vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2018-07-30T15:52:07+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3423Etendre vidjilparser.py pour générer des fichiers2018-07-30T15:52:07+02:00Ryan HerbertEtendre vidjilparser.py pour générer des fichiersDans #2240 nous avons créé un module capable d'extraire les informations d'un fichier en maintenant la structure d'un fichier vidjil, et de valider un fichier vidjil en suivant un modèle passé en paramètre, mais il ne sait pas encore gén...Dans #2240 nous avons créé un module capable d'extraire les informations d'un fichier en maintenant la structure d'un fichier vidjil, et de valider un fichier vidjil en suivant un modèle passé en paramètre, mais il ne sait pas encore générer "from scratch" un fichier vidjil.
Il faudrait savoir quel type d'API nous souhaitons construire.
L'utilisateur à-t-il besoin d'avoir des connaissances dans le format Vidjil, ou l'API suffit-elle ?
Moins on demande de connaissances sur le format vidjil, plus l'API demandera de complexité.
Mais plus on demande de connaissances, plus on se rapproche d'une API qui renvoit un dictionnaire plus ou moins complet que l'utilisateur doit compléter.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3389Séquences stockées dans `seqs_by_window` : champs, compression ?2018-07-18T09:58:40+02:00Mathieu GiraudSéquences stockées dans `seqs_by_window` : champs, compression ?Une réflexion parallèle à #2120/#3387 : l'espace mémoire au cours de la phase 1 provient quasi totalement de
`map<junction, BinReadStorage > seqs_by_window`. Vu ce qu'il y a dans le `BinReadStorage`, il est probable que cela soit dominé ...Une réflexion parallèle à #2120/#3387 : l'espace mémoire au cours de la phase 1 provient quasi totalement de
`map<junction, BinReadStorage > seqs_by_window`. Vu ce qu'il y a dans le `BinReadStorage`, il est probable que cela soit dominé par les `list<Sequence> *bins`. Dans une `Sequence`, il y a :
```
typedef struct read_t
{
string label_full;
string label;
string sequence; // Sequence: original string representation
string quality;
int* seq; // Sequence: seq representation
size_t marked_pos; // Some marked position in the sequence
} Sequence;
```
Est-ce que tout cela est vraiment conservé et utile ?
- La `quality` double la taille (mais elle est utile pour la representative, c'est cela ?)
- `label_full` et `label` pourraient être supprimés (mais bon, quasi-négligeable ?), sauf quand on veut `-a` ou `-u`
- Est-ce que cela aurait un intérêt de stocker `sequence` et `quality` de manière compressée ?
cc @boreechttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3386Indexer séparément, mais à la suite, les up/down-stream2018-07-16T07:31:14+02:00Mathieu GiraudIndexer séparément, mais à la suite, les up/down-streamNous aimons le up/down-stream. Nous avons fait #3008 pour J+down, et, précédemment, la même chose Dd2/Dd3.
Mais idéalement, on devrait distinguer des situations comme `JJJJJdddd`, `JJJJJCCCCC`, `JJJJJ----`. Et, avec des reads non-longu...Nous aimons le up/down-stream. Nous avons fait #3008 pour J+down, et, précédemment, la même chose Dd2/Dd3.
Mais idéalement, on devrait distinguer des situations comme `JJJJJdddd`, `JJJJJCCCCC`, `JJJJJ----`. Et, avec des reads non-longues, `JJJJJdddddCCCC` ne devrait pas arriver.
Certes, avoir d'un côté `J.fa` et de l'autre `J+down.fa` fournit une solution, idem pour Dd2/Dd3, couplé avec des entrées dans `germline.h` différentes (et des méthodes de segmentation différentes), mais on sent la recopie d'informations. Et même en situation "normale" `JJJJJdddd`, on aimerait #3147, mais là cela relève plutôt du FineSegmenter.
Serait-ce possible d'avoir un mécanisme où l'on indexe directement `(J + down)`, avec un kmer `down` déclenché
dès le premier nucléotide de `down` ? Avec Aho, c'est peut-être encore plus simple à implémenter ?
Cela demanderait aussi d'adapter les méthodes de segmentation... ou possiblement #3377.
Ping #2138.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3379identito-vigilance: protocole par le biais des SNP2018-07-13T16:21:52+02:00Thonier Florianidentito-vigilance: protocole par le biais des SNPIl s'agit d'une piste de réflexion sur ce que j'ai entendu cette semaine au labo.
Dnas le cadre des manips de séquençage de l'équipe de Rennes en oncologie ou somatique, ils passent des échantillons pour voir des SNP.
L'association d...Il s'agit d'une piste de réflexion sur ce que j'ai entendu cette semaine au labo.
Dnas le cadre des manips de séquençage de l'équipe de Rennes en oncologie ou somatique, ils passent des échantillons pour voir des SNP.
L'association de quelques SNP permet de discriminer des patients et par exemple de savoir le sexe, et aussi un code de quelques lettres qui pourra devenir unique.
Ces SNP sont répartits sur de nombreux gènes qui sont justement ceux qu'ils observent. Ils n'en ont que quelques un de dispo pour cette raison (8 ou 9). Ça ne fait pas forcement un très grande combinatoire, mais ils l'utilisent à l'échelle d'un run uniquement.
Vu le type de données que l'on a, ce n'est pas envisageable (mutation, recombo, locus différents suivant les samples,...). Mais c'est à garder dans un coin de notre esprit.
PS; ça fait prendre conscience qu'il en faut peu pour identifier quelque un.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3370Une séquence passe en unexpected au lieu d'IGH2018-07-13T16:08:46+02:00Mikaël SalsonUne séquence passe en unexpected au lieu d'IGHCe n'est pas extrêmement choquant vue la séquence.
Il s'agit de la séquence `#1347 vh2` de `gosh-igh.should-vdj.fa`. Elle contient un réarrangement VDJ normal mais à la fin elle a aussi du V dans le sens négatif.
Auparavant la séquence...Ce n'est pas extrêmement choquant vue la séquence.
Il s'agit de la séquence `#1347 vh2` de `gosh-igh.should-vdj.fa`. Elle contient un réarrangement VDJ normal mais à la fin elle a aussi du V dans le sens négatif.
Auparavant la séquence était vue comme une séquence VDJ normale mais avec la mise à jour des germlines, on a plus de k-mers reconnus comme V- à la fin de la séquence ce qui donne une meilleure e-valeur à la recombinaison inattendue par rapport à la VDJ classique.
Voici les affectations :
```
_ _ _ _ _ _ _+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H
+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H
+H+H+H+H+H+H ?+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H _
_ _ _ _+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H
+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H
+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H
+H+H+H+H+H+H+H+H+H _ _+H _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _
_ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _+h+h+h+h+h+h+h+h+h _ _ _ _ _ _+h _ _ _ _ _ _+h+h+h
+h+h+h+h _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H
-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H
-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H-H
```
Est-on choqué que ce soit unexpected ou non ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3360Gestion plus propre des warnings2021-02-03T09:09:32+01:00Mikaël SalsonGestion plus propre des warningsPour l'instant l'ajout d'un warning se fait dans le JSON. Si on veut afficher quelque chose sur la sortie standard c'est géré indépendamment, avec des messages qui peuvent diverger.
Ce n'est donc pas très générique.
De plus l'ajout d'un...Pour l'instant l'ajout d'un warning se fait dans le JSON. Si on veut afficher quelque chose sur la sortie standard c'est géré indépendamment, avec des messages qui peuvent diverger.
Ce n'est donc pas très générique.
De plus l'ajout d'un warning dans le JSON se fait par un code unique, sous forme de chaîne, suivie d'une description.
Plusieurs éléments :
* [ ] Ne pourrait-on pas avoir une constante pour chaque warning (toujours préférable aux chaînes pour lesquelles on risque une typo) ?
* [ ] Le message ne peut-il pas être mis automatiquement (tous définis dans un tableau commun) plutôt que d'avoir à le réécrire à chaque fois ?
* [x] Les warnings ne peuvent-ils pas exister indépendamment du JSON ? Ensuite c'est chaque type de sortie qui définit ce qu'elle fait du warning.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3300Ordre sur les flags de task.py2018-06-18T18:02:51+02:00Mathieu GiraudOrdre sur les flags de task.pyUne pensée après #3289 / !209 : on aurait pu avoir des flags avec des opérations d'ordre (comme ce qu'on met dans le mail) :
NO_JOB → QUEUED → ASSIGNED → RUNNING → COMPLETED
Mais bon, c'est sûrement inutilement compliqué.Une pensée après #3289 / !209 : on aurait pu avoir des flags avec des opérations d'ordre (comme ce qu'on met dans le mail) :
NO_JOB → QUEUED → ASSIGNED → RUNNING → COMPLETED
Mais bon, c'est sûrement inutilement compliqué.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3297Faire des cas difficiles pour les heuristiques (segmentation, filtrage) par g...2018-07-11T18:22:34+02:00Mathieu GiraudFaire des cas difficiles pour les heuristiques (segmentation, filtrage) par grainesPour #3183, #3223, #3225, ce serait bien de faire des séquences (même artificielles) qui mettraient l'heuristique de filtrage en difficulté... de la même manière qu'on a déjà beaucoup de tests sur des cas limites pour ~"cpp\-heuristic" ....Pour #3183, #3223, #3225, ce serait bien de faire des séquences (même artificielles) qui mettraient l'heuristique de filtrage en difficulté... de la même manière qu'on a déjà beaucoup de tests sur des cas limites pour ~"cpp\-heuristic" .
Cela dépend aussi fortement des graines choisies. #1364https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3281Fichiers BAM avec données pairées : exception ou non ?2018-06-13T09:25:11+02:00Mikaël SalsonFichiers BAM avec données pairées : exception ou non ?Lorsque le BAM avait été implanté, il avait été prévu de ne pas permettre l'utilisation de données pairées (car les reads ne sont pas fusionnés), comme indiqué dans la doc. Une exception est donc levée dans un tel cas. Il existe un seul ...Lorsque le BAM avait été implanté, il avait été prévu de ne pas permettre l'utilisation de données pairées (car les reads ne sont pas fusionnés), comme indiqué dans la doc. Une exception est donc levée dans un tel cas. Il existe un seul cas où on devrait permettre cela : du RNA-Seq car fusionner les reads ne présente aucun intérêt.
Or le seul cas de BAM uploadé sur le serveur public c'est du RNA-Seq pairé ! (#3263)
On peut très bien rester sur une exception (avec un message plus explicite car là c'est uniquement une assertion qui échoue) et dire qu'on ne gère que les FASTQ. Aucune garantie sur le reste.
Une alternative serait de mettre un warning (#2247). Le problème c'est qu'une personne envoyant un fichier BAM avec des données pairées d'amplicons verra ses données analysées juste avec un warning et serait probablement assez peu motivée pour réuploader 2 FASTQ et relancer l'analyse alors qu'elle a déjà des résultats devant les yeux.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3269vidjil.cpp ne devrait pas, par défaut, sortir un fichier par clone segmenté2018-06-22T12:04:52+02:00Mathieu Giraudvidjil.cpp ne devrait pas, par défaut, sortir un fichier par clone segmentéUn *fichier* `ofstream out_clone(clone_file_name.c_str())` est ouvert par clone sous le `-z`. Il faudrait voir si on souhaite garder ce fonctionnement, ou bien limiter cette sortie à quelques clones.
Non essentiel pour l'instant (c'est...Un *fichier* `ofstream out_clone(clone_file_name.c_str())` est ouvert par clone sous le `-z`. Il faudrait voir si on souhaite garder ce fonctionnement, ou bien limiter cette sortie à quelques clones.
Non essentiel pour l'instant (c'est ce qu'on a toujours fait, et le temps n'est pas si grand), mais devra être résolu avant qu'on fasse en routine des `-z 10000`.
cc @boreechttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3267Filtrage des germlines : le désactiver pour les "petites" germlines ?2018-07-06T11:10:44+02:00Mathieu GiraudFiltrage des germlines : le désactiver pour les "petites" germlines ?Faudrait-il quelque chose pour désactiver le filtrage sur certaines germlines ?
- Un truc en dur qui le ferait que pour les `IGHV` (et éventuellement d'autres pour lesquels on voit une accélération) ? Cela peut être largement suffisa...Faudrait-il quelque chose pour désactiver le filtrage sur certaines germlines ?
- Un truc en dur qui le ferait que pour les `IGHV` (et éventuellement d'autres pour lesquels on voit une accélération) ? Cela peut être largement suffisant dans un premier temps.
- Ou bien plus un truc plus fin, automatique avec la taille de la germline ?
(quand c'est désactivé, pas de construction de l'automate comme dans #3268).
cc @boreechttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3222vue commune pour les preprocess de merge2023-06-22T17:18:32+02:00Thonier Florianvue commune pour les preprocess de mergeUne question me vient en analysant #3219 : Laisse-t-on à terme le choix du software de merge ou l'impose-t-on ?
Si on laisse le choix; propose-t-on de conserver les reads non assemblés pour rejouer le merge avec un autre soft (ou même ...Une question me vient en analysant #3219 : Laisse-t-on à terme le choix du software de merge ou l'impose-t-on ?
Si on laisse le choix; propose-t-on de conserver les reads non assemblés pour rejouer le merge avec un autre soft (ou même simplement d'autres paramètres) ?
De plus, propose-t-on une vue unifiée entre les diverses sorties (cf revient à faire un json des log de preprocess ). On pourrait par exemple pour les merge indiquer des tableaux des percentiles sur la longueurs des reads assemblés par exemple; Cette étape serait supplémentaire au software.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3218Supprimer les k-mers non significatifs ?2020-02-21T21:19:30+01:00Mathieu GiraudSupprimer les k-mers non significatifs ?(Juste une réflexion peut-être non pertinente, à voir uniquement si le temps du filtrage reste significatif après #3217.)
Sur IGHV (347 gènes), en prenant des k-mers de taille 5:
- 1031 k-mers différents, dont
- 36 k-mers qui appar...(Juste une réflexion peut-être non pertinente, à voir uniquement si le temps du filtrage reste significatif après #3217.)
Sur IGHV (347 gènes), en prenant des k-mers de taille 5:
- 1031 k-mers différents, dont
- 36 k-mers qui apparaissent dans >= 300 des gènes.
- environ 500 k-mers qui apparaissent dans >= 50 des gènes
Cela fait beaucoup de k-mers qui apparaissent très souvent (et qui vont "charger" l'automate, le match ne serait-il pas en `O(zn)`, où `z` est le nombre moyen d'affectations par k-mer) ?
On verra quand on aura le temps exact du filtrage (sans suppression) pour #3190 et après #3217, mais est-ce que ces 36 kmers apparaissant trop souvent apportent vraiment du signal dans le filtrage ? (Ils peuvent certes amener un signal négatif, on pourrait à la limite stocker cette info.)
cc @mikael\-s @boreechttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3216Utilisation des séquences "cibles"2023-06-28T16:58:04+02:00Thonier FlorianUtilisation des séquences "cibles"Problème de Patrick :
> comparer le nombre de read d’un patient (pour une cible) à la moyenne des reads de cette cible sur l’ensemble des patients (ou sur une cohorte définie, par exemple 200 patients de notre site). Ceci nous permettra...Problème de Patrick :
> comparer le nombre de read d’un patient (pour une cible) à la moyenne des reads de cette cible sur l’ensemble des patients (ou sur une cohorte définie, par exemple 200 patients de notre site). Ceci nous permettra d’avoir des critères d’acceptation du run.
Pour ce faire, il faut faire une recherche de cette cible sur l’ensemble des samples sélectionnées:
* Premier point : il faut déjà pouvoir spécifier la cible.
* Pouvons-nous nous contenter de le faire sur la liste des clones disponible dans les fichiers vidjil ? Nous pourrions alors passer à côté d'une séquence qui ne correspond pas à un clone du top 100, mais qui pourrait avoir son intérêt quand même.
* Rechercher sur le fichier source de séquençage ? Certainement plus long d'un point de vue informatique, mais cela reste-t-il de l'ordre du raisonnable ?
* Faudra-t-il utiliser des séquences dégénérées ?
Autre solution: passer par cloneDB. Serait-ce plus simple d'un point de vue technique ? Cela permettrai-t-il la même granulométrie dans la recherche pour l'inclusion des divers échantillons ?
@Patrick : Aurais-tu un exemple de cible que tu cherches , les samples associés, et ce que tu as (ou t'attends) a retrouver stp ?
@magiraud @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3181Lancer CloneDB depuis fuse.py ou en offline2019-02-14T18:19:54+01:00Mathieu GiraudLancer CloneDB depuis fuse.py ou en offlineExtrait de #2312 et clonedb#1 :
> Lancer la cloneDB sur tous les clones côté client peut être une mauvaise idée ! (à voir si on le fait dans le `fuse.py`).
Pourquoi pas... mais dans ce cas, pas de check sur la contamination intra-run #...Extrait de #2312 et clonedb#1 :
> Lancer la cloneDB sur tous les clones côté client peut être une mauvaise idée ! (à voir si on le fait dans le `fuse.py`).
Pourquoi pas... mais dans ce cas, pas de check sur la contamination intra-run #1744 (qui pourrait être fait séparément).
À voir aussi comment on indique que cela a été fait "à une certain moment" (et donc, si on revient plus tard, pas forcément à jour). Et/ou relancer périodiquement CloneDB sur le serveur ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3110ajouter des exceptions aux timeout2018-03-28T14:56:46+02:00Thonier Florianajouter des exceptions aux timeoutDepuis quelques jours, j'ai un utilisateur qui lance des jobs sur des gros fichiers de RNAseq (~4GO). Ses jobs finissent toujours en timeout (preprocess coupé à 4h, vidjil à 2h).
Est-il possible d'assigner des jobs lourds à un worker sp...Depuis quelques jours, j'ai un utilisateur qui lance des jobs sur des gros fichiers de RNAseq (~4GO). Ses jobs finissent toujours en timeout (preprocess coupé à 4h, vidjil à 2h).
Est-il possible d'assigner des jobs lourds à un worker spécifique pour lequel le timeout serait bien plus élevé, ou bien d'assigner dynamiquement un timeout plus long quand on peux prévoir qu'un tel job est en cours ?
Tel que je le vois, il faudrait être capable de détecter avant son lancement si un job risque le timeout :
* Poids des fichiers en entrée (automatique pour tous) ?
* Déclaration de l'utilisateur dans une liste blanche ?
* une case à cocher par l'utilisateur pour signifier qu'un fichier risque d'être lourd (j'y crois pas trop). Cependant, on pourrait alors avoir une liste des jobs pour lesquels nous validons les lancements avec exceptions.
Ensuite, il ne faut pas non plus bloquer le serveur :
* n'autoriser qu'un seul jobs sans timeout, 2 max ?
Que faire d'un job long qui finalement dépasserait le timeout sans être prévu:
* si le seul en cours, le laisser et le passer en exception à la volée (laisserai 2 ou 3 workers pour les jobs plus rapide) ?
* si déjà d'autres jobs en exception il faudrait le tuer et le relancer automatiquement dès qu'un place en exception de timeout se libère ?
Voilà, beaucoup de questions. Je ne sais pas si c'est aisé ou non, et ça demande peut-être beaucoup mise au point.
cc @magiraud @mikael-s @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3084germline_id, *.g et vidjil-algo2020-11-19T08:41:57+01:00Mathieu Giraudgermline_id, *.g et vidjil-algoSuite à !158, cela me tenterait presque de déplacer `germline_id` dans `algo/`. En effet, `germline_id` est bien la version des germlines utilisée par l'algo.
En effet `germline/` est autonome, avec ses tests. On peut désormais faire év...Suite à !158, cela me tenterait presque de déplacer `germline_id` dans `algo/`. En effet, `germline_id` est bien la version des germlines utilisée par l'algo.
En effet `germline/` est autonome, avec ses tests. On peut désormais faire évoluer les germlines, travailler sur `split-from-imgt`, faire les tests qui vont avec sans casser l'algo. Quand on est content, on met à jour `germline_id` et on travaille sur l'algo.
Problème : on trouve aussi ces numéros de versions dans les `*.g` (mais qui sont aussi, quelque part, des choses plutôt algo).
Voir #1491.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3081Comment creer un groupe de fusion pour faire des partages ou réunion2018-03-15T13:34:45+01:00Thonier FlorianComment creer un groupe de fusion pour faire des partages ou réunionUn trio de trois utilisateurs utilisant déjà régulièrement notre plateforme me signale qu'ils travaillent ensemble. Ils souhaitent pouvoir accéder aux données des uns des autres.
La solution est donc de leur construire un nouveau group...Un trio de trois utilisateurs utilisant déjà régulièrement notre plateforme me signale qu'ils travaillent ensemble. Ils souhaitent pouvoir accéder aux données des uns des autres.
La solution est donc de leur construire un nouveau groupe partagé (fait) et il faut ensuite permettre le changement de propriété de toutes les données déjà présentes (cf vidjil/vdj#402). Cependant on n'a pas de méthode pour changer en lot l'appartenance de données. Comment faire ça ?
Solution proposée:
On passe par un contrôleur ? Telle que je le vois, il faudrait avoir la liste de tous les données, pouvoir les sélectionner au cas par cas ou en select all comme pour le contrôleur stat (cf #3041).
Ensuite avoir la liste des groupes accessibles, limitée aux seuls groupes de l'utilisateur (pour limiter les erreurs), et ensuite un bouton validation ( et pourquoi pas un popup de rappel de la manip pour les admins extérieurs).
@magiraud @mikael-s @RyanHerb
A terme, ce contrôleur pourrait être aussi accessible par les utilisateurs eux même ? Nécessiterait peut-être un nouveau niveau de droits pour faire de retropartage.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3074Compilation des fichiers CSS : less dynamique ?2019-02-05T19:19:31+01:00Mikaël SalsonCompilation des fichiers CSS : less dynamique ?Discuté avec @RyanHerb : quelle est notre politique ?
Je pense qu'il faut malgré tout continuer à commiter les fichiers CSS si on veut que des gens qui pullent le dépôt aient un client directement utilisable (sans avoir à utiliser `less...Discuté avec @RyanHerb : quelle est notre politique ?
Je pense qu'il faut malgré tout continuer à commiter les fichiers CSS si on veut que des gens qui pullent le dépôt aient un client directement utilisable (sans avoir à utiliser `less`).
Dans ce cas, quand on développe on n'est pas obligé de toujours les commiter. Par contre au moment du merge, les fichiers CSS doivent être à jour (pourrait-on automatiser cela ?).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3069Empecher la modifications d'un patient lorsque des analyses sont en attente2019-03-15T09:50:50+01:00Thonier FlorianEmpecher la modifications d'un patient lorsque des analyses sont en attenteUn utilisateur m'a fait remonté des délais récurrents dans l'analyses de leur données.
Après avoir regarder plus en détail, je m'aperçois qu'ils lancent des jobs lourds (sur de gros fichiers) et si rien ne bouge au bout de 2h, ils recha...Un utilisateur m'a fait remonté des délais récurrents dans l'analyses de leur données.
Après avoir regarder plus en détail, je m'aperçois qu'ils lancent des jobs lourds (sur de gros fichiers) et si rien ne bouge au bout de 2h, ils rechargent toutes les données et relances , pensant que notre serveur est dans les choux.
Je leur ai donc expliqué que ce comportement entraîne une surcharge du serveur et que ça n'améliore pas la situation. Cependant, je n'ai pas de possibilité de leur montrer la charge serveur pour le moment. (cf #2945).
En attendant, peut-on bloquer une nouvelle demande d'analyses, le changement des données fasta voir la déétion d'un patient si il en a déjà une en attente ? Je pense que nous avions déjà fait ce qu'il fallait pour les analyses, mais comme ici les données sont rechargées (et le patient précédent supprimé puis recrée dans la foulée) je ne pense pas que notre filtre fonctionne.
En tous cas l'idée ici est d’empêcher la délétion/création de patients lorsque les gens ont l’impression que rien ne bouge côté frontend. Cela peux passer par un simple message d'alerte lorsqu'il tente de supprimer un patient (Une analyse est en attente sur ce patient. Êtes-vous certain de vouloir le supprimé ? ).
On pourrait aussi signaler un ordre dans la file d'attente du scheduler pour qu'ils puissent voir que ça avance.
Vous en pensez-quoi ? Vous avez des propositions la dessus ?
@magiraud @mikael-s @RyanHerb