vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2020-07-01T11:32:05+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4392Sample apparaissant en double dans la vue database2020-07-01T11:32:05+02:00Thonier FlorianSample apparaissant en double dans la vue databaseJ'ai cherché une issue car il me semble que c'était déjà arriver, mais je n'ai pas trouvé.
J'ai un patient (38786) dont certains sample apparaissent plusieurs fois dans la liste (config null). En revanche, si je sélectionne une config (...J'ai cherché une issue car il me semble que c'était déjà arriver, mais je n'ai pas trouvé.
J'ai un patient (38786) dont certains sample apparaissent plusieurs fois dans la liste (config null). En revanche, si je sélectionne une config (`default` par exemple), je me retrouve alors avec une seule occurrence de chaque sample.
Le nombre de fois ou un sample est visible n'est pas constant non plus. Certain apparaissent 2 fois, d'autre 3 et enfin un 4fois.
![Screenshot_20200701_105823](/uploads/db698ee347b8f5b24b250f263471905f/Screenshot_20200701_105823.png)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4391Effet nul du changement de permission sur un patient2020-07-01T11:22:58+02:00Thonier FlorianEffet nul du changement de permission sur un patientJ'ai un utilisateur qui a créé un patient sur son groupe perso avant de rejoindre finalement un groupe d'utilisateur commun à son équipe.
J'ai voulu changer les permissions sur ce patient pour ajouter le groupe commun (au moins en lect...J'ai un utilisateur qui a créé un patient sur son groupe perso avant de rejoindre finalement un groupe d'utilisateur commun à son équipe.
J'ai voulu changer les permissions sur ce patient pour ajouter le groupe commun (au moins en lecture). La procédure c'est bien passé, j'ai eu le bon retour du serveur (`access 'access' granted to GROUP`). Cependant, lorsque j'ouvre en impersonate d'un autre membre de ce groupe, je ne peux pas voir ce patient.
Au passage, dans la colonne groups de la page patient, je vois bien maintenant ce groupe apparaître (https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3174#note_358690).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4381Certaines analyses on des samples en double dans le champs order2020-07-23T12:06:58+02:00Thonier FlorianCertaines analyses on des samples en double dans le champs orderJe suis tombé sur une erreur dans le champs `order` avec des samples présents en double. Cela provoque une boucle infinie.
Je n'ai aucune idée de la manière dont ce doublon est arrivé. L'analyse date d'il y a plusieurs années.Je suis tombé sur une erreur dans le champs `order` avec des samples présents en double. Cela provoque une boucle infinie.
Je n'ai aucune idée de la manière dont ce doublon est arrivé. L'analyse date d'il y a plusieurs années.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4377Focus des clones : les clones supérieurs au top sont également focus2020-06-25T17:04:58+02:00Mikaël SalsonFocus des clones : les clones supérieurs au top sont également focushttp://app.vidjil.org/?set=3241&config=32&plot=clone%20average%20read%20length,J/3%27%20gene,bar
* Sélectionner les clones entre 200 et 250nt
* Focus
* Pousser le filter à fond (top 100)
→ on voit des clones apparaître ce qui n'est pas...http://app.vidjil.org/?set=3241&config=32&plot=clone%20average%20read%20length,J/3%27%20gene,bar
* Sélectionner les clones entre 200 et 250nt
* Focus
* Pousser le filter à fond (top 100)
→ on voit des clones apparaître ce qui n'est pas logique : on a focus sur les clones visibles uniquement, il n'y a pas de raison que d'autres clones apparaissent quand on augmente le top.
Ce bug gêne pour avoir une bonne adaptation de l'axe des X en fonction des clones sélectionnés (cf. #4376).
Il faudra ajouter des tests pour vérifier que le comportement est correct.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4376Adaptation de l'axe des X pour les histogrammes2021-09-15T19:33:09+02:00Mikaël SalsonAdaptation de l'axe des X pour les histogrammesDepuis !301 quand on focusait sur des clones dans un histogramme, l'axe des abscisses s'adaptait pour ne concerner que les clones affichés.
Ce n'est plus le cas maintenant. @duez est-ce que cela peut être en lien avec des modifications ...Depuis !301 quand on focusait sur des clones dans un histogramme, l'axe des abscisses s'adaptait pour ne concerner que les clones affichés.
Ce n'est plus le cas maintenant. @duez est-ce que cela peut être en lien avec des modifications que tu as faites sur le client ?
C'est d'autant plus utile maintenant qu'on a les clones de distribution qui s'affichent dans l'histogramme. L'histogramme porte donc sur un intervalle plus large et les vrais clones sont sur une plage plus écrasée.
Voici ce que donne l'histogramme chez moi par défaut pour L3 par exemple : http://app.vidjil.org/?set=25736&config=56&plot=clone%20average%20read%20length,size,bar
Ne serait-ce que sélectionner est difficile sans pouvoir focus sur certains clones.
![Demo_LIL-L3__tutorial___25736___default_+_distribution_](/uploads/e69a369f979f5e1dc3429c35f32bf3fb/Demo_LIL-L3__tutorial___25736___default_+_distribution_.png)
Voir aussi #2431 #3503https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4374Taille des clones de distribution dans le grid V/J // Cacher les clones non i...2020-07-22T13:55:02+02:00Mathieu GiraudTaille des clones de distribution dans le grid V/J // Cacher les clones non intéressantshttp://app.vidjil.org/?set=25736&config=56, 3è sample
Les clones de distribution font un clone "undefined V/undefined J" (normal), mais... il y a juste un petit point, alors que c'est 80% ! C'est probablement qu'on voit en fait 200+ pet...http://app.vidjil.org/?set=25736&config=56, 3è sample
Les clones de distribution font un clone "undefined V/undefined J" (normal), mais... il y a juste un petit point, alors que c'est 80% ! C'est probablement qu'on voit en fait 200+ petits points superposés (changer par exemple l'axe x en "average read length").
C'est déjà curieux qu'ils ne soient pas "décalés" poru faire un nuage de points...
... mais un seul paquet serait mieux qu'un nuage (qui dépend juste de l'axe de distribution). Avoir un moyen de regrouper ces clones ? Est-ce que cela correspondrait à faire un "nouveau" clone de distribution ?
cc @flothoni @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4372self.user non défini alors que l'utilisateur est loggé2020-06-23T11:03:26+02:00Mikaël Salsonself.user non défini alors que l'utilisateur est loggéOn a des erreurs serveur (en l'occurrence de @flothoni) quand il essaie d'accéder à [une URL](https://db.vidjil.org/vidjil/results_file/download?filename=079301.vdj.fa&results_file_id=79301), alors qu'il est bien connecté.
[L'erreur](ht...On a des erreurs serveur (en l'occurrence de @flothoni) quand il essaie d'accéder à [une URL](https://db.vidjil.org/vidjil/results_file/download?filename=079301.vdj.fa&results_file_id=79301), alors qu'il est bien connecté.
[L'erreur](https://db.vidjil.org/admin/default/ticket/vidjil/131.254.15.191.2020-06-23.10-21-33.239d60b6-68f2-42f5-b398-9e0f6ed1fa15) montre que `self.user` vaut `None`, ce qui est étonnant puisqu'il est bien loggé.
```
Traceback (most recent call last):
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/restricted.py", line 219, in restricted
exec(ccode, environment)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/results_file.py", line 182, in <module>
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/globals.py", line 421, in <lambda>
self._caller = lambda f: f()
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/gluon/cache.py", line 645, in wrapped_f
rtn = func()
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/controllers/results_file.py", line 120, in download
if auth.can_view_sample_set(sample_set_id) and not '..' in request.vars['filename']:
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/models/VidjilAuth.py", line 466, in can_view_sample_set
perm = self.get_permission(PermissionEnum.read.value, 'sample_set', sample_set_id, user)\
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/models/VidjilAuth.py", line 180, in get_permission
perm_groups = self.get_permission_groups(action, user)
File "/usr/share/vidjil/server/web2py/applications/vidjil/models/VidjilAuth.py", line 118, in get_permission_groups
user = self.user.id
AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'id'
```marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4366Verifier les resets lors du chargement d'une nouvelle analyse2022-05-10T10:22:21+02:00Thonier FlorianVerifier les resets lors du chargement d'une nouvelle analyseAprès avoir ouvert une première analyse et changer la coloration (productive), puis ouvert une seconde analyse, la liste indique encore `color by productive`, mais ce n'est pas la coloration effective.
Il me semble que l'erreur est aus...Après avoir ouvert une première analyse et changer la coloration (productive), puis ouvert une seconde analyse, la liste indique encore `color by productive`, mais ce n'est pas la coloration effective.
Il me semble que l'erreur est aussi présente sur les choix de settings (verifier à l'instant avec le choix fait de `sample key`).
Il s'agit de répercuter des resets fait sur le modèle lors du chargement d'une nouvelle analyse avec les choix correspondant sur le html.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4359URL: problème si l'on recharge une page en local2020-12-02T20:07:45+01:00Thonier FlorianURL: problème si l'on recharge une page en localEn lien suite à la MR de #2792.
Depuis que le travail sur les URL est mergé, j'ai un souci dans mon implémentation locale. J'ai du tester des erreurs de chargement du client. Et j'ai donc souvent rafraîchit ma page avec un petit F5.
Il...En lien suite à la MR de #2792.
Depuis que le travail sur les URL est mergé, j'ai un souci dans mon implémentation locale. J'ai du tester des erreurs de chargement du client. Et j'ai donc souvent rafraîchit ma page avec un petit F5.
Il m'est arrivé de me voir bloquer par la gestion des URLs.
Les url finissent parfois par un `?` et je me retrouve avec une erreur 404.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4342problème d'échelle sur les axes2021-02-19T08:16:10+01:00Thonier Florianproblème d'échelle sur les axesEn testant une nouvelle option algo, j'ouvre un fichier qui ne contient des clones qui ne font nunquement que 300 et 301 nt.
Le rendu n'est pas jolie du tout. Les clones ont maintenant une largeur aussi large que l'ensemble du graph.
...En testant une nouvelle option algo, j'ouvre un fichier qui ne contient des clones qui ne font nunquement que 300 et 301 nt.
Le rendu n'est pas jolie du tout. Les clones ont maintenant une largeur aussi large que l'ensemble du graph.
En voici un exemple:
![Screenshot_20200611_180027](/uploads/0c6be42524f2cebc8a4621f42fa5f573/Screenshot_20200611_180027.png)https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4305Les utilisateurs ne peuvent pas supprimer un set2021-10-08T11:28:52+02:00Thonier FlorianLes utilisateurs ne peuvent pas supprimer un setUn utilisateur me demande comment supprimer ses données (sets de quelques patients) depuis le serveur. Or quand je me mets en `impersonnate`, je me rends compte que je ne peux pas le faire. D'un autre côté, en admin je le peux.
Je ne ...Un utilisateur me demande comment supprimer ses données (sets de quelques patients) depuis le serveur. Or quand je me mets en `impersonnate`, je me rends compte que je ne peux pas le faire. D'un autre côté, en admin je le peux.
Je ne sais pas si c'est volontaire ou s'il s'agit d'une régression.
ps: c'est valable pour tous les usagers.Web 2021.11Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4303Waiting for server reply / still waiting alors que le .vidjil est chargé2020-06-12T20:44:03+02:00Mathieu GiraudWaiting for server reply / still waiting alors que le .vidjil est chargé
J'ai un message "still waiting...", sur deux navigateurs différents, sur Demo : https://app.vidjil.org/browser/?set=3241&config=25
Ce qui est curieux est que je pense déjà avoir récupéré le `.vidjil`, quasi tout s'affiche, je peux util...
J'ai un message "still waiting...", sur deux navigateurs différents, sur Demo : https://app.vidjil.org/browser/?set=3241&config=25
Ce qui est curieux est que je pense déjà avoir récupéré le `.vidjil`, quasi tout s'affiche, je peux utiliser certaines fonctionnalités... de toute manière, tant qu'on n'a pas tout récupéré le `.vidjil`, rien ne se passe ?
Cela vient peut-être de ma machine/connexion, mais, même dans ce cas, il faudrait comprendre ce qu'il se passe.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4298Erreur si aucun clone présent à l'ouverture d'une analyse.2020-06-09T11:08:37+02:00Thonier FlorianErreur si aucun clone présent à l'ouverture d'une analyse.Je viens de tomber sur un cas d'analyse IKZF1/ERG pour lequel il n'y a aucun clone.
L'interface dans ce cas produit une erreur et ne va pas au bout du chargement. L'utilisateur reste alors "bloqué" sur la page base de données et on con...Je viens de tomber sur un cas d'analyse IKZF1/ERG pour lequel il n'y a aucun clone.
L'interface dans ce cas produit une erreur et ne va pas au bout du chargement. L'utilisateur reste alors "bloqué" sur la page base de données et on continue d'afficher `still waiting server reply`.
Un cas: https://app.vidjil.org/?set=38056&config=49Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4272Vidjil-algo : double free or corruption2020-05-07T21:56:26+02:00Mikaël SalsonVidjil-algo : double free or corruptionSuite de #4263 : il reste des fichiers en échec.Suite de #4263 : il reste des fichiers en échec.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4265Erreur Javascript dans computeBarTab2020-06-12T20:06:45+02:00Mikaël SalsonErreur Javascript dans computeBarTabOn a des remontées (automatiques) d'erreurs dans le client pour plusieurs utilisateurs. Voilà la traceback, ça concerne `computeBarTab` et une propriété inexistante.
```
/client/: TypeError: Cannot set property 'bar_y' of undefined
...On a des remontées (automatiques) d'erreurs dans le client pour plusieurs utilisateurs. Voilà la traceback, ça concerne `computeBarTab` et une propriété inexistante.
```
/client/: TypeError: Cannot set property 'bar_y' of undefined
at ScatterPlot.computeBarTab (http://rbx.vidjil.org/js/scatterPlot.js:703:47)
at ScatterPlot.updateClones (http://rbx.vidjil.org/js/scatterPlot.js:1141:18)
at ScatterPlot.update (http://rbx.vidjil.org/js/scatterPlot.js:1098:18)
at ScatterPlot.resize (http://rbx.vidjil.org/js/scatterPlot.js:885:14)
at ScatterPlot.init (http://rbx.vidjil.org/js/scatterPlot.js:185:18)
at Model.init (http://rbx.vidjil.org/js/model.js:1337:26)
at Model.applyAnalysis (http://rbx.vidjil.org/js/model.js:461:14)
at Model.initClones (http://rbx.vidjil.org/js/model.js:355:14)
at Database.display_result (http://rbx.vidjil.org/js/database.js:453:18)
at Object.success (http://rbx.vidjil.org/js/database.js:860:22)
```
cc @duezmarc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4263Vidjil-algo : Double free or corruption2020-05-07T21:56:26+02:00Mikaël SalsonVidjil-algo : Double free or corruptionAvec la configuration « Export all clones » du serveur (`-3 -y all -z all -e 1 -2 -d -w 50 -r 5 --no-vidjil`), fichier 64565.Avec la configuration « Export all clones » du serveur (`-3 -y all -z all -e 1 -2 -d -w 50 -r 5 --no-vidjil`), fichier 64565.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4259Fuse plante parfois : “Unterminated string starting at”2020-04-29T20:35:38+02:00Mikaël SalsonFuse plante parfois : “Unterminated string starting at”Exemples le 22/04 :
* `result/tmp/out-075543//075543-37506.fuse.log`
* `result/tmp/out-075545//075545-37508.fuse.log`
* `result/tmp/out-075583//075583-37506.fuse.log`
La traceback est celle-là :
```
File "../../tools/fuse.py", line 15...Exemples le 22/04 :
* `result/tmp/out-075543//075543-37506.fuse.log`
* `result/tmp/out-075545//075545-37508.fuse.log`
* `result/tmp/out-075583//075583-37506.fuse.log`
La traceback est celle-là :
```
File "../../tools/fuse.py", line 1558, in <module>
main()
File "../../tools/fuse.py", line 1456, in main
jlist.load(path_name, args.pipeline)
File "../../tools/fuse.py", line 614, in load
self.load_vidjil(file_path, *args, **kwargs)
File "../../tools/fuse.py", line 653, in load_vidjil
self.init_data(json.load(f, object_hook=self.toPython))
File "/usr/lib/python2.7/json/__init__.py", line 291, in load
**kw)
File "/usr/lib/python2.7/json/__init__.py", line 352, in loads
return cls(encoding=encoding, **kw).decode(s)
File "/usr/lib/python2.7/json/decoder.py", line 364, in decode
obj, end = self.raw_decode(s, idx=_w(s, 0).end())
File "/usr/lib/python2.7/json/decoder.py", line 380, in raw_decode
obj, end = self.scan_once(s, idx)
ValueError: Unterminated string starting at: line 1 column 438022 (char 438021)
```
Comme si le fichier n'était pas complet, mais relancer le fuse fonctionne.
@magiraud @flothoni @duez déjà vu ce genre d'erreurs (avec Fuse ou autre) ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4252Impossible de relancer une analyse effectuée2020-04-21T15:36:49+02:00Anne de SeptenvilleImpossible de relancer une analyse effectuéeJe ne sais pas si c'est voulu, mais j'ai l'impression que s'il existe un résultat pour une analyse, il n'est maintenant plus possible de relancer celle-ci (l'engrenage a disparu). Or je souhaitais reprendre d'anciens samples, que j'aurai...Je ne sais pas si c'est voulu, mais j'ai l'impression que s'il existe un résultat pour une analyse, il n'est maintenant plus possible de relancer celle-ci (l'engrenage a disparu). Or je souhaitais reprendre d'anciens samples, que j'aurais préféré d'abord réanalyser avec la dernière config (prenant en compte le consensus on random sample).https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4242Le compare samples ne fonctionne pas sur app : connection refused2020-04-10T18:06:06+02:00Mikaël SalsonLe compare samples ne fonctionne pas sur app : connection refusedhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4232Il manque de nombreuses informations sur la page d'un sample set sur la branc...2020-04-07T18:38:19+02:00Mikaël SalsonIl manque de nombreuses informations sur la page d'un sample set sur la branche devSur la branche dev on n'a plus les informations des configs utilisées, du nombre de fichiers dans chaque sample set et les noms des créateurs sont remplacés par les identifiants.
Tout cela empêche un déploiement.Sur la branche dev on n'a plus les informations des configs utilisées, du nombre de fichiers dans chaque sample set et les noms des créateurs sont remplacés par les identifiants.
Tout cela empêche un déploiement.