Fusion de reads : essayer Flash (et BBMerge ?)

Dans la publi d'OAS (cf. vdj#677) ils disent utiliser FLASH pour fusionner les reads :

Site d'origine : https://ccb.jhu.edu/software/FLASH/
Github : https://github.com/dstreett/FLASH2

L'avantage c'est que c'est open source.

Un article compare plusieurs logiciels de fusion (dont le leur, BBMerge, qui est évidemment le meilleur) : http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0185056

Flash semble faire moins d'erreur que PEAR et être plus rapide. Flash est aussi plus rapide que BBMerge sur 1 thread. Mais il semble moins correct que BBMerge (d'après leur évaluation…). C'est Flash 1 qui est testé et non Flash 2. BBMerge ne semble pas être distribué seul mais au sein d'un package regroupant d'autres logiciels ce qui risque de rendre la distribution moins pratique.

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