Commit c823cdf5 authored by Mikaël Salson's avatar Mikaël Salson Committed by Mathieu Giraud

tools_test.js: get_codon: end gaps and common gaps

Make sure they are handled correctly
parent 6784d1e3
......@@ -28,20 +28,20 @@ QUnit.test("test get_codons", function(assert) {
assert.deepEqual(codons, {ref : ['AT', 'G--AT', 'AGA', 'CAG'],
seq : ['AA', 'ACCCG', '-GG', 'GTT']});
r = '-----ATG--ATAGACAG';
s = '--GACAAACCCG-GGGTT';
r = '-----ATG--ATAGA--CAG';
s = '--GACAAACCCG-GG--GTT';
codons = get_codons(r, s, 0);
assert.deepEqual(codons, {ref : ['-----', 'ATG', '--', 'ATA', 'GAC', 'AG'],
seq : ['--GAC', 'AAA', 'CC', 'CG-', 'GGG', 'TT']});
assert.deepEqual(codons, {ref : ['-----', 'ATG', '--', 'ATA', 'GA--C', 'AG'],
seq : ['--GAC', 'AAA', 'CC', 'CG-', 'GG--G', 'TT']});
codons = get_codons(r, s, 1);
assert.deepEqual(codons, {ref : ['-----A', 'TG--A', 'TAG', 'ACA', 'G'],
seq : ['--GACA', 'AACCC', 'G-G', 'GGT', 'T']});
assert.deepEqual(codons, {ref : ['-----A', 'TG--A', 'TAG', 'A--CA', 'G'],
seq : ['--GACA', 'AACCC', 'G-G', 'G--GT', 'T']});
codons = get_codons(r, s, 2);
assert.deepEqual(codons, {ref : ['-----AT', 'G--AT', 'AGA', 'CAG'],
seq : ['--GACAA', 'ACCCG', '-GG', 'GTT']});
assert.deepEqual(codons, {ref : ['-----AT', 'G--AT', 'AGA', '--', 'CAG'],
seq : ['--GACAA', 'ACCCG', '-GG', '--', 'GTT']});
});
......
Markdown is supported
0% or
You are about to add 0 people to the discussion. Proceed with caution.
Finish editing this message first!
Please register or to comment