vidjil issueshttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues2017-11-20T00:53:50+01:00https://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2610Mettre data/chimera-fake-VJ-trim.g dans le git2017-11-20T00:53:50+01:00Mathieu GiraudMettre data/chimera-fake-VJ-trim.g dans le gitPour compléter 75b95db4.
Voir aussi vdj#386 :-)Pour compléter 75b95db4.
Voir aussi vdj#386 :-)Algo 2017.07Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2553Documenter légèrement BAM2017-08-30T09:09:13+02:00Mathieu GiraudDocumenter légèrement BAM@mikael-s, dans !67
> However I think this should remain a hidden feature for two reasons:
>
> 1. A BAM file is generally obtained by aligning reads to reference sequences. This could make people think they have to align their reads be...@mikael-s, dans !67
> However I think this should remain a hidden feature for two reasons:
>
> 1. A BAM file is generally obtained by aligning reads to reference sequences. This could make people think they have to align their reads beforehand.
>
> 1. In the case of paired-end sequencing, there is only one BAM file (but two FASTQ files). So the people could provide a single BAM file where reads have not been merged.
On pourrait mettre exactement ce type d'infos dans `doc/algo.org`, et ne pas en faire la pub dans `doc/user.org` et sur le serveur.Algo 2017.07Mikaël SalsonMikaël Salsonhttps://gitlab.inria.fr/vidjil/vidjil/-/issues/2016Charger des fichiers BAM2017-07-07T15:46:09+02:00Vidjil TeamCharger des fichiers BAMLes fichiers BAM sont directement générés par les séquenceurs Ion apparemment, cela éviterait de passer par le FASTQ. Le fichier BAM est une version compressée du fichier SAM. Il vaut mieux passer par une bibliothèque externe pour les li...Les fichiers BAM sont directement générés par les séquenceurs Ion apparemment, cela éviterait de passer par le FASTQ. Le fichier BAM est une version compressée du fichier SAM. Il vaut mieux passer par une bibliothèque externe pour les lire… Il existe par exemple htslib mais elle fait plein d'autres choses https://github.com/samtools/htslib (il y en a probablement d'autres)
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@magiraud @mikael-sAlgo 2017.07Mikaël SalsonMikaël Salson