Se souvenir de la taille des BioReader filtrés et l'afficher tout à la fin en debug / info
Discuté avec @boreec: on souhaite, lors de tests type #3227/#3260 (closed) et même en utilisation de routine, avoir un contrôle sur l'étape de filtrage, en sachant comment cette étape se comporte.
Pour ne pas avoir de variable globale, la proposition est d'ajouter deux entiers dans Germline
-
filtered_sequences_nb
, nombre total de séquences retournées dans les BioReader filtrés -
filtered_sequences_calls
, nombre total d'appels au filtrage de BioReader
Ce qui permettrait d'afficher à la fin quelque chose comme FineSegmenter: aligned 547/34900 (1.56%) sequences