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  • Vérifications sur des choses faites sans Ryan
    #3122 · opened Apr 04, 2018 by Mathieu Giraud
    • 5
    updated Apr 19, 2018
  • Création d'utilisateurs avec unicode impossible
    #3123 · opened Apr 04, 2018 by Mathieu Giraud   client-i18n server-auth
    • 0
    updated Apr 04, 2018
  • La touche TAB valide l'autocomplétion du set
    #3124 · opened Apr 04, 2018 by Mikaël Salson   client-autocomplete client-keyboard server-ergonomy server-sample-sets
    • 1
    updated Feb 28, 2019
  • Rapport : date de naissance + autres infos du patient (run/set) ?
    #3126 · opened Apr 05, 2018 by Mathieu Giraud   Lille-LAL-next   !-easy *-go LIL-Lille client-rapport user-request
    • 6
    updated Jan 26, 2021
  • Différents levels sur les warnings
    #3127 · opened Apr 05, 2018 by Mathieu Giraud   *-go bio-control client-warning user-request
    • CLOSED
    • 9
    updated Feb 13, 2019
  • Point caché (dans l'épingle) qui apparaît malgré tout dans le graphique
    #3128 · opened Apr 05, 2018 by Mikaël Salson   !!-bug LIL-Lille client-ergonomy client-graph user-request
    • 0
    updated Apr 05, 2018
  • Informations pour la LLC dans le rapport
    #3130 · opened Apr 05, 2018 by Mikaël Salson   !-reflexion client-export client-rapport patho-LLC user-request
    • 2
    updated Aug 05, 2020
  • Similarité Vh en natif
    #3131 · opened Apr 05, 2018 by Mathieu Giraud   cpp cpp-dynprog cpp-finesegmenter feature repseq-IMGT
    • 0
    updated Apr 05, 2018
  • Renommer des infos / tags et/ou opérations de maintenance
    #3132 · opened Apr 05, 2018 by Mathieu Giraud   support-policy user-request
    • 0
    updated Apr 05, 2018
  • LENGTH_DOWNSTREAM: 40, autre chose ?
    #3133 · opened Apr 05, 2018 by Mathieu Giraud   BRI-Bristol bio-germlines-pseudo
    • CLOSED
    • 2
    • 8
    updated Jan 20, 2021
  • Faire utiliser à Clonedb les warnings
    #3135 · opened Apr 05, 2018 by Mathieu Giraud   app-clonedb client-warning
    • 4
    updated Dec 03, 2019
  • Générer les warning levels depuis vidjil-algo
    #3136 · opened Apr 05, 2018 by Mathieu Giraud   Algo 2018.04   +-working client-warning cpp cpp-export
    • CLOSED
    • 1
    • 0
    updated Apr 17, 2018
  • vidjil-algo: warning level de W53, similar clone
    #3137 · opened Apr 05, 2018 by Mathieu Giraud   Algo 2018.04   client-warning cpp cpp-export
    • CLOSED
    • 1
    • 0
    updated Jun 12, 2018
  • Les utilisateurs ne peuvent pas supprimer ou éditer les nouveaux sample sets créés
    #3138 · opened Apr 05, 2018 by Mikaël Salson   !!-bug !-important server server-sample-sets
    • CLOSED
    • 4
    updated Apr 05, 2018
  • Interdire la création en doublon de nouveaux sample sets
    #3139 · opened Apr 05, 2018 by Mikaël Salson   client-ergonomy server-speed
    • CLOSED
    • 1
    • 6
    updated Apr 16, 2018
  • Les flèches < > sur un sample set amènent à un autre sample set complètement random
    #3140 · opened Apr 05, 2018 by Mikaël Salson   !!-bug server-sample-sets
    • CLOSED
    • 1
    updated Apr 06, 2018
  • Erreurs serveur sur sample_set/delete
    #3141 · opened Apr 05, 2018 by Mathieu Giraud
    • CLOSED
    • 1
    • 3
    updated Apr 16, 2018
  • On ne voit plus l'information personnal group dans la liste
    #3142 · opened Apr 06, 2018 by Thonier Florian   client
    • 0
    updated Apr 06, 2018
  • timeout sur TestExternalSegmenterPage#test_05_imgt_post
    #3143 · opened Apr 06, 2018 by Mathieu Giraud   dev-tests dev-tests-watir repseq-IMGT
    • CLOSED
    • 3
    updated May 27, 2020
  • Bloquer la tabulation sur le specific set des add sample
    #3144 · opened Apr 06, 2018 by Thonier Florian   client client-autocomplete
    • CLOSED
    • 1
    updated Apr 06, 2018
  • Une séquence J-D-J en TRB+ ?
    #3145 · opened Apr 06, 2018 by Mathieu Giraud
    • 1
    updated Jan 10, 2019
  • UNSEG only J curieux sur une affectation particulière
    #3146 · opened Apr 06, 2018 by Mathieu Giraud   cpp cpp-heuristic
    • 1
    updated Jul 12, 2018
  • vidjil-algo: Avec des germlines up/down, calculer les positions de début/fin du gène normal
    #3147 · opened Apr 06, 2018 by Mathieu Giraud   !-hard bio-control client cpp-dynprog feature
    • 4
    updated May 28, 2020
  • split-from-imgt.py: garder le tri d'origine pour les germlines up/down
    #3148 · opened Apr 06, 2018 by Mikaël Salson   Algo 2018.08   *-go bio-germlines
    • CLOSED
    • 2
    • 7
    updated Jul 12, 2018
  • should_results_from_vidjil_output() ne renvoie pas le bon couple (should, result) lorsqu'une séquence n'est pas segmentée
    #3149 · opened Apr 06, 2018 by Mathieu Giraud   +-working dev-tests dev-tests-curated-vdj
    • 1
    • 2
    updated Mar 13, 2019
  • Récupérer les patients à partir d'un run ou d'un set
    #3150 · opened Apr 09, 2018 by Mathieu Giraud   Paris-Pitié server server-sample-sets user-request
    • CLOSED
    • 2
    updated Mar 25, 2019
  • Afficher les warning dans le rapport
    #3151 · opened Apr 09, 2018 by Mikaël Salson   bio-control client-rapport
    • 0
    updated Apr 09, 2018
  • Indiquer clairement que des messages se cachent derrière les notifications serveurs
    #3153 · opened Apr 09, 2018 by Mikaël Salson   client-ergonomy client-notifications server
    • 0
    updated Apr 09, 2018
  • Récupérer des infos des pré-process : mécanisme
    #3154 · opened Apr 09, 2018 by Mathieu Giraud   !-hard #-quality bio-control repseq-formats server-database server-fuse server-pre-process server-task.py
    • 15
    updated Jan 22, 2021
  • Plot submenu: une icône .svg disparaît après utilisation
    #3156 · opened Apr 09, 2018 by Mathieu Giraud   Paris-Pitié client-ugly user-request
    • 2
    updated Aug 09, 2018
  • Plusieurs configs ne sont plus visibles
    #3157 · opened Apr 10, 2018 by Mikaël Salson   !!-bug !-important server server-admin server-config
    • CLOSED
    • 9
    updated May 28, 2020
  • Pouvoir afficher tsne sur une distance arbitraire venant du json ou d'ailleurs
    #3158 · opened Apr 10, 2018 by Mathieu Giraud   client client-grid feature
    • 0
    updated Apr 10, 2018
  • json: simple ou double quotes ?
    #3159 · opened Apr 10, 2018 by Mathieu Giraud   bikeshedding dev-policy repseq-formats
    • 0
    updated Apr 10, 2018
  • fuse.py: codec can't encode character
    #3160 · opened Apr 10, 2018 by Mikaël Salson   !!-bug client-i18n server-fuse
    • 0
    updated Apr 10, 2018
  • Vérifier le format d'IMGT
    #3161 · opened Apr 10, 2018 by Mathieu Giraud   dev-tests dev-tests-should-get repseq-IMGT repseq-formats
    • 3
    updated Apr 10, 2018
  • should: stdout/stderr
    #3162 · opened Apr 10, 2018 by Mathieu Giraud   bikeshedding dev-tests-should-get
    • CLOSED
    • 1
    updated Apr 18, 2018
  • Suite à un changement de format d'IMGT V-QUEST : il manque les % d'identité
    #3163 · opened Apr 10, 2018 by Mikaël Salson   !!-bug !!-crisis +-working bio-CLL repseq-IMGT
    • CLOSED
    • 1
    • 2
    updated Apr 17, 2018
  • N'afficher que les nucléotides qui diffèrent quand on aligne les séquences
    #3164 · opened Apr 11, 2018 by Mikaël Salson   Paris-Pitié client-aligner client-ergonomy server-cgi user-request
    • 0
    updated Oct 14, 2020
  • Ikaros : les séquences communiquées sont trop longues, voir ce qu'il faut garder
    #3165 · opened Apr 11, 2018 by Mikaël Salson   Algo -- Important   PAR-Debré bio-analyze-more bio-germlines-pseudo
    • 12
    updated May 20, 2020
  • should: erreur Unicode : mettre les slaves en UTF-8
    #3166 · opened Apr 12, 2018 by Mathieu Giraud
    • 1
    updated Apr 12, 2018
  • Inclusion de should.py
    #3167 · opened Apr 12, 2018 by Mathieu Giraud   dev-build dev-tests-should-get
    • CLOSED
    • 1
    • 0
    updated Apr 20, 2018
  • Warnings / qualité par type de manipulation ou même par utilisateur
    #3168 · opened Apr 13, 2018 by Mathieu Giraud   !-hard bio-control server-qc-stats
    • 1
    updated Sep 14, 2018
  • La liste patients met beaucoup trop de temps à se charger
    #3169 · opened Apr 13, 2018 by Mikaël Salson   !-important server server-database server-speed
    • CLOSED
    • 3
    • 33
    updated Feb 11, 2021
  • Pre-process: stocker le log en fichier et non pas en texte brut
    #3170 · opened Apr 13, 2018 by Mathieu Giraud   server server-pre-process
    • 1
    updated Apr 13, 2018
  • Statistiques multi-samples et contrôle de qualité run/sample, plan de bataille
    #3171 · opened Apr 13, 2018 by Mathieu Giraud   !-important bio-control ec-ngs server-qc-stats
    • 5
    updated Nov 27, 2019
  • Extraction d'info depuis .vidjil pour contrôleur stats
    #3172 · opened Apr 13, 2018 by Mathieu Giraud   dev-refactor server-fuse server-qc-stats
    • CLOSED
    • 2
    updated Sep 14, 2018
  • Pagination par défaut de la reqûete patients
    #3173 · opened Apr 13, 2018 by Mathieu Giraud   server-speed
    • 2
    updated Jun 18, 2020
  • La colonne groups n'affiche plus rien
    #3174 · opened Apr 13, 2018 by Mikaël Salson   !!-bug server server-groups
    • 4
    updated Jul 01, 2020
  • Documenter le processus de A à Z pour déployer sur un serveur sous Docker
    #3175 · opened Apr 13, 2018 by Mikaël Salson   dev-packaging doc server-admin server-docker
    • CLOSED
    • 5
    updated Oct 16, 2018
  • Le changement de patients via le menu patients, après demande de confirmation, est non fonctionnel
    #3176 · opened Apr 16, 2018 by Mikaël Salson   !!-bug *-go client client-database client-ergonomy
    • 0
    updated Apr 16, 2018
  • Export graph : ne pas le proposer si le graph n'est pas affiché
    #3177 · opened Apr 16, 2018 by Mikaël Salson   !!-bug *-go client-export client-graph client-grid
    • 1
    updated Sep 26, 2018
  • Ajout de samples : « specific set » est peu clair
    #3178 · opened Apr 16, 2018 by Mikaël Salson   !-reflexion bikeshedding client-ergonomy server
    • CLOSED
    • 1
    updated Apr 17, 2018
  • incohérence du champ "sets" en mode modification d'échantillon
    #3179 · opened Apr 17, 2018 by Thonier Florian   *-go client client-accessibility client-ergonomy client-info server-sample-sets
    • 1
    updated Jun 13, 2018
  • Documenter le multi-upload
    #3180 · opened Apr 17, 2018 by Mathieu Giraud   *-go doc doc-tutorial server-upload
    • CLOSED
    • 4
    updated Sep 27, 2020
  • Lancer CloneDB depuis fuse.py ou en offline
    #3181 · opened Apr 17, 2018 by Mathieu Giraud   !-reflexion app-clonedb client-speed server-fuse server-speed
    • 0
    updated Feb 14, 2019
  • Aligner "Common sets" sur "Other sets"
    #3182 · opened Apr 17, 2018 by Mathieu Giraud   *-go bikeshedding client-design client-less-css
    • 0
    updated Apr 17, 2018
  • Un sample devrait appartenir à au plus un patient et au plus un run
    #3183 · opened Apr 17, 2018 by Mathieu Giraud   bio-control client server-sample-sets
    • 1
    updated Jun 18, 2018
  • Factoriser js/form_builder.js et views/partial/file/form.html
    #3184 · opened Apr 17, 2018 by Mathieu Giraud   !-hard client dev-refactor
    • 2
    updated Apr 17, 2018
  • Requêtes SQL imbriquées
    #3185 · opened Apr 17, 2018 by Mathieu Giraud   server-database server-speed
    • 0
    updated Apr 17, 2018
  • Filtrage du BioReader pour align_against_collection : gérer le cas s'il y a peu de résultats à getMultiResults()
    #3187 · opened Apr 17, 2018 by Mikaël Salson   !-hard !-reflexion bio-e-value cpp cpp-filter-fine
    • 18
    updated Jul 12, 2018
  • Extraire buildACAutomatonToFilterBioReader et filterBioReaderWithACAutomaton vers un nouveau filter.cpp
    #3188 · opened Apr 17, 2018 by Mathieu Giraud   cpp cpp-filter-fine dev-refactor
    • CLOSED
    • 0
    updated Jun 12, 2018
  • Corriger les fuites de mémoire en lien avec le filtrage du BioReader
    #3189 · opened Apr 17, 2018 by Mikaël Salson   cpp cpp-filter-fine cpp-mem
    • CLOSED
    • 2
    updated Jun 12, 2018
  • Précéder align_against_collection de la création et du filtrage par automate
    #3190 · opened Apr 17, 2018 by Mathieu Giraud   cpp cpp-filter-fine
    • CLOSED
    • 17
    updated Jun 13, 2018
  • Voir où créer l'automate de filtrage et le transmettre dans les germlines
    #3191 · opened Apr 17, 2018 by Mathieu Giraud   cpp cpp-filter-fine
    • CLOSED
    • 3
    updated Jun 13, 2018
  • Avoir un axe "germlines dans l'ordre du locus"
    #3192 · opened Apr 17, 2018 by Mathieu Giraud   *-go bio-control bio-germlines client client-axis
    • 3
    updated Jan 20, 2021
  • Color by length
    #3193 · opened Apr 17, 2018 by Mathieu Giraud   client client-axis
    • 0
    updated Jan 15, 2019
  • Pouvoir visualiser, sans télécharger, un fichier (texte) faisant partie de la sortie d'un répertoire tmp/ d'analyse
    #3194 · opened Apr 17, 2018 by Mathieu Giraud   server
    • 6
    updated Apr 18, 2018
  • Visualisation des fichiers de résultats : le permettre aussi dans les sous-répertoires
    #3195 · opened Apr 17, 2018 by Mikaël Salson   *-go feature server server-task.py
    • 1
    updated Apr 18, 2018
  • .vidjil: better document `top` and/or make it optionnal
    #3196 · opened Apr 17, 2018 by Mathieu Giraud   doc repseq-formats server-fuse
    • 8
    updated Jul 23, 2019
  • Afficher le SHA1 du git browser et server quelque part depuis le web
    #1847 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team   +-working-dead client dev-build dev-ci priority-3-month
    • CLOSED
    • 1
    • 7
    updated Nov 22, 2019
  • should.py et tests avec utilisation conséquente du shell
    #3197 · opened Apr 18, 2018 by Mathieu Giraud   dev-tests-should-get
    • CLOSED
    • 1
    • 9
    updated Apr 20, 2018
  • Timeout de certains jobs should-get-tests en raison d'une grosse stdout
    #3198 · opened Apr 18, 2018 by Mathieu Giraud
    • 13
    updated Apr 20, 2018
  • Bug lors de l'ajout de samples à plusieurs patients
    #3199 · opened Apr 19, 2018 by Mikaël Salson   !!-bug !!-crisis !-important *-go LIL-Lille server server-sample-sets
    • CLOSED
    • 1
    • 2
    updated Jun 13, 2018
  • Supprimer un sample set supprime forcément les fichiers de séquence : laisser le choix
    #3200 · opened Apr 19, 2018 by Mikaël Salson   feature server server-sample-sets
    • CLOSED
    • 0
    updated Jun 24, 2020
  • Tests unitaires serveur sur le multi-upload
    #3201 · opened Apr 19, 2018 by Mikaël Salson   #-quality *-go dev-tests server server-sample-sets
    • 0
    updated May 24, 2018
  • Plus d'enregistrement du first login/last login
    #3202 · opened Apr 20, 2018 by Thonier Florian   !!-bug client client-database server server-admin
    • CLOSED
    • 1
    • 3
    updated Oct 02, 2018
  • Fail de should ?
    #3205 · opened Apr 20, 2018 by Mathieu Giraud   +-working
    • 2
    updated Apr 20, 2018
  • Repasser sur les tests .should en bénéficiant des nouvelles syntaxes
    #3206 · opened Apr 20, 2018 by Mathieu Giraud   dev-refactor dev-tests-should-get
    • 8
    updated Aug 21, 2020
  • Compléter le test sur getMultiResults qui n'avait pas été terminé
    #3208 · opened Apr 26, 2018 by Cyprien Borée   cpp-filter-fine dev-tests
    • CLOSED
    • 1
    updated Jun 12, 2018
  • Créer un cas de test pour getMultiResults où la séquence à tester est plus courte que celles représentées par les K-mers
    #3209 · opened Apr 26, 2018 by Cyprien Borée   cpp-aho cpp-filter-fine dev-tests
    • CLOSED
    • 1
    updated Jun 12, 2018
  • Créer un test fonctionnel pour le filtrage de BioReader
    #3210 · opened Apr 26, 2018 by Cyprien Borée   Algo 2018.08   cpp-filter-fine dev-tests-should-get
    • CLOSED
    • 1
    • 3
    updated Jul 11, 2018
  • Cas d'usages et tests avant nouvelle feautre
    #3211 · opened Apr 27, 2018 by Mathieu Giraud   #-crisis-prevention dev-policy
    • 0
    updated Apr 27, 2018
  • modifier la méthode insert de automaton pour mettre l'information dans les différentes étapes de l'automate
    #3212 · opened Apr 27, 2018 by Cyprien Borée   cpp cpp-aho cpp-filter-fine
    • CLOSED
    • 1
    updated May 15, 2018
  • Éditer un sample qui possède un pre-process empêche de relancer une analyse dessus
    #3213 · opened May 03, 2018 by Mikaël Salson   !!-bug server server-pre-process server-task.py
    • CLOSED
    • 1
    • 1
    updated Sep 24, 2019
  • La recherche de recombinaisons inattendues n'utilise pas les version +up et +down des germlines
    #3214 · opened May 03, 2018 by Mikaël Salson   Algo -- Important   LIL-Lille bio-analyze-more bio-germlines-pseudo cpp
    • 1
    • 2
    updated May 20, 2020
  • Controleur qui renvoie ou met à disposition un .zip de tous les fastq + métadonnées
    #3215 · opened May 11, 2018 by Mathieu Giraud   bio-control feature server
    • 0
    updated May 11, 2018
  • Utilisation des séquences "cibles"
    #3216 · opened May 11, 2018 by Thonier Florian   !-reflexion PAN-Necker app-clonedb client cpp data feature user-request
    • 1
    updated May 11, 2018
  • Filtrage par automate: prendre les N meilleures séquences
    #3217 · opened May 15, 2018 by Mathieu Giraud   cpp-filter-fine cpp-speed
    • CLOSED
    • 23
    updated Jun 13, 2018
  • Supprimer les k-mers non significatifs ?
    #3218 · opened May 15, 2018 by Mathieu Giraud   !-reflexion cpp-filter-fine
    • 0
    updated Feb 21, 2020
  • Fusion de reads : essayer Flash (et BBMerge ?)
    #3219 · opened May 15, 2018 by Mikaël Salson   !-reflexion #-legal server-pre-process
    • CLOSED
    • 28
    updated Mar 20, 2020
  • tous les sample sont affichés en deleted lors d'une analyse clntab/vidjil
    #3220 · opened May 16, 2018 by Thonier Florian   !!-bug client server server-config server-database
    • 3
    updated May 16, 2018
  • Valeurs triées en deux parties avec des histogrammes mélangeant entiers et flottants
    #3221 · opened May 16, 2018 by Mikaël Salson   !!-bug !-important client client-axis client-bar repseq-igrec
    • CLOSED
    • 4
    updated Aug 14, 2018
  • vue commune pour les preprocess de merge
    #3222 · opened May 17, 2018 by Thonier Florian   !-reflexion client server server-pre-process
    • 0
    updated May 17, 2018
  • Évaluer la spécificité du filtrage
    #3223 · opened May 17, 2018 by Mikaël Salson   Algo 2018.08   cpp cpp-filter-fine
    • CLOSED
    • 34
    updated Jul 09, 2018
  • Lors du filtrage : décaler les valeurs des KmerAffect supérieures à AMBIGUOUS ou UNKNOWN
    #3224 · opened May 22, 2018 by Mikaël Salson   !!-bug cpp cpp-filter-fine
    • CLOSED
    • 4
    updated Jun 12, 2018
  • Filtrage par automate : prendre les N meilleures séquences et leurs « voisines »
    #3225 · opened May 22, 2018 by Mikaël Salson   Algo 2018.09   !-reflexion cpp cpp-filter-fine math-stats
    • CLOSED
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    updated Oct 10, 2018
  • Ne plus générer de paquets Debian
    #3226 · opened May 23, 2018 by Mathieu Giraud   dev-build dev-packaging
    • 0
    updated May 23, 2018
  • Filtrage des germlines : évaluer le temps pris par l'alignement
    #3227 · opened May 24, 2018 by Mikaël Salson   cpp cpp-filter-fine cpp-speed
    • 3
    updated Jun 06, 2018
  • Nomenclature ERG
    #3229 · opened May 25, 2018 by Mathieu Giraud   Algo -- Important   bikeshedding bio-germlines
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    updated May 20, 2020
  • Vérification de l'intégrité des données
    #3230 · opened May 25, 2018 by Mathieu Giraud   !-security server server-upload
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    updated Jul 30, 2020
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