GitLab

#1368 (closed) s'est conclu fin 2016 par :

Les gaps affines ne sont pas utilisés pour le FineSegmenter (...). Mais on n'en veut pas nécessairement : le FineSegmenter fait déjà les gaps de délétion à la fin.

Cette justification me semble désormais fumeuse. Si on a des gaps affines, on pourrait aussi s'en servir pour les délétions qui ne sont pas aux extrémités dans le FineSegmenteur. En particulier, on pourrait avoir des délétions de 3 nucléotides ou d'autres choses qui apparaissent.