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  • #4640

Closed
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Opened Jan 13, 2021 by Mathieu Giraud@magiraudOwner

Nouveau TRGJ1*02

Pour mémoire, il y a six gènes dans TRGJ. Nous connaissons bien TRGJ1*02, qui jusqu'à maintenant avait 3 nucléotides de moins en 5' que TRGJ1*01. Depuis juillet 2018, il a rattrapé son grand frère:

M12960|TRGJ1*01            F|J-REGION|157..206         gaattattataagaaactctttggcagtggaacaacactggttgtcacag
M12957|TRGJ1*02 (old)      (F)|J-REGION|23..69         ...ttattataagaaactctttggcagtggaacaacactTgttgtcacag
IMGT000011|TRGJ1*02 (new)  F|J-REGION|118516..118565   gaattattataagaaactctttggcagtggaacaacactTgttgtcacag

Il n'est désormais plus marqué (F), et la différence avec TRGJ1*01 devient encore plus subtile, après ~40 nt. Cela va changer à la marge l'annotation de certaines séquences.

Je serai curieux de connaître les raisons d'un tel changement.

cc @flothoni

Edited Jan 13, 2021 by Mathieu Giraud
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None
Milestone
None
Assign milestone
Time tracking
None
Due date
None
Reference: vidjil/vidjil#4640