vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-07-10T17:01:30+02:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2037Pagination de la requête patient/sample_set2017-07-10T17:01:30+02:00Ryan HerbertPagination de la requête patient/sample_setLa requête patient est lente (#1542).
Une solution est de paginer les résultats.
Les problèmes relevés sont que les données supplémentaires sont calculés dans des requêtes secondaires, et donc les fonctions de filtre et de sort ne ...La requête patient est lente (#1542).
Une solution est de paginer les résultats.
Les problèmes relevés sont que les données supplémentaires sont calculés dans des requêtes secondaires, et donc les fonctions de filtre et de sort ne peuvent pas fonctionner correctement avec la pagination.
La solution proposée était de désactiver la pagination lors du filtre ou du sort des résultats
@RyanHerb @magiraud @mikael-s Web 2017.03Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1979Titre du rapport exporté faux quand "compare patients" et runs2018-04-16T15:49:37+02:00Vidjil TeamTitre du rapport exporté faux quand "compare patients" et runsAurélie : On voit le titre du dernier patient.
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Confirmé.
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1. Ouvrir un patient
2. Faire « open patient list »
3. Compare patients
4. Sélectionner des patients (autres)
5. Export report (monitor). Le titre est celui du pati...Aurélie : On voit le titre du dernier patient.
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Confirmé.
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1. Ouvrir un patient
2. Faire « open patient list »
3. Compare patients
4. Sélectionner des patients (autres)
5. Export report (monitor). Le titre est celui du patient ouvert au 1.
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Idem pour les runs : il n'affiche pas le nom du run mais le nom du dernier patient ouvert.
(this.m.patient_name dans export.js, rempli directement par ce que renvoie le serveur)
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@Duez @magiraud @RyanHerb Web 2017.03Ryan HerbertRyan Herberthttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/1588Récupérer des données par FTP/HTTP/NFS ou autre2017-11-22T12:48:32+01:00Vidjil TeamRécupérer des données par FTP/HTTP/NFS ou autreLe serveur doit pouvoir récupérer des fichiers à distance (par FTP/HTTP). La première étape est d'avoir un contrôleur qui permet ça (pour que des scripts puissent y accéder au moins). Ensuite on pourrait l'exposer dans l'interface (file/...Le serveur doit pouvoir récupérer des fichiers à distance (par FTP/HTTP). La première étape est d'avoir un contrôleur qui permet ça (pour que des scripts puissent y accéder au moins). Ensuite on pourrait l'exposer dans l'interface (file/edit_form).
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Marc avait l'air motivé, merci :)
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Et on peut avoir deux versions : une qui récupère le fichier à l'URL donnée et l'autre qui ne stocke que l'URL.
Ensuite Vidjil sera lancé directement avec l'URL : ça marche déjà en utilisant la puissance de bash (sh ?) :
./vidjil -e all -G germline/IGH <(wget -O - -q http://www.vidjil.org/seqs/Stanford_S22.fasta)
(le -e all est là pour éviter l'estimation du nombre de reads)
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Discuté à l'instant : pour que l'e-value fonctionne, on pourrait
- soit wrapper dans un scipt shell pour vraiment avoir le fichier
- soit avoir un nb de reads par défaut (1 milllion)
- soit estimer ce nb de reads de l'extérieur (taille du fichier), et le passer en ligne de commande
L'estimation peut être à la louche, à un facteur 10 ou 100 près :)
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@DuezWeb 2017.03Ryan HerbertRyan Herbert