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Manual
Priority
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Milestone due date
Due date
Popularity
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Manual
Documenter le processus de A à Z pour déployer sur un serveur sous Docker
#3175
· created
Apr 13, 2018
by
Mikaël Salson
dev-packaging
doc
server-admin
server-docker
CLOSED
5
updated
Oct 16, 2018
Ajout de samples : « specific set » est peu clair
#3178
· created
Apr 16, 2018
by
Mikaël Salson
!-reflexion
bikeshedding
client-ergonomy
server
CLOSED
1
updated
Apr 17, 2018
Documenter le multi-upload
#3180
· created
Apr 17, 2018
by
Mathieu Giraud
*-go
doc
doc-tutorial
server-upload
CLOSED
4
updated
Sep 27, 2020
Extraire buildACAutomatonToFilterBioReader et filterBioReaderWithACAutomaton vers un nouveau filter.cpp
#3188
· created
Apr 17, 2018
by
Mathieu Giraud
cpp
cpp-filter-fine
dev-refactor
CLOSED
0
updated
Jun 12, 2018
Corriger les fuites de mémoire en lien avec le filtrage du BioReader
#3189
· created
Apr 17, 2018
by
Mikaël Salson
cpp
cpp-filter-fine
cpp-mem
CLOSED
2
updated
Jun 12, 2018
Précéder align_against_collection de la création et du filtrage par automate
#3190
· created
Apr 17, 2018
by
Mathieu Giraud
cpp
cpp-filter-fine
CLOSED
17
updated
Jun 13, 2018
Voir où créer l'automate de filtrage et le transmettre dans les germlines
#3191
· created
Apr 17, 2018
by
Mathieu Giraud
cpp
cpp-filter-fine
CLOSED
3
updated
Jun 13, 2018
Afficher le SHA1 du git browser et server quelque part depuis le web
#1847
· created
Nov 29, 2016
by
Vidjil Team
+-working-dead
client
dev-build
dev-ci
priority-3-month
CLOSED
1
7
updated
Nov 22, 2019
should.py et tests avec utilisation conséquente du shell
#3197
· created
Apr 18, 2018
by
Mathieu Giraud
dev-tests-should-get
CLOSED
1
9
updated
Apr 20, 2018
Bug lors de l'ajout de samples à plusieurs patients
#3199
· created
Apr 19, 2018
by
Mikaël Salson
!!-bug
!!-crisis
!-important
*-go
LIL-Lille
server
server-sample-sets
CLOSED
1
2
updated
Jun 13, 2018
Supprimer un sample set supprime forcément les fichiers de séquence : laisser le choix
#3200
· created
Apr 19, 2018
by
Mikaël Salson
feature
server
server-sample-sets
CLOSED
0
updated
Jun 24, 2020
Plus d'enregistrement du first login/last login
#3202
· created
Apr 20, 2018
by
Thonier Florian
!!-bug
client
client-database
server
server-admin
CLOSED
1
3
updated
Oct 02, 2018
Compléter le test sur getMultiResults qui n'avait pas été terminé
#3208
· created
Apr 26, 2018
by
Cyprien Borée
cpp-filter-fine
dev-tests
CLOSED
1
updated
Jun 12, 2018
Créer un cas de test pour getMultiResults où la séquence à tester est plus courte que celles représentées par les K-mers
#3209
· created
Apr 26, 2018
by
Cyprien Borée
cpp-aho
cpp-filter-fine
dev-tests
CLOSED
1
updated
Jun 12, 2018
Créer un test fonctionnel pour le filtrage de BioReader
#3210
· created
Apr 26, 2018
by
Cyprien Borée
Algo 2018.08
cpp-filter-fine
dev-tests-should-get
CLOSED
1
3
updated
Jul 11, 2018
modifier la méthode insert de automaton pour mettre l'information dans les différentes étapes de l'automate
#3212
· created
Apr 27, 2018
by
Cyprien Borée
cpp
cpp-aho
cpp-filter-fine
CLOSED
1
updated
May 15, 2018
Éditer un sample qui possède un pre-process empêche de relancer une analyse dessus
#3213
· created
May 03, 2018
by
Mikaël Salson
!!-bug
server
server-pre-process
server-task.py
CLOSED
1
1
updated
Sep 24, 2019
Filtrage par automate: prendre les N meilleures séquences
#3217
· created
May 15, 2018
by
Mathieu Giraud
cpp-filter-fine
cpp-speed
CLOSED
23
updated
Jun 13, 2018
Fusion de reads : essayer Flash (et BBMerge ?)
#3219
· created
May 15, 2018
by
Mikaël Salson
!-reflexion
#-legal
server-pre-process
CLOSED
28
updated
Mar 20, 2020
Valeurs triées en deux parties avec des histogrammes mélangeant entiers et flottants
#3221
· created
May 16, 2018
by
Mikaël Salson
!!-bug
!-important
client
client-axis
client-bar
repseq-igrec
CLOSED
4
updated
Aug 14, 2018
Évaluer la spécificité du filtrage
#3223
· created
May 17, 2018
by
Mikaël Salson
Algo 2018.08
cpp
cpp-filter-fine
CLOSED
34
updated
Jul 09, 2018
Lors du filtrage : décaler les valeurs des KmerAffect supérieures à AMBIGUOUS ou UNKNOWN
#3224
· created
May 22, 2018
by
Mikaël Salson
!!-bug
cpp
cpp-filter-fine
CLOSED
4
updated
Jun 12, 2018
Filtrage par automate : prendre les N meilleures séquences et leurs « voisines »
#3225
· created
May 22, 2018
by
Mikaël Salson
Algo 2018.09
!-reflexion
cpp
cpp-filter-fine
math-stats
CLOSED
1
6
updated
Oct 10, 2018
ERG : test
#3231
· created
May 25, 2018
by
Mathieu Giraud
Algo 2018.04
bio-germlines-pseudo
dev-tests-should-get
CLOSED
3
updated
Jun 13, 2018
Tests Ikaros
#3232
· created
May 25, 2018
by
Mathieu Giraud
Algo 2018.04
bio-germlines-pseudo
CLOSED
5
updated
Jun 08, 2018
Aho-Corasick : utiliser un set plutôt qu'une liste pour stocker les informations ?
#3238
· created
May 30, 2018
by
Mikaël Salson
cpp
cpp-aho
CLOSED
1
updated
Jun 13, 2018
Filtrage de l'automate : Ne pas fixer un nombre minimal de résultats mais un nombre minimal de k-mers
#3239
· created
May 30, 2018
by
Mikaël Salson
!!-bug
cpp
cpp-filter-fine
CLOSED
5
updated
Jun 13, 2018
Exporter n'importe quelle vue de plot, avec axe changés
#3240
· created
May 31, 2018
by
Mathieu Giraud
CLL-2018-septembre
!-important
+-working
LIL-Lille
client
client-export
client-graph
client-grid
user-request
CLOSED
1
2
updated
Sep 17, 2018
Export des informations d'un clone
#3243
· created
May 31, 2018
by
Mikaël Salson
LIL-Lille
client
client-cloneList
client-export
user-request
CLOSED
1
8
updated
Apr 14, 2021
Attribuer la même couleur à tous les clones sélectionnés
#3246
· created
May 31, 2018
by
Mikaël Salson
!-easy
*-go
LIL-Immuno
client
client-filter
feature
CLOSED
1
updated
Jun 04, 2018
Deuxième barre dans le graphe pour "compare two samples"
#3248
· created
May 31, 2018
by
Mathieu Giraud
!!-bug
client-graph
CLOSED
1
updated
May 31, 2018
Décaler les valeurs ascii des K-mers AMBIGUOUS et UNKNOWN
#3250
· created
Jun 01, 2018
by
Cyprien Borée
*-go
cpp
cpp-filter-fine
CLOSED
2
19
updated
Jul 02, 2018
Modification d'un sample avec un pre-process
#3258
· created
Jun 06, 2018
by
Anne de Septenville
!!-bug
Paris-Pitié
server-pre-process
server-task.py
user-request
CLOSED
5
updated
Jul 27, 2018
Se souvenir de la taille des BioReader filtrés et l'afficher tout à la fin en debug / info
#3259
· created
Jun 06, 2018
by
Mathieu Giraud
Algo 2018.08
bio-control
cpp-filter-fine
cpp-speed
CLOSED
1
37
updated
Jul 05, 2018
Filtrage des germlines : temps total, comparaison avec dev
#3260
· created
Jun 06, 2018
by
Mathieu Giraud
Algo 2018.08
cpp-filter-fine
cpp-speed
CLOSED
26
updated
Jul 12, 2018
Des analyses avec des BAM ne fonctionnent pas
#3263
· created
Jun 07, 2018
by
Thonier Florian
cpp
data
repseq-formats
CLOSED
10
updated
Jan 22, 2020
Option -Z pour le "N" du filtrage par automate
#3264
· created
Jun 08, 2018
by
Mathieu Giraud
merge-filter
*-go
cpp-filter-fine
cpp-options
CLOSED
2
updated
Jun 13, 2018
-z et segment
#3266
· created
Jun 11, 2018
by
Mathieu Giraud
cpp-options
wont-fix
CLOSED
2
updated
Jun 11, 2018
-Z all : ne pas construire l'automate
#3268
· created
Jun 11, 2018
by
Mathieu Giraud
merge-filter
*-go
cpp-filter-fine
cpp-options
CLOSED
8
updated
Jun 13, 2018
Utiliser NO_LIMIT_VALUE plutôt que UINT_MAX dans filter.h/filter.cpp
#3270
· created
Jun 12, 2018
by
Mathieu Giraud
merge-filter
*-go
bikeshedding
cpp-filter-fine
dev-refactor
CLOSED
2
updated
Jun 13, 2018
Ne pas relancer filterBioReaderWithACAutomaton() dans vidjil.cpp
#3271
· created
Jun 12, 2018
by
Mathieu Giraud
merge-filter
cpp-export
cpp-filter-fine
CLOSED
2
1
updated
Jun 13, 2018
Merge du travail de Cyprien et historique du git
#3272
· created
Jun 12, 2018
by
Mathieu Giraud
merge-filter
cpp-filter-fine
dev-refactor
CLOSED
3
updated
Jun 13, 2018
Les tests ne passent pas sur ikaros-debre.should-get
#3273
· created
Jun 12, 2018
by
Mathieu Giraud
Algo 2018.04
bio-germlines-pseudo
dev-tests-should-get
CLOSED
2
updated
Jun 12, 2018
Réactiver onlyBottomTriangle
#3274
· created
Jun 12, 2018
by
Mathieu Giraud
Algo 2018.04
cpp
cpp-dynprog
cpp-speed
CLOSED
1
updated
Feb 27, 2019
-Z 0 : prendre toutes les séquences qui matchent au moins un k-mer
#3276
· created
Jun 12, 2018
by
Mathieu Giraud
cpp-filter-fine
cpp-options
CLOSED
2
updated
Jun 13, 2018
Segfault : Mauvais déplacement dans l'itérateur setOfWords
#3279
· created
Jun 13, 2018
by
Mathieu Giraud
Algo 2018.08
!!-bug
cpp-filter-fine
CLOSED
35
updated
Jun 26, 2018
Factoriser le code dans filterBioReaderWithACAutomaton
#3282
· created
Jun 13, 2018
by
Mikaël Salson
cpp
cpp-filter-fine
dev-refactor
CLOSED
1
10
updated
Jul 04, 2018
Refactorer filter.cpp en une classe Filter
#3283
· created
Jun 13, 2018
by
Mathieu Giraud
Algo 2018.08
cpp-filter-fine
dev-refactor
CLOSED
1
7
updated
Jul 04, 2018
Vérifier que les test ex-aequo contiennent uniquement les séquences attendues.
#3284
· created
Jun 13, 2018
by
Cyprien Borée
dev-tests
CLOSED
1
3
updated
Jun 15, 2018
Virer Travis ?
#3287
· created
Jun 14, 2018
by
Mikaël Salson
Algo 2018.08
dev-ci
CLOSED
2
updated
Sep 11, 2018
Un process peut se lancer avant son pre-process si R2 n'a pas fini d'être téléchargé
#3289
· created
Jun 15, 2018
by
Mikaël Salson
!!-bug
!!-crisis
!-important
priority-4-week
server
server-pre-process
server-task.py
CLOSED
1
2
updated
Jul 03, 2018
Les clones de taille nulle sont affichés dans la grille
#3291
· created
Jun 15, 2018
by
Mikaël Salson
!!-bug
!-important
*-go
+-working
client
client-ergonomy
client-grid
CLOSED
1
2
updated
Jun 15, 2018
Rationnaliser la déclaration des graines (explicites, constantes, par défaut)
#3293
· created
Jun 17, 2018
by
Mathieu Giraud
Algo 2018.08
bikeshedding
cpp-options
dev-refactor
CLOSED
1
2
updated
Jul 10, 2018
Supprimer NO_SPACED_SEEDS
#3294
· created
Jun 17, 2018
by
Mathieu Giraud
Algo 2018.08
cpp
dev-dead-code
CLOSED
2
updated
Jun 26, 2018
Options : bikeshedding noms longs, suppression de certains noms courts
#3295
· created
Jun 18, 2018
by
Mathieu Giraud
Algo 2018.12
bikeshedding
cpp-options
doc
CLOSED
1
5
updated
Mar 12, 2019
L'heuristique n'est pas symétrique lorsqu'il y a cheuvauchement entre affectations before et after.
#3296
· created
Jun 18, 2018
by
Mikaël Salson
Algo 2018.08
!!-bug
*-go
cpp
cpp-heuristic
CLOSED
1
1
updated
Jul 12, 2018
Mise en production du filtrage par défaut
#3298
· created
Jun 18, 2018
by
Mathieu Giraud
Algo 2018.08
cpp-filter-fine
CLOSED
1
8
updated
Oct 23, 2019
Cas d'arrêt dans filterBioReaderWithACAutomaton()
#3299
· created
Jun 18, 2018
by
Mathieu Giraud
Algo 2018.08
!!-bug
cpp-filter-fine
CLOSED
1
17
updated
Jul 04, 2018
Allèles non *01 (non-génome de référence) et up-downstream
#3301
· created
Jun 22, 2018
by
Mathieu Giraud
!-reflexion
bio-germlines-pseudo
wont-fix
CLOSED
5
updated
Jul 20, 2018
vidjil.cpp ne devrait pas, par défaut, sortir une info par clone de -y sur stdout, mais une barre de progression
#3302
· created
Jun 22, 2018
by
Mathieu Giraud
Algo 2019.10
CLOSED
1
2
updated
Nov 06, 2019
Corriger le test fait dans testGetMultiResults
#3303
· created
Jun 25, 2018
by
Mikaël Salson
cpp-filter-fine
dev-tests
CLOSED
0
updated
Jun 26, 2018
Calcul de la séquence consensus : changer le choix des reads utilisés
#3304
· created
Jun 25, 2018
by
Mikaël Salson
!-reflexion
cpp
cpp-representative
CLOSED
1
updated
Dec 11, 2020
Temps de compilation et json.hpp
#3307
· created
Jun 26, 2018
by
Mathieu Giraud
Algo 2018.08
cpp
dev-build
CLOSED
1
2
updated
Jul 10, 2018
Makefile et vidjil.cpp
#3309
· created
Jun 26, 2018
by
Mathieu Giraud
Algo 2018.08
!!-bug
cpp
tests-speed
CLOSED
8
updated
Jun 26, 2018
Gitlab CI algo avec plusieurs compilateurs
#3310
· created
Jun 26, 2018
by
Mathieu Giraud
cpp-compiler
dev-build
dev-ci
CLOSED
5
updated
Jul 18, 2018
Test du filtrage : faire des tests négatifs
#3311
· created
Jun 26, 2018
by
Mikaël Salson
Algo 2018.08
cpp
cpp-filter-fine
dev-tests
CLOSED
1
4
updated
Jul 11, 2018
ajout de tests unitaires pour transferBioReaderSequences
#3312
· created
Jun 26, 2018
by
Cyprien Borée
cpp-filter-fine
dev-tests
CLOSED
1
3
updated
Jul 04, 2018
Le champ "users > last login" sur app ne semble plus fonctionner
#3320
· created
Jun 28, 2018
by
Mathieu Giraud
!!-bug
server-auth
CLOSED
0
updated
Jun 29, 2018
Tester GCC 4.8 en CI gitlab
#3321
· created
Jul 03, 2018
by
Mathieu Giraud
cpp-compiler
dev-ci
CLOSED
2
updated
Jul 03, 2018
Réparer Jenkins suite à changements dans Makefile
#3322
· created
Jul 03, 2018
by
Mathieu Giraud
+-working
dev-build
CLOSED
3
updated
Aug 27, 2020
Mutations silencieuses (ou pas) : afficher les codons `get_codons`
#3325
· created
Jul 05, 2018
by
Mathieu Giraud
CLL-2018-septembre
*-go
bio-AA
client
client-aligner
CLOSED
1
3
updated
Sep 28, 2018
La traduction AA du CDR3 ne fonctionne plus (et n'est pas accessible)
#3326
· created
Jul 05, 2018
by
Mathieu Giraud
bio-AA
client-aligner
feature
CLOSED
1
6
updated
Apr 08, 2021
Release 2018.08
#3327
· created
Jul 05, 2018
by
Mathieu Giraud
Algo 2018.08
CLOSED
35
updated
Jul 20, 2018
Déploiement de 2018.06 : non, attendre 2018.07 ?
#3328
· created
Jul 05, 2018
by
Mathieu Giraud
CLOSED
3
updated
Oct 24, 2018
Affichage du CDR3 : le mettre en production
#3330
· created
Jul 05, 2018
by
Mathieu Giraud
CLL-2018-septembre
LIL-Lille
bio-AA
client
client-aligner
feature
patho-LLC
CLOSED
1
3
updated
Sep 27, 2018
Décalage de l'affichage du CDR3 (entre autres ?) dans le segmenteur
#3333
· created
Jul 05, 2018
by
Mikaël Salson
CLL-2018-septembre
!!-bug
!-easy
*-go
+-working
bio-CLL
client
client-aligner
CLOSED
5
updated
Sep 27, 2018
Le test browser functional external ne passe pas sur dev
#3335
· created
Jul 05, 2018
by
Mikaël Salson
!!-bug
client
dev-ci
dev-tests
CLOSED
2
updated
Jul 05, 2018
100% d'alignements sont récupérés lors de certaines exécutions
#3338
· created
Jul 05, 2018
by
Cyprien Borée
!!-bug
!-reflexion
CLOSED
5
updated
Jul 06, 2018
Déplacer les tests de coverage plus loin dans le pipeline
#3339
· created
Jul 05, 2018
by
Mathieu Giraud
tests-speed
CLOSED
8
updated
Jul 09, 2018
Pouvoir débugger le filtrage, décompte de k-mers
#3346
· created
Jul 06, 2018
by
Mathieu Giraud
cpp-finesegmenter
dev-tests
wont-fix
CLOSED
2
2
updated
Jul 06, 2018
Option pour arrêter la génération du json au bout de n séquences
#3347
· created
Jul 09, 2018
by
Mathieu Giraud
Algo 2018.08
cpp-export
cpp-mem
cpp-options
CLOSED
1
1
updated
Jul 10, 2018
doc en .md : org-babel-tangle.py pour les tests browser
#3348
· created
Jul 10, 2018
by
Mathieu Giraud
dev-tests
doc
CLOSED
1
3
updated
Jul 12, 2018
Faire un artefact avec la doc .html et le déployer
#3350
· created
Jul 10, 2018
by
Mathieu Giraud
dev-cd
doc
CLOSED
1
4
updated
Dec 04, 2019
Optimiser la page des groupes
#3352
· created
Jul 10, 2018
by
Ryan Herbert
!-important
server
server-admin
CLOSED
1
8
updated
Oct 05, 2018
Une séquence n'est pas analysée quand le filtrage est activé
#3354
· created
Jul 10, 2018
by
Mathieu Giraud
Algo 2018.08
!!-bug
cpp-filter-fine
dev-tests-curated-vdj
CLOSED
1
55
updated
Jul 11, 2018
genes et up/down-stream : vérifier qu'on tombe au bon endroit par rapport à *01
#3356
· created
Jul 10, 2018
by
Mathieu Giraud
Algo 2018.08
*-go
bio-germlines-pseudo
CLOSED
11
updated
Oct 17, 2018
Objets 'Output', où mettre la préparation complète du json_clone ?
#3358
· created
Jul 11, 2018
by
Mathieu Giraud
cpp-export
dev-refactor
CLOSED
13
updated
Nov 21, 2018
Le tri de la liste sample_set ne fonctionne pas correctement
#3359
· created
Jul 11, 2018
by
Ryan Herbert
!!-bug
server
CLOSED
1
0
updated
Jul 13, 2018
Erreur de compilation avec `g++-7`
#3361
· created
Jul 11, 2018
by
Mikaël Salson
Algo 2018.08
!!-bug
cpp
cpp-compiler
CLOSED
1
4
updated
Jul 11, 2018
Génération du JSON : l'espace mémoire augmente de 50% à la fin de Vidjil
#2120
· created
Jan 20, 2017
by
Mikaël Salson
json-export
cpp
cpp-mem
priority-1-low
CLOSED
35
updated
Jun 11, 2020
Mettre le même tag à tous les clones sélectionnés
#1292
· created
Nov 29, 2016
by
Vidjil Team
!-easy
*-go
LIL-Immuno
client-ergonomy
client-filter
CLOSED
1
3
updated
Feb 05, 2019
Vérifier tous les liens de la doc, internes comme externe
#3364
· created
Jul 12, 2018
by
Mathieu Giraud
dev-ci
dev-tests
doc
CLOSED
5
updated
Jan 22, 2020
CI ne lance pas shouldlocus
#3366
· created
Jul 12, 2018
by
Mikaël Salson
Algo 2018.08
*-go
dev-ci
dev-tests-curated-vdj
CLOSED
2
updated
Jul 12, 2018
Réparer Vidjil-deploy-doc
#3368
· created
Jul 12, 2018
by
Mikaël Salson
dev-cd
dev-ci
doc
CLOSED
3
updated
Aug 27, 2020
Différences entre les séquences d'IMGT et celles récupérées en utilisant leur accession
#3372
· created
Jul 13, 2018
by
Mikaël Salson
!!-bug
bio-germlines
bio-germlines-pseudo
repseq-IMGT
CLOSED
1
0
updated
Jul 13, 2018
Des erreurs dans certains fichiers de germline
#3373
· created
Jul 13, 2018
by
Mikaël Salson
Algo 2018.08
!!-bug
bio-germlines
bio-species
CLOSED
1
1
updated
Jul 13, 2018
Mettre un objet "Clone" dans le cpp
#3380
· created
Jul 13, 2018
by
Mathieu Giraud
!-hard
cpp
dev-refactor
CLOSED
1
updated
Dec 04, 2018
Vérifier s'il y a recopie en retournant la valeur de sortedWindowsToJson
#3383
· created
Jul 13, 2018
by
Mikaël Salson
cpp
cpp-mem
CLOSED
11
updated
Jul 16, 2018
Effacer les objets au fur et à mesure qu'ils sont exportés
1 of 3 tasks completed
#3387
· created
Jul 16, 2018
by
Mikaël Salson
Algo 2018.08
cpp
cpp-export
cpp-mem
CLOSED
1
27
updated
Jul 20, 2018
BinReadStorage : n'utiliser des bins que lorsque c'est nécessaire
#3393
· created
Jul 18, 2018
by
Mikaël Salson
Algo 2018.09
*-go
cpp
cpp-mem
CLOSED
1
18
updated
Aug 07, 2018
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