Skip to content

GitLab

  • Projects
  • Groups
  • Snippets
  • Help
    • Loading...
  • Help
    • Help
    • Support
    • Community forum
    • Submit feedback
    • Contribute to GitLab
  • Sign in
vidjil
vidjil
  • Project overview
    • Project overview
    • Details
    • Activity
    • Releases
  • Repository
    • Repository
    • Files
    • Commits
    • Branches
    • Tags
    • Contributors
    • Graph
    • Compare
  • Issues 1,711
    • Issues 1,711
    • List
    • Boards
    • Labels
    • Service Desk
    • Milestones
  • Merge Requests 86
    • Merge Requests 86
  • CI / CD
    • CI / CD
    • Pipelines
    • Jobs
    • Schedules
  • Operations
    • Operations
    • Incidents
    • Environments
  • Packages & Registries
    • Packages & Registries
    • Container Registry
  • Analytics
    • Analytics
    • CI / CD
    • Repository
    • Value Stream
  • Snippets
    • Snippets
  • Members
    • Members
  • Collapse sidebar
  • Activity
  • Graph
  • Create a new issue
  • Jobs
  • Commits
  • Issue Boards
  • vidjil
  • vidjilvidjil
  • Issues
  • #2142

Closed
Open
Opened Jan 30, 2017 by Mathieu Giraud@magiraudOwner

Séquences productives: limiter la recherche de codon stop à l'intérieur du gène

Tâche extraite de #1824 (closed) :

@mikael-s : attention au cas où on va séquencer jusqu'au vrai stop, mais est-ce possible ?

@magiraud : C'est peut-être possible, selon le séquenceur, présent ou futur, et la préparation de la librairie :-) ... et même pourquoi pas un stop en amont du V. On pourrait rajouter un substr bien senti, avant l'appel à hasInFrameStopCodon. Que fait repseq-IMGT ?

@mikael-s : pour l'instant le FineSegmenter ne donne pas le début du V ou la fin du J (#2138 (closed)), ce qui empêche de limiter la recherche de codon stop à une certaine zone.

Lien à voir avec #2138 (closed)

To upload designs, you'll need to enable LFS and have an admin enable hashed storage. More information
Assignee
Assign to
Algo 2020.06
Milestone
Algo 2020.06
Assign milestone
Time tracking
None
Due date
None
Reference: vidjil/vidjil#2142