Refactorer {germline,vidjil}.cpp, -V/(-D)/-J devrait créer un json .g et le passer à Germline(...)

Vu en faisant !1004 (merged). Nous avons pour les germlines plusieurs moyens d'initialisation

• l'un par Germline(... json json_recom ...); (tout le .g passe par là)
• les autres par des constructeurs prenant directement en compte les -V/-D/-J et autres (historique, -V/-D/-J...)

Les deux appellent à un moment init(...) qui fait des choses. Au final il y a des doublons... et peut-être des micros-différences qui font que faire -V/-D/-J en ligne de commande n'est pas exactement équivalent à -g.

Probablement retirer la deuxième option, et, comme dans !1004 (merged), passer tout par la première option en reconstruisant un json depuis vidjil.cpp ? Cela permettrait de rapprocher les deux modes, faciliterait #4844 (closed), et probablement simplifierait l'ensemble.