Séquences similaire trouvé après align_against collection et #3223
Issue qui fait suite aux tests fonctionnels qui ne passent pas dans #3223 (closed).
pour le test should-vdj-tests/BRI_IGK.should-vdj.fa:
Alignement effectué sur IGKV1-17*01
et trouve du IGKV1D-17*01
en sortie. Les séquences ne sont pas identiques (mais sont similaires).
Les séquences en question :
>X72808|IGKV1-17*01|Homo sapiens|F|V-REGION|588..874|287 nt|1| | | | |287+48=335| | |
gacatccagatgacccagtctccatcctccctgtctgcatctgtaggagacagagtcacc
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......tctgggacagaattcactctcacaatcagcagcctgcagcctgaagattttgca
acttattactgtctacagcataatagttaccctcc
>X63392|IGKV1D-17*01|Homo sapiens|F|V-REGION|1177..1463|287 nt|1| | | | |287+48=335| | |
aacatccagatgacccagtctccatctgccatgtctgcatctgtaggagacagagtcacc
atcacttgtcgggcgaggcagggcatt..................agcaattatttagcc
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acttattactgtctacagcataatagttaccctcc ``
pour le test should-vdj-tests/igh-vdj.should-vdj.fa:
Alignement effectué sur IGHV1-18*01
et trouvé du IGHV4-61*01
en sortie. Les séquences ne sont pas identiques (mais sont similaires).
Les séquences en question:
>M99641|IGHV1-18*01|Homo sapiens|F|V-REGION|188..483|296 nt|1| | | | |296+24=320| | |
caggttcagctggtgcagtctggagct...gaggtgaagaagcctggggcctcagtgaag
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...aatggtaacacaaactatgcacagaagctccag...ggcagagtcaccatgaccaca
gacacatccacgagcacagcctacatggagctgaggagcctgagatctgacgacacggcc
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>M29811|IGHV4-61*01|Homo sapiens|F|V-REGION|290..588|299 nt|1| | | | |299+21=320| | |
caggtgcagctgcaggagtcgggccca...ggactggtgaagccttcggagaccctgtcc
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......gggagcaccaactacaacccctccctcaag...agtcgagtcaccatatcagta
gacacgtccaagaaccagttctccctgaagctgagctctgtgaccgctgcggacacggcc
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