Skip to content

GitLab

Open
Created by Mikaël Salson@mikael-sOwner

Segmentation avec un seul k-mer avec Aho-Corasick

La version de Vidjil avec Aho-Corasick échoue sur un test dans chimera-fake.should-get sur cette séquence (qui est un faux mélange de TRG/TRD) :

TCTTCCAACTTGGAAGGGAGAACGAAGTCAGTCACCAGGCTGACTGGGTCATCTGCTGAAGCCCAGAAGGTTACTCAAGCCCAGTCATCAGTATCCATGCCAGTGAGGAAAGCAGTCACC

Or Vidjil segmente cette séquence en IGK et la chaîne d'affectations ressemble à cela :

#  11 - VJ      1 79 108 120     seed IGK SEG_- 1.858802e-01 1.858801e-01/1.009101e-07 _ _-k ? _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _+K _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _-K-K-K-K _ _ _ _ _ _-K-K _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _-K-K-K _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _ _

Il n'y a qu'un seul -k, et la e-valeur est très haute, mais ça passe tout juste. Pourquoi ?

  1. L'index load est faible sur les J (0,013%), contre 1,048% auparavant (il n'y avait pas de distinction entre l'index load des V et des J).
  2. La séquence est relativement courte (120nt).
  3. Il a peu de séquences dans le fichier.

Bref, que faire ? On est (à peu près) contents de notre calcul de e-valeur. Avoir un index load séparé pour les V et les J semble plus pertinent. Faut-il allonger la séquence pour tricher et refaire passer la e-valeur au dessus du seuil fatidique ?

To upload designs, you'll need to enable LFS and have an admin enable hashed storage. More information