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Si vous êtes un personnel Inria et que vous souhaitez participer aux tests de notre future plateforme Gitlab basée sur la version ultimate avec gitlab LFS activé merci de contacter Didier Chassignol.

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  • #2142
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Created Jan 30, 2017 by Mathieu Giraud@magiraudOwner

Séquences productives: limiter la recherche de codon stop à l'intérieur du gène

Tâche extraite de #1824 (closed) :

@mikael-s : attention au cas où on va séquencer jusqu'au vrai stop, mais est-ce possible ?

@magiraud : C'est peut-être possible, selon le séquenceur, présent ou futur, et la préparation de la librairie :-) ... et même pourquoi pas un stop en amont du V. On pourrait rajouter un substr bien senti, avant l'appel à hasInFrameStopCodon. Que fait repseq-IMGT ?

@mikael-s : pour l'instant le FineSegmenter ne donne pas le début du V ou la fin du J (#2138 (closed)), ce qui empêche de limiter la recherche de codon stop à une certaine zone.

Lien à voir avec #2138 (closed)

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