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  • #2986

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Opened Jan 17, 2018 by Mathieu Giraud@magiraudOwner

Pas de séquences en minuscules dans vidjil-algo ?

En regardant #2985, je me rends compte que dans tools.cpp/tools.h, certaines fonctions sont case-sensitive (nuc_to_int, ou peut-être pas vu l'encodage ASCII) et d'autres non (complement_nucleotide).

D'un autre côté, dans fasta.cpp, on a bien une transformation en majuscule dans OnlineFasta::next(). Est-ce notre seule porte d'entrée de séquences dans vidjil-algo ? Il y a bien quelques options obscures qui doivent accepter des séquences en ligne de commande. D'autres choses ?

To upload designs, you'll need to enable LFS and have an admin enable hashed storage. More information
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Reference: vidjil/vidjil#2986