Une séquence J-D-J en TRB+ ?
Une des séquences qui ne passe pas pour !148 (merged) : #target 0447GG
de BRI-TRB.should-vdj.fa
Annoté "TRBD202 1/AATG/0 TRBJ2-301" dans notre ref... mais Blast : https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Get&VIEW_RESULTS=FromRes&RID=CEE9GM3G01R&UNIQ_OBJ_NAME=A_SearchResults_1f4NMm_35hl_dnqsHAyu2Tn_23turP_1GhQal&QUERY_INDEX=0#alnHdr_528476628
On aurait plutôt un TRBJ2-2 /1/ TRBD2 /1/ TRBJ2-3
(avec des up/down des J) :
TRBJ2-2 /1/ TRBD2 /1/ TRBJ2-3
30522..30676 29556..29691 30817..30953 (positions sur NC_018918.2, 142,4XX,XXX)
Le locus avec les TRBJ2
: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/sviewer/?id=NC_000007.14&app_context=Gene&assm_context=GCF_000001405.38&v=142796588:142797171 (au passage, 100 bases d'écart entre les divers gènes, ping #3133 (closed)).
Entre TRBJ2-2 et TRBJ2-3, il y a aussi TRBJ2-2P
. Pas vérifié si le match pourrait aussi se faire sur le -2P
.
Pas vérifié non plus la position exacte des gènes dans les régions.
cc @flothoni