Issues · vidjil / vidjil

New issue

Inclure les données de diversité dans le resultat de fuse

#3111 · created Mar 29, 2018 by Thonier Florian !-reflexion server-fuse
- CLOSED
- 1
updated Mar 30, 2018
Performance highlights feature-c/segmenter_highlights

#3113 · created Mar 30, 2018 by Ryan Herbert client client-aligner client-speed
- 1
updated Jul 05, 2018
Filtrage de BioReader sans re-réserver de la mémoire

#3114 · created Apr 03, 2018 by Mathieu Giraud cpp-dynprog cpp-mem priority-1-low
- 0
updated Apr 03, 2018
should : --var

#3115 · created Apr 04, 2018 by Mathieu Giraud bikeshedding dev-tests-should-get
- CLOSED
- 1
updated Apr 11, 2018
should: tests en cas de refactor

#3116 · created Apr 04, 2018 by Mathieu Giraud dev-refactor dev-tests dev-tests-should-get
- CLOSED
- 7
updated Apr 20, 2018
should --retry

#3117 · created Apr 04, 2018 by Mathieu Giraud dev-tests-should-get
- CLOSED
- 1
updated Apr 18, 2018
should: matcher sur plusieurs lignes

#3118 · created Apr 04, 2018 by Mathieu Giraud dev-tests-should-get
- CLOSED
- 0
updated Apr 11, 2018
should: chercher seulement dans une partie du fichier

#3119 · created Apr 04, 2018 by Mathieu Giraud !-hard dev-tests-should-get
- CLOSED
- 1
updated Apr 11, 2018
Refaire passer les tests server-unit

#3120 · created Apr 04, 2018 by Mathieu Giraud !-important dev-tests
- CLOSED
- 2
updated Nov 20, 2018
Tags publics non vus dans add set/sample, mais bien vus dans search

#3121 · created Apr 04, 2018 by Mathieu Giraud client-tags server-auth
- 4
updated May 24, 2018
Vérifications sur des choses faites sans Ryan

#3122 · created Apr 04, 2018 by Mathieu Giraud
- 5
updated Apr 19, 2018
Création d'utilisateurs avec unicode impossible

#3123 · created Apr 04, 2018 by Mathieu Giraud client-i18n server-auth
- 0
updated Apr 04, 2018
La touche TAB valide l'autocomplétion du set

#3124 · created Apr 04, 2018 by Mikaël Salson client-autocomplete client-keyboard server-ergonomy server-sample-sets
- 1
updated Feb 28, 2019
Rapport : date de naissance + autres infos du patient (run/set) ?

#3126 · created Apr 05, 2018 by Mathieu Giraud Lille-LAL-next !-easy *-go LIL-Lille client-rapport user-request
- 6
updated Jan 26, 2021
Différents levels sur les warnings

#3127 · created Apr 05, 2018 by Mathieu Giraud *-go bio-control client-warning user-request
- CLOSED
- 9
updated Feb 13, 2019
Point caché (dans l'épingle) qui apparaît malgré tout dans le graphique

#3128 · created Apr 05, 2018 by Mikaël Salson !!-bug LIL-Lille client-ergonomy client-graph user-request
- 0
updated Apr 05, 2018
Informations pour la LLC dans le rapport

#3130 · created Apr 05, 2018 by Mikaël Salson !-reflexion client-export client-rapport patho-LLC user-request
- 2
updated Aug 05, 2020
Similarité Vh en natif

#3131 · created Apr 05, 2018 by Mathieu Giraud cpp cpp-dynprog cpp-finesegmenter feature repseq-IMGT
- 0
updated Apr 05, 2018
Renommer des infos / tags et/ou opérations de maintenance

#3132 · created Apr 05, 2018 by Mathieu Giraud support-policy user-request
- 0
updated Apr 05, 2018
LENGTH_DOWNSTREAM: 40, autre chose ?

#3133 · created Apr 05, 2018 by Mathieu Giraud BRI-Bristol bio-germlines-pseudo
- CLOSED
- 2
- 8
updated Jan 20, 2021
Faire utiliser à Clonedb les warnings

#3135 · created Apr 05, 2018 by Mathieu Giraud app-clonedb client-warning
- 4
updated Dec 03, 2019
Générer les warning levels depuis vidjil-algo

#3136 · created Apr 05, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2018.04 +-working client-warning cpp cpp-export
- CLOSED
- 1
- 0
updated Apr 17, 2018
vidjil-algo: warning level de W53, similar clone

#3137 · created Apr 05, 2018 by Mathieu Giraud Algo 2018.04 client-warning cpp cpp-export
- CLOSED
- 1
- 0
updated Jun 12, 2018
Les utilisateurs ne peuvent pas supprimer ou éditer les nouveaux sample sets créés

#3138 · created Apr 05, 2018 by Mikaël Salson !!-bug !-important server server-sample-sets
- CLOSED
- 4
updated Apr 05, 2018
Interdire la création en doublon de nouveaux sample sets

#3139 · created Apr 05, 2018 by Mikaël Salson client-ergonomy server-speed
- CLOSED
- 1
- 6
updated Apr 16, 2018
Les flèches < > sur un sample set amènent à un autre sample set complètement random

#3140 · created Apr 05, 2018 by Mikaël Salson !!-bug server-sample-sets
- CLOSED
- 1
updated Apr 06, 2018
Erreurs serveur sur sample_set/delete

#3141 · created Apr 05, 2018 by Mathieu Giraud
- CLOSED
- 1
- 3
updated Apr 16, 2018
On ne voit plus l'information personnal group dans la liste

#3142 · created Apr 06, 2018 by Thonier Florian client
- 0
updated Apr 06, 2018
timeout sur TestExternalSegmenterPage#test_05_imgt_post

#3143 · created Apr 06, 2018 by Mathieu Giraud dev-tests dev-tests-watir repseq-IMGT
- CLOSED
- 3
updated May 27, 2020
Bloquer la tabulation sur le specific set des add sample

#3144 · created Apr 06, 2018 by Thonier Florian client client-autocomplete
- CLOSED
- 1
updated Apr 06, 2018
Une séquence J-D-J en TRB+ ?

#3145 · created Apr 06, 2018 by Mathieu Giraud
- 1
updated Jan 10, 2019
UNSEG only J curieux sur une affectation particulière

#3146 · created Apr 06, 2018 by Mathieu Giraud cpp cpp-heuristic
- 1
updated Jul 12, 2018
vidjil-algo: Avec des germlines up/down, calculer les positions de début/fin du gène normal

#3147 · created Apr 06, 2018 by Mathieu Giraud !-hard bio-control client cpp-dynprog feature
- 4
updated May 28, 2020
split-from-imgt.py: garder le tri d'origine pour les germlines up/down

#3148 · created Apr 06, 2018 by Mikaël Salson Algo 2018.08 *-go bio-germlines
- CLOSED
- 2
- 7
updated Jul 12, 2018
should_results_from_vidjil_output() ne renvoie pas le bon couple (should, result) lorsqu'une séquence n'est pas segmentée

#3149 · created Apr 06, 2018 by Mathieu Giraud +-working dev-tests dev-tests-curated-vdj
- 1
- 2
updated Mar 13, 2019
Récupérer les patients à partir d'un run ou d'un set

#3150 · created Apr 09, 2018 by Mathieu Giraud Paris-Pitié server server-sample-sets user-request
- CLOSED
- 2
updated Mar 25, 2019
Afficher les warning dans le rapport

#3151 · created Apr 09, 2018 by Mikaël Salson bio-control client-rapport
- 0
updated Apr 09, 2018
Indiquer clairement que des messages se cachent derrière les notifications serveurs

#3153 · created Apr 09, 2018 by Mikaël Salson client-ergonomy client-notifications server
- 0
updated Apr 09, 2018
Récupérer des infos des pré-process : mécanisme

#3154 · created Apr 09, 2018 by Mathieu Giraud !-hard #-quality bio-control repseq-formats server-database server-fuse server-pre-process server-task.py
- 15
updated Jan 22, 2021
Plot submenu: une icône .svg disparaît après utilisation

#3156 · created Apr 09, 2018 by Mathieu Giraud Paris-Pitié client-ugly user-request
- 2
updated Aug 09, 2018
Plusieurs configs ne sont plus visibles

#3157 · created Apr 10, 2018 by Mikaël Salson !!-bug !-important server server-admin server-config
- CLOSED
- 9
updated May 28, 2020
Pouvoir afficher tsne sur une distance arbitraire venant du json ou d'ailleurs

#3158 · created Apr 10, 2018 by Mathieu Giraud client client-grid feature
- 0
updated Apr 10, 2018
json: simple ou double quotes ?

#3159 · created Apr 10, 2018 by Mathieu Giraud bikeshedding dev-policy repseq-formats
- 0
updated Apr 10, 2018
fuse.py: codec can't encode character

#3160 · created Apr 10, 2018 by Mikaël Salson !!-bug client-i18n server-fuse
- 0
updated Apr 10, 2018
Vérifier le format d'IMGT

#3161 · created Apr 10, 2018 by Mathieu Giraud dev-tests dev-tests-should-get repseq-IMGT repseq-formats
- 3
updated Apr 10, 2018
should: stdout/stderr

#3162 · created Apr 10, 2018 by Mathieu Giraud bikeshedding dev-tests-should-get
- CLOSED
- 1
updated Apr 18, 2018
Suite à un changement de format d'IMGT V-QUEST : il manque les % d'identité

#3163 · created Apr 10, 2018 by Mikaël Salson !!-bug !!-crisis +-working bio-CLL repseq-IMGT
- CLOSED
- 1
- 2
updated Apr 17, 2018
N'afficher que les nucléotides qui diffèrent quand on aligne les séquences

#3164 · created Apr 11, 2018 by Mikaël Salson Paris-Pitié client-aligner client-ergonomy server-cgi user-request
- CLOSED
- 1
updated Apr 08, 2021
Ikaros : les séquences communiquées sont trop longues, voir ce qu'il faut garder

#3165 · created Apr 11, 2018 by Mikaël Salson Algo -- Important PAR-Debré bio-analyze-more bio-germlines-pseudo
- 12
updated May 20, 2020
should: erreur Unicode : mettre les slaves en UTF-8

#3166 · created Apr 12, 2018 by Mathieu Giraud
- 1
updated Apr 12, 2018
Inclusion de should.py

#3167 · created Apr 12, 2018 by Mathieu Giraud dev-build dev-tests-should-get
- CLOSED
- 1
- 0
updated Apr 20, 2018
Warnings / qualité par type de manipulation ou même par utilisateur

#3168 · created Apr 13, 2018 by Mathieu Giraud !-hard bio-control server-qc-stats
- 1
updated Sep 14, 2018
La liste patients met beaucoup trop de temps à se charger

#3169 · created Apr 13, 2018 by Mikaël Salson !-important server server-database server-speed
- CLOSED
- 3
- 33
updated Feb 11, 2021
Pre-process: stocker le log en fichier et non pas en texte brut

#3170 · created Apr 13, 2018 by Mathieu Giraud server server-pre-process
- 1
updated Apr 13, 2018
Statistiques multi-samples et contrôle de qualité run/sample, plan de bataille

#3171 · created Apr 13, 2018 by Mathieu Giraud !-important bio-control ec-ngs server-qc-stats
- 5
updated Nov 27, 2019
Extraction d'info depuis .vidjil pour contrôleur stats

#3172 · created Apr 13, 2018 by Mathieu Giraud dev-refactor server-fuse server-qc-stats
- CLOSED
- 2
updated Sep 14, 2018
Pagination par défaut de la reqûete patients

#3173 · created Apr 13, 2018 by Mathieu Giraud server-speed
- 2
updated Jun 18, 2020
La colonne groups n'affiche plus rien

#3174 · created Apr 13, 2018 by Mikaël Salson !!-bug server server-groups
- 4
updated Jul 01, 2020
Documenter le processus de A à Z pour déployer sur un serveur sous Docker

#3175 · created Apr 13, 2018 by Mikaël Salson dev-packaging doc server-admin server-docker
- CLOSED
- 5
updated Oct 16, 2018
Le changement de patients via le menu patients, après demande de confirmation, est non fonctionnel

#3176 · created Apr 16, 2018 by Mikaël Salson !!-bug *-go client client-database client-ergonomy
- 0
updated Apr 16, 2018
Export graph : ne pas le proposer si le graph n'est pas affiché

#3177 · created Apr 16, 2018 by Mikaël Salson !!-bug *-go client-export client-graph client-grid
- 1
updated Sep 26, 2018
Ajout de samples : « specific set » est peu clair

#3178 · created Apr 16, 2018 by Mikaël Salson !-reflexion bikeshedding client-ergonomy server
- CLOSED
- 1
updated Apr 17, 2018
incohérence du champ "sets" en mode modification d'échantillon

#3179 · created Apr 17, 2018 by Thonier Florian *-go client client-accessibility client-ergonomy client-info server-sample-sets
- 1
updated Jun 13, 2018
Documenter le multi-upload

#3180 · created Apr 17, 2018 by Mathieu Giraud *-go doc doc-tutorial server-upload
- CLOSED
- 4
updated Sep 27, 2020
Lancer CloneDB depuis fuse.py ou en offline

#3181 · created Apr 17, 2018 by Mathieu Giraud !-reflexion app-clonedb client-speed server-fuse server-speed
- 0
updated Feb 14, 2019
Aligner "Common sets" sur "Other sets"

#3182 · created Apr 17, 2018 by Mathieu Giraud *-go bikeshedding client-design client-less-css
- 0
updated Apr 17, 2018
Un sample devrait appartenir à au plus un patient et au plus un run

#3183 · created Apr 17, 2018 by Mathieu Giraud bio-control client server-sample-sets
- 1
updated Jun 18, 2018
Factoriser js/form_builder.js et views/partial/file/form.html

#3184 · created Apr 17, 2018 by Mathieu Giraud !-hard client dev-refactor
- 2
updated Apr 17, 2018
Requêtes SQL imbriquées

#3185 · created Apr 17, 2018 by Mathieu Giraud server-database server-speed
- 0
updated Apr 17, 2018
Filtrage du BioReader pour align_against_collection : gérer le cas s'il y a peu de résultats à getMultiResults()

#3187 · created Apr 17, 2018 by Mikaël Salson !-hard !-reflexion bio-e-value cpp cpp-filter-fine
- 18
updated Jul 12, 2018
Extraire buildACAutomatonToFilterBioReader et filterBioReaderWithACAutomaton vers un nouveau filter.cpp

#3188 · created Apr 17, 2018 by Mathieu Giraud cpp cpp-filter-fine dev-refactor
- CLOSED
- 0
updated Jun 12, 2018
Corriger les fuites de mémoire en lien avec le filtrage du BioReader

#3189 · created Apr 17, 2018 by Mikaël Salson cpp cpp-filter-fine cpp-mem
- CLOSED
- 2
updated Jun 12, 2018
Précéder align_against_collection de la création et du filtrage par automate

#3190 · created Apr 17, 2018 by Mathieu Giraud cpp cpp-filter-fine
- CLOSED
- 17
updated Jun 13, 2018
Voir où créer l'automate de filtrage et le transmettre dans les germlines

#3191 · created Apr 17, 2018 by Mathieu Giraud cpp cpp-filter-fine
- CLOSED
- 3
updated Jun 13, 2018
Avoir un axe "germlines dans l'ordre du locus"

#3192 · created Apr 17, 2018 by Mathieu Giraud *-go bio-control bio-germlines client client-axis
- 3
updated Jan 20, 2021
Color by length

#3193 · created Apr 17, 2018 by Mathieu Giraud client client-axis
- 0
updated Jan 15, 2019
Pouvoir visualiser, sans télécharger, un fichier (texte) faisant partie de la sortie d'un répertoire tmp/ d'analyse

#3194 · created Apr 17, 2018 by Mathieu Giraud server
- 6
updated Apr 18, 2018
Visualisation des fichiers de résultats : le permettre aussi dans les sous-répertoires

#3195 · created Apr 17, 2018 by Mikaël Salson *-go feature server server-task.py
- 1
updated Apr 18, 2018
.vidjil: better document `top` and/or make it optionnal

#3196 · created Apr 17, 2018 by Mathieu Giraud doc repseq-formats server-fuse
- 8
updated Jul 23, 2019
Afficher le SHA1 du git browser et server quelque part depuis le web

#1847 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team +-working-dead client dev-build dev-ci priority-3-month
- CLOSED
- 1
- 7
updated Nov 22, 2019
should.py et tests avec utilisation conséquente du shell

#3197 · created Apr 18, 2018 by Mathieu Giraud dev-tests-should-get
- CLOSED
- 1
- 9
updated Apr 20, 2018
Timeout de certains jobs should-get-tests en raison d'une grosse stdout

#3198 · created Apr 18, 2018 by Mathieu Giraud
- 13
updated Apr 20, 2018
Bug lors de l'ajout de samples à plusieurs patients

#3199 · created Apr 19, 2018 by Mikaël Salson !!-bug !!-crisis !-important *-go LIL-Lille server server-sample-sets
- CLOSED
- 1
- 2
updated Jun 13, 2018
Supprimer un sample set supprime forcément les fichiers de séquence : laisser le choix

#3200 · created Apr 19, 2018 by Mikaël Salson feature server server-sample-sets
- CLOSED
- 0
updated Jun 24, 2020
Tests unitaires serveur sur le multi-upload

#3201 · created Apr 19, 2018 by Mikaël Salson #-quality *-go dev-tests server server-sample-sets
- 0
updated May 24, 2018
Plus d'enregistrement du first login/last login

#3202 · created Apr 20, 2018 by Thonier Florian !!-bug client client-database server server-admin
- CLOSED
- 1
- 3
updated Oct 02, 2018
Fail de should ?

#3205 · created Apr 20, 2018 by Mathieu Giraud +-working
- 2
updated Apr 20, 2018
Repasser sur les tests .should en bénéficiant des nouvelles syntaxes

#3206 · created Apr 20, 2018 by Mathieu Giraud dev-refactor dev-tests-should-get
- 8
updated Aug 21, 2020
Compléter le test sur getMultiResults qui n'avait pas été terminé

#3208 · created Apr 26, 2018 by Cyprien Borée cpp-filter-fine dev-tests
- CLOSED
- 1
updated Jun 12, 2018
Créer un cas de test pour getMultiResults où la séquence à tester est plus courte que celles représentées par les K-mers

#3209 · created Apr 26, 2018 by Cyprien Borée cpp-aho cpp-filter-fine dev-tests
- CLOSED
- 1
updated Jun 12, 2018
Créer un test fonctionnel pour le filtrage de BioReader

#3210 · created Apr 26, 2018 by Cyprien Borée Algo 2018.08 cpp-filter-fine dev-tests-should-get
- CLOSED
- 1
- 3
updated Jul 11, 2018
Cas d'usages et tests avant nouvelle feautre

#3211 · created Apr 27, 2018 by Mathieu Giraud #-crisis-prevention dev-policy
- 0
updated Apr 27, 2018
modifier la méthode insert de automaton pour mettre l'information dans les différentes étapes de l'automate

#3212 · created Apr 27, 2018 by Cyprien Borée cpp cpp-aho cpp-filter-fine
- CLOSED
- 1
updated May 15, 2018
Éditer un sample qui possède un pre-process empêche de relancer une analyse dessus

#3213 · created May 03, 2018 by Mikaël Salson !!-bug server server-pre-process server-task.py
- CLOSED
- 1
- 1
updated Sep 24, 2019
La recherche de recombinaisons inattendues n'utilise pas les version +up et +down des germlines

#3214 · created May 03, 2018 by Mikaël Salson Algo -- Important LIL-Lille bio-analyze-more bio-germlines-pseudo cpp
- 1
- 2
updated May 20, 2020
Controleur qui renvoie ou met à disposition un .zip de tous les fastq + métadonnées

#3215 · created May 11, 2018 by Mathieu Giraud bio-control feature server
- 0
updated May 11, 2018
Utilisation des séquences "cibles"

#3216 · created May 11, 2018 by Thonier Florian !-reflexion PAN-Necker app-clonedb client cpp data feature user-request
- 1
updated May 11, 2018
Filtrage par automate: prendre les N meilleures séquences

#3217 · created May 15, 2018 by Mathieu Giraud cpp-filter-fine cpp-speed
- CLOSED
- 23
updated Jun 13, 2018
Supprimer les k-mers non significatifs ?

#3218 · created May 15, 2018 by Mathieu Giraud !-reflexion cpp-filter-fine
- 0
updated Feb 21, 2020
Fusion de reads : essayer Flash (et BBMerge ?)

#3219 · created May 15, 2018 by Mikaël Salson !-reflexion #-legal server-pre-process
- CLOSED
- 28
updated Mar 20, 2020