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Si vous êtes un personnel Inria et que vous souhaitez participer aux tests de notre future plateforme Gitlab basée sur la version ultimate avec gitlab LFS activé merci de contacter Didier Chassignol.

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  • #3261
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Created Jun 06, 2018 by Mathieu Giraud@magiraudOwner

Estimer le temps pris par sur vidjil -c clones : KmerSegmenter / représentative / FineSegmenter

Depuis #3227 (comment 94004) :

le temps total pour l'utilisateur sera plutôt ce qui vient de vidjil-algo -c clones -z 0, en tout cas on a envie de connaître la contribution de chacune des étapes, à l'intérieur comme à l'extérieur du FineSegmenter.

Ici il s'agit plus généralement d'estimer les diverses parties :

  • temps initial négligeable
  • KmerSegmenter: maintenant avec les 14 germlines, et après Aho #2556 (closed) ?
  • représentatives
  • FineSegmenter (à -z 100, 1000, 10000), surtout après filtrage cpp-filter-fine

... et de voir quelles sont les parties prioritaires à travailler pour une accélération d'ensemble.

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