Séquences productives: limiter la recherche de codon stop à l'intérieur du gène

Tâche extraite de #1824 (closed) :

@mikael-s : attention au cas où on va séquencer jusqu'au vrai stop, mais est-ce possible ?

@magiraud : C'est peut-être possible, selon le séquenceur, présent ou futur, et la préparation de la librairie :-) ... et même pourquoi pas un stop en amont du V. On pourrait rajouter un substr bien senti, avant l'appel à hasInFrameStopCodon. Que fait repseq-IMGT ?

@mikael-s : pour l'instant le FineSegmenter ne donne pas le début du V ou la fin du J (#2138 (closed)), ce qui empêche de limiter la recherche de codon stop à une certaine zone.

Lien à voir avec #2138 (closed)