Sequence unexpected composé de deux fois le même segment
Je viens de lancer une première analyses pour un user. Les résultats ne sont pas probants mais c'était prévu par l'user (reads de 75 nt pour analyser de l'IGH, résultats).
Le souci que j'ai, c'est que quasiment toutes les séquences sont en unxecpeted, et que que celles-ci sont composées de deux fois le même segment alors qu'il s'agit simplement d'un seul segment continu splitté en seg5 et seg3.
Je met ici une séquence type en exemple : unexpected.fasta
Il y a la partie seg5, la seg3, et le segment brut. Lorsque l'on aligne ces trois séquences (seaview, algo clustalO pour ma part), on se rend compte qu'il s'agit en fait du même segment. Il comporte beaucoup d'erreurs cela dit au niveau de la jonction.
Pour ce qui est du fichier, je vais le relancer en multi+inc seulement avant de répondre à l'utilisateur, mais je trouve ce cas de séquences intéressant à partager tout de même.