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Si vous êtes un personnel Inria et que vous souhaitez participer aux tests de notre future plateforme Gitlab basée sur la version ultimate avec gitlab LFS activé merci de contacter Didier Chassignol.

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Created Apr 17, 2018 by Mikaël Salson@mikael-sOwner

Filtrage du BioReader pour align_against_collection : gérer le cas s'il y a peu de résultats à getMultiResults()

On pourrait avoir le cas où on a peu de k-mers correspondent à des gènes V existants (à cause de mutations par exemple).

Si on a seulement 3 k-mers qui correspondent à du V4 et 2 à du V6, a-t-on vraiment envie de privilégier ces deux gènes-là plutôt que les autres ? Il y a donc un certain seuil à partir duquel on n'a plus envie de filtrer le BioReader.

On pourrait calculer un seuil de p-valeur pour savoir si le nombre de k-mers est satisfaisant par exemple. On a déjà tout ce qu'il faut normalement.

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