The one place for your designs
To enable design management, you'll need to meet the requirements. If you need help, reach out to our support team for assistance.
On trouve un clone sur très peu d'identité.
Suite à des demandes d'éclaircissement, je regarde pourquoi des clones n'ont pas d'identification VDJ. Je prends les séquences bruts de ce clone par l'identifiant, puis lance vidjil dessus avec -K pour voir l'affectation.
Je me rends alors compte que nous prédisons un clone, alors que sur 95nt, nous n'avons que 12 matchs de V au début de la séquence, et 6 matchs de J en fin de séquence, les 80nt intermédiaires étant vides.
De plus, comme nous avons des matchs à 100% sur ces portions, la evalue est assez élevé, à 1.78e-15 et 5e-21.
Le clone concerné est le premier de ce sample : https://app.vidjil.org/?set=33551&config=2&clone=41
>seq_identifie_vidjil
GAGACCCTGTCCCTCACCTGCGCTCCTGCGAGACCAGATATAAAACTAGCTGCCAACCCAGCCTGTGGCCAGGTCACCGTCTCCTCAGGTCCT
# 18 + VJ 1 24 72 93 seed IGH SEG_+ 2.087323e-16 4.085299e-22/2.087319e-16+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H+H _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _+h+h+h+h+h+h _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _Je pense que l'on est dans un cas limite, et on ne devrait probablement pas retourner de clone la dessus. J'ai cherché une issue qui s'y rapporterait. Je ne sais pas si cela à un lien avec #1964, mais le fine pourrait déjà permettre de faire un filtre plus précis non ?