce que cela sert de faire tant de releases ? On peut dire oui… si nous en sommes nos premiers utilisateurs : ce serait bien plus stable (et maintenable à long terme) si on reste 1 mois sur la même version sur le serveur. On en est à 7 jours aujourd'hui, on n'a jamais tenu aussi longtemps !
Ce mois de stabilité pourrait devenir une règle, quitte à avoir une config « vidjil-dev » qui lance un autre exécutable Vidjil (et on dirait explicitement aux utilisateurs que c'est une config de test).
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« et ne pas publier de release avant d’avoir 1-2 semaines d’habitude sur cette version plus ou moins freezée. » oui, si c'est associé avec la config vidjil-dev (et qu'on l'utilise vraiment) pour qu'on se rende compte des problèmes dans la version de vidjil.
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vidjil-dev : pas si évident. Il faudrait que ce soit considéré comme un logiciel à part pour le serveur (pour l'instant on a un chemin vers l'exécutable vidjil).
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oui, tout à fait. Donc une entrée de plus dans defs.py.
Un jour, nous aurons miTCR, TCRKlass... on doit pouvoir être générique, on commence soft en changeant juste l'exécutable :)
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Plutôt que d'avoir une autre constante, il vaut mieux un dico des logiciels dispos et de leurs chemins…
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oui (mais à terme, cela demandera aussi un autre controlleur pour miTCR, pas besoin pour l'instant)
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« et ne pas publier de release avant d’avoir 1-2 semaines d’habitude sur cette version plus ou moins freezée. »
Je suis toujours d'accord avec ça mais on ne le fait pas.
Avoir une branche release_candidate qui chaque mois est remise à jour depuis dev. Seules les corrections de bug sont autorisées sur cette branche et la config vidjil-dev sur le serveur devrait être un vidjil compilé sur cette branche-là. Quand on veut faire une release, on la merge depuis master.
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ok pour le principe. Sur release-candidate, uniquement des corrections de bug (ce qui veut dire avec test obligé)... mais aussi documentation et tests éventuellement.
Donc trois branches : dev / master / release-candidate ?
Ou peut-on faire avec deux branches seulement : master / release-candidate (on release directement depuis release-candidate) + dev s'il y a des choses qui ne sont pas mûrs pour aller dans master.
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J'avais ça en tête évidemment : http://nvie.com/posts/a-successful-git-branching-model/
Ça me fait bizarre de penser que les releases ne seraient pas sur master (au moment où on fait la release, il pourrait s'être passé plein de choses sur master qui ne sont pas dans la release, plus les corrections de bugs qui sont communes).
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Oui, exactement pour le modèle. Cela va changer les habitudes de tous (branche principale = dev).
Planning accéléré pour ce coup-ci : ce soir, release-candidate est branché.
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release-candidate est branché... il faut tester depuis Jenkins. Est-ce possible sans dupliquer des jobs ?
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1527Coding practice: que met-on dans le contrôleur ?2016-11-30T20:36:26+01:00Vidjil TeamCoding practice: que met-on dans le contrôleur ?Il y a des requêtes BDD dans les contrôleurs. Est-ce vraiment leur place ? Ne faudrait-il pas mettre les requêtes dans les modèles ?
Ne faudrait-il pas découper aussi la partie récupération des paramètres (request.vars) du code lui-même...Il y a des requêtes BDD dans les contrôleurs. Est-ce vraiment leur place ? Ne faudrait-il pas mettre les requêtes dans les modèles ?
Ne faudrait-il pas découper aussi la partie récupération des paramètres (request.vars) du code lui-même ? En gros avoir des fonctions indépendantes de request.vars qui pourraient être utilisées indépendamment de requêtes POST/GET (par exemple dans les scripts).
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“Put stuff in models if:
Have something to do with accessing db data or helpers for visualizing db data
They consist of a one single file with no dependences
The code only makes sense inside a web2py app and I would not be reusing it outside web2py
[…]
Put stuff in modules if:
The do not require access to request, response, cache, session and thus can be used with ot without web2py .
They consist of multiple files
I need them only in some (but not all) controller functions.”
https://web2py.wordpress.com/2010/04/27/web2py-zen/
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1559model.js et vues: updateXxx(), découpage judicieux ?2019-11-04T06:50:47+01:00Vidjil Teammodel.js et vues: updateXxx(), découpage judicieux ?La doc devrait mieux expliquer le fonctionnement de `update()` / `updateModel()` / `updateElem()` / `updateElemStyle()` / `updateStyle()` et surtout leur relation entre eux. Je ne sais pas si c'est dans chaque fonction, ou plutôt au débu...La doc devrait mieux expliquer le fonctionnement de `update()` / `updateModel()` / `updateElem()` / `updateElemStyle()` / `updateStyle()` et surtout leur relation entre eux. Je ne sais pas si c'est dans chaque fonction, ou plutôt au début de `model.js`,
J'ai par exemple du mal à comprendre pourquoi `updateModel()` est appelé par certaines fonctions.
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1567Splitter un clone / ré-analyser un sous-ensemble de reads2021-06-23T11:34:52+02:00Vidjil TeamSplitter un clone / ré-analyser un sous-ensemble de readsÉvoqué directement par Alice (et Matin il y a longtemps). Ma première réaction : non, l’algo ne marche pas comme cela !
Mais bon… si on est capable de récupérer les reads d’une fenêtre, on pourrait les ré-analyser avec d’autres paramètr...Évoqué directement par Alice (et Matin il y a longtemps). Ma première réaction : non, l’algo ne marche pas comme cela !
Mais bon… si on est capable de récupérer les reads d’une fenêtre, on pourrait les ré-analyser avec d’autres paramètres (par exemple un `-w 100` ou `200`, voire un `-w` égal à la taille du read, comme dans l'option `-!`),voire avec un autre programme... le browser n’y verrait que du feu, on pourrait avoir des windows de taille différente. Au final, ce serait un bouton « split to reads ».
On s’éloigne de la philosophie de l’algo, mais pourquoi pas ? D’ailleurs, si certains reads sont trouvés par d’autres méthodes (grep, séquences connues, xxx, autre heuristique, autre logiciel…), leur id va peut-être varier.
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Marc: "Cela pourrait aussi être fait directement dans la première passe de Vidjil. On détecte mauvais coverage/..., et on applique d'autres paramètres"
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Avec les données de la Pitié on a tendance à rassembler des choses qui ne devraient pas l'être. Il serait bien que la taille de la fenêtre s'adapte automatiquement aux données, sans avoir à relancer le jeu de données en tâtonnant pour savoir quelle taille de fenêtre est la mieux (une puissance de 10 ou pas ? ;) )
Exemple de jeu où on fait n'importe quoi avec la taille de fenêtre par défaut : http://rbx.vidjil.org/browser/?patient=914&config=26
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Argh... je pensais à cette tâche justement en voyant votre échange de mail...
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1577db_layout.html: avoir des onglets avec les derniers sets consultés ?2019-02-28T12:39:27+01:00Vidjil Teamdb_layout.html: avoir des onglets avec les derniers sets consultés ?On se ballade dans certains onglets (liste des patients, et pour les admins, les autres onglets), mais ce n'est pas facile de revenir sur le patient en cours.
Ce serait pratique d'avoir quelque chose type "patients John Doe (578) ...On se ballade dans certains onglets (liste des patients, et pour les admins, les autres onglets), mais ce n'est pas facile de revenir sur le patient en cours.
Ce serait pratique d'avoir quelque chose type "patients John Doe (578) - - - configs"
(et cela éviterait souvent d'avoir une requête 'liste des patients' :)
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D'ailleurs, il n'y a pas de notion de "patient en cours" vu de la database, mais bon, on va dire que c'est le dernier pour lequel on a fait afficher un .vidjil.
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@RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1587Signature / Geler une analyse2022-05-19T08:03:41+02:00Vidjil TeamSignature / Geler une analyseIl faut pouvoir geler une analyse et marquer dans le rapport qui l'a gelée (ou validée) et quand. Il n'est plus possible de sauvegarder par dessus.
Permet-on de lancer de nouveaux runs sur ce fichier ? De toute façon on garde toujours...Il faut pouvoir geler une analyse et marquer dans le rapport qui l'a gelée (ou validée) et quand. Il n'est plus possible de sauvegarder par dessus.
Permet-on de lancer de nouveaux runs sur ce fichier ? De toute façon on garde toujours les résultats. Mais il faut pouvoir revenir facilement aux résultats sauvegardés.
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Typiquement, en situation Diag puis MRD, on valide le Diag, et plus tard il y a un nouveau point. On est appelé à re-merger / colorer / .... (On a peut-être le droit de relancer le prog sur le Diag). Mais on a sauvegardé le fichier résultat comme le fichier analysis du Diag.
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Mis en projet étudiant "tracabalité", sinon en reparler en 2016
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1680Export fasta: afficher d'une certaine manière les bases enlevées sur la germline2021-08-27T11:06:14+02:00Vidjil TeamExport fasta: afficher d'une certaine manière les bases enlevées sur la germlinepar exemple, si /-4 KDE :
>KDE...
ggagCCCTACAAGT
Minuscules : simple. (mais pb convention ?)
Couleur, parenthèses, italique ? peu .fa - compatible
Remarque de Tatiana : que faire si plusieurs séquences ? Afficher les V/J plusieurs foi...par exemple, si /-4 KDE :
>KDE...
ggagCCCTACAAGT
Minuscules : simple. (mais pb convention ?)
Couleur, parenthèses, italique ? peu .fa - compatible
Remarque de Tatiana : que faire si plusieurs séquences ? Afficher les V/J plusieurs fois ? Faire une option ?
à réfléchir avant de s'y lancer
***
On aurait aussi pu faire un équivalent de junction analyser:
atcgatcgatcgtagcatcatc
atcgAtcaAAA
TATTatcatc
... mais non, il faut résister à l'envie, le but est que le segmenter avec l'affichage des germline fasse cela.
Bref, on se limite pour cette tâche à un truc simple, qui garde la compatibilité avec un .fa
***
Discuté aussi vendredi dernier.
On pourrait aller vers deux exports :
1) Un export fasta brut, comme actuellement (avec en particulier les V/D/J à la fin, groupés). Utilisation bioinfo derrière.
2) Un export avec alignement du read contre germline V/D/J, avec espaces / tiret, et majuscules/minuscules dans les germlines V/D/J pour mutations. Éventuellement avec des infos de score, e-value... Et même avec couleurs (on se rapproche du rapport...), mais en restant basé texte pour copie facile.
Le 2) est très tentant, mais fera peut-être doublon avec le segmenter ? Pas si sûr, et ce serait très agréable d'avoir cela pour nous aider à faire les .should-vdj et discuter ensemble de segmentation. D'ailleurs, même une fois que le segmenter fera ce qu'on veut, une fonctionnaité d'export du segmenter sera la bienvenue !
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@Cyanaelhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1684Afficher séparément les tubes de PCR différents, même quand ils concernent le...2019-01-09T17:16:15+01:00Vidjil TeamAfficher séparément les tubes de PCR différents, même quand ils concernent le même locusDemande de Yann: quand on fait Vg1-9 et Vg10, on aimerait voir les % par rapport au tube de PCR.
La même question se pose pour quasiment tous les locus, en fonction des tubes utilisés.
- afficher cela comme deux locus différents ? (dan...Demande de Yann: quand on fait Vg1-9 et Vg10, on aimerait voir les % par rapport au tube de PCR.
La même question se pose pour quasiment tous les locus, en fonction des tubes utilisés.
- afficher cela comme deux locus différents ? (dans ce cas, on ne voit plus de grid avec tout le TRG)
- est-ce que le browser est bien robuste au changement de germlines.data ? (difficulté avec germlines.js) ?
- avoir un germlines.data différent par utilisateur / par patient ? ou stocker cela dans le .vidjil ?
- ou bien déjà avoir plusieurs germlines.data (un comme actuel, un Lille, un tubes BIOMED-2, ...) ?
à réfléchir
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1695Identifiants des germlines dans germlines.js2022-06-20T15:30:34+02:00Vidjil TeamIdentifiants des germlines dans germlines.jsRemarqué par @Cyanael : les identifiants des *germlines* dans germlines.js ne sont pas systématiques : TRGV, TRGJ, IGK-INTRON, IGHD_upstream ...
En aval, cela impacte au moins model.js: exportFasta où on a du faire des règles spécifiq...Remarqué par @Cyanael : les identifiants des *germlines* dans germlines.js ne sont pas systématiques : TRGV, TRGJ, IGK-INTRON, IGHD_upstream ...
En aval, cela impacte au moins model.js: exportFasta où on a du faire des règles spécifiques.
Cela provient de `buildBrowserGermline.py` (et donc du nom des fichiers ?).
Ces identifiants ne sont pas propres, la seule référence devrait être les infos de `germline/homo-sapiens.g`
→ faudrait-il utiliser des clés TRG-5, TRG-3, IGK+-5, TRD-4 ?
→ ou même TRG / IGK+ en vrac ?
→ ou même... tout en vrac, dans une seule hashmap ? (A-t-on vraiment besoin des séquences séparées par germline ? La description des germlines est déjà faite par ailleurs)
https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1702focus sur des reads avec une certaine séquence (approchée)2021-04-16T22:41:49+02:00Vidjil Teamfocus sur des reads avec une certaine séquence (approchée)Jona/Marleen, survey: "Is it possible to track down related clones, with for instance similar DJ stem sequences (not only searching in top hundred but in complete list)?"
Pouvoir lancer Vidjil avec un filtre, pour zoomer sur un ensembl...Jona/Marleen, survey: "Is it possible to track down related clones, with for instance similar DJ stem sequences (not only searching in top hundred but in complete list)?"
Pouvoir lancer Vidjil avec un filtre, pour zoomer sur un ensemble de reads ? Ou un "get reads" amélioré ?
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1739Jeu de couleurs visibles par tous (ou presque)2021-11-22T13:02:45+01:00Vidjil TeamJeu de couleurs visibles par tous (ou presque)Utiliser une palette de couleurs qui soit color blind-compliant. http://paletton.com est un exemple pour simuler différentes formes de daltonisme. Voir cette palette 16 couleurs qui semble compatible : http://www.somersault1824.com/wp-co...Utiliser une palette de couleurs qui soit color blind-compliant. http://paletton.com est un exemple pour simuler différentes formes de daltonisme. Voir cette palette 16 couleurs qui semble compatible : http://www.somersault1824.com/wp-content/uploads/2015/02/color-blindness-palette.png ou encore : http://www.cookbook-r.com/Graphs/Colors_%28ggplot2%29/#a-colorblind-friendly-palette
Des recommandations plus globales : http://jfly.iam.u-tokyo.ac.jp/color/
Voir aussi cette tâche : https://www.producteev.com/workspace/t/553f873ab0fa091c6b00000c
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Plus complet ici : http://mkweb.bcgsc.ca/colorblind/
***
cf. branche colorblind
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- Faut-il que a) notre jeu de couleurs soit color-blind par défaut, ou bien b) avoir une palette color-blind proof ?
a) peut être le but, b) peut permettre d'avoir déjà *tout de suite* quelque chose d'accessible sans enlever au confort des non-color-blind
- Sur la palettre proposée (tags, pas vu les locus) : oui, clone-1/2/3 sont bien plus distinctifs que sur la palette actuelle ! Par contre, j'aurais bien inversé clone 1 et clone 2 (le clone 2 est plus lumineux, plus clair que pathologique). Cependant, je vois bien que l'ordre est mieux en achromatopsia
- Au passage, on n'utilise pas assez le vert (sauf pour locus).
***
https://addons.mozilla.org/fr/firefox/addon/colorblind-design/
Extension Firefox pour tester facilement.
***
Avoir une palette séparée n'est, dans l'état actuel, pas user-friendly : la palette par défaut est toujours la même. Donc si on veut utiliser la palette colorblind, il faudra changer la palette utilisée à chaque chargement de Vidjil.
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Cela fait écho à une autre tâche, "sauvegarder les paramètres par défaut" ou quelque chose comme cela.
***
@magiraud @RyanHerb @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1746Charger / Sauver les .analysis dans des vues autres que Patient2016-11-29T14:40:09+01:00Vidjil TeamCharger / Sauver les .analysis dans des vues autres que PatientQue ce soit avec la tâche "Run / SampleSet / Tags", ou même, dès maintenant, avec le "Compare Patients", on souhaite visualiser voire sauvegarder les .analysis.
C'est une demande explicite de XXX ("Peut-on sauver les analyses dans Compa...Que ce soit avec la tâche "Run / SampleSet / Tags", ou même, dès maintenant, avec le "Compare Patients", on souhaite visualiser voire sauvegarder les .analysis.
C'est une demande explicite de XXX ("Peut-on sauver les analyses dans Compare Patients ?"). Cas d'usage : dans une vue "Run", on identifie une contamination, qu'on targue, et on veut retrouver ce tag dans les différents Patients (et, pour un des patients, c'est le "main clone", pour les autres, "contamination")
Ce n'est pas facile
- que se passe-t-il si un clone est en rouge dans le patient A, mais pas en B / C ?
On voit la ligne rouge A-B-C, mais faut-il sauver du rouge dans B-C ?
- pire, si autre couleur dans B-C, warning à faire
(Cela ne doit pas nous bloquer pour faire Run/SampleSet/Tags...)
***
XXX c'est Jona Van der Straeten (mail du 23/11)
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@nobodyhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1783Indice/index de clonalité ou autres valeurs sur le time graph2019-03-21T10:10:08+01:00Vidjil TeamIndice/index de clonalité ou autres valeurs sur le time graphIl faudrait afficher les nouvelles valeurs calculées dans 'diversity'.
Au minimum dans le getHTMLinfo, au mieux sur la courbe.
C'est peut-être l'occasion de réutiliser ce qui est fait pour afficher les trucs de normalisation (est-ce enc...Il faudrait afficher les nouvelles valeurs calculées dans 'diversity'.
Au minimum dans le getHTMLinfo, au mieux sur la courbe.
C'est peut-être l'occasion de réutiliser ce qui est fait pour afficher les trucs de normalisation (est-ce encore fonctionnel) ? Comment fait-on pour afficher des valeurs arbitraires pour chaque point ?
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getHTMLinfo: fait
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1860Color by DBScan2016-11-29T14:41:26+01:00Vidjil TeamColor by DBScanAntonin avait fait une méthode pour colorer en fonction de la proximité selon DBScan. Elle est cachée (et ne fonctionne pas). Voir la méthode colorNodesDBSCAN dans model.js : elle repose sur un this.dbscan qui n'existe plus.
À voir si on...Antonin avait fait une méthode pour colorer en fonction de la proximité selon DBScan. Elle est cachée (et ne fonctionne pas). Voir la méthode colorNodesDBSCAN dans model.js : elle repose sur un this.dbscan qui n'existe plus.
À voir si on supprime ou si on le refait vivre…
***
@Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1887Nouvelle vue, grid avec tous les locus / résumé2020-12-04T14:17:28+01:00Vidjil TeamNouvelle vue, grid avec tous les locus / résuméProposition pour une vue "Summary, by locus" où on voit tous les locus, fichier ci-dessous.
Cliquer sur un locus fait basculer dans la vue grid normale avec ce locus.
Dans un premier temps, on peut voir toutes les bulles juste en vrac.
...Proposition pour une vue "Summary, by locus" où on voit tous les locus, fichier ci-dessous.
Cliquer sur un locus fait basculer dans la vue grid normale avec ce locus.
Dans un premier temps, on peut voir toutes les bulles juste en vrac.
Mais on pourrait aussi voir un "mini-scatterplot", comme sur le `TRA` (on ne voit pas les axes, mais on se doute qu'il y a deux paquets).
Les rectangles ne doivent pas être visible, ils montrent juste ce qui peut être regroupé pour que cela tienne tout seul sur 1 ligne ou 2.
Enfin, on verra ce qu'on mettra dans la liste des valeurs (reads, clone, ...). On n'est pas obligé d'avoir la légende, un tooltip pourrait suffire ?
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Il y a beaucoup de nombres, ce n'est pas parsable très facilement. Avoir la vue en histo pour montrer le nombre de reads, clones par système ? Plus une courbe pour montrer un indice de diversité ?
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On peut déjà faire une vue plot (ou bar): `x` = locus, `y` = autre chose (comme size ou...) Mais ce n'est pas très sexy.
L'idée est d'avoir un endroit avec une vue globale. Et de limiter effectivement les nombres à ce qu'on pense le plus important (voire à remplacer les nombres par un truc visuel). Mais peut-être que certaines personnes voudraient voir d'autres informations (par ex le % de productif). Autres propositions bienvenues.
courbe + indice de diversité : voir #1783. Par contre, une courbe avec l'axe `x` qui serait les locus serait confus (pour l'instant on ne fait que des courbes sur le time graph, voir nouvelle tâche)
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@RyanHerb @Duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1895Gadgets : savoir si on les garde2018-04-16T15:58:40+02:00Vidjil TeamGadgets : savoir si on les gardeCas de la palette noire et de la fonction play sur les samples
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@Cyanael @RyanHerb @mikael-s @magiraudCas de la palette noire et de la fonction play sur les samples
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@Cyanael @RyanHerb @mikael-s @magiraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1972Sortir la séquence consensus complète en donnant un histogramme de la représe...2018-06-25T16:48:04+02:00Vidjil TeamSortir la séquence consensus complète en donnant un histogramme de la représentativité (à la JalView)Cf. mail de Marine du 16/08 17h20 : on a une séquence consensus sortie par Vidjil qui ne fait que ~120bp parce qu'il se passe quelque chose de bizarre dans le FR3 (beaucoup de variabilité apparemment). L'histogramme sur la totalité du co...Cf. mail de Marine du 16/08 17h20 : on a une séquence consensus sortie par Vidjil qui ne fait que ~120bp parce qu'il se passe quelque chose de bizarre dans le FR3 (beaucoup de variabilité apparemment). L'histogramme sur la totalité du consensus (donné par Jalview) est en pièce jointe.
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@magiraud @mikael-s