Issues · vidjil / vidjil

New issue

Réduire le nombre de requêtes pour la requête Sample_Set

#2475 · opened May 19, 2017 by Ryan Herbert !-important !-reflexion +-working-dead server server-database server-speed
- 1
- 3
updated Dec 17, 2019
sample_set.delete() ne devrait généralement pas supprimer les samples et les résultats

#2591 · opened Aug 25, 2017 by Mathieu Giraud !-important !-security *-go server
- 5
updated Jun 25, 2020
La liste des fichiers pour un compare patients/sets met trop de temps à s'afficher.

#2494 · opened May 23, 2017 by Ryan Herbert !-important +-merge server server-speed
- 9
updated Apr 13, 2018
Supprimer les fichiers fused si aucun résultat n'existe plus avec cette config

#2486 · opened May 23, 2017 by Mikaël Salson !!-bug *-go server server-fuse
- 0
updated Jul 12, 2018
Killer les processus en timeout

#2213 · opened Mar 02, 2017 by Mikaël Salson !!-bug *-go server server-task.py
- 5
updated May 12, 2020
Notifications zombies

#1791 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team !!-bug *-go client-notifications priority-3-month server
- 2
updated Nov 09, 2017
La recherche de patients prend trop de temps

#2295 · opened Mar 30, 2017 by Mikaël Salson !-hard !-important *-go server server-speed
- 10
updated Dec 17, 2019
Compare patients : checkbox pour n'afficher que les analyses les plus récentes par config

#2268 · opened Mar 20, 2017 by Thonier Florian *-go LIL-Lille client-database doc server server-ergonomy
- 12
updated Feb 28, 2019
Filtrer la liste des sample_sets par groupe

#2146 · opened Jan 31, 2017 by Mikaël Salson *-go BRU-Bruxelles server server-ergonomy server-groups server-sample-sets
- 0
updated Feb 28, 2019
Nom du serveur dans modules/defs.py

#2046 · opened Dec 07, 2016 by Mathieu Giraud *-go server server-hosting
- 3
updated Sep 22, 2017
Clarifier ce que fait chaque config, éventuellement les renommer

#1944 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team Déploiement 2020.06 *-go beware-migration bikeshedding com com-first-time-user doc priority-2 server server-config support-policy
- 31
updated Jun 10, 2020
Mettre un verrou tant que des fichiers sont en cours de run/upload pour ne pas lancer fuse ?

#2479 · opened May 22, 2017 by Mikaël Salson !-hard !-reflexion server server-fuse server-speed
- 3
updated Aug 22, 2017
Le lien logout ne redirige pas correctement

#2477 · opened May 22, 2017 by Mikaël Salson Web 2018.01 !!-bug +-merge dev-dead-code server
- 1
- 21
updated Sep 23, 2020
Surveiller périodiquement les erreurs / tickets sur le serveur + nettoyer

#1647 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team Dec 13, 2016 !!-bug priority-3-month server server-hosting ⟳-recurring-issue
- 2
updated Jul 05, 2017
Donner accès aux fichiers produits par les pre-process

#2143 · opened Jan 30, 2017 by Mathieu Giraud client-export feature server server-pre-process
- 1
updated Jan 08, 2019
Doc pour Ngnix

#2083 · opened Dec 27, 2016 by Mathieu Giraud doc server server-hosting
- 1
updated Jul 05, 2017
Permettre des OR dans les requêtes de recherche de sample sets ou samples

#2171 · opened Feb 08, 2017 by Mathieu Giraud !-reflexion REN-Rennes bio-metadata server server-sample-sets
- 0
updated Jul 10, 2017
Pouvoir chercher dans la liste des utilisateurs

#1780 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team *-go client-autocomplete priority-2 server server-admin server-ergonomy
- 2
updated Sep 23, 2020
Doit on ajouter le créateur du groupe au groupe en question ?

#2575 · opened Aug 23, 2017 by Ryan Herbert !-reflexion server server-auth server-groups
- 0
updated Dec 19, 2017
La vue user/info n'a pas de liens fonctionnels

#2576 · opened Aug 23, 2017 by Ryan Herbert server server-admin server-ergonomy server-groups
- 0
updated Feb 28, 2019
Une erreur serveur se produit lorsqu'on essaye d'ajouter un dossier depuis le network

#2577 · opened Aug 23, 2017 by Ryan Herbert !!-bug *-go server
- 0
updated Aug 23, 2017
Supprimer un fichier sans results ne doit pas proposer de conserver les résults

#2578 · opened Aug 23, 2017 by Ryan Herbert !!-bug *-go server
- 0
updated Jan 10, 2019
Supprimer un process ne supprime pas le scheduler_task associé

#2579 · opened Aug 23, 2017 by Ryan Herbert !!-bug !-reflexion server server-task.py
- 0
updated Aug 07, 2020
delete() dans patient.py et run.py

#2592 · opened Aug 25, 2017 by Mathieu Giraud dev-refactor server
- 0
updated Aug 25, 2017
Admin: Liste des jobs en attente, en cours depuis l'interface admin

#2605 · opened Sep 01, 2017 by Thonier Florian LIL-Lille feature server server-admin server-task.py
- 3
updated Sep 23, 2020
My Account : liste des derniers jobs depuis l'interface d'un utilisateur

#2606 · opened Sep 01, 2017 by Thonier Florian *-go Paris-Pitié client-database client-menu server server-auth server-ergonomy server-my-account user-request
- 7
updated Sep 24, 2020
ajouter information sur les patients ouvert par un utilisateur dans la database

#2609 · opened Sep 01, 2017 by Thonier Florian !-reflexion feature server server-database server-task.py
- 0
updated Sep 01, 2017
.vidjil file list provoque une erreur serveur

#2617 · opened Sep 08, 2017 by Mikaël Salson !!-bug *-go server
- 1
updated Sep 08, 2017
Choses à vérifier lors d'une mise à jour serveur

#2691 · opened Oct 06, 2017 by Mathieu Giraud #-crisis-prevention server
- 1
updated Oct 06, 2017
Avoir des tests sur user_group.py

#2711 · opened Oct 11, 2017 by Mikaël Salson Web 2018.01 !-important *-go dev-tests server
- 1
updated Nov 16, 2017
Supprimer l'association d'un sample à un patient fait une server error

#2719 · opened Oct 12, 2017 by Mathieu Giraud !!-bug server
- 4
updated Oct 16, 2017
Faire un "compare" sur un seul sample

#2726 · opened Oct 13, 2017 by Ryan Herbert +-deploy Paris-Pitié server server-compare-samples server-fuse user-request
- 2
- 14
updated Oct 28, 2019
fuse avec un fichier inexistant (deleted)

#2736 · opened Oct 19, 2017 by Thonier Florian !!-bug server server-database server-fuse server-sample-sets
- 2
updated Nov 16, 2017
Login ne met pas d'erreur si mauvais login/mot de passe

#1113 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team *-go client-database com-first-time-user priority-2 server server-auth
- 4
updated Sep 24, 2020
Organiser les sample_sets par projet pour accélérer les requêtes

#2747 · opened Oct 23, 2017 by Ryan Herbert !-hard !-reflexion dev-refactor server server-auth server-database server-speed
- 4
updated Sep 23, 2020
Message d'alerte non diffusé vers https

#2752 · opened Oct 24, 2017 by Thonier Florian !!-bug client client-ergonomy server server-config
- 3
updated Oct 24, 2017
Scripts et print de python3

#2758 · opened Oct 26, 2017 by Mathieu Giraud server server-monitor
- 0
updated Oct 26, 2017
Sauvegarder la db à la fois en .csv et en .sql

#2762 · opened Oct 27, 2017 by Mathieu Giraud !-security *-go server server-backup
- 6
updated Mar 29, 2018
Décalage dans les login de connexion

#2773 · opened Nov 10, 2017 by Thonier Florian !!-bug client server
- 3
updated Nov 23, 2017
API URL: d'autres services utiles, côté serveur

#2794 · opened Nov 15, 2017 by Mathieu Giraud !-reflexion client-api server server-admin
- 1
updated Nov 16, 2017
Authentification par LDAP

#2062 · opened Dec 13, 2016 by Thonier Florian !-reflexion !-security #-vidjilnet feature server server-auth server-hosting server-integration
- 5
updated Feb 05, 2020
Priorités sur le serveur et 'Could not connect to database'

#1446 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team !-hard !-reflexion priority-2 server server-hosting server-speed
- 0
updated Nov 22, 2017
Redémarrer les workers de manière systématique après une mise en production

#2322 · opened Apr 04, 2017 by Mikaël Salson server server-hosting
- 3
updated Nov 22, 2017
Configuration de logrotate dans le paquet serveur

#2001 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team priority-2 server server-hosting
- 2
updated Nov 22, 2017
Un pre-process en timeout apparaît toujours running

#1989 · opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team !!-bug priority-2 server server-ergonomy server-pre-process
- 2
updated Feb 28, 2019
Création batch de plusieurs patients/runs/sets

#2878 · opened Nov 22, 2017 by Mathieu Giraud Paris-Pitié server server-sample-sets user-request
- 14
updated Sep 24, 2020
Erreur serveur à la suppression de sample sets

#2893 · opened Nov 23, 2017 by Mikaël Salson !!-bug MON-Monza PAN-Necker REN-Rennes server server-sample-sets
- 3
updated Sep 24, 2018
Admin / My Account : controleur et vue pour connaître son nombre d'échantillons/patients/runs/sets

#2951 · opened Dec 13, 2017 by Mathieu Giraud #-vidjilnet server server-auth server-my-account
- 2
updated Sep 24, 2020
My Account: informations sur les groupes

#2952 · opened Dec 13, 2017 by Mathieu Giraud LIL-Lille server server-auth server-my-account user-request user-traceability
- 1
updated Sep 24, 2020
My Account: accès à ses préférences

#2953 · opened Dec 13, 2017 by Mathieu Giraud client-custom server server-auth server-my-account
- 1
updated Sep 24, 2020
Demander confirmation avant de mettre un patient/run/set en public

#2956 · opened Dec 19, 2017 by Mathieu Giraud #-crisis-prevention #-sensible server server-admin
- 0
updated Dec 19, 2017
Avoir un mysql.log

#2957 · opened Dec 19, 2017 by Mathieu Giraud !-reflexion server server-database server-monitor server-speed wont-fix
- 12
updated Dec 19, 2017
Avoir un mysql-write.log, INSERT et UPDATE

#2958 · opened Dec 19, 2017 by Mathieu Giraud *-go server server-database server-monitor
- 1
updated Dec 19, 2017
Groupe public géré par web2py

#2959 · opened Dec 19, 2017 by Mathieu Giraud !-reflexion dev-refactor server server-auth server-groups
- 1
updated Jan 08, 2018
Améliorer le calcul du nombre de patients/runs créés

#2969 · opened Dec 27, 2017 by Ryan Herbert server
- 0
updated Dec 27, 2017
Rajouter "real info" pour les permissions par défaut lors de la création des utilisateurs

#3001 · opened Jan 19, 2018 by Mathieu Giraud *-go server server-auth server-groups server-permissions support-policy
- 1
- 3
updated Mar 12, 2019
Le bouton « from IMGT » échoue parfois et provoque une erreur serveur

#3007 · opened Jan 23, 2018 by Mikaël Salson !!-bug repseq-IMGT server
- 0
updated Jan 23, 2018
Stats : controlleur 'stats' vs controlleur 'compare patients' vs controlleur 'set'

#3064 · opened Feb 27, 2018 by Mathieu Giraud !-reflexion dev-refactor server
- 0
updated Feb 27, 2018
Empecher la modifications d'un patient lorsque des analyses sont en attente

#3069 · opened Mar 02, 2018 by Thonier Florian !-reflexion client feature server server-ergonomy server-monitor server-speed
- 3
updated Mar 15, 2019
Mise en cache de l'autocompletion des samples sets : problème des mises à jour

#3070 · opened Mar 02, 2018 by Thonier Florian !!-bug client-autocomplete client-database server server-sample-sets
- 5
updated Jan 23, 2020
Contrôleurs obsolètes/inutilisés dans results_file.py

#3075 · opened Mar 06, 2018 by Mikaël Salson !-reflexion !-security dev-dead-code dev-tests server
- 1
updated Mar 07, 2018
Comment creer un groupe de fusion pour faire des partages ou réunion

#3081 · opened Mar 12, 2018 by Thonier Florian !-reflexion LIM-Limoges client feature server server-admin server-database user-request
- 1
updated Mar 15, 2018
Pear et/ou le scheduler tombe en echec lors du dump

#3088 · opened Mar 19, 2018 by Thonier Florian doc server server-pre-process
- 3
updated Mar 20, 2018
Le filtrage par tag n'est pas cohérent entre la liste des sample sets et le compare samples

#3094 · opened Mar 21, 2018 by Mikaël Salson *-go client-tags server server-ergonomy
- 0
updated Feb 28, 2019
Le compare samples ne fonctionne pas sur dev

#3095 · opened Mar 21, 2018 by Mikaël Salson !!-bug server
- 0
updated Mar 21, 2018
Empêcher la validation du formulaire d'upload de samples si les champs fichiers ne sont pas renseignés

#3096 · opened Mar 22, 2018 by Mikaël Salson server server-sample-sets server-upload
- 0
updated Mar 22, 2018
ajouter des exceptions aux timeout

#3110 · opened Mar 28, 2018 by Thonier Florian !-reflexion client server server-speed
- 4
updated Mar 28, 2018
Indiquer clairement que des messages se cachent derrière les notifications serveurs

#3153 · opened Apr 09, 2018 by Mikaël Salson client-ergonomy client-notifications server
- 0
updated Apr 09, 2018
La liste patients met beaucoup trop de temps à se charger

#3169 · opened Apr 13, 2018 by Mikaël Salson !-important server server-database server-speed
- 2
- 33
updated Sep 24, 2020
Pre-process: stocker le log en fichier et non pas en texte brut

#3170 · opened Apr 13, 2018 by Mathieu Giraud server server-pre-process
- 1
updated Apr 13, 2018
La colonne groups n'affiche plus rien

#3174 · opened Apr 13, 2018 by Mikaël Salson !!-bug server server-groups
- 4
updated Jul 01, 2020
Pouvoir visualiser, sans télécharger, un fichier (texte) faisant partie de la sortie d'un répertoire tmp/ d'analyse

#3194 · opened Apr 17, 2018 by Mathieu Giraud server
- 6
updated Apr 18, 2018
Visualisation des fichiers de résultats : le permettre aussi dans les sous-répertoires

#3195 · opened Apr 17, 2018 by Mikaël Salson *-go feature server server-task.py
- 1
updated Apr 18, 2018
Tests unitaires serveur sur le multi-upload

#3201 · opened Apr 19, 2018 by Mikaël Salson #-quality *-go dev-tests server server-sample-sets
- 0
updated May 24, 2018
Controleur qui renvoie ou met à disposition un .zip de tous les fastq + métadonnées

#3215 · opened May 11, 2018 by Mathieu Giraud bio-control feature server
- 0
updated May 11, 2018
tous les sample sont affichés en deleted lors d'une analyse clntab/vidjil

#3220 · opened May 16, 2018 by Thonier Florian !!-bug client server server-config server-database
- 3
updated May 16, 2018
vue commune pour les preprocess de merge

#3222 · opened May 17, 2018 by Thonier Florian !-reflexion client server server-pre-process
- 0
updated May 17, 2018
Vérification de l'intégrité des données

#3230 · opened May 25, 2018 by Mathieu Giraud !-security server server-upload
- 1
updated Jul 30, 2020
Upload qui provoque un "missing id" : d'où vient-il ?

#3253 · opened Jun 04, 2018 by Thonier Florian !!-bug client client-database server server-database server-upload
- 10
updated Jun 08, 2018
Ne pas accepter d'ajouter un sample avec un seul fichier quand le pre-process en demande deux

#3323 · opened Jun 22, 2018 by Mathieu Giraud server server-pre-process
- 1
updated Jul 04, 2018
La redirection de /vidjil/default/index ne fonctionne pas toujours comme prévu

#3345 · opened Jul 06, 2018 by Ryan Herbert !!-bug server
- 0
updated Jul 06, 2018
Stocker en base de données tous les accès

#3374 · opened Jul 13, 2018 by Mikaël Salson !-security #-quality #-vidjilnet server server-database server-logs
- 6
updated Jan 08, 2019
La page des logs est trop longue à charger : la paginer

#3375 · opened Jul 13, 2018 by Mikaël Salson server server-database server-ergonomy server-speed
- 1
updated Feb 28, 2019
Données complètement anonymes sur le serveur

#3378 · opened Jul 13, 2018 by Mathieu Giraud #-privacy server server-admin server-database
- 2
updated Jan 10, 2019
Pas de résultat visible avec des runs COMPLETED

#3400 · opened Jul 19, 2018 by Ryan Herbert !!-bug LIL-Lille server server-task.py
- 2
updated Jul 19, 2018
Liste de tests fonctionnels server 16 of 62 tasks completed

#3401 · opened Jul 19, 2018 by Ryan Herbert dev-robust dev-tests-watir server
- 1
- 4
updated Jun 19, 2020
Décoration des champs du contrôleur multi samples

#3407 · opened Jul 20, 2018 by Mikaël Salson server server-ergonomy server-sample-sets
- 2
updated Feb 28, 2019
Compare sample : depuis la liste globale pour une même config on ne voit que le plus ancien résultat

#3412 · opened Jul 20, 2018 by Mikaël Salson !!-bug server server-compare-last-results server-compare-samples
- 7
updated Feb 27, 2019
serveur delocalisé; problème à l'installation; job coincés en queue

#3445 · opened Aug 31, 2018 by Thonier Florian doc repseq-community server server-admin user-request
- 2
updated Aug 31, 2018
Point sur les problèmes rencontré avec docker

#3458 · opened Sep 14, 2018 by Thonier Florian dev-packaging server server-docker
- 1
updated Jan 10, 2019
Avoir un fichier de conf constant pour les updates de docker

#3459 · opened Sep 14, 2018 by Thonier Florian !-reflexion *-go server server-docker
- 8
updated Jul 27, 2020
Pouvoir couper les accès sur le serveur

#3482 · opened Sep 25, 2018 by Mathieu Giraud client-notifications server server-admin
- 2
updated Sep 25, 2018
Filtrage sur le nom uniquement par défaut

#3541 · opened Oct 09, 2018 by Mikaël Salson server server-ergonomy server-sample-sets
- 1
updated Feb 28, 2019
Tests serveurs unitaires : un même sample set utilisé deux fois ?

#3547 · opened Oct 12, 2018 by Mikaël Salson dev-tests server
- 1
updated Oct 15, 2018
bouton dans l'interface pour relancer le swheduler web2py

#3554 · opened Oct 16, 2018 by Thonier Florian !-reflexion feature server server-admin server-ergonomy
- 1
- 6
updated Feb 28, 2019
Scheduler : Error cleaning up

#3558 · opened Oct 16, 2018 by Ryan Herbert !!-bug server server-task.py
- 17
updated Aug 22, 2019
Page de connexion sur serveurs externes

#3576 · opened Oct 18, 2018 by Mathieu Giraud priority-1-low server server-admin
- 2
updated Oct 18, 2018
Rafraîchir automatiquement la page de la DB pour voir la progression des jobs.

#3579 · opened Oct 18, 2018 by Mathieu Giraud priority-1-low server
- 5
updated Nov 21, 2018
Les tests serveurs échouent : gpg: keyserver receive failed

#3610 · opened Nov 06, 2018 by Mikaël Salson *-go dev-tests server server-docker
- 1
- 16
updated Sep 23, 2020
Signaler à l'utilisateur que son fichier FAILED a un soucis

#3611 · opened Nov 07, 2018 by Mathieu Giraud server
- 5
updated Nov 12, 2018