Commit e94203f7 authored by Mathieu Giraud's avatar Mathieu Giraud

germline/split-from-imgt.py: GENES_SEQ_FROM_NCBI, remembers on how to get genes from the NCBI.

Partially revert 806f2180.
See #2645.
parent 94d46b48
Pipeline #33092 passed with stages
in 51 minutes and 29 seconds
......@@ -10,6 +10,8 @@ import re
import ncbi
GENES_SEQ_FROM_NCBI = False
IMGT_LICENSE = '''
# To use the IMGT germline databases (IMGT/GENE-DB), you have to agree to IMGT license:
# academic research only, provided that it is referred to IMGT®,
......@@ -158,8 +160,11 @@ def retrieve_genes(f, genes, tag, additional_length, gene_list):
# gene_id: is the NCBI ID of the VDJ gene
# target: is the NCBI ID of the chromosome
gene_data = coord['seq']
if GENES_SEQ_FROM_NCBI:
gene_data = ncbi.get_gene_sequence(gene, coord['imgt_data'] + tag, coord['from'], coord['to'], allele_additional_length)
else:
# IMGT
gene_data = coord['seq']
if gene_id:
# Check consistency for *01 allele
......
  • Si le but est vraiment de se souvenir comment on fait :

    1. il y a le même genre de requête dans check_ncbi_imgt_consistency
    2. De la documentation est plus pertinente qu'ajouter du code non générique
  • Ce n'est pas ajouter, c'est non-supprimer du code qui fonctionnait avant, bien que manière non-optimale :-).

    Mais il y a visiblement désaccord: proposition, si dans 6 mois ce code n'est pas utilisé, on supprime.

  • C'est du code mort. Si dans 6 mois on ne s'en sert pas on aura oublié.

    En revanche si on en a besoin il est très possible (et mieux) de documenter ncbi.py et/ou de référer le commit qui va bien dans #2645.

  • Mathieu Giraud @magiraud merged · 6 minutes ago

    Mais mon avis a peu d'intérêt

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