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Séquence consensus incomplète analyse comparée
J'ai un problème de séquence consensus pour ce patient séquencé par différents laboratoires.
Avec nos données, la séquence consensus est incomplète (problème de de qualité ? autre ? ce sont de vieilles données... ce qui est étrange c'est que je ne me souvenais pas avoir eu ce problème précédemment avec le même fastq). Par contre pour les 4 autres laboratoires, pas de problème, la séquence consensus est ok et va jusqu'au bout du V. Mais quand je compare les 5 labos ensembles, la séquence est tronquée. Je sais qu'avant Vidjil choisissait plutôt la séquence consensus la plus longue. Quelque chose a changé de ce point de vue là ?
https://app.vidjil.org/31199-2?clone=0
J'ai un autre patient qui a exactement le même profile (séquence consensus tronquée uniquement dans nos données) mais là pas de problème, Vidjil donne une séquence complète lorsque j'affiche les 5 labos ensemble.