Séquences productives: limiter la recherche de codon stop à l'intérieur du gène
Tâche extraite de #1824 :
@mikael-s : attention au cas où on va séquencer jusqu'au vrai stop, mais est-ce possible ?
@magiraud : C'est peut-être possible, selon le séquenceur, présent ou futur, et la préparation de la librairie :-) ... et même pourquoi pas un stop en amont du V. On pourrait rajouter un substr bien senti, avant l'appel à hasInFrameStopCodon. Que fait repseq-IMGT ?
@mikael-s : pour l'instant le FineSegmenter ne donne pas le début du V ou la fin du J (#2138 (closed)), ce qui empêche de limiter la recherche de codon stop à une certaine zone.
Lien à voir avec #2138 (closed)
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