vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2023-10-18T13:07:37+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1541La représentative couvre mal certains jeux de clones2023-10-18T13:07:37+02:00Vidjil TeamLa représentative couvre mal certains jeux de clonesJeu de données IGH de Cristina http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=527&config=27 (voire les clones en fonction de clone length/GC content). Tous les reads font 250 bp, on a des représentatives autour de 50bp.
Même chose ave...Jeu de données IGH de Cristina http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=527&config=27 (voire les clones en fonction de clone length/GC content). Tous les reads font 250 bp, on a des représentatives autour de 50bp.
Même chose avec ce jeu de données (F. ~"Paris-Pitié") : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=510&config=26 (certains clones sont autour de 70bp alors que les reads font 300bp)
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Dans les deux jeux de données, même raison : il s'agit d'une séquence normale, suivie d'une série de A de longueur variable, suivie d'une séquence quelconque. On avait déjà eu ça dans un jeu de données. Rennes ? Exemples en pièce jointe (clone.fa-4 c'est pour le patient 527 et clone.fa-18 c'est pour le patient 510).
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Oui c'était bien Rennes (mail du 18/03/2015, 18h10).
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La représentative couvre donc mal ces jeux, mais c'est normal. Ce qu'on aimerait c'est récupérer les reads du clone depuis Vidjil :)
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(écrit il y a deux heures, grr producteev)
On va bien sûr essayer d'améliorer cela, mais on aura toujours des séquences bizarres.
- un filtre côté c++ pour éjecter ces séquences
- + côté browser les warnings
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hmm… qu'entends-tu par « éjecter ces séquences » ? Si la séquence amont accroche (avec les seuils de e-valeur), a-t-on vraiment envie de la virer ?
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Il se trouve d'ailleurs qu'au niveau du polyA, la qualité chute dans le FASTQ : c'est le séquenceur qui se tape un délire ?
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Problème lorsqu'on a un fort taux d'erreur sur R2, même avec la nouvelle heuristique, il y a des cas qui se passent mal :
http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=11808&config=26
http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?sample_set_id=11812&config=35 (sur le 2è clone)
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1399Calcul de la strand : améliorer, supprimer ?2016-11-29T14:35:47+01:00Vidjil TeamCalcul de la strand : améliorer, supprimer ?segment.cpp:206 : strand = affect_strand(it.affect);
1) Le calcul de la strand prend ici en compte *toutes* les affectations, même si il y a d'autres choses dans l'index considéré (ce n'est pas le cas actuellement, mais cela peut l'êtr...segment.cpp:206 : strand = affect_strand(it.affect);
1) Le calcul de la strand prend ici en compte *toutes* les affectations, même si il y a d'autres choses dans l'index considéré (ce n'est pas le cas actuellement, mais cela peut l'être avec use_index et ce le sera pour l'automate). Il ne devrait regarder que affect_5 et affect_3, c'est potentiellement un bug.
2) On pourrait même supprimer ce calcul, TRG/strand+ TRG/strand- n'étant que deux germlines différentes. (Si on le fait dès maintenant, il faudra lancer le KmerAffectAnalyser(*(germline->index), sequence) au bon moment pour ne pas répliquer les calculs).
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Tiens, on en parle aussi ici.
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1374Plot submenu: pas lisible sous Safari2017-11-21T19:07:50+01:00Vidjil TeamPlot submenu: pas lisible sous SafariAvoir un toggle "Grid / bar plot" à côté du choix des axes du scatterplot.
Si on affiche un histogramme "bar plot", alors l'axe Y est simplement l'ordre dans lequel les boites élémentaires sont stackées.
Oui, comme c'est proportionnel...Avoir un toggle "Grid / bar plot" à côté du choix des axes du scatterplot.
Si on affiche un histogramme "bar plot", alors l'axe Y est simplement l'ordre dans lequel les boites élémentaires sont stackées.
Oui, comme c'est proportionnel, certaines boites seront trop petites pour qu'on clique dessus ou qu'on les :hover, mais ce n'est pas grave, on pourra déjà faire plein de choses avec les grosses boites. Couplé à la longueur du CDR3, c'est quasiment une demande explicite de Fred ~"Paris-Pitié".
(Au passage, l'effet serait vraiment saisissant si c'était les bulles des clones qui se transforment en boite en se déplaçant.)
(Dans certains cas il y aura une boite en plus, "other", mais on n'a pas l'info pour l'instant.)
(Et pour le faire il faut que l'axe X soit une valeur discrète, donc pas pour abondance dans un premier temps.)
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Confirmé que c'est intéressant. On voit ici plein de visualisation de ce type, que ce soit par Nikos par d'autres moyens.
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merci ! C'est bien.
Un seul truc bloquant : sous Safari : la boîte 'settings' n'est pas lisible
Je mets mes autres commentaires sur d'autres tâches.
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Pb toujours confirmé sous Safari
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toujours confirmé sous Safari
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@Duez