segmenter: visualiser Cys, Phe/Trp, séquence en AA (IMGT-)CDR3 depuis .clntab
From http://www.imgt.org/FAQ/#question39 : The CDR3 is delimited by (but does not include) the anchor positions 2nd-CYS 104 and J-PHE or J-TRP 118.
- déjà identifier Cys, Phe/Trp, à condition que ce soit plus ou moins à la bonne position (disons dans la window)
- et la séquence en AA entre ces deux bornes (si mod 3 ok)
et si on a la séquence en AA, la rajouter dans la recherche de filtre
Remonté suite à discussion à Necker.
Indépendamment de notre code c++, on peut déjà afficher les données venant du .clntab.
- sequence.JUNCTION.raw nt seq
- sequence.JUNCTION.aa seq Il ne donne pas encore la position, mais on peut chercher sequence.JUNCTION.raw nt seq dans la séquence complète
Ce serait bien de le faire avant Prague.
Au fait, on parle bien de IMGT-JUNCTION ? ou -CDR3 ? http://www.imgt.org/PDF/Bioinformatics/20_i379-i385_2004.pdf
On peut désormais mettre en highlight tout les champs du model qui contiennent une sequence de nucleotide ou un objet du type { 'start' : xx; 'stop' : yy }, ca fonctionne deja pour "sequence.JUNCTION.raw nt seq" sans modifier le fuse.
-a étendre pour fonctionner avec les séquences en AA
-detecter automatiquement les champs du model pouvant etre utilisés
merci beaucoup Marc, c'est bien comme cela !
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