vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2023-06-21T14:11:57+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3699Chrome : l'export du rapport en offline ne fonctionne pas2023-06-21T14:11:57+02:00Mikaël SalsonChrome : l'export du rapport en offline ne fonctionne pasEn étant sur #3695 je constate que l'export du rapport sous Chrome ne fonctionne pas (en offline seulement, c'est-à-dire en chargeant un .vidjil) : je n'ai qu'une page vide.
Je n'ai pourtant aucune erreur dans la console.
Quelqu'un peut...En étant sur #3695 je constate que l'export du rapport sous Chrome ne fonctionne pas (en offline seulement, c'est-à-dire en chargeant un .vidjil) : je n'ai qu'une page vide.
Je n'ai pourtant aucune erreur dans la console.
Quelqu'un peut confirmer ?https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5137Error of update on warings view2023-05-10T11:56:21+02:00THONIER FlorianError of update on warings viewA little mistake make the number of warnings for each sample not updated on the client.
Need an hotfixA little mistake make the number of warnings for each sample not updated on the client.
Need an hotfixhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5091menu export; bypass shortcut2023-03-28T16:07:18+02:00Thonier Florianmenu export; bypass shortcutAt the opening of this menu, no more shortcut is possible.
The last button `save as` seem to get a focus call and all keyboard action will be listen by it. (click on enter will call his action for example).At the opening of this menu, no more shortcut is possible.
The last button `save as` seem to get a focus call and all keyboard action will be listen by it. (click on enter will call his action for example).Web 2023.10https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5040Pas de liste de clones ?2023-03-28T16:05:13+02:00Mathieu GiraudPas de liste de clones ?
https://app.vidjil.org/3241-25?
![image](/uploads/8ddc9f0e95407ea7655b0aecdb99cae5/image.png)
https://app.vidjil.org/3241-25?
![image](/uploads/8ddc9f0e95407ea7655b0aecdb99cae5/image.png)Web 2022.12Thonier FlorianThonier Florianhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5118Warnings view; unknown warnings are not shown2023-03-28T16:00:55+02:00THONIER FlorianWarnings view; unknown warnings are not shownIf I open a file from Nantes with warnings from their scripts, their are not shown in the warnings view.If I open a file from Nantes with warnings from their scripts, their are not shown in the warnings view.Web 2022.12https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3982Certains log de preprocess ne sont pas accessibles2023-03-02T15:12:20+01:00Thonier FlorianCertains log de preprocess ne sont pas accessiblesJE regarde un patient qui a une analyse en failed. J'ai voulu voir le log du preprocess mais j'ai un panel blanc qui s'affiche au lieu du log attendu.
Le patient concerné est le 33782, et son premier sample (au moment ou j'écris ces lig...JE regarde un patient qui a une analyse en failed. J'ai voulu voir le log du preprocess mais j'ai un panel blanc qui s'affiche au lieu du log attendu.
Le patient concerné est le 33782, et son premier sample (au moment ou j'écris ces lignes).
Je ne sais pas encore la raison de l'échec de l'analyse, ni celle de l'affichage du log.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2283app/analyze: mauvais affichage lorsqu'il n'y a que des séquences non segmentées2023-03-01T17:09:18+01:00Mathieu Giraudapp/analyze: mauvais affichage lorsqu'il n'y a que des séquences non segmentéesLa grid à droite n'affiche rien si on lance sur ~"app-analyze"
```
>vdfgdfg
AACACAAAA
>dfgdfg
ACACGTGT
```
Alors que si on rajoute une séquence segmentable, tout fonctionne, les séquences apparaissent en `xxx`.
cc @mikael-sLa grid à droite n'affiche rien si on lance sur ~"app-analyze"
```
>vdfgdfg
AACACAAAA
>dfgdfg
ACACGTGT
```
Alors que si on rajoute une séquence segmentable, tout fonctionne, les séquences apparaissent en `xxx`.
cc @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1607Des e-valeurs sont supérieures à 12023-03-01T17:05:07+01:00Vidjil TeamDes e-valeurs sont supérieures à 1Pour moi, elles ne pouvaient pas être supérieures à 1 pourtant quand on va ici : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=614&config=25 on a deux i orange et les deux e-valeurs sont supérieures à 1.
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Le patient a été supprimé....Pour moi, elles ne pouvaient pas être supérieures à 1 pourtant quand on va ici : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=614&config=25 on a deux i orange et les deux e-valeurs sont supérieures à 1.
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Le patient a été supprimé... à voir si on peut le refaire sur un autre fichier, et surtout sur la nouvelle version. En attendant, la séquence en question est dans notable, et elle donne une e-valeur correcte seule.
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Ici on en a aussi : http://rbx.vidjil.org/browser/index.html?patient=3837&config=2 : e-valeur de 568 pour le clone en J3
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@magiraud @mikael-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5120Erreur d'identification du V2023-02-08T13:07:16+01:00Anne de SeptenvilleErreur d'identification du VDans le cas de ce patient : https://app.vidjil.org/55797-2?
Pour le clone non productif, Vidjil donne un V3-7 alors que IMGT et IgBlast identifient tous les deux un V3-41 à 100%
Quand j'aligne la séquence avec celle du V3-7 je trouve...Dans le cas de ce patient : https://app.vidjil.org/55797-2?
Pour le clone non productif, Vidjil donne un V3-7 alors que IMGT et IgBlast identifient tous les deux un V3-41 à 100%
Quand j'aligne la séquence avec celle du V3-7 je trouve plein de différences...https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/4231Mauvaise mise à jour du graph après un changement de tag2023-01-25T17:21:25+01:00Mikaël SalsonMauvaise mise à jour du graph après un changement de tag@RyanHerb a un problème sur un test fonctionnel qui ne passe pas avec VMI.
Il s'agit du test qui charge les fichiers `doc/analysis-example2.vidjil` et `doc/analysis-example2.analysis`.
On peut reproduire le problème à la main, mais ça d...@RyanHerb a un problème sur un test fonctionnel qui ne passe pas avec VMI.
Il s'agit du test qui charge les fichiers `doc/analysis-example2.vidjil` et `doc/analysis-example2.analysis`.
On peut reproduire le problème à la main, mais ça demande de bien placer la souris.
On va modifier le tag du clone en rouge, pour cela on clique sur l'étoile et on va cliquer sur le 5è tag à la place (« standard (noise) ») mais il faut faire attention à ce que la souris soit bien à gauche pour que sa position ne soit pas au dessus du graph mais de la liste. Après avoir cliqué le menu se referme, ne plus toucher à la souris.
![select](/uploads/a0edd65d780fabed97b1587c217868c6/select.png)
Chez moi, et c'est le bug, le clone a disparu de la liste et du scatterplot mais pas du graph. Un problème d'update @duez ?marc duezmarc duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5018Alignement après add germline genes : l'affichage n'est pas correct2023-01-25T09:40:58+01:00Mikaël SalsonAlignement après add germline genes : l'affichage n'est pas correctQuand on aligne après avoir fait « add germline genes », l'affichage n'est pas correct. Il y a bien des tirets ajoutés dans la séquence du clone mais pas dans les gènes ce qui fait qu'ils apparaissent au début.
Pour autant le CGI renvoi...Quand on aligne après avoir fait « add germline genes », l'affichage n'est pas correct. Il y a bien des tirets ajoutés dans la séquence du clone mais pas dans les gènes ce qui fait qu'ils apparaissent au début.
Pour autant le CGI renvoie bien des tirets pour toutes les séquences.
cc @duezhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5070Bug in get_reads function from client/server2023-01-18T17:52:25+01:00Thonier FlorianBug in get_reads function from client/serverSince we don't keep `seq.fa` in major part of configuration, `get_reads`function don't work anymore. We need to return the result file.Since we don't keep `seq.fa` in major part of configuration, `get_reads`function don't work anymore. We need to return the result file.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5108Bug in download of results artifact files2023-01-17T15:31:47+01:00Thonier FlorianBug in download of results artifact filesSince commit 315b90140ddd03255cfc0e806366764c059f000b, when we try to download an analysis artifact (vidjil-algo log, fuse.log, ...), we always get the result file of the analysis `file.vidjil`.Since commit 315b90140ddd03255cfc0e806366764c059f000b, when we try to download an analysis artifact (vidjil-algo log, fuse.log, ...), we always get the result file of the analysis `file.vidjil`.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2213Killer les processus en timeout2023-01-09T11:48:15+01:00Mikaël SalsonKiller les processus en timeoutÀ l'heure actuelle, quatre processus Vidjil tournent sur le serveur, certains depuis plus d'un jour (je soupçonne très fortement un bug dans l'algo, mais ce n'est pas le sujet), mais les quatre workers sont libres. La raison : on libère ...À l'heure actuelle, quatre processus Vidjil tournent sur le serveur, certains depuis plus d'un jour (je soupçonne très fortement un bug dans l'algo, mais ce n'est pas le sujet), mais les quatre workers sont libres. La raison : on libère le worker après le timeout (ou il se libère tout seul, je ne sais pas), mais le processus n'est pas achevé pour autant.
La méthode à adopter peut avoir un lien avec ce qui est discuté dans #2165
cc @magiraud @RyanHerbhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/3280Les nouveaux samples sont ajoutés de multiple fois2022-12-20T13:40:26+01:00Thonier FlorianLes nouveaux samples sont ajoutés de multiple foisIl s'agit ici d'une régression mais je ne retrouve pas l'issue d'origine (avis aux amateurs).
En ouvrant le set 27682, on voit que les samples sont ajouté une fois de plus à chaque position (le premier fichier est affiché 2 fois, le 2 ...Il s'agit ici d'une régression mais je ne retrouve pas l'issue d'origine (avis aux amateurs).
En ouvrant le set 27682, on voit que les samples sont ajouté une fois de plus à chaque position (le premier fichier est affiché 2 fois, le 2 l'est 3 fois, ...).
Il me semble qu'il y avait déjà eu ce souci et que nous l'avions corrigé. Je ne me souviens pas si il s'agit d'une erreur dans l'entrée dans la base de données, ou bien d'une boucle dans le script d'affichage.
@RyanHerb @mikael\-shttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5095Report; Bug on grid graph splitted by locus after report generation2022-12-15T09:50:22+01:00Thonier FlorianReport; Bug on grid graph splitted by locus after report generationAfter a report generation, the locus split part on the right of the scatterplot disappear.
It reappear after a locus switch in the list panel.After a report generation, the locus split part on the right of the scatterplot disappear.
It reappear after a locus switch in the list panel.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5100Onglet processes : des processus trop anciens apparaissent ?2022-11-30T17:20:22+01:00Mikaël SalsonOnglet processes : des processus trop anciens apparaissent ?Nous voyons ce processus-là dans l'onglet processes à la date du 4 novembre 2022 : https://app.vidjil.org/23112-39
Or il semble avoir été lancé il y a bien plus longtemps.Nous voyons ce processus-là dans l'onglet processes à la date du 4 novembre 2022 : https://app.vidjil.org/23112-39
Or il semble avoir été lancé il y a bien plus longtemps.https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5092Rapport; false value if less than 4 samples selected2022-11-24T10:04:46+01:00Thonier FlorianRapport; false value if less than 4 samples selectedDon't know why, but their is 2 way to generate report value for clonotype depending of the number of sample (export.js; around lines 1450).
The first case with 3 samples or less include error.Don't know why, but their is 2 way to generate report value for clonotype depending of the number of sample (export.js; around lines 1450).
The first case with 3 samples or less include error.2022-11-21https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5090shortcut; export popup loose focus and block escape action2022-11-18T13:51:27+01:00Thonier Florianshortcut; export popup loose focus and block escape actionhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/5069Error of the downloading of vidjil result file from bd page (configuration nu...2022-11-10T17:59:09+01:00Thonier FlorianError of the downloading of vidjil result file from bd page (configuration number not defined)Link is not correctly formatted and include `config_id=-1` by default and not the current config number.Link is not correctly formatted and include `config_id=-1` by default and not the current config number.