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Attention une mise à jour du serveur va être effectuée le vendredi 16 avril entre 12h et 12h30. Cette mise à jour va générer une interruption du service de quelques minutes.

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  • #3214

Closed
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Opened May 03, 2018 by Mikaël Salson@mikael-sOwner

La recherche de recombinaisons inattendues n'utilise pas les version +up et +down des germlines

Dans un problème remonté par Aurélie (cf. https://serveur-vidjil.chrul.net/browser/index.html?set=32653&config=25) on a un réarrangement +TRDV2 -TRDD2 ce qui devrait être trouvé comme étant unexpected. Sauf que, pour les unexpected, on n'utilise pas les parties amont et aval des gènes. Du coup il n'y a pas assez de signal pour détecter le TRDD2 (surtout qu'il n'y a que la partie intronique !).

Il faudrait donc les intégrer à la recherche de recombinaison unexepected. Dans ce cas j'imagine qu'il ne faudra prendre que les versions amont ou aval et pas du tout les versions restreintes aux gènes pour éviter des conflits (ce qui conduirait à des ambiguous).

Edited Jul 12, 2018 by Mathieu Giraud
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Algo -- Important
Milestone
Algo -- Important
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None
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Reference: vidjil/vidjil#3214