Nouvelles germlines, clustérisation S22 et fenêtre décalée : k-mer commun entre V et D
Depuis !885 (comment 441064). L'extrait d'une read de S22 (c'est pareil pour 4 autres reads) :
>extract-from-lcl|FLN1FA002P88J7
AGAGCCGAGGACACGGCCGTGTATTACTGTGCGAGAGATCGACATTGTAGTGGTGGTAGTTGCCGAGGCCTCTGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCCTCAG
vidjil-algo -r 1
, les affects (la seule chose qui change est les germlines) :
dev 52 + VJ 1 38 72 106 (...)+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _+V+V+V ? _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _
!885 53 + VJ 1 60 72 106 (...)+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _+V+V+V ?+H _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h+h _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _
Un +H
(J) décale la fenêtre de 11bp, ce qui mène à un clone qui passe à 5 reads avec la nouvelle germline (avant ? 4 ?)
Avant de parler de la clustérisation, j'aimerais comprendre d'où vient ce k-mer et si l'un des deux affects est "le bon".