Skip to content

GitLab

  • Projects
  • Groups
  • Snippets
  • Help
    • Loading...
  • Help
    • Help
    • Support
    • Community forum
    • Submit feedback
    • Contribute to GitLab
  • Sign in
vidjil
vidjil
  • Project overview
    • Project overview
    • Details
    • Activity
    • Releases
  • Repository
    • Repository
    • Files
    • Commits
    • Branches
    • Tags
    • Contributors
    • Graph
    • Compare
  • Issues 1,712
    • Issues 1,712
    • List
    • Boards
    • Labels
    • Service Desk
    • Milestones
  • Merge Requests 87
    • Merge Requests 87
  • CI / CD
    • CI / CD
    • Pipelines
    • Jobs
    • Schedules
  • Operations
    • Operations
    • Incidents
    • Environments
  • Packages & Registries
    • Packages & Registries
    • Container Registry
  • Analytics
    • Analytics
    • CI / CD
    • Repository
    • Value Stream
  • Snippets
    • Snippets
  • Members
    • Members
  • Collapse sidebar
  • Activity
  • Graph
  • Create a new issue
  • Jobs
  • Commits
  • Issue Boards

Mise à jour terminée. Pour connaître les apports de la version 13.8.4 par rapport à notre ancienne version vous pouvez lire les "Release Notes" suivantes :
https://about.gitlab.com/releases/2021/02/11/security-release-gitlab-13-8-4-released/
https://about.gitlab.com/releases/2021/02/05/gitlab-13-8-3-released/

  • vidjil
  • vidjilvidjil
  • Issues
  • #4653

Closed
Open
Opened Jan 19, 2021 by Mathieu Giraud@magiraudOwner

vidjil-algo : prendre plusieurs fichiers ?

J'ai deux fichiers (indépendants ?) à analyser. Est-ce que cela ferait sens que vidjil-algo accepte d'un coup plusieurs fichiers ?

Mais...

  • est-ce que ce serait juste une "concaténation" (!-easy) ? Bref cela éviterait juste d'avoir à faire une concaténation

  • ou sinon, si c'est un lancement indépendant sur chaque fichier, attention, problèmes avec le multiplieur de bio-e-value et même la présentation des résultats... non, si on veut des lancements indépendants, autant lancer deux fois

Cas d'usage:

  • on a des R1/R2 non mergeables, ou bien R1/R2/R3..., ou bien déjà partiellemnent mergés, ou bien des barcodes différents... et on veut juste "lancer sur tout" (clairement les fichiers ne sont pas indépendants, mais bon, en les concaténant et en prenant un gros multiplieur justement on ne fait pas de bêtises)
  • plein de petits fichiers fasta à analyser à un endroit (et là encore, moins de bêtises à lancer une fois avec un gros multiplieur que de lancer 100 fois vidjil-algo...)
To upload designs, you'll need to enable LFS and have an admin enable hashed storage. More information
Assignee
Assign to
None
Milestone
None
Assign milestone
Time tracking
None
Due date
None
Reference: vidjil/vidjil#4653