GitLab

Réflexion technique pour #1925 (closed)/#2137. Comment rajouter les gènes VDJ dans le segmenteur ?

• Créer des clones. Ces clones seraient créés (et supprimés) à la volée. Non quantifiables (type #1921), mais aussi non affichées dans liste/plot/graphe. Peut-être même non sélectionnables et non sélectionnés (mais le segmenteur les affiche). En tout cas cela permet une vue uniforme clones/gènes, les séquences s'affichent naturellement dans le segmenteur, modulo #2354/#2355. C'est l’occasion (pas facile) d’aller au bout de #1921 et de faire que les "clones" sont des objets génériques affichés ou pas dans certaines vues. Voir aussi ce qui s'affiche "à gauche" de la séquence (#1763 (closed)/#2175 (closed)).

• Étendre highlight. Ce qui concerne ci-dessus les vues autre que le segmenteur ne se retrouve pas (mais on perd la possibilité d’utiliser les gènes VDJ dans d'autres vues.). Pour l'instant les highlights sont attachés à un clone : #2354/#2355 demandent alors une refonte complète (pas facile) de l'affichage des highlights (ce qui peut être une bonne chose), mais on risque de perdre la signification d'un highlight. Nécessite #1982 (quoique, si ce sont des séquenes de même taille), mais pas de soucis pour #1763 (closed)/#2175 (closed).

• Créer un nouvel objet à la fois pour les clones et les gènes VDJ. Cet objet "sequence" pourrait ressembler à un highlight étendu (mais les highlights resteraient par clone/gène VDJ, plus cohérent). Uniformise l'affichage des séquences comme dans la première solution mais ne nécessite pas de gérer les autres vues à la #1921. Demande tout de même de réfléchir à #1763 (closed)/#2175 (closed).

Dans tous les cas, implique une certaine dose de dev-refactor.