Skip to content

GitLab

  • Projects
  • Groups
  • Snippets
  • Help
    • Loading...
  • Help
    • Help
    • Support
    • Community forum
    • Submit feedback
    • Contribute to GitLab
  • Sign in
vidjil
vidjil
  • Project overview
    • Project overview
    • Details
    • Activity
    • Releases
  • Repository
    • Repository
    • Files
    • Commits
    • Branches
    • Tags
    • Contributors
    • Graph
    • Compare
  • Issues 1,711
    • Issues 1,711
    • List
    • Boards
    • Labels
    • Service Desk
    • Milestones
  • Merge Requests 86
    • Merge Requests 86
  • CI / CD
    • CI / CD
    • Pipelines
    • Jobs
    • Schedules
  • Operations
    • Operations
    • Incidents
    • Environments
  • Packages & Registries
    • Packages & Registries
    • Container Registry
  • Analytics
    • Analytics
    • CI / CD
    • Repository
    • Value Stream
  • Snippets
    • Snippets
  • Members
    • Members
  • Collapse sidebar
  • Activity
  • Graph
  • Create a new issue
  • Jobs
  • Commits
  • Issue Boards
  • vidjil
  • vidjilvidjil
  • Issues
  • #3311

Closed
Open
Opened Jun 26, 2018 by Mikaël Salson@mikael-sOwner

Test du filtrage : faire des tests négatifs

Discuté avec @boreec : suite à #3250 (closed) les tests passent toujours, ce qui est surprenant.

En regardant un peu le code, on pense qu'en demandant le filtrage d'une séquence bidon elle sera filtrée comme étant la première séquence du germline. La raison à cela est que les k-mers UNKNOWN et les k-mers de la 1è séquence ont tous deux le numéro 1 qui leur est affecté. La séquence bidon aura donc des k-mers UNKNOWN ui seront interprétés comme provenant de la séquence 1.

Il faudrait donc vérifier que si on filtre avec une séquence qui n'a rien à voir, on obtient bien en sortie le germline complet. Attention en attendant #3187 si on le fait sur de vraies données il est possible qu'une séquence bidon est malgré tout 1 ou 2 k-mers partagés avec un IGHV. On peut très bien faire ce test sur des données fabriquées à la main pour être sûr que la séquence « bidon » n'ait aucun k-mer partagé avec les séquences de nos germlines.

To upload designs, you'll need to enable LFS and have an admin enable hashed storage. More information
Assignee
Assign to
Algo 2018.08
Milestone
Algo 2018.08
Assign milestone
Time tracking
None
Due date
None
Reference: vidjil/vidjil#3311