Liste des `SEG_METHOD_*`
Sans parler d'algo trop précis ni de technique (#3377, #2968, #2655)... Quelque part un inventaire de situations bios.
-
(no implémenté)
_ZERO
: Rien de connu(_)
, mais significativement rien (_
suffisament long, ce n'est pas exactement commeUNSEG_TOO_FEW_ZERO
-
_ONE
: Colinéaire génome(*, 1, *)
(dans cet esprit(1)
serait souhaitable ?). -
_53
: Recombinaison VJ, ou autre,(5, *, 3)
.- Notons qu'il n'y a pas de
*
sur le côté, ce qui a nécessité J+down #3008 (closed) - Cela suggère d'ailleurs (non implémenté)
_543C
#2993 - Le
*
pose #2656 #1878
- Notons qu'il n'y a pas de
-
_12
: Recombinaison inattendue xxx,(1, *, 2)
, cas particulier de(5, *, 3)
. -
_1U
: Recombinaison inattendue / translocation xxx,(1, _)
, avec_
"sufisament long" -
_543
: Recombinaison VDJ(5, *, 4+, *, 3)
Le4+
est regardé uniquement par le FineSegmenter. Il est optionnel. -
(non implémenté)
_5K43
: Recombinaison VDJ(5, *, 4+, *, 3)
Le4+
(ou déjà un4?
) serait aussi considéré par le KmerSegmenter #2654 -
(non implémenté)
_u543d
: Recombinaison VDJ(up, 5, *, 4+, *, 3, down)
avec up/down stream indexé séparément #XXXX (et aussi #2138 (closed)) -
(non implémenté)
_123
: Cas complexes(*, 1, *, 2, *, 3, *)
#3376