Skip to content

GitLab

  • Menu
Projects Groups Snippets
    • Loading...
  • Help
    • Help
    • Support
    • Community forum
    • Submit feedback
    • Contribute to GitLab
  • Sign in
  • vidjil vidjil
  • Project information
    • Project information
    • Activity
    • Labels
    • Members
  • Repository
    • Repository
    • Files
    • Commits
    • Branches
    • Tags
    • Contributors
    • Graph
    • Compare
  • Issues 1,697
    • Issues 1,697
    • List
    • Boards
    • Service Desk
    • Milestones
  • Merge requests 91
    • Merge requests 91
  • CI/CD
    • CI/CD
    • Pipelines
    • Jobs
    • Schedules
  • Deployments
    • Deployments
    • Environments
    • Releases
  • Monitor
    • Monitor
    • Incidents
  • Packages & Registries
    • Packages & Registries
    • Container Registry
  • Analytics
    • Analytics
    • Value stream
    • CI/CD
    • Repository
  • Snippets
    • Snippets
  • Activity
  • Graph
  • Create a new issue
  • Jobs
  • Commits
  • Issue Boards
Collapse sidebar
  • vidjil
  • vidjilvidjil
  • Issues
  • #2214

Closed
Open
Created Mar 02, 2017 by Mikaël Salson@mikael-sOwner

Boucle infinie dans le calcul de la représentative

Quatre Vidjil tournent depuis plus d'un jour (cf. #2213). Il s'agit du même fichier de séquences dans les quatre cas. Le processus boucle sur le 91è clone à segmenter. Ce clone est composé de trois reads (de toute beauté), en voici un :

>M02707:35:000000000-AYHTM:1:1118:11403:1189
CCCNNNNNNNCTCCTGTNNNNNNNCTGGATTNNNNNNNAGTAGCTNNNNNNNGAACTGGNNNNNNNAGGCTCCNNNNNNNGGGCTGGNNNNNNNCTCATCCNTTNNNNGTAGTAGNNNNNNNATATACTNNNNNGACTCAGTGANNNNNNGATTCACCATCTCCNNAGACNACGCCAAGNNCTCACTGTATCNNNNNNNGAACAGCCTGAGAGCCGAGCCACGGGGCTGAGAATACTATTACGATTTTTGGAGTGGTTATCAACTGGGGCCAGGGAACCCTGGTCACCGTCTCCTCAGGT

C'est bien le calcul de la représentative qui pose problème car le problème est toujours présent avec un -z 0 -y 100.

Un test suit dans un commit.

cc @magiraud

To upload designs, you'll need to enable LFS and have an admin enable hashed storage. More information
Assignee
Assign to
Time tracking