Grep reads et vidjil-algo : le fichier résultant peut mélanger FASTA et FASTQ
Il s'agit du fichier produit pour chaque clone de Vidjil-algo. Il contient également la séquence de la fenêtre et la séquence consensus. Ces deux séquence sont ajoutées au format fasta alors qu'il y a des chances que le fichier de reads soit au format FASTQ (et donc dans ce cas les reads seront sortis en FASTQ).
Ce mélange de format empêche toute analyse par un autre logiciel sans manipulation manuelle.