Mettre -2 et -3 par défaut ?
La commande de base pourrait être désormais vidjil-algo -g germline/homo-sapiens.g my-reads.fa
, avec par défaut:
-
-2
: Le unexpected/xxx est finalement ultra-testé, par défaut sur le servuer. (--no-unexpected
ou un truc comme cela sinon) -
-3
: (--no-cdr3
, si cela vaut vraiment la peine ?)
Au pire des choses plus particulières pourraient être spécifiées dans germline.h
(pour certains germlines, le CDR3 ne fait pas de sens (pas de CDR3 en IGKV-Intron, c'est déjà le cas, je ne vois pas où c'est réglé)