Issues · vidjil / vidjil

New issue

Attribuer la même couleur à tous les clones sélectionnés

#3246 · opened May 31, 2018 by Mikaël Salson !-easy *-go LIL-Immuno client client-filter feature
- CLOSED
- 1
updated Jun 04, 2018
Deuxième barre dans le graphe pour "compare two samples"

#3248 · opened May 31, 2018 by Mathieu Giraud !!-bug client-graph
- CLOSED
- 1
updated May 31, 2018
Décaler les valeurs ascii des K-mers AMBIGUOUS et UNKNOWN

#3250 · opened Jun 01, 2018 by Cyprien Borée *-go cpp cpp-filter-fine
- CLOSED
- 2
- 19
updated Jul 02, 2018
Modification d'un sample avec un pre-process

#3258 · opened Jun 06, 2018 by Anne de Septenville !!-bug Paris-Pitié server-pre-process server-task.py user-request
- CLOSED
- 5
updated Jul 27, 2018
Se souvenir de la taille des BioReader filtrés et l'afficher tout à la fin en debug / info

#3259 · opened Jun 06, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2018.08 bio-control cpp-filter-fine cpp-speed
- CLOSED
- 1
- 37
updated Jul 05, 2018
Filtrage des germlines : temps total, comparaison avec dev

#3260 · opened Jun 06, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2018.08 cpp-filter-fine cpp-speed
- CLOSED
- 26
updated Jul 12, 2018
Des analyses avec des BAM ne fonctionnent pas

#3263 · opened Jun 07, 2018 by Thonier Florian cpp data repseq-formats
- CLOSED
- 10
updated Jan 22, 2020
Option -Z pour le "N" du filtrage par automate

#3264 · opened Jun 08, 2018 by Mathieu Giraud merge-filter *-go cpp-filter-fine cpp-options
- CLOSED
- 2
updated Jun 13, 2018
-z et segment

#3266 · opened Jun 11, 2018 by Mathieu Giraud cpp-options wont-fix
- CLOSED
- 2
updated Jun 11, 2018
-Z all : ne pas construire l'automate

#3268 · opened Jun 11, 2018 by Mathieu Giraud merge-filter *-go cpp-filter-fine cpp-options
- CLOSED
- 8
updated Jun 13, 2018
Utiliser NO_LIMIT_VALUE plutôt que UINT_MAX dans filter.h/filter.cpp

#3270 · opened Jun 12, 2018 by Mathieu Giraud merge-filter *-go bikeshedding cpp-filter-fine dev-refactor
- CLOSED
- 2
updated Jun 13, 2018
Ne pas relancer filterBioReaderWithACAutomaton() dans vidjil.cpp

#3271 · opened Jun 12, 2018 by Mathieu Giraud merge-filter cpp-export cpp-filter-fine
- CLOSED
- 2
- 1
updated Jun 13, 2018
Merge du travail de Cyprien et historique du git

#3272 · opened Jun 12, 2018 by Mathieu Giraud merge-filter cpp-filter-fine dev-refactor
- CLOSED
- 3
updated Jun 13, 2018
Les tests ne passent pas sur ikaros-debre.should-get

#3273 · opened Jun 12, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2018.04 bio-germlines-pseudo dev-tests-should-get
- CLOSED
- 2
updated Jun 12, 2018
Réactiver onlyBottomTriangle

#3274 · opened Jun 12, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2018.04 cpp cpp-dynprog cpp-speed
- CLOSED
- 1
updated Feb 27, 2019
-Z 0 : prendre toutes les séquences qui matchent au moins un k-mer

#3276 · opened Jun 12, 2018 by Mathieu Giraud cpp-filter-fine cpp-options
- CLOSED
- 2
updated Jun 13, 2018
Segfault : Mauvais déplacement dans l'itérateur setOfWords

#3279 · opened Jun 13, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2018.08 !!-bug cpp-filter-fine
- CLOSED
- 35
updated Jun 26, 2018
Factoriser le code dans filterBioReaderWithACAutomaton

#3282 · opened Jun 13, 2018 by Mikaël Salson cpp cpp-filter-fine dev-refactor
- CLOSED
- 1
- 10
updated Jul 04, 2018
Refactorer filter.cpp en une classe Filter

#3283 · opened Jun 13, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2018.08 cpp-filter-fine dev-refactor
- CLOSED
- 1
- 7
updated Jul 04, 2018
Vérifier que les test ex-aequo contiennent uniquement les séquences attendues.

#3284 · opened Jun 13, 2018 by Cyprien Borée dev-tests
- CLOSED
- 1
- 3
updated Jun 15, 2018
Virer Travis ?

#3287 · opened Jun 14, 2018 by Mikaël Salson Algo 2018.08 dev-ci
- CLOSED
- 2
updated Sep 11, 2018
Un process peut se lancer avant son pre-process si R2 n'a pas fini d'être téléchargé

#3289 · opened Jun 15, 2018 by Mikaël Salson !!-bug !!-crisis !-important priority-4-week server server-pre-process server-task.py
- CLOSED
- 1
- 2
updated Jul 03, 2018
Les clones de taille nulle sont affichés dans la grille

#3291 · opened Jun 15, 2018 by Mikaël Salson !!-bug !-important *-go +-working client client-ergonomy client-grid
- CLOSED
- 1
- 2
updated Jun 15, 2018
Rationnaliser la déclaration des graines (explicites, constantes, par défaut)

#3293 · opened Jun 17, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2018.08 bikeshedding cpp-options dev-refactor
- CLOSED
- 1
- 2
updated Jul 10, 2018
Supprimer NO_SPACED_SEEDS

#3294 · opened Jun 17, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2018.08 cpp dev-dead-code
- CLOSED
- 2
updated Jun 26, 2018
Options : bikeshedding noms longs, suppression de certains noms courts

#3295 · opened Jun 18, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2018.12 bikeshedding cpp-options doc
- CLOSED
- 1
- 5
updated Mar 12, 2019
L'heuristique n'est pas symétrique lorsqu'il y a cheuvauchement entre affectations before et after.

#3296 · opened Jun 18, 2018 by Mikaël Salson Algo 2018.08 !!-bug *-go cpp cpp-heuristic
- CLOSED
- 1
- 1
updated Jul 12, 2018
Mise en production du filtrage par défaut

#3298 · opened Jun 18, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2018.08 cpp-filter-fine
- CLOSED
- 1
- 8
updated Oct 23, 2019
Cas d'arrêt dans filterBioReaderWithACAutomaton()

#3299 · opened Jun 18, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2018.08 !!-bug cpp-filter-fine
- CLOSED
- 1
- 17
updated Jul 04, 2018
Allèles non *01 (non-génome de référence) et up-downstream

#3301 · opened Jun 22, 2018 by Mathieu Giraud !-reflexion bio-germlines-pseudo wont-fix
- CLOSED
- 5
updated Jul 20, 2018
vidjil.cpp ne devrait pas, par défaut, sortir une info par clone de -y sur stdout, mais une barre de progression

#3302 · opened Jun 22, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2019.10
- CLOSED
- 1
- 2
updated Nov 06, 2019
Corriger le test fait dans testGetMultiResults

#3303 · opened Jun 25, 2018 by Mikaël Salson cpp-filter-fine dev-tests
- CLOSED
- 0
updated Jun 26, 2018
Temps de compilation et json.hpp

#3307 · opened Jun 26, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2018.08 cpp dev-build
- CLOSED
- 1
- 2
updated Jul 10, 2018
Makefile et vidjil.cpp

#3309 · opened Jun 26, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2018.08 !!-bug cpp tests-speed
- CLOSED
- 8
updated Jun 26, 2018
Gitlab CI algo avec plusieurs compilateurs

#3310 · opened Jun 26, 2018 by Mathieu Giraud cpp-compiler dev-build dev-ci
- CLOSED
- 5
updated Jul 18, 2018
Test du filtrage : faire des tests négatifs

#3311 · opened Jun 26, 2018 by Mikaël Salson Algo 2018.08 cpp cpp-filter-fine dev-tests
- CLOSED
- 1
- 4
updated Jul 11, 2018
ajout de tests unitaires pour transferBioReaderSequences

#3312 · opened Jun 26, 2018 by Cyprien Borée cpp-filter-fine dev-tests
- CLOSED
- 1
- 3
updated Jul 04, 2018
Le champ "users > last login" sur app ne semble plus fonctionner

#3320 · opened Jun 28, 2018 by Mathieu Giraud !!-bug server-auth
- CLOSED
- 0
updated Jun 29, 2018
Tester GCC 4.8 en CI gitlab

#3321 · opened Jul 03, 2018 by Mathieu Giraud cpp-compiler dev-ci
- CLOSED
- 2
updated Jul 03, 2018
Réparer Jenkins suite à changements dans Makefile

#3322 · opened Jul 03, 2018 by Mathieu Giraud +-working dev-build
- CLOSED
- 3
updated Aug 27, 2020
Mutations silencieuses (ou pas) : afficher les codons `get_codons`

#3325 · opened Jul 05, 2018 by Mathieu Giraud CLL-2018-septembre *-go bio-AA client client-aligner
- CLOSED
- 1
- 3
updated Sep 28, 2018
Release 2018.08

#3327 · opened Jul 05, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2018.08
- CLOSED
- 35
updated Jul 20, 2018
Déploiement de 2018.06 : non, attendre 2018.07 ?

#3328 · opened Jul 05, 2018 by Mathieu Giraud
- CLOSED
- 3
updated Oct 24, 2018
Affichage du CDR3 : le mettre en production

#3330 · opened Jul 05, 2018 by Mathieu Giraud CLL-2018-septembre LIL-Lille bio-AA client client-aligner feature patho-LLC
- CLOSED
- 1
- 3
updated Sep 27, 2018
Décalage de l'affichage du CDR3 (entre autres ?) dans le segmenteur

#3333 · opened Jul 05, 2018 by Mikaël Salson CLL-2018-septembre !!-bug !-easy *-go +-working bio-CLL client client-aligner
- CLOSED
- 5
updated Sep 27, 2018
Le test browser functional external ne passe pas sur dev

#3335 · opened Jul 05, 2018 by Mikaël Salson !!-bug client dev-ci dev-tests
- CLOSED
- 2
updated Jul 05, 2018
100% d'alignements sont récupérés lors de certaines exécutions

#3338 · opened Jul 05, 2018 by Cyprien Borée !!-bug !-reflexion
- CLOSED
- 5
updated Jul 06, 2018
Déplacer les tests de coverage plus loin dans le pipeline

#3339 · opened Jul 05, 2018 by Mathieu Giraud tests-speed
- CLOSED
- 8
updated Jul 09, 2018
Pouvoir débugger le filtrage, décompte de k-mers

#3346 · opened Jul 06, 2018 by Mathieu Giraud cpp-finesegmenter dev-tests wont-fix
- CLOSED
- 2
- 2
updated Jul 06, 2018
Option pour arrêter la génération du json au bout de n séquences

#3347 · opened Jul 09, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2018.08 cpp-export cpp-mem cpp-options
- CLOSED
- 1
- 1
updated Jul 10, 2018
doc en .md : org-babel-tangle.py pour les tests browser

#3348 · opened Jul 10, 2018 by Mathieu Giraud dev-tests doc
- CLOSED
- 1
- 3
updated Jul 12, 2018
Faire un artefact avec la doc .html et le déployer

#3350 · opened Jul 10, 2018 by Mathieu Giraud dev-cd doc
- CLOSED
- 1
- 4
updated Dec 04, 2019
Optimiser la page des groupes

#3352 · opened Jul 10, 2018 by Ryan Herbert !-important server server-admin
- CLOSED
- 1
- 8
updated Oct 05, 2018
Une séquence n'est pas analysée quand le filtrage est activé

#3354 · opened Jul 10, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2018.08 !!-bug cpp-filter-fine dev-tests-curated-vdj
- CLOSED
- 1
- 55
updated Jul 11, 2018
genes et up/down-stream : vérifier qu'on tombe au bon endroit par rapport à *01

#3356 · opened Jul 10, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2018.08 *-go bio-germlines-pseudo
- CLOSED
- 11
updated Oct 17, 2018
Objets 'Output', où mettre la préparation complète du json_clone ?

#3358 · opened Jul 11, 2018 by Mathieu Giraud cpp-export dev-refactor
- CLOSED
- 13
updated Nov 21, 2018
Le tri de la liste sample_set ne fonctionne pas correctement

#3359 · opened Jul 11, 2018 by Ryan Herbert !!-bug server
- CLOSED
- 1
- 0
updated Jul 13, 2018
Erreur de compilation avec `g++-7`

#3361 · opened Jul 11, 2018 by Mikaël Salson Algo 2018.08 !!-bug cpp cpp-compiler
- CLOSED
- 1
- 4
updated Jul 11, 2018
Génération du JSON : l'espace mémoire augmente de 50% à la fin de Vidjil

#2120 · opened Jan 20, 2017 by Mikaël Salson json-export cpp cpp-mem priority-1-low
- CLOSED
- 35
updated Jun 11, 2020
Mettre le même tag à tous les clones sélectionnés

#1292 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team !-easy *-go LIL-Immuno client-ergonomy client-filter
- CLOSED
- 1
- 3
updated Feb 05, 2019
Vérifier tous les liens de la doc, internes comme externe

#3364 · opened Jul 12, 2018 by Mathieu Giraud dev-ci dev-tests doc
- CLOSED
- 5
updated Jan 22, 2020
CI ne lance pas shouldlocus

#3366 · opened Jul 12, 2018 by Mikaël Salson Algo 2018.08 *-go dev-ci dev-tests-curated-vdj
- CLOSED
- 2
updated Jul 12, 2018
Réparer Vidjil-deploy-doc

#3368 · opened Jul 12, 2018 by Mikaël Salson dev-cd dev-ci doc
- CLOSED
- 3
updated Aug 27, 2020
Différences entre les séquences d'IMGT et celles récupérées en utilisant leur accession

#3372 · opened Jul 13, 2018 by Mikaël Salson !!-bug bio-germlines bio-germlines-pseudo repseq-IMGT
- CLOSED
- 1
- 0
updated Jul 13, 2018
Des erreurs dans certains fichiers de germline

#3373 · opened Jul 13, 2018 by Mikaël Salson Algo 2018.08 !!-bug bio-germlines bio-species
- CLOSED
- 1
- 1
updated Jul 13, 2018
Mettre un objet "Clone" dans le cpp

#3380 · opened Jul 13, 2018 by Mathieu Giraud !-hard cpp dev-refactor
- CLOSED
- 1
updated Dec 04, 2018
Vérifier s'il y a recopie en retournant la valeur de sortedWindowsToJson

#3383 · opened Jul 13, 2018 by Mikaël Salson cpp cpp-mem
- CLOSED
- 11
updated Jul 16, 2018
Effacer les objets au fur et à mesure qu'ils sont exportés 1 of 3 tasks completed

#3387 · opened Jul 16, 2018 by Mikaël Salson Algo 2018.08 cpp cpp-export cpp-mem
- CLOSED
- 1
- 27
updated Jul 20, 2018
BinReadStorage : n'utiliser des bins que lorsque c'est nécessaire

#3393 · opened Jul 18, 2018 by Mikaël Salson Algo 2018.09 *-go cpp cpp-mem
- CLOSED
- 1
- 18
updated Aug 07, 2018
La génération du JSON peut allouer 1 GB de mémoire à la fin de vidjil-algo

#3395 · opened Jul 18, 2018 by Mathieu Giraud cpp cpp-mem priority-1-low
- CLOSED
- 1
- 1
updated Oct 17, 2018
Tester le temps d'exécution et l'utilisation mémoire de Vidjil-algo

#3396 · opened Jul 18, 2018 by Mikaël Salson cpp cpp-mem cpp-speed dev-tests dev-tests-should-get
- CLOSED
- 1
updated Aug 27, 2020
Release 2018.07.2

#3398 · opened Jul 18, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2018.08 Jul 26, 2018
- CLOSED
- 11
updated Oct 31, 2018
Les tests should-vdj ne lancent pas en `xxx`

#3403 · opened Jul 19, 2018 by Mikaël Salson Algo 2018.09 dev-tests-curated-vdj
- CLOSED
- 1
updated Jul 19, 2018
Aho : segmentation en xxx au lieu de IGH VDJ

#3404 · opened Jul 19, 2018 by Mikaël Salson !!-bug bio-germlines-pseudo cpp cpp-aho math-stats
- CLOSED
- 0
updated Jul 19, 2018
Vocabulaire vidjil-algo Kmer/Fine 0 of 6 tasks completed

#3413 · opened Jul 21, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2020.06 bikeshedding com doc
- CLOSED
- 8
updated Jun 11, 2020
Exporter les 3+v meilleurs gènes

#3414 · opened Jul 21, 2018 by Mathieu Giraud
- CLOSED
- 1
- 0
updated Apr 04, 2019
Le fenêtre info ne s'ouvre pas

#3416 · opened Jul 24, 2018 by Mikaël Salson !!-bug +-working PAR-Debré client
- CLOSED
- 1
- 2
updated Jul 25, 2018
Avec les nouvelles germlines, l'export FASTA ne fonctionne plus

#3417 · opened Jul 24, 2018 by Mikaël Salson !!-bug bio-germlines client dev-tests-watir
- CLOSED
- 1
- 0
updated Jul 24, 2018
Menu plot : au delà d'un certain rang l'axe montré comme sélectionné n'est pas le bon

#3418 · opened Jul 26, 2018 by Mikaël Salson !!-bug client client-ergonomy client-grid
- CLOSED
- 1
updated Aug 07, 2018
Tests sur les CD qui échouent avec Aho

#3419 · opened Jul 27, 2018 by Mikaël Salson Nov 9, 2018 cpp cpp-aho dev-tests-should-get
- CLOSED
- 2
- 5
updated Mar 05, 2019
Le coverage et average_read_length semble plus bas avec la nouvelle version de l'aglo

#3426 · opened Aug 07, 2018 by Thonier Florian !!-bug cpp
- CLOSED
- 6
updated Aug 07, 2018
Les tests watir sur segmenter_page ne fonctionnent plus

#3430 · opened Aug 08, 2018 by Mathieu Giraud !-important *-go +-working app-analyze dev-tests dev-tests-watir
- CLOSED
- 1
- 7
updated Sep 12, 2018
Test functional qui ne marche pas de manière non reproductible

#3431 · opened Aug 08, 2018 by Mathieu Giraud dev-ci dev-gitlab dev-tests dev-tests-watir
- CLOSED
- 7
updated Sep 14, 2018
Les test_server_functional Docker peuvent saturer l'espace disque

#3432 · opened Aug 08, 2018 by Mathieu Giraud #-crisis-prevention dev-tests priority-4-week server-docker server-hosting
- CLOSED
- 1
- 11
updated Nov 22, 2019
Les tests functionnal external ne passent plus du tout sur dev ?

#3433 · opened Aug 08, 2018 by Mathieu Giraud dev-tests dev-tests-watir
- CLOSED
- 2
updated Sep 14, 2018
mauvais tri dans les labels des axes

#3434 · opened Aug 08, 2018 by Thonier Florian !!-bug client client-axis client-bar
- CLOSED
- 4
updated Jan 10, 2019
Statistiques : tester, mettre en production pour tous

#3436 · opened Aug 10, 2018 by Mathieu Giraud feature server
- CLOSED
- 1
- 1
updated Oct 02, 2018
Largeur des histogrammes

#3438 · opened Aug 13, 2018 by Mathieu Giraud client-bar
- CLOSED
- 1
updated Aug 14, 2018
Environnement de review pour les feature-s

#3442 · opened Aug 30, 2018 by Mathieu Giraud dev-gitlab dev-tests server server-docker
- CLOSED
- 0
updated Oct 26, 2018
Mettre en place les artefacts JUnit xml (make should)

#3444 · opened Aug 30, 2018 by Mathieu Giraud dev-gitlab dev-tests
- CLOSED
- 1
- 3
updated Nov 22, 2019
Format pour transmettre les barplots widgets

#3451 · opened Sep 11, 2018 by Mathieu Giraud repseq-formats server-qc-stats
- CLOSED
- 0
updated Oct 08, 2018
Comment lancer les calculs pour avoir les données pour les widgets ?

#3452 · opened Sep 11, 2018 by Mathieu Giraud *-go server-qc-stats server-task.py
- CLOSED
- 3
updated Oct 05, 2018
À partir d'un .vidjil, calculer ce qu'il faut pour le widget genescan

#3453 · opened Sep 11, 2018 by Mathieu Giraud *-go server server-qc-stats
- CLOSED
- 0
updated Oct 02, 2018
Décorateur ligne : avec valeur

#3455 · opened Sep 11, 2018 by Mathieu Giraud *-go server-qc-stats
- CLOSED
- 3
updated Oct 08, 2018
Utilisation du format AIRR

#3457 · opened Jul 23, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2018.09 !-important repseq-community repseq-formats repseq-formats-airr repseq-platform
- CLOSED
- 14
updated Nov 20, 2018
Mettre la seed "9c" dans les configurations

#3460 · opened Sep 14, 2018 by Mathieu Giraud
- CLOSED
- 4
updated Jan 10, 2019
Ordre des jobs dans .gitlab-ci.yml

#3463 · opened Sep 14, 2018 by Mikaël Salson dev-ci dev-tests dev-tests-watir
- CLOSED
- 7
updated Aug 27, 2020
Artefacts JUnit .xml pour browser-functional

#3469 · opened Sep 22, 2018 by Mathieu Giraud client dev-gitlab dev-tests dev-tests-watir
- CLOSED
- 1
- 0
updated Nov 22, 2019
Artefacts JUnit .xml pour server_unit

#3470 · opened Sep 22, 2018 by Mathieu Giraud dev-gitlab dev-tests server
- CLOSED
- 1
- 0
updated Oct 12, 2018
Artefacts JUnit .xml pour server-functional

#3471 · opened Sep 22, 2018 by Mathieu Giraud dev-gitlab dev-tests server
- CLOSED
- 1
- 0
updated Nov 22, 2019