vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2021-02-02T12:21:19+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4532Clarifier et documenter l'ajout de germlines2021-02-02T12:21:19+01:00Mathieu GiraudClarifier et documenter l'ajout de germlinesSuggestion de @flothoni dans !831 (au final !839)
Le process actuel:
- mettre des choses dans `split-germlines`
- tester en local, voire sur le serveur avec des germlines déployées à la main, paramétrer avec l'usager sur des données
- p...Suggestion de @flothoni dans !831 (au final !839)
Le process actuel:
- mettre des choses dans `split-germlines`
- tester en local, voire sur le serveur avec des germlines déployées à la main, paramétrer avec l'usager sur des données
- puis MR sur une `feature-g`
- et MR sur `feature-a` en changeant `germline_id` ? Ou non, #3919 ? Ce n'est pas très clair.Mathieu GiraudMathieu Giraudhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4529vmi et fenêtre serveur2020-11-13T19:34:10+01:00Mathieu Giraudvmi et fenêtre serveurLa fenêtre serveur pourrait être une vue de ~"vmi-responsive".
Derrière reflexion sur modal (cc @flothoni), que j'aimerais pouvoir éviter, mais à voir si cela fait sens.La fenêtre serveur pourrait être une vue de ~"vmi-responsive".
Derrière reflexion sur modal (cc @flothoni), que j'aimerais pouvoir éviter, mais à voir si cela fait sens.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4520visu3/sp2 : quels presets ?2020-10-13T18:51:49+02:00Mathieu Giraudvisu3/sp2 : quels presets ?Fait partie de #4513.
On a actuellement les mêmes presets... mais entre une vue plutôt "horizontale" pour sp1 (2x1 ou 3x1), ici c'est franchement "vertical" (1x2 ?).
Ne pas proposer `MODE_BAR` pour visu3/sp2 ? Vu le faible espace x dis...Fait partie de #4513.
On a actuellement les mêmes presets... mais entre une vue plutôt "horizontale" pour sp1 (2x1 ou 3x1), ici c'est franchement "vertical" (1x2 ?).
Ne pas proposer `MODE_BAR` pour visu3/sp2 ? Vu le faible espace x disponible, c'est plus dur d'avoir des choses pertinentes ?
Ou prévoir des presets adaptés ? (Ou d'autres vues :imp:)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4518vmi et raccourcis claviers2020-10-13T18:43:39+02:00Mathieu Giraudvmi et raccourcis claviers
Quels raccourcis seraient utiles après #4512/#4513 ?
Voir aussi #1227, #4517
Quels raccourcis seraient utiles après #4512/#4513 ?
Voir aussi #1227, #4517https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4511Utiliser un framework javascript ?2022-02-19T14:21:20+01:00Mathieu GiraudUtiliser un framework javascript ?Mentionné ces derniers temps à la fois avec @duez et @flothoni, et discussion qui date de plusieurs années : prend-on un jour une décision d'utiliser un framework ? (curieux qu'il n'y ait pas déjà d'autres issues là-dessus).
- Bootstra...Mentionné ces derniers temps à la fois avec @duez et @flothoni, et discussion qui date de plusieurs années : prend-on un jour une décision d'utiliser un framework ? (curieux qu'il n'y ait pas déjà d'autres issues là-dessus).
- Bootstrap (a priori non)
- Angular
- React
- Vue
- ...
Pourquoi pas, mais décision lourde à débattre / comparer les possibilités / ...
Les choses déjà actées :
- chart.js est en cours d'évaluation par ~"app-stats", on verra si on l'utilise plus largement
- pour le côté responsive/gestion des vues, en ce moment ~"vmi-responsive"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4510docker/.../defs{,_http}.py et defs.py.sample2021-10-06T17:32:00+02:00Mathieu Girauddocker/.../defs{,_http}.py et defs.py.sampleLe `defs.py.sample` se retrouve -- partiellement -- dans le `defs.py` de `docker/` sur lequel sont basés notre docker et nos tests. On ne peut pas le copier directement, il y a certains réglages... mais cela fait que `defs.py.sample` n'e...Le `defs.py.sample` se retrouve -- partiellement -- dans le `defs.py` de `docker/` sur lequel sont basés notre docker et nos tests. On ne peut pas le copier directement, il y a certains réglages... mais cela fait que `defs.py.sample` n'est pas vraiment testé, et rend plus difficile le suivi des changements Docker #XXXX.
Ne devrait-on pas plutôt conserver dans `docker/` un patch de `defs.py.sample` et l'appliquer pour générer `docker/.../defs.py` ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4504Mieux fragmenter le tutorial ?2022-05-20T11:23:13+02:00Mathieu GiraudMieux fragmenter le tutorial ?
En 2019, nous avions fait "Day 1" et "Day 2", en ne donnant pas tout d'un coup. En 2020, on a donné les 11 pages, je ne suis pas sûr que cette taille incite à tout faire.
Générer deux (ou trois) .pdf indépendants, avec des noms adapté...
En 2019, nous avions fait "Day 1" et "Day 2", en ne donnant pas tout d'un coup. En 2020, on a donné les 11 pages, je ne suis pas sûr que cette taille incite à tout faire.
Générer deux (ou trois) .pdf indépendants, avec des noms adaptés, et les référencer tels quels depuis www.vidjil.org/doc ?
Derrière, penser chacun des 2-3 tutoriaux comme indépendants, pouvant être fait sans faire le reste ?
cc @duez @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4501Voir plusieurs échantillons sans les impacts croisés2020-09-29T17:26:38+02:00Mathieu GiraudVoir plusieurs échantillons sans les impacts croisés
Une autre manière que #2442, mais pas forcément souhaitable.
Une autre manière que #2442, mais pas forcément souhaitable.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4474clipboard.js : faire Ctrl-V dans un patient/run/set quand il y a du .csv dev...2020-09-22T09:48:51+02:00Mathieu Giraudclipboard.js : faire Ctrl-V dans un patient/run/set quand il y a du .csv devrait créer un/des patient(s)/run(s)/set(s)
Suggestion de @mikael-s
À rediscuter, peut être sympa, à voir en tout cas après !783 et déploiement/retour des usagers.
Suggestion de @mikael-s
À rediscuter, peut être sympa, à voir en tout cas après !783 et déploiement/retour des usagers.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4462browser/gitlab-ci.yml:`needs`, graphe acyclique pour pipelines plus rapides/p...2021-09-30T12:54:54+02:00Mathieu Giraudbrowser/gitlab-ci.yml:`needs`, graphe acyclique pour pipelines plus rapides/pertinents, ordre des testsDepuis #4458 :
> Voir needs : https://docs.gitlab.com/ee/ci/yaml/#needsDepuis #4458 :
> Voir needs : https://docs.gitlab.com/ee/ci/yaml/#needsThonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4454Index d'overlaps: une seule fonction dans fuse.py ?2020-09-03T17:21:27+02:00Mathieu GiraudIndex d'overlaps: une seule fonction dans fuse.py ?Voir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/465#note_370823
@mikael-s, ton avis ?
cc @flothoniVoir https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/merge_requests/465#note_370823
@mikael-s, ton avis ?
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4452Sample metadata: How could we specify in a .vidjil file that a sample is a di...2020-08-05T15:10:21+02:00Mathieu GiraudSample metadata: How could we specify in a .vidjil file that a sample is a diagnosis sample?Or that it has other tags/properties ?
@flothoni : "see also !654"Or that it has other tags/properties ?
@flothoni : "see also !654"https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4449Graphe : avoir des exports png/svg plus beaux2020-08-04T10:09:28+02:00Mathieu GiraudGraphe : avoir des exports png/svg plus beauxLes export `png` ne font pas très propres quand on les inclut dans un article.
Certes, avoir de nouveau un export `svg` #3464 améliorerait déjà les choses, et permettrait de retravailler à volonté, mais on pourrait proposer un export pl...Les export `png` ne font pas très propres quand on les inclut dans un article.
Certes, avoir de nouveau un export `svg` #3464 améliorerait déjà les choses, et permettrait de retravailler à volonté, mais on pourrait proposer un export plus propre par défaut (même si ce ne sera jamais "parfait").
Je parle ici du ~"client-graph".
Ne faudrait-il pas retravailler le ~"client-less-css" du svg ? Les lignes qui servent à représenter les clones qui n'apparaissent qu'une seule fois sont elles pertinentes en export ? Mettre des points/croix pour les clones ?
Fonte : avoir quelque chose de plus neutre que notre fonte par défaut ?
Légendes du ~"client-graph" : mettre plus d'informations, comme dans !747 ? Et #1951.
Des éléments à supprimer toujours/parfois ? #4448, #4201 ?
Et le format : le "wide" du `graph.resize(1400,800)` en dur est trop espacé s'il n'y a que 2 ou 3 samples. Dynamique par rapport au nombre de samples ?
cc @duez @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4421Pertinence / bon usage des tooltips2021-03-19T14:59:07+01:00Mathieu GiraudPertinence / bon usage des tooltipsPapoté avec @flothoni et @mikael-s
https://www.trychameleon.com/blog/why-tooltips-are-terrible-and-why-you-should-use-them
https://adamsilver.io/articles/the-problem-with-tooltips-and-what-to-do-instead/
Mikaël : "C'est pas choquant ...Papoté avec @flothoni et @mikael-s
https://www.trychameleon.com/blog/why-tooltips-are-terrible-and-why-you-should-use-them
https://adamsilver.io/articles/the-problem-with-tooltips-and-what-to-do-instead/
Mikaël : "C'est pas choquant qu'il y ait plus d'infos sur ordi que sur tablette", tout à fait !
Se renseigner sur les bons usages2021-03-19https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4419Taille des sorties / utilisation du disque dans un serveur, particulièrement ...2020-07-31T17:52:24+02:00Mathieu GiraudTaille des sorties / utilisation du disque dans un serveur, particulièrement en -y allBeaucoup d'issues ces derniers temps sur la taille des sorties et l'occupation du disque en `-y all`.
Issue ici pour faire le point, que ce soit sur les choses déjà faites ou les choses possibles.
cc @flothoni @mikael-s
Sur un lanceme...Beaucoup d'issues ces derniers temps sur la taille des sorties et l'occupation du disque en `-y all`.
Issue ici pour faire le point, que ce soit sur les choses déjà faites ou les choses possibles.
cc @flothoni @mikael-s
Sur un lancement de `vidjil-algo`, indépendament de tout ~server :
- --no-windows, --no-airr, --no-windows #3861
- clone.fa #4386
- .vdj.fa #4387 (et #3795)
- .vidjil allégé #4036 (#4334, #4343)
- .vidjil.gz #4253
Sur interaction avec ~"server-database" / ~"server-hosting" :
- vijdil.gz #2015 (après #4254)
- supprimer .vidjil après insertion dans db #4388
- nettoyer régulièrement `/tmp/` vdj#1083.
Documenter également cela:
- pour vidjil-algo, 1 sample
- pour "server requirements"
Avec 2020.06, sur `-g germline/homo-sapiens.g -r 1 -y all` (pas fait `-3` ou autre, mais cela devrait être négligeable)
Autres colonnes/lignes bienvenues.
| | S22 | L3.0 | lil #4386
| ---- | ------ | ------ | ------ |
| *.fasta.gz* |*405 KB*| -- |
| *.fastq.gz* | -- |*308 MB*|
| .vidjil | 16 MB | 180 MB |
| .tsv | 3.3 MB | 30 MB |
| .vdj.fa | 3.5 MB | 56 MB |
| .windows.fa | 726 KB | 7.1 MB |
| seq/* | 43 MB | 415 MB | 15.1 GB
| total | 66 MB | 687 MB | 27.3 GB
| ---- | ------ | ------ |
| .vidjil.gz | 980 K | 15 MB |
Et .edges et .log sont négligeables.
(au passage, `--gz` et gzip du fichier .vidjil donnent en gros la même taille... mais pas exactement le même fichier)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4399cluster by size2020-07-09T13:35:33+02:00Mathieu Giraudcluster by sizeEn particulier dans le preset "compare two samples", on a plein de clones arrivant au même endroit. On aimerait parfois les regrouper. Ne pourrait-on pas avoir un `cluster by size`, qui, d'un coup, regrouperait les clones de taille `[0.1...En particulier dans le preset "compare two samples", on a plein de clones arrivant au même endroit. On aimerait parfois les regrouper. Ne pourrait-on pas avoir un `cluster by size`, qui, d'un coup, regrouperait les clones de taille `[0.1%, 1%[`, `[0.01%, 0.1%[`, ... ? Ceux au-dessus de 1%, il y en a peu, on pourrait les laisser seuls.
cc @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4388Supprimer le .vidjil après l'avoir inséré en base de données2020-09-30T19:01:54+02:00Mikaël SalsonSupprimer le .vidjil après l'avoir inséré en base de donnéescf. https://gitlab.inria.fr/vidjil/vdj/-/issues/1083#note_354189
Le fichier est dupliqué : il est à la fois dans le répertoire `tmp/` et également dans le répertoire `results` lorsque stocké dans la base de données. Autant le supprimer ...cf. https://gitlab.inria.fr/vidjil/vdj/-/issues/1083#note_354189
Le fichier est dupliqué : il est à la fois dans le répertoire `tmp/` et également dans le répertoire `results` lorsque stocké dans la base de données. Autant le supprimer dès qu'il est inséré (avec succès) dans la BDDhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4371Pouvoir figer ou versionner les configs pour qualification2021-02-24T16:54:53+01:00Mathieu GiraudPouvoir figer ou versionner les configs pour qualificationQuelques réflexions suite à la discussion de hier: dans l'esprit d'une qualification, on doit pouvoir précisément tracer la ~"server-config".
Une possibilité est de pouvoir *figer* les ~"server-config": un champ booléen "figé".
C'est un...Quelques réflexions suite à la discussion de hier: dans l'esprit d'une qualification, on doit pouvoir précisément tracer la ~"server-config".
Une possibilité est de pouvoir *figer* les ~"server-config": un champ booléen "figé".
C'est une action manuelle, par les ~"server-admin", de figer une config. Une config figée est... figée, elle ne peut plus être modifiée dans l'interface. On pourrait toujours la dupliquer pour modifier quelque chose. Une config figée apparaît avec par exemple avec un "*" dans la liste.
Une config figée ne peut pas se supprimer dans l'interface, mais elle peut se désactiver: elle n'apparaît plus dans la liste des configs, ou en tout cas pas dans la liste principale. Concrètement, cela peut juste vouloir changer la *classification* de la config, qui elle n'est pas figée. (Et permettre d'accéder à des résultats de config, même si on ne peut plus relancer, avoir un booléen "désactivé" sur une classification, ou sur une config ?)
Peut-être peut-on tout de même renommer la config (genre "Human default (2019.05)" pour suivre les anciennes versions ?)
Autre solution évoquée: *versionner* les ~"server-config": ajouter un champ "date", un champ "previous_id", et, à chaque modification, ne pas écraser mais dupliquer. Aussi possible (génère un peu plus d'entrées quand on fait des tests)... mais ne me semble pas aussi fort que de figer (et l'usager ne se rend pas compte si on modifie quelque chose sans le prévenir).
cc @duez @flothonihttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4343Blancs dans .vidjil ?2020-07-28T09:59:34+02:00Mathieu GiraudBlancs dans .vidjil ?Avec --gz cela change rien #2015, mais sinon en ce moment on a beaucoup de blancs.
Et c'est tout de même agréable de pouvoir lire un .vidjil.Avec --gz cela change rien #2015, mais sinon en ce moment on a beaucoup de blancs.
Et c'est tout de même agréable de pouvoir lire un .vidjil.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4333Fichiers dans un répertoire /upload2021-03-19T14:24:20+01:00Mathieu GiraudFichiers dans un répertoire /upload
Il y a actuellement 100k+ fichiers dans le seul répertoire `/uploads` sur un serveur de prod.
Apparament pas de soucis avec des fs récents : https://stackoverflow.com/questions/466521/how-many-files-can-i-put-in-a-directory
Mais... es...
Il y a actuellement 100k+ fichiers dans le seul répertoire `/uploads` sur un serveur de prod.
Apparament pas de soucis avec des fs récents : https://stackoverflow.com/questions/466521/how-many-files-can-i-put-in-a-directory
Mais... est-ce une bonne pratique ? git ou d'autres logiciels font parfois des répertoires pour "ranger" un grand nombre de fichiers, est-ce recommandé ?