Issues · vidjil / vidjil · GitLab

Supprimer les fichiers fused si aucun résultat n'existe plus avec cette config

#2486 · created May 23, 2017 by Mikaël Salson !!-bug *-go server server-fuse
- 0
updated Jul 12, 2018
Mettre un verrou tant que des fichiers sont en cours de run/upload pour ne pas lancer fuse ?

#2479 · created May 22, 2017 by Mikaël Salson !-hard !-reflexion server server-fuse server-speed
- 5
updated Nov 26, 2021
Uploader un fichier FASTA avec des séquences d'intérêt, les nommer, identifier les manquantes

#1007 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team !-reflexion REN-Rennes bio-analyze-more bio-mrd client feature priority-3-month repseq-Nikos server-fuse
- 0
updated Dec 11, 2020
Ajouter un clone et relance de fuse

#2602 · created Aug 30, 2017 by Mathieu Giraud !-hard !-reflexion LIL-Lille client-virtual-clone server-fuse user-request
- 2
updated Nov 26, 2021
Samples dans plusieurs sample sets et .analysis : documenter

#2790 · created Nov 15, 2017 by Mathieu Giraud doc server-fuse server-sample-sets
- 3
updated Nov 17, 2017
Utilisation de IGoR sur quelques séquences pour affichage dans le client

#2873 · created Nov 22, 2017 by Mathieu Giraud client repseq-formats repseq-platform server-fuse
- 0
updated Nov 22, 2017
warnings et fuse : une entrée par sample

#3058 · created Feb 20, 2018 by Mathieu Giraud *-go bio-control client-warning server-fuse
- 2
updated Mar 06, 2019
Évolution clonale : changement de V (V switch), similarité VDJ-aware

#1726 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team BRU-Bruxelles Boldrini-Brasil LIL-Lille PAR-Debré bio-analyze-more feature server-fuse user-request
- 7
updated Jun 17, 2022
Récupérer des infos des pré-process : mécanisme

#3154 · created Apr 09, 2018 by Mathieu Giraud !-hard #-quality bio-control repseq-formats server-database server-fuse server-pre-process server-task.py
- 15
updated Oct 07, 2021
fuse.py: codec can't encode character

#3160 · created Apr 10, 2018 by Mikaël Salson !!-bug client-i18n server-fuse
- 0
updated Apr 10, 2018
Lancer CloneDB depuis fuse.py ou en offline

#3181 · created Apr 17, 2018 by Mathieu Giraud !-reflexion app-clonedb client-speed server-fuse server-speed
- 0
updated Feb 14, 2019
.vidjil: better document `top` and/or make it optionnal

#3196 · created Apr 17, 2018 by Mathieu Giraud doc repseq-formats server-fuse
- 8
updated Jul 23, 2019
Chargement total de .vidjil avec ijson

#3234 · created May 30, 2018 by Mathieu Giraud server-fuse
- 1
updated Aug 07, 2018
Chargement partiel de .vidjil avec ijson

#3235 · created May 30, 2018 by Mathieu Giraud server-fuse server-speed
- 1
updated Aug 07, 2018
fuse.py / ijson: merge de gros fichiers en O(top) en mémoire

#3236 · created May 30, 2018 by Mathieu Giraud server-fuse server-speed
- 0
updated Jul 23, 2018
fuse.py, et champs à merger comme diversity

#3254 · created Jun 04, 2018 by Mathieu Giraud dev-refactor server-fuse
- 0
updated Jan 10, 2019
Export csv depuis fuse.py

#3256 · created Jun 05, 2018 by Mathieu Giraud client-export priority-1-low server-fuse
- 3
updated Jan 10, 2019
tools/defs.py : ne plus le versionner (et .sample, docker) 0 of 2 tasks completed

#3676 · created Jan 15, 2019 by Mikaël Salson *-go server-docker server-fuse server-sysadmin
- 1
updated Feb 09, 2021
Soustraire les clones communs à deux échantillons / comparaison de répertoires

#3828 · created Mar 19, 2019 by Mathieu Giraud Amiens-Nordine client client-filter server-compare-samples server-fuse user-request
- 2
updated Jun 29, 2022
Comment calculer les informations à stocker pour des données pairées ou single-cell ?

#3853 · created Mar 20, 2019 by Mikaël Salson !-reflexion bio-paired-chains server-fuse
- 0
updated Mar 20, 2019
Comparaison / overlap de répertoires : combien de clones ?

#3855 · created Mar 21, 2019 by Mathieu Giraud !-reflexion LIL-Immuno bio-immuno cpp-filter-fine essen-uk math-stats server-fuse user-request
- 8
updated Apr 08, 2019
Analyse FAILED avec un résultat

#3862 · created Mar 22, 2019 by Anne de Septenville !!-bug Paris-Pitié server server-fuse server-task.py
- 6
updated Mar 25, 2019
fuse.py: quelle séquence conserver ? plus grande, meilleur top, plus de reads ?

#3970 · created Aug 20, 2019 by Thonier Florian !-reflexion Lausanne Paris-Pitié cpp-representative feature server-fuse
- 23
updated May 20, 2022
Définition des axes dans fuse.py

#3971 · created Aug 20, 2019 by Mathieu Giraud !-reflexion bikeshedding client-axis server-fuse
- 7
updated Oct 23, 2019
fuse.py: supprimer l'ancien 'distribution' ?

#3976 · created Sep 10, 2019 by Mathieu Giraud dev-dead-code server-fuse
- 1
updated Sep 10, 2019
fuse.py: args.multi dead code ?

#3980 · created Sep 13, 2019 by Mathieu Giraud dev-dead-code server-fuse
- 1
updated Sep 13, 2019
Arrondis et distributions

#3986 · created Sep 25, 2019 by Mathieu Giraud !-reflexion client-axis client-bar server-fuse
- 3
updated Nov 26, 2019
Distributions et noms des axes

#4021 · created Oct 24, 2019 by Mathieu Giraud bikeshedding client-axis client-virtual-clone doc server-fuse
- 3
updated Oct 31, 2019
Taille des .vidjil en -y all

#4036 · created Nov 06, 2019 by Mathieu Giraud Algo -- Important !-reflexion *-go cpp cpp-export server-fuse
- 7
updated Apr 06, 2021
original_names ne peut pas être correctement renseigné avec des fichiers AIRR

#4174 · created Feb 11, 2020 by Mikaël Salson repseq-formats-airr server server-fuse
- 2
updated Mar 03, 2020
Fuse plante parfois : “Unterminated string starting at”

#4259 · created Apr 22, 2020 by Mikaël Salson !!-bug server-fuse server-task.py
- 4
updated Apr 29, 2020
getFusedStats : récupère-t-on les bonnes infos ?

#4291 · created May 14, 2020 by Mikaël Salson server-fuse server-qc-stats
- 4
updated Jun 08, 2020
TOOL_SIMILARITY in fuse.py

#4299 · created May 26, 2020 by Mathieu Giraud dev-dead-code server-fuse
- 0
updated May 26, 2020
Ouvrir un seul sample; lien dans le menu pour revenir aux sets parents

#4367 · created Jun 22, 2020 by Thonier Florian client client-database client-ergonomy feature server-fuse
- 3
updated Jun 23, 2020
Séquence consensus incomplète analyse comparée

#4427 · created Jul 28, 2020 by Anne de Septenville Paris-Pitié cpp cpp-representative server-fuse
- 2
updated Apr 08, 2021
fuse.py : se souvenir de tous les clones, mais ne pas les sortir ?

#4445 · created Aug 03, 2020 by Mathieu Giraud cpp-mem server-fuse
- 0
updated Aug 03, 2020
Index d'overlaps: une seule fonction dans fuse.py ?

#4454 · created Aug 07, 2020 by Mathieu Giraud !-easy !-reflexion bio-diversity dev-refactor server-fuse
- 2
updated Sep 03, 2020
Fuse en python3

#4455 · created Aug 07, 2020 by Mathieu Giraud dev-refactor server-fuse
- 1
- 1
updated Jun 29, 2022
fuse.py, autres prog python: PEP8

#965 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team dev-policy dev-tests priority-1-low server-fuse
- 1
updated Aug 20, 2019
Nommer des séquences d'intérêt (super utile pour pool de patients, pour standards, pour clones connus)

#1008 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team !-reflexion KIE-Kiel REN-Rennes client feature priority-3-month repseq-Nikos server-fuse sub
- 2
updated Nov 19, 2021
Voir les séquences manquantes par rapport à un fichier d'intérêt

#1009 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team !-reflexion REN-Rennes bio-analyze-more bio-mrd client feature priority-3-month repseq-Nikos server-fuse sub
- 0
updated Dec 11, 2020
Réécrire fuse.py : .py, node.js, .js, c++ ?

#1029 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team !-reflexion old_tracker server-fuse wont-fix
- 1
updated Jun 12, 2019
Python 3 pour web2py / web3py

#1345 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team client-i18n dev-policy priority-1-low server server-fuse
- 6
updated Jun 29, 2022
Gérer dans le fuse un ensemble de gènes V, D, J par clone

#1410 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team client priority-2 server-fuse sub
- 1
updated Nov 20, 2018
fuse.py: si le fichier .vidjil est malformé, erreur propre

#1441 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team dev-robust old_tracker priority-1-low server-fuse
- 2
- 0
updated Jun 20, 2022
clones : null si pas de clones

#1773 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team !!-bug cpp priority-2 repseq-formats server-fuse
- 1
- 5
updated Feb 03, 2020
Afficher certaines séquences particulières, même en-dessous du -t

#1996 · created Nov 29, 2016 by Vidjil Team !-reflexion BRI-Bristol bio-analyze-more bio-mrd client feature priority-2 server-fuse
- 4
updated Jun 11, 2020
Afficher sur la page patient/sample_set les résultats/configs lancés

#2036 · created Dec 02, 2016 by Mathieu Giraud client-database client-ergonomy server-database server-fuse server-sample-sets
- 4
updated Mar 14, 2017
Stocker les informations de pairage des chaînes / de single cell

#2344 · created Apr 07, 2017 by Mikaël Salson !-reflexion bio-barcodes-umi bio-paired-chains repseq-formats server-fuse
- 7
updated Dec 13, 2019
Fuse de fichier avec des windows mix de 50 et 60 nt

#4554 · created Nov 06, 2020 by Thonier Florian !!-bug feature server-fuse
- 3
updated Nov 06, 2020
Comment relancer les fuse sur un serveur

#4579 · created Nov 23, 2020 by Thonier Florian !-reflexion feature server server-api server-fuse
- 1
updated Nov 23, 2020
fuse.py: --post

#4688 · created Feb 10, 2021 by Mathieu Giraud server-fuse
- 0
updated Feb 10, 2021
Pouvoir affiché plus de clones pour les données de capture

#4802 · created May 27, 2021 by Thonier Florian !-reflexion client feature server-config server-fuse
- 0
updated May 27, 2021
Si le post process échouel, les analyses sont quand même disponible pour le fuse

#4876 · created Oct 06, 2021 by Thonier Florian server server-fuse
- 0
updated Oct 06, 2021
Pouvoir creer un fichier de séquences taggées depuis la database

#4912 · created Nov 23, 2021 by Thonier Florian client-tags server server-database server-fuse server-upload
- 0
updated Nov 23, 2021
fuse.py; modifications pour les distributions

#4917 · created Nov 26, 2021 by Thonier Florian app-stats server server-fuse
- 1
- 0
updated Nov 26, 2021
fuse.py: se souvenir du numéro du sample duquel on prend une séquence

#5030 · created May 20, 2022 by Mathieu Giraud server-fuse
- 0
updated May 20, 2022
Fuse, pouvoir ne retenir que les clones présents dans 2 échantillons (au moins ou strict)

#5050 · created Jun 29, 2022 by Thonier Florian server server-config server-fuse
- 0
updated Jul 01, 2022