Germlines custom -V / -J et findCDR3()
Dans germline.cpp
, pour ce qui vient d'un .g
:
bool regular = (code.find("+") == string::npos);
rep_5 = BioReader(2, "|", regular ? CYS104_IN_GAPPED_V : 0) ;
rep_4 = BioReader(2, "|") ;
rep_3 = BioReader(2, "|", regular ? PHE118_TRP118_IN_GAPPED_J : 0) ;
(mais nous n'avons pas cela pour une des méthodes).
En tout cas, le code
vau custom
et ne permet pas de différencier si on cherche ou pas des CDR3. À vérifier, il n'est pas impossible que l'on cherche toujours ou jamais des CDR3 (avec -3
), indépendamment du fait que la germline le permette ou pas.
Mais bon, on ne peut pas y faire grand chose...