Comparer des e-valeurs venant de méthodes de segmentation différentes ?
Titre initial : Ne pas comparer des e-valeurs venant de méthodes de segmentation différentes :-)
Nous avons plusieures tâches ou bugs passés, actuels et futurs liés à la comparaison de bio-e-value entre SEG_METHOD_* ou germlines différentes :
Discussion avec @mikael-s il y a quelques jours : une p-valeur d'une séquence est la probabilité qu'elle sorte, étant donné un modèle. Mais là... on a des modèles différents, et aucune connaissance sur ces modèles. Comparer n'est donc pas pertinent.
Supposons une read honnête, V^20 D^30 J^5. Quoi que l'on pénalise, ce sera ici toujours plus beau en VD qu'en VJ. Et #1878 n'arrange pas.
Nous devons peut-être changer complètement de point de vue. Si le filtre de e-valeur est de 10^-6, et que VD et VJ passent ce filtre (1), je veux exactement avoir la réponse la plus complète : "la séquence est VJ" (voire V(D)J après Fine, (2)). Le fait que VD puisse être à 10^-100 et VJ à 10^-10 ne change rien au fait que la réponse complète soit vraie "avec une erreur d'au plus 10^-6" (et même 10^-10 ici). (Et... vous savez quoi ? On peut dire avec e-valeur quasi nulle que "il y a des séquences humaines dedans", mais cela n'ajouterait pas grand chose.)
(1) VD et VJ compatibles, comme VhDh et VhJh. S'ils ne sont pas compatibles, c'est une autre histoire, voir ci-dessous.
(2) On pourrait aussi avoir une Kmer-heuristique détectant V-D-J, #2654, mais pareil, rien ne dit que les e-valeurs soient comparables avec les autres.
Une proposition serait donc d'arrêter de choisir le locus avec la meilleure e-valeur, et d'avoir plutôt une situation évoquée dans le passée (mais jamais implémentée, ou peut-être en dur au tout début quand on a fait IGH+) avec un ordre partiel SEG_METHOD_ONE < xxx (MAX_12, MAX_1U) < IGH+ < IGH. Entre deux germlines passant le filtre de e-valeur et comparables dans l'ordre partiel, on prend la germline la plus complète. Entre deux non-comparables, on prend la meilleure e-value (3). (À voir en pratique. On définit des stage, 0 pour les complets, 1 pour les +, 2 pour xxx, 3 pour ONE... ? on utilise un after pour encoder la relation ?)
(3) Et encore... Si j'ai TRB et IGH qui passent tous deux à 10^-6, cela veut bien dire que, avec très forte probabilité, la séquence est ambiguë. Les mettre plutôt en AMBIGUOUS ?
- Cette définition est encore un chouia ambiguë: si on a
IGH+10^-30,IGH10^-10,TRG10^-10, que choisir ? - Et qu'est-ce que cela donne pour les
TRD+avec Dd2- ... ?
Cela peut sembler un retour en arrière par rapport à #1499 (closed)/ae1ac525 (printemps 2015)... mais non: nous sommes contents de nos calculs de e-valeurs (et bien plus sûrs qu'en 2015) pour dire si une recombinaison est signifiante ou pas. Each cell counts.