Skip to content
GitLab
  • Menu
Projects Groups Snippets
  • Help
    • Help
    • Support
    • Community forum
    • Submit feedback
    • Contribute to GitLab
  • Sign in
  • vidjil vidjil
  • Project information
    • Project information
    • Activity
    • Labels
    • Members
  • Repository
    • Repository
    • Files
    • Commits
    • Branches
    • Tags
    • Contributors
    • Graph
    • Compare
  • Issues 1,700
    • Issues 1,700
    • List
    • Boards
    • Service Desk
    • Milestones
  • Merge requests 97
    • Merge requests 97
  • CI/CD
    • CI/CD
    • Pipelines
    • Jobs
    • Schedules
  • Deployments
    • Deployments
    • Environments
    • Releases
  • Packages & Registries
    • Packages & Registries
    • Container Registry
  • Monitor
    • Monitor
    • Incidents
  • Analytics
    • Analytics
    • Value stream
    • CI/CD
    • Repository
  • Snippets
    • Snippets
  • Activity
  • Graph
  • Create a new issue
  • Jobs
  • Commits
  • Issue Boards
Collapse sidebar
  • vidjil
  • vidjilvidjil
  • Issues
  • #3981
Closed
Open
Created Sep 16, 2019 by Thonier Florian@flothoniOwner

On trouve un clone sur très peu d'identité.

Suite à des demandes d'éclaircissement, je regarde pourquoi des clones n'ont pas d'identification VDJ. Je prends les séquences bruts de ce clone par l'identifiant, puis lance vidjil dessus avec -K pour voir l'affectation.

Je me rends alors compte que nous prédisons un clone, alors que sur 95nt, nous n'avons que 12 matchs de V au début de la séquence, et 6 matchs de J en fin de séquence, les 80nt intermédiaires étant vides.

De plus, comme nous avons des matchs à 100% sur ces portions, la evalue est assez élevé, à 1.78e-15 et 5e-21.

Le clone concerné est le premier de ce sample : https://app.vidjil.org/?set=33551&config=2&clone=41

>seq_identifie_vidjil
GAGACCCTGTCCCTCACCTGCGCTCCTGCGAGACCAGATATAAAACTAGCTGCCAACCCAGCCTGTGGCCAGGTCACCGTCTCCTCAGGTCCT
#  18 + VJ 	1 24 72 93	 seed IGH SEG_+ 2.087323e-16 4.085299e-22/2.087319e-16+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _+h+h+h+h+h+h _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _

Je pense que l'on est dans un cas limite, et on ne devrait probablement pas retourner de clone la dessus. J'ai cherché une issue qui s'y rapporterait. Je ne sais pas si cela à un lien avec #1964, mais le fine pourrait déjà permettre de faire un filtre plus précis non ?

ping @magiraud @mikael-s

To upload designs, you'll need to enable LFS and have an admin enable hashed storage. More information
Assignee
Assign to
Time tracking