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La mise à jour du service Gitlab est terminée. Merci aux collègues du service de production de la DSI qui ont réalisé cette opération qui outre les aspects évolution du logiciel nous a permis de faire le nécessaire face à des failles de sécurité.
Les principales releases notes concernant cette montée de version sont disponibles ici :
https://about.gitlab.com/releases/2023/01/22/gitlab-15-8-released/
https://about.gitlab.com/releases/2022/12/22/gitlab-15-7-released/
https://about.gitlab.com/releases/2022/11/22/gitlab-15-6-released/

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  • Issues
  • #4845
Closed
Open
Issue created Sep 16, 2021 by Mathieu Giraud@magiraudOwner

Refactorer {germline,vidjil}.cpp, -V/(-D)/-J devrait créer un json .g et le passer à Germline(...)

Vu en faisant !1004 (merged). Nous avons pour les germlines plusieurs moyens d'initialisation

  • l'un par Germline(... json json_recom ...); (tout le .g passe par là)
  • les autres par des constructeurs prenant directement en compte les -V/-D/-J et autres (historique, -V/-D/-J...)

Les deux appellent à un moment init(...) qui fait des choses. Au final il y a des doublons... et peut-être des micros-différences qui font que faire -V/-D/-J en ligne de commande n'est pas exactement équivalent à -g.

Probablement retirer la deuxième option, et, comme dans !1004 (merged), passer tout par la première option en reconstruisant un json depuis vidjil.cpp ? Cela permettrait de rapprocher les deux modes, faciliterait #4844 (closed), et probablement simplifierait l'ensemble.

Edited Sep 20, 2021 by Mathieu Giraud
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