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  • #998

Closed
Open
Opened Nov 29, 2016 by Vidjil Team@vidjilteamMaintainer

Comparer plusieurs samples : log-log

Scénarios :

  • labos différents (qc)
  • logiciels différents
  • patients différents
  • barcodes différents
  • même patient, système différent (ok, fait, généraliser ou pas ?)

3d ? axe générique ?

visualisation +, de manière plus quantitative, commun / absents


Point à discuter tous ensemble


  • Liste avec le diff (genre TP/FP/FN)
  • Scatterplot en courbe log/log ? (Et on peut cliquer et comparer les points)

Le scatterplot serait déjà très utile pour comparer deux timepoints


Quoique... le graphe est très bien pour cela, et permet de faire plein de points en même temps


Th. Linggner suggérait (mail 14 déc) : "- a venn diagram showing the overlap of clones in two genotypes (based on the top 100 clones) and the proportion of reads for the top 20 clones (we merged the samples of the genotypes)"

On pourrait effectivement rajouter un Venn. (Et cela donne envie d'avoir le Venn pour tous les clones, mais cela demanderait un lancement particulier de fuse avec une sortie particulière pour pas qu'elle soit trop grosse)


Proposition, sans faire de Venn (trop binaire) : avoir une courbe log-log.

Pour cela, il suffirait d'avoir un axe "size" d'un autre point que le point sélectionné, et donc de faire un graphe "size" (le point sélectionné) / "size" (l'autre).

Aïe, comment référencer un autre point ?

  • facile : en statique, on pourrait créer autant d'axes "size at point 0 / point 1 / ... / "
  • plus difficile, en dynamique, faut-il avoir un moyen de (shift-)cliquer sur le graphe pour sélectionner un autre point ? Bof/bof, encore une interaction.
  • ou bien faire que l'autre point soit l'avant-dernier sélectionné (et, quand un axe "size at other point" est sélectionné, ce point est mis en évidence dans le graphe ?)

8d3917ff..8e87d0a1


@mikael-s @duez @magiraud

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Reference: vidjil/vidjil#998