Issues · vidjil / vidjil

New issue

Documenter le processus de A à Z pour déployer sur un serveur sous Docker

#3175 · created Apr 13, 2018 by Mikaël Salson dev-packaging doc server-admin server-docker
- CLOSED
- 5
updated Oct 16, 2018
Ajout de samples : « specific set » est peu clair

#3178 · created Apr 16, 2018 by Mikaël Salson !-reflexion bikeshedding client-ergonomy server
- CLOSED
- 1
updated Apr 17, 2018
Documenter le multi-upload

#3180 · created Apr 17, 2018 by Mathieu Giraud *-go doc doc-tutorial server-upload
- CLOSED
- 4
updated Sep 27, 2020
Extraire buildACAutomatonToFilterBioReader et filterBioReaderWithACAutomaton vers un nouveau filter.cpp

#3188 · created Apr 17, 2018 by Mathieu Giraud cpp cpp-filter-fine dev-refactor
- CLOSED
- 0
updated Jun 12, 2018
Corriger les fuites de mémoire en lien avec le filtrage du BioReader

#3189 · created Apr 17, 2018 by Mikaël Salson cpp cpp-filter-fine cpp-mem
- CLOSED
- 2
updated Jun 12, 2018
Précéder align_against_collection de la création et du filtrage par automate

#3190 · created Apr 17, 2018 by Mathieu Giraud cpp cpp-filter-fine
- CLOSED
- 17
updated Jun 13, 2018
Voir où créer l'automate de filtrage et le transmettre dans les germlines

#3191 · created Apr 17, 2018 by Mathieu Giraud cpp cpp-filter-fine
- CLOSED
- 3
updated Jun 13, 2018
Afficher le SHA1 du git browser et server quelque part depuis le web

#1847 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team +-working-dead client dev-build dev-ci priority-3-month
- CLOSED
- 1
- 7
updated Nov 22, 2019
should.py et tests avec utilisation conséquente du shell

#3197 · created Apr 18, 2018 by Mathieu Giraud dev-tests-should-get
- CLOSED
- 1
- 9
updated Apr 20, 2018
Bug lors de l'ajout de samples à plusieurs patients

#3199 · created Apr 19, 2018 by Mikaël Salson !!-bug !!-crisis !-important *-go LIL-Lille server server-sample-sets
- CLOSED
- 1
- 2
updated Jun 13, 2018
Supprimer un sample set supprime forcément les fichiers de séquence : laisser le choix

#3200 · created Apr 19, 2018 by Mikaël Salson feature server server-sample-sets
- CLOSED
- 0
updated Jun 24, 2020
Plus d'enregistrement du first login/last login

#3202 · created Apr 20, 2018 by Thonier Florian !!-bug client client-database server server-admin
- CLOSED
- 1
- 3
updated Oct 02, 2018
Compléter le test sur getMultiResults qui n'avait pas été terminé

#3208 · created Apr 26, 2018 by Cyprien Borée cpp-filter-fine dev-tests
- CLOSED
- 1
updated Jun 12, 2018
Créer un cas de test pour getMultiResults où la séquence à tester est plus courte que celles représentées par les K-mers

#3209 · created Apr 26, 2018 by Cyprien Borée cpp-aho cpp-filter-fine dev-tests
- CLOSED
- 1
updated Jun 12, 2018
Créer un test fonctionnel pour le filtrage de BioReader

#3210 · created Apr 26, 2018 by Cyprien Borée Algo 2018.08 cpp-filter-fine dev-tests-should-get
- CLOSED
- 1
- 3
updated Jul 11, 2018
modifier la méthode insert de automaton pour mettre l'information dans les différentes étapes de l'automate

#3212 · created Apr 27, 2018 by Cyprien Borée cpp cpp-aho cpp-filter-fine
- CLOSED
- 1
updated May 15, 2018
Éditer un sample qui possède un pre-process empêche de relancer une analyse dessus

#3213 · created May 03, 2018 by Mikaël Salson !!-bug server server-pre-process server-task.py
- CLOSED
- 1
- 1
updated Sep 24, 2019
Filtrage par automate: prendre les N meilleures séquences

#3217 · created May 15, 2018 by Mathieu Giraud cpp-filter-fine cpp-speed
- CLOSED
- 23
updated Jun 13, 2018
Fusion de reads : essayer Flash (et BBMerge ?)

#3219 · created May 15, 2018 by Mikaël Salson !-reflexion #-legal server-pre-process
- CLOSED
- 28
updated Mar 20, 2020
Valeurs triées en deux parties avec des histogrammes mélangeant entiers et flottants

#3221 · created May 16, 2018 by Mikaël Salson !!-bug !-important client client-axis client-bar repseq-igrec
- CLOSED
- 4
updated Aug 14, 2018
Évaluer la spécificité du filtrage

#3223 · created May 17, 2018 by Mikaël Salson Algo 2018.08 cpp cpp-filter-fine
- CLOSED
- 34
updated Jul 09, 2018
Lors du filtrage : décaler les valeurs des KmerAffect supérieures à AMBIGUOUS ou UNKNOWN

#3224 · created May 22, 2018 by Mikaël Salson !!-bug cpp cpp-filter-fine
- CLOSED
- 4
updated Jun 12, 2018
Filtrage par automate : prendre les N meilleures séquences et leurs « voisines »

#3225 · created May 22, 2018 by Mikaël Salson Algo 2018.09 !-reflexion cpp cpp-filter-fine math-stats
- CLOSED
- 1
- 6
updated Oct 10, 2018
ERG : test

#3231 · created May 25, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2018.04 bio-germlines-pseudo dev-tests-should-get
- CLOSED
- 3
updated Jun 13, 2018
Tests Ikaros

#3232 · created May 25, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2018.04 bio-germlines-pseudo
- CLOSED
- 5
updated Jun 08, 2018
Aho-Corasick : utiliser un set plutôt qu'une liste pour stocker les informations ?

#3238 · created May 30, 2018 by Mikaël Salson cpp cpp-aho
- CLOSED
- 1
updated Jun 13, 2018
Filtrage de l'automate : Ne pas fixer un nombre minimal de résultats mais un nombre minimal de k-mers

#3239 · created May 30, 2018 by Mikaël Salson !!-bug cpp cpp-filter-fine
- CLOSED
- 5
updated Jun 13, 2018
Exporter n'importe quelle vue de plot, avec axe changés

#3240 · created May 31, 2018 by Mathieu Giraud CLL-2018-septembre !-important +-working LIL-Lille client client-export client-graph client-grid user-request
- CLOSED
- 1
- 2
updated Sep 17, 2018
Export des informations d'un clone

#3243 · created May 31, 2018 by Mikaël Salson LIL-Lille client client-cloneList client-export user-request
- CLOSED
- 1
- 8
updated Apr 14, 2021
Attribuer la même couleur à tous les clones sélectionnés

#3246 · created May 31, 2018 by Mikaël Salson !-easy *-go LIL-Immuno client client-filter feature
- CLOSED
- 1
updated Jun 04, 2018
Deuxième barre dans le graphe pour "compare two samples"

#3248 · created May 31, 2018 by Mathieu Giraud !!-bug client-graph
- CLOSED
- 1
updated May 31, 2018
Décaler les valeurs ascii des K-mers AMBIGUOUS et UNKNOWN

#3250 · created Jun 01, 2018 by Cyprien Borée *-go cpp cpp-filter-fine
- CLOSED
- 2
- 19
updated Jul 02, 2018
Modification d'un sample avec un pre-process

#3258 · created Jun 06, 2018 by Anne de Septenville !!-bug Paris-Pitié server-pre-process server-task.py user-request
- CLOSED
- 5
updated Jul 27, 2018
Se souvenir de la taille des BioReader filtrés et l'afficher tout à la fin en debug / info

#3259 · created Jun 06, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2018.08 bio-control cpp-filter-fine cpp-speed
- CLOSED
- 1
- 37
updated Jul 05, 2018
Filtrage des germlines : temps total, comparaison avec dev

#3260 · created Jun 06, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2018.08 cpp-filter-fine cpp-speed
- CLOSED
- 26
updated Jul 12, 2018
Des analyses avec des BAM ne fonctionnent pas

#3263 · created Jun 07, 2018 by Thonier Florian cpp data repseq-formats
- CLOSED
- 10
updated Jan 22, 2020
Option -Z pour le "N" du filtrage par automate

#3264 · created Jun 08, 2018 by Mathieu Giraud merge-filter *-go cpp-filter-fine cpp-options
- CLOSED
- 2
updated Jun 13, 2018
-z et segment

#3266 · created Jun 11, 2018 by Mathieu Giraud cpp-options wont-fix
- CLOSED
- 2
updated Jun 11, 2018
-Z all : ne pas construire l'automate

#3268 · created Jun 11, 2018 by Mathieu Giraud merge-filter *-go cpp-filter-fine cpp-options
- CLOSED
- 8
updated Jun 13, 2018
Utiliser NO_LIMIT_VALUE plutôt que UINT_MAX dans filter.h/filter.cpp

#3270 · created Jun 12, 2018 by Mathieu Giraud merge-filter *-go bikeshedding cpp-filter-fine dev-refactor
- CLOSED
- 2
updated Jun 13, 2018
Ne pas relancer filterBioReaderWithACAutomaton() dans vidjil.cpp

#3271 · created Jun 12, 2018 by Mathieu Giraud merge-filter cpp-export cpp-filter-fine
- CLOSED
- 2
- 1
updated Jun 13, 2018
Merge du travail de Cyprien et historique du git

#3272 · created Jun 12, 2018 by Mathieu Giraud merge-filter cpp-filter-fine dev-refactor
- CLOSED
- 3
updated Jun 13, 2018
Les tests ne passent pas sur ikaros-debre.should-get

#3273 · created Jun 12, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2018.04 bio-germlines-pseudo dev-tests-should-get
- CLOSED
- 2
updated Jun 12, 2018
Réactiver onlyBottomTriangle

#3274 · created Jun 12, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2018.04 cpp cpp-dynprog cpp-speed
- CLOSED
- 1
updated Feb 27, 2019
-Z 0 : prendre toutes les séquences qui matchent au moins un k-mer

#3276 · created Jun 12, 2018 by Mathieu Giraud cpp-filter-fine cpp-options
- CLOSED
- 2
updated Jun 13, 2018
Segfault : Mauvais déplacement dans l'itérateur setOfWords

#3279 · created Jun 13, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2018.08 !!-bug cpp-filter-fine
- CLOSED
- 35
updated Jun 26, 2018
Factoriser le code dans filterBioReaderWithACAutomaton

#3282 · created Jun 13, 2018 by Mikaël Salson cpp cpp-filter-fine dev-refactor
- CLOSED
- 1
- 10
updated Jul 04, 2018
Refactorer filter.cpp en une classe Filter

#3283 · created Jun 13, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2018.08 cpp-filter-fine dev-refactor
- CLOSED
- 1
- 7
updated Jul 04, 2018
Vérifier que les test ex-aequo contiennent uniquement les séquences attendues.

#3284 · created Jun 13, 2018 by Cyprien Borée dev-tests
- CLOSED
- 1
- 3
updated Jun 15, 2018
Virer Travis ?

#3287 · created Jun 14, 2018 by Mikaël Salson Algo 2018.08 dev-ci
- CLOSED
- 2
updated Sep 11, 2018
Un process peut se lancer avant son pre-process si R2 n'a pas fini d'être téléchargé

#3289 · created Jun 15, 2018 by Mikaël Salson !!-bug !!-crisis !-important priority-4-week server server-pre-process server-task.py
- CLOSED
- 1
- 2
updated Jul 03, 2018
Les clones de taille nulle sont affichés dans la grille

#3291 · created Jun 15, 2018 by Mikaël Salson !!-bug !-important *-go +-working client client-ergonomy client-grid
- CLOSED
- 1
- 2
updated Jun 15, 2018
Rationnaliser la déclaration des graines (explicites, constantes, par défaut)

#3293 · created Jun 17, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2018.08 bikeshedding cpp-options dev-refactor
- CLOSED
- 1
- 2
updated Jul 10, 2018
Supprimer NO_SPACED_SEEDS

#3294 · created Jun 17, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2018.08 cpp dev-dead-code
- CLOSED
- 2
updated Jun 26, 2018
Options : bikeshedding noms longs, suppression de certains noms courts

#3295 · created Jun 18, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2018.12 bikeshedding cpp-options doc
- CLOSED
- 1
- 5
updated Mar 12, 2019
L'heuristique n'est pas symétrique lorsqu'il y a cheuvauchement entre affectations before et after.

#3296 · created Jun 18, 2018 by Mikaël Salson Algo 2018.08 !!-bug *-go cpp cpp-heuristic
- CLOSED
- 1
- 1
updated Jul 12, 2018
Mise en production du filtrage par défaut

#3298 · created Jun 18, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2018.08 cpp-filter-fine
- CLOSED
- 1
- 8
updated Oct 23, 2019
Cas d'arrêt dans filterBioReaderWithACAutomaton()

#3299 · created Jun 18, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2018.08 !!-bug cpp-filter-fine
- CLOSED
- 1
- 17
updated Jul 04, 2018
Allèles non *01 (non-génome de référence) et up-downstream

#3301 · created Jun 22, 2018 by Mathieu Giraud !-reflexion bio-germlines-pseudo wont-fix
- CLOSED
- 5
updated Jul 20, 2018
vidjil.cpp ne devrait pas, par défaut, sortir une info par clone de -y sur stdout, mais une barre de progression

#3302 · created Jun 22, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2019.10
- CLOSED
- 1
- 2
updated Nov 06, 2019
Corriger le test fait dans testGetMultiResults

#3303 · created Jun 25, 2018 by Mikaël Salson cpp-filter-fine dev-tests
- CLOSED
- 0
updated Jun 26, 2018
Calcul de la séquence consensus : changer le choix des reads utilisés

#3304 · created Jun 25, 2018 by Mikaël Salson !-reflexion cpp cpp-representative
- CLOSED
- 1
updated Dec 11, 2020
Temps de compilation et json.hpp

#3307 · created Jun 26, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2018.08 cpp dev-build
- CLOSED
- 1
- 2
updated Jul 10, 2018
Makefile et vidjil.cpp

#3309 · created Jun 26, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2018.08 !!-bug cpp tests-speed
- CLOSED
- 8
updated Jun 26, 2018
Gitlab CI algo avec plusieurs compilateurs

#3310 · created Jun 26, 2018 by Mathieu Giraud cpp-compiler dev-build dev-ci
- CLOSED
- 5
updated Jul 18, 2018
Test du filtrage : faire des tests négatifs

#3311 · created Jun 26, 2018 by Mikaël Salson Algo 2018.08 cpp cpp-filter-fine dev-tests
- CLOSED
- 1
- 4
updated Jul 11, 2018
ajout de tests unitaires pour transferBioReaderSequences

#3312 · created Jun 26, 2018 by Cyprien Borée cpp-filter-fine dev-tests
- CLOSED
- 1
- 3
updated Jul 04, 2018
Le champ "users > last login" sur app ne semble plus fonctionner

#3320 · created Jun 28, 2018 by Mathieu Giraud !!-bug server-auth
- CLOSED
- 0
updated Jun 29, 2018
Tester GCC 4.8 en CI gitlab

#3321 · created Jul 03, 2018 by Mathieu Giraud cpp-compiler dev-ci
- CLOSED
- 2
updated Jul 03, 2018
Réparer Jenkins suite à changements dans Makefile

#3322 · created Jul 03, 2018 by Mathieu Giraud +-working dev-build
- CLOSED
- 3
updated Aug 27, 2020
Mutations silencieuses (ou pas) : afficher les codons `get_codons`

#3325 · created Jul 05, 2018 by Mathieu Giraud CLL-2018-septembre *-go bio-AA client client-aligner
- CLOSED
- 1
- 3
updated Sep 28, 2018
La traduction AA du CDR3 ne fonctionne plus (et n'est pas accessible)

#3326 · created Jul 05, 2018 by Mathieu Giraud bio-AA client-aligner feature
- CLOSED
- 1
- 6
updated Apr 08, 2021
Release 2018.08

#3327 · created Jul 05, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2018.08
- CLOSED
- 35
updated Jul 20, 2018
Déploiement de 2018.06 : non, attendre 2018.07 ?

#3328 · created Jul 05, 2018 by Mathieu Giraud
- CLOSED
- 3
updated Oct 24, 2018
Affichage du CDR3 : le mettre en production

#3330 · created Jul 05, 2018 by Mathieu Giraud CLL-2018-septembre LIL-Lille bio-AA client client-aligner feature patho-LLC
- CLOSED
- 1
- 3
updated Sep 27, 2018
Décalage de l'affichage du CDR3 (entre autres ?) dans le segmenteur

#3333 · created Jul 05, 2018 by Mikaël Salson CLL-2018-septembre !!-bug !-easy *-go +-working bio-CLL client client-aligner
- CLOSED
- 5
updated Sep 27, 2018
Le test browser functional external ne passe pas sur dev

#3335 · created Jul 05, 2018 by Mikaël Salson !!-bug client dev-ci dev-tests
- CLOSED
- 2
updated Jul 05, 2018
100% d'alignements sont récupérés lors de certaines exécutions

#3338 · created Jul 05, 2018 by Cyprien Borée !!-bug !-reflexion
- CLOSED
- 5
updated Jul 06, 2018
Déplacer les tests de coverage plus loin dans le pipeline

#3339 · created Jul 05, 2018 by Mathieu Giraud tests-speed
- CLOSED
- 8
updated Jul 09, 2018
Pouvoir débugger le filtrage, décompte de k-mers

#3346 · created Jul 06, 2018 by Mathieu Giraud cpp-finesegmenter dev-tests wont-fix
- CLOSED
- 2
- 2
updated Jul 06, 2018
Option pour arrêter la génération du json au bout de n séquences

#3347 · created Jul 09, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2018.08 cpp-export cpp-mem cpp-options
- CLOSED
- 1
- 1
updated Jul 10, 2018
doc en .md : org-babel-tangle.py pour les tests browser

#3348 · created Jul 10, 2018 by Mathieu Giraud dev-tests doc
- CLOSED
- 1
- 3
updated Jul 12, 2018
Faire un artefact avec la doc .html et le déployer

#3350 · created Jul 10, 2018 by Mathieu Giraud dev-cd doc
- CLOSED
- 1
- 4
updated Dec 04, 2019
Optimiser la page des groupes

#3352 · created Jul 10, 2018 by Ryan Herbert !-important server server-admin
- CLOSED
- 1
- 8
updated Oct 05, 2018
Une séquence n'est pas analysée quand le filtrage est activé

#3354 · created Jul 10, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2018.08 !!-bug cpp-filter-fine dev-tests-curated-vdj
- CLOSED
- 1
- 55
updated Jul 11, 2018
genes et up/down-stream : vérifier qu'on tombe au bon endroit par rapport à *01

#3356 · created Jul 10, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2018.08 *-go bio-germlines-pseudo
- CLOSED
- 11
updated Oct 17, 2018
Objets 'Output', où mettre la préparation complète du json_clone ?

#3358 · created Jul 11, 2018 by Mathieu Giraud cpp-export dev-refactor
- CLOSED
- 13
updated Nov 21, 2018
Le tri de la liste sample_set ne fonctionne pas correctement

#3359 · created Jul 11, 2018 by Ryan Herbert !!-bug server
- CLOSED
- 1
- 0
updated Jul 13, 2018
Erreur de compilation avec `g++-7`

#3361 · created Jul 11, 2018 by Mikaël Salson Algo 2018.08 !!-bug cpp cpp-compiler
- CLOSED
- 1
- 4
updated Jul 11, 2018
Génération du JSON : l'espace mémoire augmente de 50% à la fin de Vidjil

#2120 · created Jan 20, 2017 by Mikaël Salson json-export cpp cpp-mem priority-1-low
- CLOSED
- 35
updated Jun 11, 2020
Mettre le même tag à tous les clones sélectionnés

#1292 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team !-easy *-go LIL-Immuno client-ergonomy client-filter
- CLOSED
- 1
- 3
updated Feb 05, 2019
Vérifier tous les liens de la doc, internes comme externe

#3364 · created Jul 12, 2018 by Mathieu Giraud dev-ci dev-tests doc
- CLOSED
- 5
updated Jan 22, 2020
CI ne lance pas shouldlocus

#3366 · created Jul 12, 2018 by Mikaël Salson Algo 2018.08 *-go dev-ci dev-tests-curated-vdj
- CLOSED
- 2
updated Jul 12, 2018
Réparer Vidjil-deploy-doc

#3368 · created Jul 12, 2018 by Mikaël Salson dev-cd dev-ci doc
- CLOSED
- 3
updated Aug 27, 2020
Différences entre les séquences d'IMGT et celles récupérées en utilisant leur accession

#3372 · created Jul 13, 2018 by Mikaël Salson !!-bug bio-germlines bio-germlines-pseudo repseq-IMGT
- CLOSED
- 1
- 0
updated Jul 13, 2018
Des erreurs dans certains fichiers de germline

#3373 · created Jul 13, 2018 by Mikaël Salson Algo 2018.08 !!-bug bio-germlines bio-species
- CLOSED
- 1
- 1
updated Jul 13, 2018
Mettre un objet "Clone" dans le cpp

#3380 · created Jul 13, 2018 by Mathieu Giraud !-hard cpp dev-refactor
- CLOSED
- 1
updated Dec 04, 2018
Vérifier s'il y a recopie en retournant la valeur de sortedWindowsToJson

#3383 · created Jul 13, 2018 by Mikaël Salson cpp cpp-mem
- CLOSED
- 11
updated Jul 16, 2018
Effacer les objets au fur et à mesure qu'ils sont exportés 1 of 3 tasks completed

#3387 · created Jul 16, 2018 by Mikaël Salson Algo 2018.08 cpp cpp-export cpp-mem
- CLOSED
- 1
- 27
updated Jul 20, 2018
BinReadStorage : n'utiliser des bins que lorsque c'est nécessaire

#3393 · created Jul 18, 2018 by Mikaël Salson Algo 2018.09 *-go cpp cpp-mem
- CLOSED
- 1
- 18
updated Aug 07, 2018