feature-a/3283 refactor filter.cpp to class Filter, report informations on filtering

La classe FilterWithACAutomaton a été créée pour contenir la méthode de création d'automate et de filtrage. Peut-être qu'à l'avenir il sera nécessaire d'ajouter un niveau d'abstraction. Pour le moment ce n'est pas le cas.

Cette classe contient une pair<vector<int>*, AbstractACAutomaton<KmerAffect>*>* et se charge de construire l'automate dès l'appel à son constructeur. La mémoire est bien libérée dans le destructeur comme les tests valgrind le démontrent.